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靶向大肠埃希菌外膜蛋白的18β-甘草次酸的筛选及抗菌活性评价系统构建

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 390-395页

作者：王星媛李清蓉韩晓晨张续严王哲秦有才储引娣范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系北京100005

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spe... 详细信息

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spectrometry,HPLC-MS)技术,从甘草提取物中筛选能够与BamA和BamD相互作用的化合物。用荧光定量PCR检测化合物处理后大肠埃希菌外膜蛋白bamA和bamD基因表达量的变化,并且利用离体重组系统检测化合物对于β桶状蛋白组装(β-barrel assembly machinery,BAM)复合物整合外膜蛋白功能的影响,最后利用SDS在细菌细胞内的积累情况检测化合物处理过后细菌细胞膜完整性变化。结果生物亲和超滤联合HPLC-MS筛选发现18β-甘草次酸可以与BamD发生相互作用,经18β-甘草次酸处理后,大肠埃希菌bamA基因表达水平升高1.5倍,bamD基因表达水平升高2倍,但是,离体重组系统检测未观察到18β-甘草次酸对BAM复合物的插膜功能具有抑制效果,细胞膜完整性检测实验也未发现18β-甘草次酸对于大肠埃希菌细胞膜的破坏。结论以BamA和BamD蛋白作为靶点,建立了使用亲和超滤联合HPLC-MS进行天然产物筛选的方法。筛选得到18β-甘草次酸能够与BamD相互作用并能够影响大肠埃希菌外膜蛋白的表达,故本研究所建立的筛选和实验流程对于以外膜蛋白为靶点的、其他来源的新型抗菌药物的筛选具有良好的借鉴价值,且本研究也提示在筛选过程中,相关靶点的选择对成功筛选到相应的天然产物至关重要。

关键词： 18β-甘草次酸 β桶状蛋白组装复合物离体重组系统

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多来源机构规范文档的融合研究

数据分析与知识发现 2024年第5期8卷 29-37页

作者：范云满陈颖唐小利中国医学科学院医学信息研究所北京100020

【目的】有效利用现有机构规范文档,解决多来源机构规范文档的遴选、评价以及文档间缺少映射、关系冗余等问题。【方法】以调研、梳理已有机构规范文档及相关研究为基础,构建包含元数据收集及分析、元数据框架融合、关系融合、别名融合... 详细信息

【目的】有效利用现有机构规范文档,解决多来源机构规范文档的遴选、评价以及文档间缺少映射、关系冗余等问题。【方法】以调研、梳理已有机构规范文档及相关研究为基础,构建包含元数据收集及分析、元数据框架融合、关系融合、别名融合、构建机构规范文档数据模型、融合结果验证6个步骤的融合模型,对多来源机构规范文档实现融合,并利用Dimensions、Scopus、Web of Science的部分机构数据进行验证。【结果】利用多种指标评估模型的融合效果,在一、二、三级机构中F1值达到0.97以上且Dimensions的融合贡献度最大;构建了包含5128个机构的规范文档。【局限】机构关系只考虑上下级关系,关系之间循环引用以及机构规范名如何选取等问题尚未深入研究;只选取三个来源的部分机构进行验证,在更大数据集上的泛化性能有待进一步验证。【结论】本模型对多来源数据库的机构规范文档的融合是有效的。

关键词：机构规范文档融合元数据框架融合多来源规范文档科研实体规范

基于行政管理数据识别慢性病发病病例背景下确定洗脱期时长最佳策略的系统综述

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中国全科医学 2024年第4期27卷 460-467页

作者：杨文怡王敬鑫艾丽梅万霞中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院北京市100005

背景使用行政管理数据时,确立清晰、适当的慢性病洗脱期时长是正确确定反复就医的慢性病患者发病时点、确定新发病例的基础。目的通过系统文献回顾,综述确定洗脱期时长的方法,以期为我国研究者后续使用行政管理数据识别慢性病新发病例... 详细信息

背景使用行政管理数据时,确立清晰、适当的慢性病洗脱期时长是正确确定反复就医的慢性病患者发病时点、确定新发病例的基础。目的通过系统文献回顾,综述确定洗脱期时长的方法,以期为我国研究者后续使用行政管理数据识别慢性病新发病例时确认洗脱期长短、正确识别新发病例提供思路。方法于2021年10月,系统检索PubMed、Web of Science、EmBase、中国知网、维普中文科技期刊全文数据库、万方知识服务平台,获取有关利用行政管理数据探究慢性病发病、患病情况的文献,检索时限均为建库至2022-10-01。由两名研究者独立筛选文献并提取相关信息,并采用定性研究报告评价标准(SRQR)评价文献方法学质量后,使用描述性分析法总结洗脱期时长的确定方法。结果共纳入26篇文献,纳入文献的SRQR评分均≥15分,方法学质量较好。文献所使用的数据主要来自加拿大、美国、澳大利亚等行政管理数据完整、丰富的国家(地区),聚焦的疾病包括糖尿病、肿瘤、精神分裂症等多种慢性病。研究指出,设定合适的洗脱期时长是准确识别发病病例的基础。目前,文献中确定洗脱期时长的方法主要包括直接限定法、一致性检验法和逆向生存函数法三大类,其中最常用的方法是直接限定法,逆向生存曲线法的使用率相对较低。结论直接限定法、一致性检验法和逆向生存函数法均有相应的优势和局限性,方法的选择标准、判断标准和稳定性有待进一步探究。

关键词：慢性病行政管理数据医疗保险数据洗脱期发病率患病率

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知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究

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中国生物医学工程学报 2024年第3期43卷 315-326页

作者：袁一泽王志刚王哲史涪仁杨晟杨啸林中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

蛋白质组知识注释能够帮助科研人员从已有知识中凝练出重要的科学假说,传统的蛋白质组知识注释知识单一且多为简单的知识检索和罗列汇总,知识的综合性和系统性不足。为此,本研究展开知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究... 详细信息

蛋白质组知识注释能够帮助科研人员从已有知识中凝练出重要的科学假说,传统的蛋白质组知识注释知识单一且多为简单的知识检索和罗列汇总,知识的综合性和系统性不足。为此,本研究展开知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究。综合13种生物医学本体和数据库资源,依托图数据库Neo4j构建知识图谱(BMKG)管理生物医学知识;结合先验知识和中心度等图算法,从多层面多角度设计元路径,制定知识注释方案;实现相似度计算和链接预测算法,执行node2vec图嵌入,为辅助知识探索分析做准备。本研究所得BMKG图谱融合了13种生物医学知识资源,共9种2508348个节点,20种25362594条关系。以肾细胞癌蛋白质组知识注释为例,BMKG的知识注释方案能够从多层面多角度展开注释,实现对其关联的通路、药物和表型等知识的归纳提炼。此外,基于BMKG能够展开药物-疾病关联预测等知识探索研究,疾病知识的聚类结果与Mondo本体结构有很好的一致性。本研究建设了网站提供在线服务,网址:http://***,包括三大应用模块:知识检索、知识注释和知识分析。综上,本研究表明知识图谱能够为人类蛋白质组知识注释研究提供新的见解。

关键词：知识图谱蛋白质组知识注释知识探索

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中国南极医学研究进展与展望

极地研究 2024年第3期36卷 486-495页

作者：徐成丽中国医学科学院基础医学研究所极地医学联合实验室北京100005 中国医学科学院环境与健康研究中心北京100005

南极是地球上气候环境最恶劣的地区之一,人类在南极极端环境下如何生存与适应是南极医学研究的主要内容。本文重点综述了近20年我国南极医学研究及科考队员选拔研究和相关标准研制进展,主要包括:(1)科考队员在南极越冬条件下,易发生昼... 详细信息

南极是地球上气候环境最恶劣的地区之一,人类在南极极端环境下如何生存与适应是南极医学研究的主要内容。本文重点综述了近20年我国南极医学研究及科考队员选拔研究和相关标准研制进展,主要包括:(1)科考队员在南极越冬条件下,易发生昼夜节律失同步和睡眠紊乱、免疫-神经-内分泌网络调节失衡、负性情绪增加等症状;(2)科考队员在南极内陆环境下,易发生急性高原病、心肺功能降低、睡眠障碍、疲劳等负性情绪增加等症状;(3)血氧饱和度低、急性高原反应症状分度评分增加、心电传导阻滞、负性情绪增加等是筛查内陆科考预选队员低氧易感个体的敏感指标;(4)制定了目前极地医学唯一的国家行业标准《极地考察队员岗前体格检查要求》(HY/T236—2018),为科学规范选拔队员提供了医学指导准则。今后应继续开展我国南极考察队员在极端环境下应激适应、代偿和损伤的生理病理变化及其机制研究,为考察队员的选拔、适应、防护、站务管理和有关政策制定等提供科学建议。

关键词：南极医学越冬冰盖高原低氧生理心理适应选拔

基于最小二乘回归的定量指标一致性评价的样本量公式研制

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中国医学科学院学报 2024年第2期46卷 225-231页

作者：陈飞龙于淼徐涛中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性... 详细信息

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性,并与Bland-Altman(BA)法样本量计算公式结果进行对比。结果通过公式推导得到回归法定量一致性评价的样本量计算公式,并用实例验证了本公式的准确性。此外,本公式与BA法样本量公式所得结果具有一定差异,在回归法样本量公式计算结果下,回归分析与BA法分析均能得到一致性结论;而在BA法公式结果下,回归分析与BA法分析一致性结论有时不成立。结论本研究首次提出用于回归法定量一致性评价的样本量公式,为该领域研究提供了方法学支持。

关键词：最小二乘回归一致性评价样本量公式定量指标

羧胺三唑通过下调细胞因子和抗菌肽S100A7的表达改善实验性银屑病

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药学学报 2024年

作者：刘婧雯杨梅朱蕾中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院

应用咪喹莫特 (imiquimod， IMQ) 诱导的银屑病小鼠模型以及五联因子 (a mixture of five proinflammatory cytokines， M5) 诱导的银屑病角质形成细胞模型，评价羧胺三唑 (carboxyamidotriazole， CAI) 对银屑病的治疗效果和可能机制... 详细信息

应用咪喹莫特 (imiquimod， IMQ) 诱导的银屑病小鼠模型以及五联因子 (a mixture of five proinflammatory cytokines， M5) 诱导的银屑病角质形成细胞模型，评价羧胺三唑 (carboxyamidotriazole， CAI) 对银屑病的治疗效果和可能机制。银屑病皮损面积和疾病严重程度 (psoriasis area and severity index， PASI) 评分评估小鼠皮损严重程度，苏木素-伊红 (hematoxylin-eosin staining， HE) 染色观察皮肤病理学变化，酶联免疫吸附法 (enzyme-linked immunosorbent assay， ELISA) 检测皮肤中细胞因子水平，转录组测序分析差异表达基因，实时荧光定量PCR (real-time quantitative PCR， qPCR) 检测mRNA表达。动物实验经中国医学科学院基础医学研究所实验动物管理与伦理委员批准 (批准号: ACUC-A02-2022-115)。结果显示，与IMQ组相比， CAI显著改善小鼠银屑病样皮损，降低PASI评分，减轻皮损病理变化和评分，减少皮损处促炎细胞因子水平，转录组分析结果显示CAI可能通过调节角质形成细胞及其介导的表皮角化而发挥作用， qPCR验证发现CAI能够下调差异表达基因S100a7; 进一步使用M5刺激HaCaT细胞构建银屑病角质形成细胞模型， CAI能够抑制M5诱导的S100a7以及细胞因子的mRNA水平。综上， CAI可能对银屑病具有良好治疗作用，其作用机制与调节角质形成细胞功能以及减少细胞因子和S100a7表达有关。

关键词：羧胺三唑银屑病咪喹莫特 HaCaT细胞细胞因子 S100A7

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中国北方典型地区人群活动模式特色数据集

Chinese Medical Sciences Journal 2024年第1期39卷 69-73,I0007页

作者：杨意森刘盛宇梅亚园周全赵梅朵许群吴思竹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院环境与健康研究中心北京100005 中国医学科学院北京协和医学院医学信息研究所医学数据共享研究室北京100020

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市... 详细信息

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市和保定市)收集了9,221名不同职业和生活方式居民连续3天的活动模式数据。TRAP数据集包括人口学指标(人口学、职业信息、个人习惯和居住条件)和体力活动模式数据(活动地点和活动强度)信息。此数据集提供了体力活动模式的暴露测量数据,数据使用者可以根据自己的特定目的将其与各种终点指标匹配。此数据集可为探究中国北方居民活动模式属性提供证据,为跨学科研究人员制定健康教育及健康促进策略和措施提供证据。

关键词：活动模式典型地区行为监测大气污染中国

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男性生殖系统:病毒的储存库与性传播

中国科学:生命科学 2024年

作者：张静王菲王宇韩代书中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院

近年来新冠等多种病毒在全球范围内暴发流行,进一步加深了人们对病毒性传染病的担忧.除了不同病毒引起的主要疾病外,人们还担忧一个共性问题:病毒对男性生殖系统(male reproductive system, MRS)的易感性,及其损害男性生殖与性传播风险.... 详细信息

近年来新冠等多种病毒在全球范围内暴发流行,进一步加深了人们对病毒性传染病的担忧.除了不同病毒引起的主要疾病外,人们还担忧一个共性问题:病毒对男性生殖系统(male reproductive system, MRS)的易感性,及其损害男性生殖与性传播风险. MRS为了保护生殖细胞不受免疫系统的攻击,建立了免疫豁免环境.睾丸是典型的免疫豁免器官,附睾也具有免疫豁免特性.然而免疫豁免环境也可成为微生物逃避免疫监视的庇护所,特别是多种病毒容易感染MRS,并逃避免疫系统的清除.病毒在睾丸中可以长期存在,也可以感染其他男性生殖器官,主要包括附睾、精囊和前列腺等.为了抵抗入侵的病毒,这些器官建立了独特的天然抗病毒机制.尽管如此,一些病毒仍可以诱发MRS炎症,影响男性生殖健康.此外,感染MRS的病毒还可能脱落到精液中,从而发生性传播. MRS的免疫环境、病毒感染机制、组织特异性的天然抗病毒反应以及性传播风险,是人们长期关注的重要研究领域.本文将综述该领域的研究进展,提出有待研究的主要方向,为相关领域的研究者提供参考.

关键词：病毒男性生殖系统免疫豁免天然抗病毒反应性传播