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产灵菌红素沙雷氏菌R18的鉴定及基因组特性

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华侨大学学报(自然科学版) 2024年

作者：陈明霞邢元军李和阳施俊豪华侨大学化工学院自然资源部第三海洋研究所第三海洋研究所福建省海洋生态保护与修复重点实验室

采用形态学、生理生化和分子生物学方法对菌株R18进行菌种鉴定。通过基因组测序和生物信息学比较,进一步分析其分类地位和生物学特性,并在基因组水平上探讨该菌株红色素的合成基因簇和代谢路径。结果表明:菌株R18最佳生长条件为温度30... 详细信息

采用形态学、生理生化和分子生物学方法对菌株R18进行菌种鉴定。通过基因组测序和生物信息学比较,进一步分析其分类地位和生物学特性,并在基因组水平上探讨该菌株红色素的合成基因簇和代谢路径。结果表明:菌株R18最佳生长条件为温度30～37℃,pH值6～8,NaCl质量浓度0～10 g·L-1;菌株R18与粘质沙雷氏菌模式菌株ATCC 13880的16S rDNA相似度为99.86%,基因组平均核苷酸均一性和数字DNA-DNA杂交值分别为98.73%,89.5%,均高于物种界定阈值,属于同一个物种;菌株R18灵菌红素合成基因簇全长35 021 bp,包含29个基因,其中,4个核心合成基因、10个补充的合成基因、1个调控基因、1个转运基因及13个其他基因,具有完整的灵菌红素合成代谢途径。

关键词：粘质沙雷氏菌灵菌红素菌种鉴定基因组特性

冠状病毒的新成员——SARS-CoV的基因组特性

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Acta Genetica Sinica 2003年第6期30卷 501-508页

作者：张文广李金泉周欢敏内蒙古农业大学动物科学与医学学院呼和浩特010018 内蒙古高校动物遗传重点实验室动物遗传资源信息中心呼和浩特010018

20 0 3年 3月 ,人类发现一种新的冠状病毒SARS CoV ,这种病毒是非典型性肺炎 (SARS)的病原体。SARS CoV的基因组序列已经由包括中国科学家在内的全世界的科研人员测定完成。该文对国际报道的SARS病源的基因序列进行了收录 ,阐述了SARS ... 详细信息

20 0 3年 3月 ,人类发现一种新的冠状病毒SARS CoV ,这种病毒是非典型性肺炎 (SARS)的病原体。SARS CoV的基因组序列已经由包括中国科学家在内的全世界的科研人员测定完成。该文对国际报道的SARS病源的基因序列进行了收录 ,阐述了SARS CoV基因组的基本特性 :SARS CoV的基因组长约 2 8～ 30kb ,与冠状病毒科的基因组长度相符合 ,其中包括 11个编码序列 ,基因组的组织方式也与其他冠状病毒类似 ,从表面蛋白 (S蛋白 )、外膜蛋白 (M蛋白 )和核蛋白 (N蛋白 )上看 ,SARS病毒与其他冠状病毒的对应蛋白进化关系接近。同时发现 ,在某些区域 ,SARS病毒的基因序列与其他冠状病毒存在相当大的差异 ,具有自身比较保守的基因组序列结构。而且氨基酸的序列也与其他冠状病毒有很大程度的不同。基因信息的冗余分析表明 ,SARS CoV具有较低的冗余度 ,即发生变异的可能性比较大。虽然SARS CoV外表与冠状病毒类似 ,亲缘关系未超出冠状病毒科界限 ,但由于蛋白基因与氨基酸的序列与其他冠状病毒有本质不同 ,因此可能不是其他冠状病毒的变异体 ,而是一种与冠状病毒类似、但早已独立存在。

关键词： SARS-CoV 基因组特性冗余分析

甘肃NADC30-like PRRSV的分离及其基因组特性分析

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中国兽医科学 2020年第9期50卷 1096-1105页

作者：张婧孙普韩镇张海霞田启会刘在新卢曾军中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃兰州730046 甘肃畜牧工程职业技术学院甘肃武威733006

为了解甘肃省部分PRRSV流行株的分子生物学特征和遗传演化规律,对来自甘肃武威一猪场的疑似PRRS感染病料通过细胞培养进行PRRSV分离。该病料细胞培养物可以引起Marc-145细胞发生明显的细胞病变,PRRSV特异性引物RT-PCR扩增结果显示该病... 详细信息

为了解甘肃省部分PRRSV流行株的分子生物学特征和遗传演化规律,对来自甘肃武威一猪场的疑似PRRS感染病料通过细胞培养进行PRRSV分离。该病料细胞培养物可以引起Marc-145细胞发生明显的细胞病变,PRRSV特异性引物RT-PCR扩增结果显示该病料组织为PRRSV阳性,IFA实验显示接种分离病毒株的Marc-145细胞可以与PRRSV N蛋白抗体反应,出现特异性荧光,将其命名为GSWW2018。设计引物对该毒株全基因组进行分段扩增,克隆测序后拼接得到全长序列。采用DNAstar软件分析其与48个参考毒株核苷酸及氨基酸的同源性,使用MEGA7.0软件绘制系统遗传进化树,并利用Simplot软件分析其重组事件。结果显示GSWW2018全长14 997 bp,其Nsp2蛋白存在与NADC30相似的"111+1+19"的131个氨基酸的不连续的缺失。Nsp2基因和ORF5基因系统进化树分析结果表明其属于类NADC30亚群。重组结果表明GSWW2018可能由HP-PRRSV与NADC30重组而来。本研究表明甘肃省已出现类NADC30毒株,需要进一步加强监测。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒 NADC30-like 基因组特性

鸽源禽I型副粘病毒分离鉴定、基因组特性分析及致病性研究

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鸽源禽I型副粘病毒分离鉴定、基因组特性分析及致病性研究

作者：郭虹波中国农业科学院

学位级别：硕士

鸽源禽I型副粘病毒（Pigeon Paramyxovirus type I, PPMV-1），又称为鸽源新城疫病毒（PigeonNewcastle Disease Virus），能够引起鸽的急性、高度接触性传染病。该类病毒属于副粘病毒科，禽腮腺炎病毒属。二十世纪七十年代，该病毒初... 详细信息

鸽源禽I型副粘病毒（Pigeon Paramyxovirus type I, PPMV-1），又称为鸽源新城疫病毒（PigeonNewcastle Disease Virus），能够引起鸽的急性、高度接触性传染病。该类病毒属于副粘病毒科，禽腮腺炎病毒属。二十世纪七十年代，该病毒初次在中东地区被发现，其流行最高峰发生在二十世纪八十年代。本研究通过收集采自中国广东、辽宁、吉林、黑龙江四个省份的发病鸽组织病料，应用9-11日龄SPF鸡胚分离病毒，共获得8株PPMV-1毒株。通过蚀斑纯化，将每株病毒挑选6个克隆进行F基因测序发现，该8株PPMV-1毒株均为单一病毒。将该8株分离株分别进行了致病力指数测定，表明均属于中等或低等毒力病毒。通过将这8株PPMV-1毒株进行全基因组测序，对其基因组结构进行分析，发现这些分离株基因组全长均为15192nt，符合NDV基因组六碱基原则;其结构基因顺序为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’;其F基因裂解位点为112RRQKRF117，与强毒裂解位点相一致。通过F基因部分片段（47-420nt）系统进化树分析可知，这些分离株属于class II基因VIb型。通过对F基因全长和病毒基因组全长进行系统进化分析，发现PPMV-1毒株可以分为两个群，其中中国分离株为一个群、国外分离株为一个群。但是本研究分离到的pi/CH/LLN/110713毒株与国外分离株表现出高度的相似性。通过对国内外分离株的基因组进行比对发现，国内外分离株的主要差异集中于1632–2229,3023–3310,和6103–6439三个区域，并且发现其中10个核苷酸位点的差异可作为国内外分离株区分的标志。为了进一步鉴定PPMV-1毒株的致病性，本研究选择其中5株病毒感染鸡，选择pi/CH/LHLJ/110822感染肉鸽，对其致病性进行分析。结果分析发现，感染鸡后所有5株病毒对鸡均不具有致病性，但是能够诱导机体产生抗体反应。挑选其中的中等毒力毒株pi/CH/LHLJ/110822感染鸽发现，对鸽有较强的致病性，能够引起80%的鸽子发病，70%的鸽子死亡，并且引起明显的临床症状和病理学变化。对pi/CH/LHLJ/110822感染后死亡鸽各个组织进行病毒载量检测发现，所有死亡鸽的肾脏、肺脏、脑、气管、哈腺和腺胃六个组织中均能检测到病毒。通过对鸡、鸽攻毒后3天和7天的各个组织器官病毒载量检测发现，鸡和鸽在攻毒后3天，小肠、十二指肠、胰腺、大肠、哈腺和腺胃6个组织中的病毒载量具有显著差异，而在攻毒后7天，仅在脑组织中的病毒载量具有显著差异。血清学实验发现，鸡感染pi/CH/LHLJ/110822后血清抗体水平要高于鸽感染pi/CH/LHLJ/110822后血清抗体水平。以上结果表明，鸽源禽I型副粘病毒感染鸡和鸽具有明显的差异，提示不同种的禽类宿主在抗副粘病毒感染中存在差异，其机理有待进一步研究证明。通过交叉血凝抑制试验和交叉中和试验对PPMV-1与新城疫毒株的抗原差异进行分析，这表明PPMV-1毒株pi/CH/LHLJ/110822与La Sota和F48E9之间具有显著的抗原差异。

关键词：鸽源禽I型副粘病毒分离鉴定基因组特性致病性

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猪细小病毒基因组特性的研究

猪业科学 2015年第4期32卷 100-101页

作者：王正阳罗亚坤吕世明崔尚金贵州大学动物科技学院药理实验室贵州贵阳550025 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室黑龙江哈尔滨150001

猪细小病毒（PPV）属于细小病毒科细小病毒属的成员。猪细小病毒病是由PPV引起的以胚胎和胎儿感染及死亡而母体本身无明显症状的一种母猪繁殖障碍性传染病。1967年，Carteright等对猪的不孕、流产、死产等进行病原学研究时首次报道了本... 详细信息

猪细小病毒（PPV）属于细小病毒科细小病毒属的成员。猪细小病毒病是由PPV引起的以胚胎和胎儿感染及死亡而母体本身无明显症状的一种母猪繁殖障碍性传染病。1967年，Carteright等对猪的不孕、流产、死产等进行病原学研究时首次报道了本病，并从猪的流产胎儿中分离到PPV。目前，此病在世界范围内广泛流行，是造成母猪繁殖障碍的主要病因之一。

关键词：猪细小病毒病基因组特性母猪繁殖障碍流产胎儿世界范围 PPV 传染病病原学

聚羟基烷酸的生物合成途径及相关基因组特性的研究进展(综述)

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河北省科学院学报 2001年第2期18卷 109-113页

作者：宋水山周培瑾河北省科学院生物研究所石家庄050051 中国科学院微生物研究所北京100080

聚羟基烷酸（Polyhydroxyalkanoic acids, PHAs）是一类由许多原核生物在非平衡生长（如缺乏氮、氧、磷、镁等）条件下合成的细胞内碳源和能源的贮藏性聚合物。根据单体中碳原子数目, 可以将PHA分为2种类型：①短侧链PHA（short-side-ch... 详细信息

聚羟基烷酸（Polyhydroxyalkanoic acids, PHAs）是一类由许多原核生物在非平衡生长（如缺乏氮、氧、磷、镁等）条件下合成的细胞内碳源和能源的贮藏性聚合物。根据单体中碳原子数目, 可以将PHA分为2种类型：①短侧链PHA（short-side-chain PHA, ssc-PHA）,单体为含3-5个碳原子数的羟基脂肪酸，以聚-β-羟基丁酸[poly-β-hydroxybutyric acid, P(3HB)] 和聚β-羟基戊酸[poly-β-hydroxyvaleric acid, P(3HV)]为代表；

关键词：聚羟基烷酸生物合成基因组特性研究进展

一株分离自云南耿马县表型特殊鼠疫噬菌体的分析

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中国地方病防治 2024年第2期39卷 91-94页

作者：杨丽华蔡薇尹兴才杨娇刘攀钟佑宏王鹏大理大学公共卫生学院云南671000 云南省地方病防治所昆明医科大学公共卫生学院

目的分析温度依赖型鼠疫噬菌体(GMS190)的特征,为进一步探究该疫源地鼠疫微生态学提供更多依据。方法以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,自鼠盲肠样本中分离、纯化鼠疫噬菌体,观察其电镜下的形态,分析不同温度下的噬菌斑形成效率、吸附率、宿... 详细信息

目的分析温度依赖型鼠疫噬菌体(GMS190)的特征,为进一步探究该疫源地鼠疫微生态学提供更多依据。方法以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,自鼠盲肠样本中分离、纯化鼠疫噬菌体,观察其电镜下的形态,分析不同温度下的噬菌斑形成效率、吸附率、宿主范围等生物学特性以及基因组特性。结果该噬菌体为肌尾噬菌体科,GMS190对鼠疫菌EV76的最佳裂解温度为28℃,37℃下不能裂解EV76,吸附实验及ECOI实验显示,37℃下,噬菌体吸附并未受阻,也未发生流产感染;经测定宿主范围发现,可裂解部分志贺菌,GMS190在感染一株大肠菌株(E-e)时其温度依赖的特性与感染鼠疫菌EV76时相反,即21℃下不裂解,37℃下可裂解;经全基因组比对分析,GMS190与鼠疫耶尔森菌噬菌体HQ103相似性较高(覆盖率87%,相似性97.95%),但它们温度依赖裂解特性相反。结论本研究阐明了新分离的鼠疫温度依赖裂解噬菌体的生物学及基因组特征,对其生物学意义进行了初步探讨。

关键词：耿马县鼠疫噬菌体温度依赖型基因组特性

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双翅目昆虫基因组研究进展

遗传 2020年第11期42卷 1093-1109页

作者：彭威冯蒙洁陈皓韩宝瑜中国计量大学浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室杭州310018

双翅目(Diptera)是完全变态昆虫中种类最多样化的昆虫,也是第一个基因组已完整测序的昆虫。目前共有110种双翅目昆虫具有公开的基因组,其中黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)和冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)包含数百个种群基因组。比... 详细信息

双翅目(Diptera)是完全变态昆虫中种类最多样化的昆虫,也是第一个基因组已完整测序的昆虫。目前共有110种双翅目昆虫具有公开的基因组,其中黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)和冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)包含数百个种群基因组。比较基因组学阐明了双翅目昆虫的多种生物学问题,为基因组结构变异、遗传机制以及基因、物种、种群的进化速率和进化模式的研究提供了新思路。尽管双翅目昆虫基因组资源丰富,但仍有许多物种缺乏基因组信息。双翅目昆虫基因组研究对于揭示吸血、寄生、授粉和噬菌性等重要行为的多重起源具有重要价值。本文主要介绍了双翅目昆虫基因组的分布和不同物种基因组的特性,以及双翅目昆虫基因组中功能基因如细胞色素P450、免疫、性别决定和分化相关基因的研究进展,对双翅目昆虫比较基因组学中的重大发现进行了总结,以期在快速发展的基因组组学时代为其他物种进行基因组测序提供指导和借鉴,为开发基于基因组的害虫防治和治理提供理论基础。

关键词：双翅目昆虫基因组特性功能基因比较基因组学系统进化

一株高产乳酸的乳酸芽孢杆菌DU-106的鉴定及比较基因组学分析

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一株高产乳酸的乳酸芽孢杆菌DU-106的鉴定及比较基因组学分析

作者：伍雪茵华南农业大学

学位级别：硕士

乳酸在食品、医药、化妆品、农业、化工等方面都有着广泛的应用,是生物体机体代谢的重要中间产物,也是世界上公认的三大有机酸之一。然而,目前报道的能够产乳酸的芽孢杆菌菌种很少。本文从内蒙古传统发酵酸奶中分离出一株菌种DU-106,该... 详细信息

乳酸在食品、医药、化妆品、农业、化工等方面都有着广泛的应用,是生物体机体代谢的重要中间产物,也是世界上公认的三大有机酸之一。然而,目前报道的能够产乳酸的芽孢杆菌菌种很少。本文从内蒙古传统发酵酸奶中分离出一株菌种DU-106,该菌具有高产乳酸的特性。本论文进一步对该菌株进行系统分类地位鉴定并进行比较基因组学分析,本文结果与结论如下:菌株DU-106为革兰氏阳性菌,呈现棒状,增殖方式为内生孢子,兼性厌氧型,能够高效产生乳酸,发酵72 h之后L-乳酸的产量达到13.04g/L。基于16S r RNA基因序列的系统发育分析得到该菌株DU-106隶属于蜡状芽孢杆菌菌群。通过测序并绘制菌株DU-106的基因组完成图,结果表明:它具有环状染色体和三种质粒,总基因组大小为5,758,208 bp,G+C含量为35.10%。分析核心基因组单核苷酸多态性并与已知的蜡状芽孢杆菌菌种作对比,除了蜡状芽孢杆菌ATCC 14579和苏云金芽孢杆菌ATCC 10792之外,菌株DU-106与其他蜡状芽孢杆菌菌种的平均核苷酸均一性值均基因组特性分析与DNA-DNA杂交值和生理学和生物化学特性分析,可以得出菌株DU-106是蜡状芽孢杆菌菌群中的一株新菌种,并命名为乳酸芽孢杆菌(Bacillus lactis)。并于广东省微生物保藏中心保藏,保藏编号:GDMCC 1.1581.通过耐酸、耐盐和模拟胃肠道液试验发现该菌株在低酸、高盐和模拟胃肠液环境中都能保持良好的存活率,其中在p H为2.42和4.94中的存活率分别为72.09%和96.77%,在0.3%的胆盐、模拟胃液和模拟肠液中的存活率分别为59.67%,74.29%和150.52%。进一步通过比较基因组学分析挖掘发现:该菌株中注释了各种与应激相关的胆汁盐抗性和粘附相关的基因,比如bass,cgh,cbp,fbp III,这可能通过使宿主上皮细胞粘附和胃肠道存活而发挥益生作用。此外,菌株DU-106基因组缺乏毒力基因编码脑苷合成酶、肠毒素FM和细胞毒素K。通过急性经口毒性试验进一步证实该菌株没有毒性。综合该菌株的表型特征、基因组特性和益生特性,可以为该菌株DU-106成为益生菌应用开发提供充足的理论依据。

关键词：乳酸菌株DU-106 化学特性基因组特性益生特性