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RNA m;A甲基化与神经发育（英文）

中国生物化学与分子生物学报 2021年

作者：薛李婷赵天叶海虹首都医科大学基础医学院医学遗传学与发育生物学教研室首都医科大学神经再生与修复北京市重点实验室

中枢神经系统控制高级神经活动，例如知觉、运动、语言和认知等。它作为人体神经系统最重要的部分，其正常的发育及功能活动在人体发育过程中至关重要。更好地了解调节神经系统发育的基本分子途径以及对大脑的基本生物学理解，可以帮助... 详细信息

中枢神经系统控制高级神经活动，例如知觉、运动、语言和认知等。它作为人体神经系统最重要的部分，其正常的发育及功能活动在人体发育过程中至关重要。更好地了解调节神经系统发育的基本分子途径以及对大脑的基本生物学理解，可以帮助诊断和治疗各种神经疾病。RNA分子m;A修饰状态的动态变化及其功能主要由m;A甲基转移酶、m;A去甲基化酶和m;A阅读蛋白等蛋白质复合物共同调控。本文对此进行了详细介绍，并详细概述了m;A修饰对神经发育的影响，重点介绍了表观转录组学在基因调控中的作用。此外，还强调了m;A修饰在神经发育过程中的生物学意义，包括神经发生、神经分化、轴突导向、突触形成及突触可塑性等。根据不同的实验原理和实验技术，本文详细介绍了最近发展的几种检测m;A位点的技术，每种方法都有各自的优点，据此将能够更广泛和更深入地研究这一修饰，并选择合适的方法去研究课题。RNA m;A甲基化是神经科学领域的一个新前沿。近年来，随着m;A检测技术的发展，m;A甲基化在神经系统发育过程中及神经疾病发生中的作用研究逐渐成为热点，具有很大潜力，为神经发育和神经疾病的研究提供了新视角。

关键词：表观转录组学 N -腺苷酸甲基化神经发育神经发生突触

炎症微环境中ERN1调节软骨细胞炎症因子的实验研究

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中国病理生理杂志 2023年第2期39卷 314-324页

作者：梁利邓琳罗瑞冯乃波李小丽范梦恬郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016

目的:探讨内质网到细胞核信号1(endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1,ERN1)基因对炎症微环境中软骨细胞炎症因子和软骨分解代谢的影响。方法:通过CRISPR-Cas9系统构建人ERN1基因敲除的C28/I2软骨细胞株(ERN1 KO);从C57BL/6J背景的ERN1软骨特异性敲除(ERN1 cKO)小鼠软骨组织分离原代软骨细胞,分别为对照组(ERN1flox/flox)、ERN1 cKO组(ERN1flox/flox-Col2Cre+);在C28/I2人正常软骨细胞中过表达ERN1腺病毒(Ad ERN1),以AdGFP为对照组;实验采用10μg/L白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)诱导过表达ERN1软骨细胞或ERN1缺陷软骨细胞,形成炎症微环境,用qPCR和Western blot检测IL-1β处理ERN1缺失或过表达ERN1细胞后,肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor α,TNFα)、IL-4、IL-6、IL-10等炎症因子和软骨分解代谢标志物基质金属蛋白酶13(matrix metalloproteinase 13,MMP13)、含血小板结合蛋白基序的解整联蛋白及金属蛋白酶5(a disintegrin and me?talloproteinase with thrombospondin motifs 5,ADAMTS5)的表达。前交叉韧带切除(anterior cruciate ligament resec?tion,ACLT)术制作ERN1 cKO小鼠骨关节炎(osteoarthriti,OA)模型,免疫组化法检测软骨组织TNFα和IL-1β的表达。结果:成功将ERN1单向导RNA(sgRNA)构建至LentiCRISPRv2载体,并在C28/I2细胞中成功筛选出ERN1敲除稳定细胞株。qPCR结果显示,在体外炎症微环境中,敲除ERN1可上调软骨细胞促炎细胞因子IL-6和TNFαmRNA水平(P<0.05),下调抗炎细胞因子IL-4和IL-10 mRNA水平(P<0.05)。Western blot结果显示,当软骨细胞处于炎症微环境中,敲除ERN1可显著上调TNFα表达(P<0.05),增强ADAMTS5和MMP13的表达(P<0.05),而过表达ERN1则显著抑制TNFα表达(P<0.05)。免疫组化法结果显示,ACLT术后ERN1 cKO可促进TNFα、IL-1β表达。结论:ERN1基因通过调节促炎及抗炎因子平衡参与炎症反应。

关键词： ERN1基因炎症因子软骨细胞软骨分解代谢

环状RNA circACTN4促进乳腺癌细胞增殖、侵袭和转移的研究

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陆军军医大学学报 2022年第7期44卷 639-647页

作者：欧小强陈俊霞重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016

目的探讨环状RNA circACTN4(hsa_circ_0050900)在乳腺癌中的表达及其对乳腺癌细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法利用环状RNA芯片分析4对乳腺癌组织和癌旁组织的circRNA表达谱,并用实时荧光定量PCR验证circACTN4的相对表达水平;用circAC... 详细信息

目的探讨环状RNA circACTN4(hsa_circ_0050900)在乳腺癌中的表达及其对乳腺癌细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法利用环状RNA芯片分析4对乳腺癌组织和癌旁组织的circRNA表达谱,并用实时荧光定量PCR验证circACTN4的相对表达水平;用circACTN4过表达质粒及对照质粒分别转染乳腺癌细胞MCF-7/MDA-MB-231,采用CCK-8实验、EdU实验、平板克隆实验、细胞划痕实验、Transwell迁移和侵袭实验研究circACTN4在乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭中的作用;Western blot检测circACTN4对CCND1、CCND2和CDK4蛋白表达的影响;在裸鼠体内探讨circACTN4对移植瘤生长转移的影响。结果CircACTN4在乳腺癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.01),在乳腺癌细胞中的表达高于正常乳腺上皮细胞(P<0.01)。上调circACTN4可增强乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭(P<0.05),提高CCND1、CCND2和CDK4蛋白的表达(P<0.01)。体内实验结果表明:上调circACTN4可促进移植瘤生长与转移,与对照组相比,circACTN4组肿瘤微血管密度显著增加(P<0.05),肺转移结节数量明显增多(P<0.05)。结论circACTN4在乳腺癌组织和细胞显著高表达,可增强乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭,并在体内促进移植瘤的生长与转移。

关键词： circRNA circACTN4 乳腺癌移植瘤

YAP1靶向抑制剂CA3对人子宫内膜癌细胞增殖和凋亡的影响及分子机制

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中国现代应用药学 2023年第10期40卷 1307-1312页

作者：田爽赵莹刘超锦州医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室辽宁锦州121000

目的探讨YAP1靶向抑制剂CA3对人子宫内膜癌Ishikawa和RL95-2细胞增殖和凋亡的影响及分子机制。方法采用不同浓度CA3处理Ishikawa和RL95-2细胞,利用CCK-8和克隆形成试验检测细胞增殖能力,微板检测系统检测细胞内ROS水平,流式细胞术检测... 详细信息

目的探讨YAP1靶向抑制剂CA3对人子宫内膜癌Ishikawa和RL95-2细胞增殖和凋亡的影响及分子机制。方法采用不同浓度CA3处理Ishikawa和RL95-2细胞,利用CCK-8和克隆形成试验检测细胞增殖能力,微板检测系统检测细胞内ROS水平,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blotting检测YAP1、MCM5、Bax和Bcl-2蛋白表达水平。结果与对照组相比,CA3处理组能够明显降低细胞生存率、减少克隆形成数目、增强细胞内ROS水平和诱导细胞凋亡,下调YAP1、MCM5和Bcl-2蛋白表达水平,但对Bax蛋白表达水平没有影响。结论CA3靶向沉默YAP1抑制细胞增殖和诱导细胞凋亡,起到明显的抗肿瘤作用,有望成为临床干预和治疗子宫内膜癌的潜在药物。

关键词： CA3 Ishikawa细胞 RL95-2细胞细胞增殖细胞凋亡

指环蛋白31对表皮生长因子受体表达的调控作用及其机制

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吉林大学学报（医学版） 2023年第1期49卷 15-21页

作者：薛富强苏荣健贺武斌宋慧娟栾治东锦州医科大学基础医学院发育生物学教研室辽宁锦州121000 锦州医科大学基础医学院细胞生物学教研室辽宁锦州121000

目的:探讨指环蛋白31(RNF31)对表皮生长因子受体(EGFR)表达的影响,并分析RNF31对EGFR的调控机制。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)法验证RNF31蛋白与EGFR蛋白的相互作用。HEK293T细胞分为空载体组(转染pcDNA3.1空载体)和RNF31组(转染RNF31-F... 详细信息

目的:探讨指环蛋白31(RNF31)对表皮生长因子受体(EGFR)表达的影响,并分析RNF31对EGFR的调控机制。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)法验证RNF31蛋白与EGFR蛋白的相互作用。HEK293T细胞分为空载体组(转染pcDNA3.1空载体)和RNF31组(转染RNF31-Flag质粒),采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法和Western blotting法检测细胞中EGFR mRNA和蛋白表达水平。RNF31的泛素连接酶功能位点(RNF31C699/702S)和去泛素化酶结合位点(RNF31N84A Y93A)突变后,采用Western blotting法检测各组细胞中EGFR蛋白表达水平。HEK293细胞分为空载体组、RNF31组(转染RNF31-Flag质粒)、RNF31+EGFR抑制剂吉非替尼(Gefitinib)组和RNF31+EGFR抑制剂厄洛替尼(Erlotinib)组,采用Western blotting法检测各组细胞中EGFR及其下游信号通路蛋白表达水平。结果:Co-IP法检测,RNF31蛋白与EGFR蛋白存在相互作用。与空载体组比较,RNF31组细胞中EGFR mRNA表达水平明显降低(P<0.05)。与空载体组比较,转染RNF31C699/702S组和野生型RNF31组细胞中EGFR蛋白表达水平明显升高(P<0.05)。与RNF31组比较,转染RNF31N84A Y93A组细胞中EGFR蛋白表达水平明显降低(P<0.05)。与空载体组比较,RNF31组细胞中EGFR及其下游信号通路中核因子κB(NF-κB)、磷酸化信号传导与转录激活因子3(p-STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷酸化MAPK(p-MAPK)蛋白表达水平明显升高(P<0.05),RNF31+Gefitinib组和RNF31+Erlotinib组细胞中蛋白激酶B(Akt)、磷酸化Akt(p-Akt)、STAT3和MAPK蛋白表达水平明显降低(P<0.05)。结论:RNF31通过去泛素化酶结合结构域发挥去泛素化的作用,降低EGFR蛋白分子表面的泛素化水平,使EGFR蛋白降解速率减慢,同时高表达的EGFR可以激活其下游与细胞增殖和分裂相关蛋白的表达。

关键词：指环蛋白31 表皮生长因子受体泛素化蛋白互作去泛素化酶

癌-睾丸抗原CT23诱导上皮-间质转化和细胞骨架重塑促进肝癌细胞迁移和侵袭

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基因组学与应用生物学 2023年

作者：周振鲁徐鹏姚家丽吴圣明黄秒唐文杨哲胡启平广西医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室

本研究旨在探讨过表达癌-睾丸抗原23(cancer-testis antigen 23，CT23)对肝癌细胞迁移、侵袭及上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition，EMT)的影响。基于在线数据库(TCGA、GEO、HPA)分析CT23在人肝癌和正常组织中的表达。建... 详细信息

本研究旨在探讨过表达癌-睾丸抗原23(cancer-testis antigen 23，CT23)对肝癌细胞迁移、侵袭及上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition，EMT)的影响。基于在线数据库(TCGA、GEO、HPA)分析CT23在人肝癌和正常组织中的表达。建立稳定过表达CT23的人肝癌细胞Huh7，划痕实验、Transwell实验分别检测细胞迁移和侵袭能力，并观察细胞形态。采用GSEA探究CT23影响的通路及机制；免疫荧光检测actin分布；Western blot检测EMT标记蛋白表达。结果显示，CT23在HCC癌组织中高表达，并且CT23高表达在EMT和actin骨架重塑过程显著富集。过表达CT23能促进细胞迁移和侵袭，呈现EMT形态学改变，EMT标志蛋白表达改变，如E-cadherin表达上调、N-cadherin和Vimentin表达下调，以及F-actin组装加强。上述结果表明过表达CT23促进HCC细胞的迁移和侵袭，其机制可能与EMT和细胞骨架重塑相关。

关键词：肝细胞癌 CT23 迁移侵袭上皮-间质转化细胞骨架

雌二醇通过ERβ调控ERK磷酸化影响细胞增殖和凋亡

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南方医科大学学报 2021年第3期41卷 336-343页

作者：张梦颖杨玉有刘敏梁利罗瑞尹丹旸郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016

目的探究雌二醇(E2)结合其重组人雌激素受体β(ESR2)对C28I2细胞增殖和凋亡的效应。方法PCR扩增ESR2序列并构建腺病毒重组质粒pAd-ESR2,在HEK293细胞中包装重组腺病毒Ad-ESR2。用Ad-ESR2和ESR2-siRNA处理人正常软骨细胞C28I2,分别设置... 详细信息

目的探究雌二醇(E2)结合其重组人雌激素受体β(ESR2)对C28I2细胞增殖和凋亡的效应。方法PCR扩增ESR2序列并构建腺病毒重组质粒pAd-ESR2,在HEK293细胞中包装重组腺病毒Ad-ESR2。用Ad-ESR2和ESR2-siRNA处理人正常软骨细胞C28I2,分别设置对照组(C28I2+DMSO)、E2组(C28I2+E2)、Ad-ESR2组(C28I2+DMSO+Ad-ESR2)、E2+Ad-GFP组(C28I2+E2+Ad-GFP)、E2+Ad-ESR2组(C28I2+E2+Ad-ESR2)、E2+sicontrol组(C28I2转染sicontrol+E2)、E2+ESR2-si1组(C28I2转染ESR2-si1+E2)、E2+ESR2-si3组(C28I2转染ESR2-si3+E2)。免疫印迹测定ER Stress和细胞凋亡相关蛋白表达,qRT-PCR检测增殖相关标志基因的表达,借助EdU试剂盒和流式细胞术测定细胞增殖和凋亡情况。使用ERK通路抑制剂U0126分别设定E2组、E2+U0126组(C28I2+E2+U0126)、E2+Ad-ESR2组、E2+Ad-ESR2+U0126组(C28I2+E2+Ad-ESR2+U0126)。通过免疫印迹实验探究C28I2细胞中E2通过ERβ调控ERK信号通路影响ER stress和凋亡。结果成功构建过表达腺病毒Ad-ESR2和靶向ESR2的siRNA;过表达Ad-ESR2能够促进E2处理后IRE1α[1.20±0.06 vs 0.95±0.05,P<0.05]、PERK[1.29±0.04 vs 1.03±0.02,P<0.05]和XBP1s[1.17±0.03 vs 0.82±0.02,P<0.05]的表达,促进凋亡Cleaved Caspase12(P<0.05)、抑制增殖相关标志基因PCNA(P<0.05)、CyclinB1(P<0.05)、CyclinD1(P<0.05)的表达,且ERK磷酸化激活降低(P<0.05);转染ESR2-siRNA后,细胞的内质网应激相关蛋白和细胞凋亡相关蛋白的表达降低,与细胞增殖相关的基因被上调,且细胞内pERK/ERK比值相对增加。经特异性ERK通路抑制剂U0126处理后,雌二醇结合ERβ促进的内质网应激蛋白及细胞凋亡蛋白的表达被拮抗。结论雌二醇靶向ERβ通过激活ERK通路磷酸化调控内质网应激及凋亡,进而抑制软骨细胞增殖。

关键词：雌二醇重组人雌激素受体β 内质网应激凋亡增殖 ERK信号通路

CYP27A1通过调节活性氧生成影响肝细胞癌生长

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解放军医学杂志 2023年

作者：张昕彤吴昊胡艳芬张文桃畅靖嘉朱剑军李莉刘铭山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室

目的分析细胞色素P450家族27亚家族A成员1(CYP27A1)对肝细胞癌(HCC)预后的影响及生物学作用，并初步探讨其调控HCC恶性生长的分子机制。方法基于TCGA数据库分析CYP27A1在HCC中的表达情况及其与HCC患者预后的关系；基于CYP27A1表达量... 详细信息

目的分析细胞色素P450家族27亚家族A成员1(CYP27A1)对肝细胞癌(HCC)预后的影响及生物学作用，并初步探讨其调控HCC恶性生长的分子机制。方法基于TCGA数据库分析CYP27A1在HCC中的表达情况及其与HCC患者预后的关系；基于CYP27A1表达量中位值，将样本分为CYP27A1高表达组(n=170)与CYP27A1低表达组(n=170)，利用GSEA分别对两组进行基因集富集分析；免疫荧光染色检测及数据库查找CYP27A1蛋白亚细胞定位；构建过表达CYP27A1质粒，转染HCC细胞MHCC-97H和HCCLM3，设置阴性对照组(转染空载质粒)与CYP27A1过表达组(转染过表达CYP27A1重组质粒)。采用CCK-8、流式细胞仪、活性氧(ROS)荧光探针等检测过表达CYP27A1对HCC细胞活力、凋亡及ROS生成的影响；结合生物信息学分析CYP27A1与ROS生成相关基因及HCC增殖相关基因表达的相关性。结果与正常肝组织比较，HCC组织中CYP27A1mRNA表达量明显降低(P<0.01)。CYP27A1表达与HCC患者性别、T分期、肿瘤分级和肿瘤分期有关(P<0.05)。CYP27A1低表达组总生存率明显低于高表达组(P<0.01)。GSEA富集分析结果显示，CYP27A1低表达组HCC“干性”亚类和“增殖”亚类基因集水平升高。在MHCC-97H和HCCLM3细胞中，CYP27A1主要定位于细胞核；在HepG2细胞中，CYP27A1主要定位于线粒体。与阴性对照组比较，过表达CYP27A1后，HCC细胞活力下降(P<0.01)、ROS水平降低(P<0.05)，而细胞凋亡水平无明显改变。CYP27A1与抑制ROS生成相关基因表达呈正相关(P<0.05)，抑制ROS生成相关基因与HCC增殖相关基因表达呈负相关(P<0.05)。结论CYP27A1在HCC中呈低表达，下调CYP27A1可能通过促进ROS生成促进HCC恶性生长。

关键词：肝细胞癌细胞色素P450家族27亚家族A成员1 恶性生长

孟德尔随机化的良好实践--孟德尔随机化分析的常见设计、关键挑战及优化

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首都医科大学学报 2023年第6期44卷 1087-1094页

作者：王晶张国燕程杉首都医科大学基础医学院医学遗传学与发育生物学学系北京100069

孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)研究是一种因果推断方法,利用遗传变异作为工具变量来探索暴露(X)与结局(Y)之间的因果关系。首先,文章介绍了MR方法的核心假设以及如何在生物医学研究中挑选常见的MR设计类型。进而,介绍目前M... 详细信息

孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)研究是一种因果推断方法,利用遗传变异作为工具变量来探索暴露(X)与结局(Y)之间的因果关系。首先,文章介绍了MR方法的核心假设以及如何在生物医学研究中挑选常见的MR设计类型。进而,介绍目前MR研究面对的关键挑战和解决方案,如:如何选择满足核心假设的工具变量(instrumental variable,IV),如何挑选MR中因果估计方法以及如何在生物学上解释MR结果等。此外,文章提出了包括宏基因组数据MR分析、甲基化数据MR分析等未来研究的方向。总之,MR方法作为一种强大的工具,有助于探索因果关系、选择治疗干预靶点,进行长期基于人群的干预研究。尽管MR不能完全替代随机对照试验,但其在生物医学研究和临床实践中具有广泛的应用前景,有助于更深入地理解健康和疾病之间的复杂关系。

关键词：孟德尔随机化分析常见设计挑战