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基于基因表达综合数据库芯片挖掘结合网络药理学与分子对接探讨芒果苷治疗口腔黏膜下纤维化的机制研究

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华西口腔医学杂志 2024年第4期42卷 444-451页

作者：宋子毅杨超张云龙张柱江任天娇张欣悦李雪齐齐哈尔医学院口腔医学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院医学技术学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院公共卫生学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院基础医学院齐齐哈尔161006

目的基于基因表达综合(GEO)数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷(MF)治疗口腔黏膜下纤维化(OSF)的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点,利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OSF疾病靶标... 详细信息

目的基于基因表达综合(GEO)数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷(MF)治疗口腔黏膜下纤维化(OSF)的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点,利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OSF疾病靶标,使用EVenn平台绘制维恩图,STRING数据库绘制蛋白质互作(PPI)网络,DAVID平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,Cytoscape 3.10.1软件绘制药物—靶标—通路—疾病网络图,AutoDocktools 1.5.6软件进行分子对接分析及可视化。结果从多种数据库挖掘得到MF潜在靶标356个,OSF疾病靶标360个,选取PPI网络中排名前15个关键靶蛋白,GO功能及KEGG通路富集分析结果显示,MF治疗OSF主要涉及高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)、表皮生长因子受体(EGFR)等信号通路。分子对接显示,MF与丝氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)等核心靶点有较佳结合活性。结论MF可能通过多靶点、多途径的方式对OSF发挥治疗作用。

关键词：口腔黏膜下纤维化芒果苷基因表达综合数据库网络药理学分子对接

7,8-二羟基黄酮调节TrkB/BDNF信号通路对脑出血小鼠的神经保护作用研究

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中国临床药理学杂志 2024年第1期40卷 52-56页

作者：王坤文丽波付金霞张贺男韩丽君齐齐哈尔医学院附属第二医院神经内科黑龙江齐齐哈尔161000 齐齐哈尔医学院生理学教研室黑龙江齐齐哈尔161000 齐齐哈尔医学院病理学教研室黑龙江齐齐哈尔161000

目的探讨7,8-二羟基黄酮(7,8-DHF)调节酪氨酸激酶B受体(TrkB)/脑源性神经营养因子(BDNF)信号通路对脑出血小鼠的神经保护作用。方法C57BL/6小鼠通过注射细菌胶原酶VⅡ构建脑出血小鼠模型。将造模成功的小鼠随机分为模型组、对照组(5 mg... 详细信息

目的探讨7,8-二羟基黄酮(7,8-DHF)调节酪氨酸激酶B受体(TrkB)/脑源性神经营养因子(BDNF)信号通路对脑出血小鼠的神经保护作用。方法C57BL/6小鼠通过注射细菌胶原酶VⅡ构建脑出血小鼠模型。将造模成功的小鼠随机分为模型组、对照组(5 mg·kg^(-1)7,8-DHF)、实验组(1 mg·kg^(-1)K252a)、联合组(5 mg·kg^(-1)7,8-DHF+1 mg·kg^(-1)K252a),以注射0.9%NaCl的小鼠作为假手术组,每组10只。治疗结束后,用Garcia法对小鼠进行神经功能评分,用干湿重法检测脑组织脑含水量,用伊文思蓝法检测血脑屏障的通透性,用TUNEL法检测神经元凋亡情况,用蛋白质印迹法检测脑组织中TrkB、p-TrkB、BDNF蛋白的表达水平。结果对照组、实验组、联合组、模型组和假手术组的神经功能评分分别为(15.47±1.55)、(7.23±0.73)、(10.55±1.06)、(10.45±1.05)和(16.12±1.62)分,脑含水量分别为(62.88±2.19)%、(83.77±3.11)%、(72.71±2.59)%、(72.88±2.61)%和(59.64±2.06)%,伊文思蓝含量分别为(3.26±0.33)、(16.23±1.63)、(8.78±0.88)、(9.47±0.95)和(1.02±0.11)μg·g-1,神经元凋亡率分别为(9.82±0.99)%、(39.88±3.99)%、(22.15±2.24)%、(25.71±2.58)%和(6.46±0.65)%,p-TrkB/TrkB比值分别为1.01±0.11、0.21±0.03、0.48±0.05、0.49±0.05和1.03±0.11,BDNF蛋白相对表达水平分别为1.15±0.12、0.18±0.02、0.46±0.05、0.42±0.05和1.18±0.12。假手术组、对照组、实验组的上述指标与模型组比较,对照组、实验组的上述指标与联合组比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论7,8-DHF对脑出血小鼠具有神经保护作用,其机制可能与激活TrkB/BDNF信号通路有关。

关键词： 7,8-二羟基黄酮脑出血酪氨酸激酶B受体脑源性神经营养因子神经保护

基于基因表达综合数据库芯片挖掘结合网络药理学与分子对接探讨芒果苷治疗口腔黏膜下纤维化的机制研究

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华西口腔医学杂志 2024年

作者：宋子毅杨超张云龙张柱江任天娇张欣悦李雪齐齐哈尔医学院医学技术学院齐齐哈尔医学院口腔医学院齐齐哈尔医学院公共卫生学院齐齐哈尔医学院基础医学院

目的基于基因表达综合（GEO）数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷（MF）治疗口腔黏膜下纤维化（OSF）的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点，利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OS... 详细信息

目的基于基因表达综合（GEO）数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷（MF）治疗口腔黏膜下纤维化（OSF）的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点，利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OSF疾病靶标，使用EVenn平台绘制维恩图，STRING数据库绘制蛋白质互作（PPI）网络，DAVID平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，Cytoscape 3.10.1软件绘制药物—靶标—通路—疾病网络图，AutoDocktools 1.5.6软件进行分子对接分析及可视化。结果从多种数据库挖掘得到MF潜在靶标356个，OSF疾病靶标360个，选取PPI网络中排名前15个关键靶蛋白，GO功能及KEGG通路富集分析结果显示，MF治疗OSF主要涉及高级糖基化终末产物-受体（AGERAGE）、表皮生长因子受体（EGFR）等信号通路。分子对接显示，MF与AKT1、肿瘤坏死因子（TNF）等核心靶点有较佳结合活性。结论 MF可能通过多靶点、多途径的方式对OSF发挥治疗作用。

关键词：口腔黏膜下纤维化芒果苷基因表达综合数据库网络药理学分子对接

基于网络药理学与代谢组学和分子对接的整合药理学策略研究温胆汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

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中国药学杂志 2024年第11期59卷 998-1010页

作者：牛旭东何溢琨何梓龙陈爱灵高文浩任腾飞朱珍珍汪芳任睿楠林松王天阳齐齐哈尔医学院基础医学院黑龙江齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院药学院黑龙江齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院基础医学院基础医学科研中心黑龙江齐齐哈尔161006 黑龙江省药食同源资源与代谢性疾病防治重点实验室黑龙江齐齐哈尔161006

目的探讨温胆汤治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法首先,基于网络药理学方法,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss Target Prediction和Metascape等数据库,揭示温胆汤治... 详细信息

目的探讨温胆汤治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法首先,基于网络药理学方法,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss Target Prediction和Metascape等数据库,揭示温胆汤治疗COPD的潜在机制;其次,采用代谢组学方法,研究温胆汤对COPD诱发内源性代谢物紊乱的干预作用;最后,借助MetScape算法,整合网络药理学与代谢组学研究结果,并采用分子模拟对接和分子生物学方法,深入研究温胆汤治疗COPD的作用机制。结果网络药理学结果揭示温胆汤的102个潜在活性成分及其治疗COPD的98个潜在靶点。进一步分析显示温胆汤的11个潜在药效物质,包括3-叔丁基己二酸、6-甲基姜辣二醇双乙酸酯和甘草异黄烷酮等可能通过调节脂质与动脉粥样硬化、环磷腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphoinositide 3-kinase-protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路和白介素17(interleukin-17,IL-17)信号通路等发挥疗效。另一方面代谢组学研究显示,丙二醇、N-乙酰神经氨酸、苏氨酸、原胆酸、2-氧异戊酸酯、乙酰磷酸、柠檬酸盐和异丁酸等9种内源性物质,可能是温胆汤治疗COPD的关键代谢物。最后整合分析显示,脂质代谢与氨基酸代谢可能是温胆汤治疗COPD的关键过程,黄嘌呤脱氢酶(xanthine dehydrogenase,XDH)、激酶插入区受体(kinase insert domain receptor,KDR)、磷酸二酯酶5A(phosphodiesterase 5A,PDE5A)、细胞色素P450家族2亚家族C成员9(cytochrome P450 family 2 subfamily C member 9,CYP2C9)和成员19(cytochrome P450 family 2 subfamily C member 19,CYP2C19)等同氧化和炎症相关的基因可能是温胆汤发挥治疗作用的关键靶点;并且结果显示温胆汤可有效改善COPD大鼠肺部充血、水肿和炎性细胞浸润等多种病理状态,显著降低COPD大鼠肺组织中白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)含量和丙二醛(malonaldehyde,MDA)活性,提高超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活性;而且分子对接结果也揭示了潜在药效物质与核心靶点基因之间的关联性。结论基于代谢组学、网络药理学和分子对接的整合药理学研究表明温胆汤可能通过调控炎症反应、氧化应激、脂质代谢和氨基酸代谢等途径实现治疗COPD的作用。

关键词：温胆汤慢性阻塞性肺疾病网络药理学代谢组学分子对接炎症因子

咖啡因通过FAK/AKT/ROCK通路调控人脑胶质瘤U-373MG细胞的恶性生物学行为

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中国肿瘤生物治疗杂志 2024年第6期31卷 573-578页

作者：徐加志张芸陈大刚高风全任德帅吴卫东杜妍王娜齐齐哈尔医学院附属第三医院神经外科黑龙江齐齐哈尔161000 齐齐哈尔医学院临床心理学教研室黑龙江齐齐哈尔161000

目的:探讨咖啡因通过调节FAK/AKT/ROCK信号通路来影响人脑胶质瘤U-373MG细胞的增殖、迁移和侵袭能力。方法:常规培养U-373MG细胞,将其分为对照组、咖啡因低剂量(1 mmol/L)组、咖啡因高剂量(2 mmol/L)组、PF573228组(FAK抑制剂,1μmol/L... 详细信息

目的:探讨咖啡因通过调节FAK/AKT/ROCK信号通路来影响人脑胶质瘤U-373MG细胞的增殖、迁移和侵袭能力。方法:常规培养U-373MG细胞,将其分为对照组、咖啡因低剂量(1 mmol/L)组、咖啡因高剂量(2 mmol/L)组、PF573228组(FAK抑制剂,1μmol/L)、咖啡因高剂量+SC79组(AKT激活剂,8mg/L)。用CCK-8法、Transwell小室实验、流式细胞术和WB法分别检测各组U-373MG细胞的增殖、迁移、侵袭及凋亡,以及U-373MG细胞中p-FAK、p-AKT、p-ROCK、Ki67、MMP-9蛋白表达水平。建立U-373MG细胞裸鼠移植瘤模型,观察咖啡因对移植瘤生长的影响,WB法检测移植瘤组织中相关蛋白的表达。结果:咖啡因、PF573228可显著抑制U-373MG细胞的增殖、迁移、侵袭能力,促进U-373MG细胞凋亡,抑制p-FAK、p-AKT、p-ROCK、Ki67、MMP-9蛋白的表达(均P<0.05),SC79则可部分逆转咖啡因对U-373MG细胞的作用(均P<0.05)。咖啡因可显著抑制移植瘤的生长及移植瘤组织中上述相关蛋白的表达(均P<0.05)。结论:咖啡因可通过抑制FAK/AKT/ROCK信号通路抑制U-373MG细胞的增殖、迁移和侵袭能力,并促进其凋亡。

关键词：咖啡因人脑胶质瘤 U-373MG细胞增殖迁移侵袭凋亡 FAK/AKT/ROCK通路

免疫荧光法显示贝居腹盾吸虫肌肉神经组织的实验研究

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动物学杂志 2024年第1期59卷 95-102页

作者：张静李健科刘柳张浩齐齐哈尔医学院齐齐哈尔161006

从背角无齿蚌(Anodonta woodiana)围心腔内检获自然感染的贝居腹盾吸虫(Aspidogaster conchicola),根据虫体内睾丸、卵巢、子宫及卵黄腺4种生殖器官的发育程度,将所获虫体分为幼虫组和成虫组,所有虫体用4%甲醛固定后,分别采用鬼笔环肽... 详细信息

从背角无齿蚌(Anodonta woodiana)围心腔内检获自然感染的贝居腹盾吸虫(Aspidogaster conchicola),根据虫体内睾丸、卵巢、子宫及卵黄腺4种生殖器官的发育程度,将所获虫体分为幼虫组和成虫组,所有虫体用4%甲醛固定后,分别采用鬼笔环肽染色法和乙酰化微管蛋白免疫组织化学法显示贝居腹盾吸虫成虫和幼虫的肌肉纤维和神经纤维,使用激光共聚焦显微镜观察。结果显示,鬼笔环肽荧光染色的贝居腹盾吸虫成虫较幼虫肌肉组织更为发达,口周围、盾盘附着器、子宫末段及阴茎囊肌肉纤维分布较为密集。乙酰化微管蛋白荧光染色的贝居腹盾吸虫成虫较幼虫神经网络更为复杂,在部分生殖器官如子宫末段、阴茎囊和睾丸部位存在神经纤维。双重染色结果显示,该吸虫不同器官上的肌肉纤维分布与神经纤维的分布相互吻合。该结果提示,贝居腹盾吸虫可能通过神经系统对其肌肉活动进行调控。

关键词：贝居腹盾吸虫荧光染色肌肉纤维神经纤维

乳腺癌核仁磷蛋白乙酰化及其修饰位点突变体的构建和表达

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解剖学报 2024年第2期55卷 196-202页

作者：郝经伟潘婷李月朱文斌段文博刘立琨岳丽玲刘云龙高秀丽齐齐哈尔医学院医学技术学院黑龙江齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院药学院黑龙江齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院医药科学研究院肿瘤分子生物学研究室黑龙江齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院附属第二医院肿瘤外科黑龙江齐齐哈尔161006

目的明确女性乳腺癌中核仁磷蛋白(NPM)乙酰化修饰水平,并通过修饰位点突变体的构建探讨其功能。方法蛋白质修饰组学方法检测对比人乳腺癌组织及癌旁正常组织(各3例)NPM乙酰化水平及乙酰化位点;基因定点突变PCR构建NPM乙酰化突变体,限制... 详细信息

目的明确女性乳腺癌中核仁磷蛋白(NPM)乙酰化修饰水平,并通过修饰位点突变体的构建探讨其功能。方法蛋白质修饰组学方法检测对比人乳腺癌组织及癌旁正常组织(各3例)NPM乙酰化水平及乙酰化位点;基因定点突变PCR构建NPM乙酰化突变体,限制性内切酶(DpnI)消化及大肠埃希菌转化获得特异性突变体重组质粒;双酶切与测序验证各突变体序列准确性;瞬时转染及RT-PCR方法检测各突变体过表达效果。Western blotting验证NPM乙酰化水平,蛋白质定量组学及生物信息学分析NPM乙酰化功能。结果乳腺癌组织样本中NPM第27及第32位赖氨酸乙酰化水平分别为癌旁正常组织的2.76及2.22倍;构建的NPM乙酰化位点突变体与野生型NPM分子量一致且出现预期突变位点;转染NPM各突变体的BT-549细胞相应NPM mRNA表达水平明显升高。随着野生型NPM表达水平增加,蛋白乙酰化水平增加,27位赖氨酸发生负向突变后,修饰水平下降。NPM乙酰化可使BT-549细胞中101种蛋白表达水平发生明显变化,上述蛋白在细胞大分子生物合成,以DNA为模板的转录过程,RNA生物合成以及RNA代谢过程中富集。结论乳腺癌NPM呈高乙酰化水平并可能在细胞大分子生物合成,转录过程,RNA生物合成以及RNA代谢过程中发挥关键功能。

关键词：乳腺癌核仁磷蛋白乙酰化定点突变蛋白质组学人

基于网络药理学及体外实验探讨过氧麦角甾醇对乳腺癌MCF-7细胞的作用机制

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中国中药杂志 2024年第13期49卷 3627-3635页

作者：罗然邓思琦赵音旭王璐任文康邹宇林宇卜明齐齐哈尔医学院药学院黑龙江齐齐哈尔161006

基于网络药理学方法探究过氧麦角甾醇(EP)抗乳腺癌的靶点及作用机制,并通过体外实验验证。采用网络药理学对EP作用靶点进行筛选,构建靶点网络及蛋白-蛋白互作(PPI)网络,对EP抗乳腺癌潜在的作用靶点及相关通路进行预测。采用MTT法检测EP... 详细信息

基于网络药理学方法探究过氧麦角甾醇(EP)抗乳腺癌的靶点及作用机制,并通过体外实验验证。采用网络药理学对EP作用靶点进行筛选,构建靶点网络及蛋白-蛋白互作(PPI)网络,对EP抗乳腺癌潜在的作用靶点及相关通路进行预测。采用MTT法检测EP对乳腺癌MCF-7细胞的增殖抑制活性,克隆形成实验检测EP对MCF-7细胞增殖影响;采用流式细胞术和激光共聚焦显微镜检测细胞的凋亡情况、线粒体膜电位及活性氧水平的变化情况;通过Western blot法检测EP对B细胞淋巴瘤(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、细胞色素C(Cyt C)、半胱氨酸蛋白酶蛋白(caspase)-7、活化的caspase-7(cleaved caspase-7)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、丝氨酸-苏氨酸激酶B(AKT)蛋白表达水平的影响情况。结果显示,经网络药理学预测,得出EP与乳腺癌有173个共同靶点;KEGG富集分析结果显示EP治疗乳腺癌结果主要在癌症通路、PI3K-AKT信号通路、细胞衰老信号通路、病毒致癌作用等信号通路;MTT结果显示,与对照组相比,EP组MCF-7细胞的活性明显降低,呈时间-浓度依赖趋势;EP能够抑制乳腺癌细胞MCF-7集落形成;采用10、20、40μmol·L^(-1)的EP作用MCF-7细胞24 h后,MCF-7细胞总凋亡率均显著升高,线粒体膜电位均显著降低,活性氧水平均显著升高;此外,MCF-7细胞经过EP处理后,细胞内Cyt C、Bax、cleaved caspase-7蛋白的表达水平上升,p-PI3K、p-AKT、Bcl-2蛋白的表达水平下降。研究表明,EP可抑制乳腺癌MCF-7细胞增殖,减少集落形成,其机制可能与PI3K-AKT通路介导线粒体凋亡途径有关。

关键词：过氧麦角甾醇乳腺癌 MCF-7细胞网络药理学细胞凋亡线粒体膜电位活性氧

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长链非编码RNA-NRON对小鼠心肌梗死后细胞凋亡的作用机制研究

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中国医科大学学报 2024年第3期53卷 218-223页

作者：高涵张春晶李淑艳师岩郭红艳杨超齐齐哈尔医学院医学技术学院生物化学教研室黑龙江齐齐哈尔161006

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-NRON对小鼠心肌梗死(MI)后细胞凋亡的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分为假手术(Sham)组、MI组、MI合并注入lncRNA-NRON干扰慢病毒(MI+shNRON)组和MI合并注入NC阴性对照慢病毒(MI+NC)组。采用实时PCR检测ln... 详细信息

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)-NRON对小鼠心肌梗死(MI)后细胞凋亡的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分为假手术(Sham)组、MI组、MI合并注入lncRNA-NRON干扰慢病毒(MI+shNRON)组和MI合并注入NC阴性对照慢病毒(MI+NC)组。采用实时PCR检测lncRNA-NRON的表达;用HE染色、TTC染色、TUNEL染色检测心肌组织病理损伤、MI面积、细胞凋亡情况;用RPIseq数据库预测lncRNA-NRON与电压依赖性阴离子通道蛋白(VDAC)的互作概率;用Western blotting检测lncRNA-NRON对VDAC蛋白表达的影响。结果lncRNA-NRON在MI组表达显著升高,特异性敲减lncRNA-NRON后,可减轻心肌组织病理损伤,减少MI面积,抑制细胞凋亡,lncRNA-NRON与VDAC的互作概率高达0.9,且lncRNA-NRON可调控VDAC的蛋白表达。结论敲减lncRNA-NRON可抑制MI后心肌损伤的发生,其机制可能是通过lncRNA-NRON与VDAC结合并抑制其表达,从而影响细胞凋亡进程。

关键词：长链非编码RNA-NRON 心肌梗死电压依赖性阴离子通道蛋白细胞凋亡

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