大额牛瘤胃细菌CDT-1蛋白的生物信息学特征研究

作     者：周子健 吴东旺 张光荣 和虎生 杨舒黎 ZHOU Zijian;WU Dongwang;ZHANG Guangrong;HE Husheng;YANG Shuli

作者机构：云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 云南省动物营养与饲料科学重点实验室昆明650201 怒江州贡山独龙族怒族自治县农业农村局云南贡山独龙族怒族自治县673599 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2022年第17期

页      面：6-10,138,139页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家自然科学基金项目(32060762) 云南省农业基础联合专项(2017FG001〔-061〕) 

主　　题：大额牛 CDT-1蛋白 生物信息学 蛋白质功能 瘤胃细菌 

摘      要：为了研究从云南大额牛(Bas frontalis)瘤胃微生物宏基因组文库中发掘出的纤维糊精酶-1(CDT-1)蛋白的生物信息学特征,试验使用ProtParam、TMHMM Server 2.0、ProtScale、NCBI Conserved Domains、SignalP 5.0、TargetP 2.0、PSORTⅡserver、SOPMA、SWISS-MODEL、NetN Glyc 1.0 Server、NetP hos 3.1 Server、NCBI protein BLASTp和MEGA 7.0等在线分析工具和软件,分析CDT-1蛋白的基本理化性质、跨膜区、亲水性/疏水性、结构域、信号肽、亚细胞定位、二级结构、三级结构、N端糖基化位点和丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的磷酸化位点及系统进化情况等生物信息学特征。结果表明:CDT-1蛋白的相对分子质量为38082.24,理论等电点为4.80,带负电荷的残基总数为45个,带正电荷的残基总数为29个,估计半衰期为30 h,属于亲水型稳定的脂蛋白,定位于细胞壁和细胞外,含有1个由α-螺旋、无规则卷曲、扩展链和β-转角组成的保守结构域,三级结构同源建模有较高的可信度,有2个N端糖基化位点和26个磷酸化位点,可能具有较高的酶活力;CDT-1蛋白与系统进化树中的内切葡聚糖酶的纤维素酶蛋白高度同源。说明CDT-1蛋白是来源于内切葡聚糖酶中的纤维素酶蛋白的亲水型稳定脂蛋白。