河北苹果坏死花叶病毒的发生及近全基因组序列的测定与分析

作     者：董震杨 李紫腾 胡同乐 王树桐 王亚南 曹克强 DONG Zhenyang;LI Ziteng;HU Tongle;WANG Shutong;WANG Yanan;CAO Keqiang

作者机构：河北农业大学植物保护学院河北保定071001 

出 版 物：《河北农业大学学报》 (Journal of Hebei Agricultural University)

年 卷 期：2023年第46卷第1期

页      面：72-79页

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 

基　　金：河北省自然科学基金(C2022204196) 河北省重点研发计划(21326506D) 国家现代农业(苹果)产业技术体系(CARS-27) 

主　　题：苹果坏死花叶病毒 高通量测序 基因组特性 系统进化 

摘      要：为明确苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus, ApNMV)在河北的发生及其基因组特性,本试验利用RT-PCR技术对河北保定两地ApNMV发病情况进行检测,然后通过高通量测序技术对带毒样本进行序列测定和分析。结果表明,河北农大果园‘红珍珠’‘锦锈红’‘信侬红’3个品种及保定唐县苹果实验基地富士品种ApNMV检出率分别为9.09%、18.18%、100%和65%。ApNMV阳性果树高通量测序结果显示,果树为ApNMV、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV)和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)复合侵染,ApNMV河北分离物(ApNMV-HB)的近全基因组序列包含RNA1~RNA3序列,GenBank登录号分别为OP019626、OP019627和OP019628。RNA1编码120 kD的甲基转移酶/NTP-binding解旋酶(MET/HEL),RNA2编码97 kD的RNA聚合酶(POL),RNA3编码运动蛋白(Movement protein, MP)和外壳蛋白(Coatprotein,CP),4个基因核苷酸和氨基酸序列与代表性分离物相似性分别为89.44%~97.02%、92.14%~98.67%。系统发育关系分析表明,以ApNMV RNA1、RNA2、RNA3(CP和MP)编码的氨基酸为基础构建系统发育树,ApNMV-HB分别与AM95、AM125、XJ、ZZ亲缘关系最近。本研究首次揭示了ApNMV河北分离物的近全基因组序列,丰富了该病毒的基因组序列信息,明确了该分离物与其它分离物的系统发育关系,为进一步了解该病毒的系统发育及遗传进化提供参考。