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大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白的生物信息学分析

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饲料研究 2024年第10期47卷 82-86页

作者：郑洁怡周子健杨舒黎李川佛山科学技术学院广东省动物分子设计与精准育种重点实验室广东佛山528225 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

为了了解云南大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白的生物学特性、结构及功能等特征,阐明大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白高效降解纤维素的生物学功能,试验采用多种在线软件和工具对Umcel-2蛋白进行生物信息学分析研究。结果表明:Umcel-2蛋白分子式为C1... 详细信息

为了了解云南大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白的生物学特性、结构及功能等特征,阐明大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白高效降解纤维素的生物学功能,试验采用多种在线软件和工具对Umcel-2蛋白进行生物信息学分析研究。结果表明:Umcel-2蛋白分子式为C1983H2987N541O670S15,相对分子质量为4.56 kDa,属于一个定位于细胞质中,无跨膜区及信号肽的亲水型酸性稳定蛋白;Umcel-2蛋白含有1个保守区域pfam00150且属于糖苷水解酶家族5,二级结构由α-螺旋、无规则卷曲发挥主要功能,三级结构同源建模质量高且与芳基磷酸化-β-D-葡萄糖苷酶BglC相似;Umcel-2蛋白存在3个N端糖基化位点和49个磷酸化位点,且其活性位点由甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、亮氨酸和天冬酰胺等氨基酸组成,有利于提高其纤维素酶活性。系统进化树结果表明,Umcel-2蛋白与未培养生物AEX97596.1纤维素酶的纤维素酶蛋白高度同源,表现出内切葡聚糖酶和β-葡萄糖苷酶的纤维素酶活。研究表明,生物信息学方法预测瘤胃细菌Umcel-2蛋白具有较高的纤维酶活性,为瘤胃细菌高效降解纤维素的深入研究提供了参考。

关键词：大额牛瘤胃细菌Umcel-2蛋白生物信息学蛋白质结构与功能

大额牛Myf-5基因克隆、序列分析及其分子系统进化研究

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畜牧兽医学报 2007年第12期38卷 1279-1289页

作者：陈玉红钟金城马志杰胡汉傈金双罗虹西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 青海省畜牧兽医科学院畜牧研究所西宁810016 云南省畜牧局昆明650000

对大额牛Myf-5基因进行PCR扩增、T-A克隆和序列分析,并应用DNAMAN4.0、BioEdit 4.8.10、DnaSP4.10、Mega3.1等生物信息学软件同普通牛、黑猩猩、恒河猴、人、狗、家鼠、软体贝壳、鸡、斑马鱼9个物种相应基因编码区核苷酸序列和氨基酸序... 详细信息

对大额牛Myf-5基因进行PCR扩增、T-A克隆和序列分析,并应用DNAMAN4.0、BioEdit 4.8.10、DnaSP4.10、Mega3.1等生物信息学软件同普通牛、黑猩猩、恒河猴、人、狗、家鼠、软体贝壳、鸡、斑马鱼9个物种相应基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ、ME和UPGMA法对其编码区核苷酸序列构建了分子系统进化树。结果表明:①大额牛Myf-5基因由3个外显子和2个内含子组成,其大小分别为660、76、1 226、852、407 bp;外显子和内含子数与其他9个物种相同,但大小存在较大的差异;外显子与内含子连接区遵循GT-AG基因组成规则。②大额牛与普通牛、黑猩猩、恒河猴、人、狗、家鼠、软体贝壳、鸡、斑马鱼的Myf-5基因编码区核苷酸序列同源性分别为99.0%、90.0%、90.5%、90.5%、87.2%、84.8%、72.9%、64.3%、51.8%,相应的氨基酸序列同源性分别为99.6%、94.9%、94.6%、94.9%、89.9%、88.7%、81.6%、70.4%、56.6%,这说明大额牛与其他9个物种在Myf-5基因的编码区核苷酸和相应氨基酸序列上具有较高的保守性。③用NJ、ME和UPGMA等3种方法聚类构建的分子系统进化树表明,3种方法的聚类结果基本一致,即大额牛与普通牛首先聚为一类,人、黑猩猩、恒河猴也先聚为一类,这两类相聚后再依次同其他物种聚在一起。这与mtDNA、其他功能基因和动物学分类的研究结果一致,表明Myf-5基因适合用于物种间系统进化关系的研究。

关键词：大额牛 Myf-5基因克隆分子系统进化

大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列分析

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中国农业科学 2008年第11期41卷 3769-3775页

作者：毛华明马松成陈静邓卫东和天宝云南农业大学动物营养与饲料重点实验室中国农业大学动物科技学院云南省怒江州畜牧兽医站

【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-jo... 详细信息

【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩余109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1%。系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门(57.1%)和噬纤维菌/屈扰杆菌/拟杆菌门(42.2%),仅有一个序列位于螺旋体门。【结论】本试验获得了大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成及其与饲料消化之间的关系奠定了基础。

关键词：大额牛瘤胃细菌 16SrRNA基因序列系统进化分析

大额牛冻精在瘤牛超数排卵中的应用效果及F1代的亲子鉴定

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中国农业科学 2008年第8期41卷 2436-2441页

作者：和占星张继才亐开兴黄必志袁希平赵刚黄梅芬张勇何永珍云南省草地动物科学研究所

【目的】本研究旨在探讨大额牛(Bosfrontalis)冻精在瘤牛(Bosindicus)体内胚胎生产及杂交改良中的应用前景。【方法】对9头瘤牛(婆罗门牛)供体进行超排,发情后将供体分为试验组(n=5)和对照组(n=4),分别用大额牛和瘤牛(婆罗门牛)冻精人... 详细信息

【目的】本研究旨在探讨大额牛(Bosfrontalis)冻精在瘤牛(Bosindicus)体内胚胎生产及杂交改良中的应用前景。【方法】对9头瘤牛(婆罗门牛)供体进行超排,发情后将供体分为试验组(n=5)和对照组(n=4),分别用大额牛和瘤牛(婆罗门牛)冻精人工授精(AI),以第1次AI之日为0天,在第7天回收胚胎;对试验组287号供体左侧子宫角回收胚胎,右侧子宫角使胚胎继续着床妊娠;对287号母牛所产F1代犊牛(大额牛×瘤牛)进行亲子鉴定;测定F1代牛的初生、6月龄和12龄的体重、体尺指标。【结果】试验组和对照组供体的受精率分别是90.5%和80.8%,头均获胚数分别是4.2±1.3枚和6.5±4.7枚,可用胚数分别是3.0±1.2枚和4.3±5.3枚,可用胚率分别是71.4%和65.4%,两者差异不显著(P>0.05);287号母牛左侧子宫角回收到2枚可用胚,右侧子宫角内胚胎继续发育,并成功产下1头母犊,妊娠期为288d;对F1代犊牛亲子鉴定显示,9个微卫星座位上犊牛与公牛、犊牛与母牛都具有共享的等位基因,父子关系相对机会(RCP)为99.9949%,证明此例亲子鉴定的确是一个三联体家庭,从而证实了种间杂交的真实;F1代牛的初生、6月龄和12月龄重分别为31.5kg、180.0kg和280.0kg;初生～12月龄平均日增重达680.8g。【结论】大额牛冻精在瘤牛超排中应用效果好;并获得国内首例大额牛(独龙牛)与瘤牛杂种牛犊;F1代牛生长较快,杂种优势明显。

关键词：大额牛瘤牛超数排卵种间杂交亲子鉴定

从细胞色素b基因全序列探讨大额牛的分子系统发生

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遗传 2008年第1期30卷 65-70页

作者：李世平常洪马国龙陈宏宇冀德君耿荣庆扬州大学生物科学与技术学院扬州225009 扬州大学动物科学与技术学院扬州225009

大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种,有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cytb)基因全序列(1140bp)。应用分析软件,对大额牛11条Cytb序列进行了分析,并结合GenBank中牛属动物6个... 详细信息

大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种,有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cytb)基因全序列(1140bp)。应用分析软件,对大额牛11条Cytb序列进行了分析,并结合GenBank中牛属动物6个近缘种的同源序列,以亚洲水牛(Bubalus bubalis)为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了牛属动物分子系统发育树。序列分析结果表明,11条大额牛Cytb序列1140位点中,共发现95个变异位点(占分析位点总数的8.33%),定义了6种单倍型,表明大额牛群体的Cytb基因遗传多态性比较丰富。构建的NJ和MP分子系统树均显示,大额牛研究群体明显分为3支,第1支与普通牛(Bos taurus)相聚,第2支与瘤牛(Bos indicus)相聚,第3支与印度野牛(Bos gaurus)相聚。系统发育分析表明,大额牛很可能是印度野牛的家养型或驯化种,我国大额牛群体可能曾受到其他牛种血缘的入侵。

关键词：大额牛细胞色素b基因起源分子系统发生

水牛、大额牛和牦牛抑制素α亚基编码基因外显子1多态性分析

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Zoological Research 2012年第4期33卷 402-408页

作者：苗永旺哈福高华山袁峰李大林袁跃云云南农业大学动物科学技术学院分子遗传学实验室云南昆明650201 云南省家畜改良工作站云南昆明650225

为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1... 详细信息

为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1中存在c.73C>A替换,为同义替换,河流型和沼泽型水牛编码产物一致;在大额牛的INHA基因外显子1中发现c.62C>T、c.187G>A替换,分别引起INHA中氨基酸发生p.P21L、p.V63M改变,两者均为相同性质氨基酸的替换;在牦牛中发现c.62C>T、c.129A>G替换,前者也引起编码氨基酸发生p.P21L替换,后者为同义替换。在INHA基因5'侧翼区所测出的序列中,水牛、大额牛和牦牛等物种内均未发现SNP位点,但在种间发现存在c.-6T>G的替换,大额牛、牦牛和普通牛均为c.-6G,而水牛为c.-6T。在INHA基因内含子中,水牛的第31～36位核苷酸处发现有6个碱基的缺失,即c.262+31_262+36delTCTGAC;该位点在河流型水牛中野生型(+/+)占主体,而在沼泽型水牛中则缺失型(-/-)占主体。在大额牛、牦牛和普通牛等其它牛科物种的内含子中均未发现该缺失,但与水牛相比,大额牛、牦牛和普通牛内含子中发现缺失c.262+78_262+79delTG。序列比对显示,INHA基因外显子1序列中c.43A和c.67G为水牛中所特有,而c.173A和c.255G为大额牛、牦牛和普通牛所共有,c.24C、c.47G、c.174T和c.206T为山羊所特有。大额牛、牦牛和普通牛间INHA基因外显子1序列差异较小,而山羊和水牛与它们间的差异相对较大。

关键词：水牛大额牛牦牛抑制素n亚基基因(INHAj外显子l 多态性

大额牛(Bos frontalis)与黄牛(Bos taurus)的种间杂交研究

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中国农业科学 2015年第13期48卷 2676-2686页

作者：和占星王朋武罗在仁李春梅尹以昌亐开兴王安奎张继才黄必志袁希平云南省草地动物科学研究院云南省肉牛工程技术研究中心大理白族自治州家畜繁育指导站盈江县畜牧兽医局

【目的】探讨大额牛(Bos frontalis)与黄牛(Bos taurus)种间杂交利用及杂交育种前景。【方法】以云南黄牛(大理黄牛、德宏黄牛,n=379)和西本杂(西门塔尔牛♂×云南黄牛♀,n=136)为母本,大额牛为父本,采用人工授精进行种间杂交。母牛在... 详细信息

【目的】探讨大额牛(Bos frontalis)与黄牛(Bos taurus)种间杂交利用及杂交育种前景。【方法】以云南黄牛(大理黄牛、德宏黄牛,n=379)和西本杂(西门塔尔牛♂×云南黄牛♀,n=136)为母本,大额牛为父本,采用人工授精进行种间杂交。母牛在输精后约60 d,通过直肠检查进行妊娠诊断,并对妊娠母牛进行跟踪调查,统计产犊数,测定云南黄牛及杂种牛的初生、6月龄、12月龄、18月龄和24月龄体重、体尺,观察调查杂种牛的主要外貌特征。【结果】1用大额牛冷冻精液累计输精515头母牛,平均受胎率和产犊率分别达73.98%和92.13%,其中黄牛母本的平均受胎率和产犊率分别为68.87%和90.81%,西本杂母本的受胎率和产犊率分别达88.24%和95.00%。2大西本杂(大额牛♂×西本杂♀)的初生、6月龄、12月龄、18月龄和24月龄体重分别为22.86、103.86、142.40、176.21和243.25 kg,比云南黄牛的11.73、82.42、108.37、124.60和132.10 kg提高94.89%(P大额牛♂×云南黄牛♀)的17.70、102.19、134.81、161.43和201.91 kg提高29.15%(P0.05)、5.63%(P>0.05)、9.16%(P牛提高50.90%(P牛的164.89 g(P牛(P牛提高8.38%(P牛提高11.48%(P牛提高25.88%(P牛提高10.89%(P牛提高33.82%(P牛提高11.41%(P牛提高33.30%(P牛提高22.69%(P牛在初生时体高和胸围优势明显,6月龄以后以胸围、腹围和管围生长较为明显;特别是三元杂的体斜长、体高和胸围生长从12月龄开始明显地超过二元杂。4大额牛与大理黄牛杂交F1的初生体重显著高于大额牛与德宏黄牛杂交F1(P0.05),表明大额牛与两地黄牛杂交效果基本一致。⑤成年杂种的外貌特征和主要习性与大额牛的非常相近。【结论】大额牛和云南黄牛种间杂交可行,杂种生长发育快,适应性强,杂种优势明显,且三元杂优于二元杂;F1代母牛可育,但公牛可能不育;大额牛与黄牛杂交利用潜力大,推广应用前景好。

关键词：大额牛黄牛种间杂交生长性能杂种优势

大额牛(Bos frontalis)与瘤牛(Bos indicus)的种间杂交研究

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中国农业科学 2011年第17期44卷 3622-3633页

作者：和占星张继才亐开兴金显栋王喆王安奎黄梅芬赵刚杨国荣涂先云袁希平黄必志云南省草地动物科学研究院西北农林科技大学动物科技学院云南省泸水县畜牧兽医局

【目的】探讨大额牛(Bos frontalis)与瘤牛(Bos indicus)杂交利用潜能及杂交育种前景。【方法】选用婆罗门(Brahman)母牛,以CUE-MATETM(孕酮阴道栓)+PG(氯前列烯醇)法同期发情处理后用大额牛冷冻精液对其进行人工授精(artificial insemi... 详细信息

【目的】探讨大额牛(Bos frontalis)与瘤牛(Bos indicus)杂交利用潜能及杂交育种前景。【方法】选用婆罗门(Brahman)母牛,以CUE-MATETM(孕酮阴道栓)+PG(氯前列烯醇)法同期发情处理后用大额牛冷冻精液对其进行人工授精(artificial insemination,AI),调查记录母牛产犊时间、妊娠期及犊牛性别等;测定大额牛与婆罗门牛杂交F1(大婆F1)、大额牛和婆罗门牛的初生体重及6、12和18月龄的体重;进行大婆F1的核型分析;对大婆F1的繁殖性能进行研究。【结果】①婆罗门母牛的同期发情率、妊娠率和产犊率分别为83.87%、60.56%和45.07%,母牛(n=24)的平均妊娠期为(290.83±5.26)d;②大婆F1中母犊占71.88%,分别显著高于大额牛和婆罗门牛(P大额牛与黄牛杂交F(1大黄F1)和BMY牛(P大额牛(n=18)高68.18%、37.12%、45.07%和40.13%(P0.05)、13.12%(P牛和母牛平均日增重分别为(503.09±44.91)g和(502.89±53.54)g,分别比大额牛高35.98%和39.85%(P牛低16.49%(P0.05);④大额牛、婆罗门牛和大婆F1的染色体数目(2n)分别为58、60和59;大婆F1母牛(n=2)的初妊娠年龄、初妊娠体重和初产年龄分别为(16.00±2.83)月龄、(342.50±30.41)kg和(26.00±2.83)月龄,且年产1犊;⑤对5头、15—24月龄大婆F1公牛进行电刺激采精,均未采集到精液。【结论】大额牛和瘤牛杂交,其杂种牛生长发育快,适应性强,杂种优势明显;F1代母牛可繁育,且成熟早,繁殖力强;但F1代公牛是否可繁育有待进一步研究。

关键词：大额牛婆罗门牛种间杂交生长性能杂种优势

大额牛×婆罗门(GBF_1)牛与云岭牛肉品质比较研究

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中国畜牧兽医 2015年第8期42卷 2042-2047页

作者：王喆赵志军李天平王安奎和霁恬高月娥和占星黄必志云南省草地动物科学研究院昆明650212

研究旨在比较大额牛和婆罗门杂交后代(GBF1)与云岭牛肉品质,评估大额牛杂交利用潜能。选择年龄相近、性别相同的GBF1牛和云岭牛进行育肥、屠宰,采集100个肉样冻存。以肉质较好的云岭牛肉为对照,检测GBF1牛肉的剪切力、失水率、系水力、... 详细信息

研究旨在比较大额牛和婆罗门杂交后代(GBF1)与云岭牛肉品质,评估大额牛杂交利用潜能。选择年龄相近、性别相同的GBF1牛和云岭牛进行育肥、屠宰,采集100个肉样冻存。以肉质较好的云岭牛肉为对照,检测GBF1牛肉的剪切力、失水率、系水力、蒸煮损失。结果表明,GBF1牛肩峰剪切力显著高于云岭牛(P0.05)。GBF1牛10个部位肉的平均剪切力、失水率、蒸煮损失分别为3.50kg、24.15%、27.56%,低于云岭牛;平均系水力64.60%,高于云岭牛,但差异均不显著(P>0.05)。由此可知,GBF1牛肉品质与云岭牛相似,且均较好。

关键词：大额牛婆罗门种间杂交 GBF1牛云岭牛肉品质