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大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析

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水产学报 2023年第3期47卷 87-100页

作者：张波姜丹张东玲王志勇方铭集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA... 详细信息

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot (Swiss-Prot)数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路(TGF-β信号通路)、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析发现，purple模块与体重性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。

关键词：大黄鱼肌肉生长转录组差异表达基因加权基因共表达网络分析(WGCNA)

大黄鱼cGPDH和mGPDH基因克隆及低温胁迫下的表达差异分析

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中国水产科学 2021年第3期28卷 253-264页

作者：张东玲徐浩张震西王志勇集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为探究cGPDH和mGPDH在大黄鱼(Larimichthyscrocea)适应低水温过程中所起的调控作用,本研究采用RACE-PCR技术克隆了大黄鱼cGPDH和mGPDH基因全长cDNA序列,cGPDH和mGPDH基因序列全长分别为1577 bp和2319 bp,包含长度为1050 bp和2193 bp的开放阅读框,分别编码349和730个氨基酸;氨基酸比对分析发现大黄鱼cGPDH和mGPDH与其他硬骨鱼类同源性较高, cGPDH包含一个特征性序列GXGXXG, mGPDH包含2个EF-hand功能结构域;进化树分析表明大黄鱼cGPDH和mGPDH与其他硬骨鱼类聚为一枝,与棘头梅童鱼(Collichthyslucidus)亲缘关系最近。生物信息学分析发现大黄鱼cGPDH和mGPDH均不含跨膜结构域,cGPDH亚细胞定位于细胞质可能性最大,三维结构包含一个C端α螺旋底物结合结构, 8个N端β折叠结构和一个单体结构,mGPDH定位于线粒体的可能性最大。qRT-PCR分析显示cGPDH和mGPDH在所检测的12个组织中均有表达,cGPDHmRNA主要表达在血液,其次为鳃、头肾和肠道,肌肉组织中表达量最低;而mGPDHmRNA在头肾表达量最高,肌肉组织表达量最低。在持续的冷胁迫下,水温15℃到9℃每天降温2℃, 9℃到7℃每天降温1℃,7℃保持5d,大黄鱼cGPDH和mGPDH在脑和肌肉表达趋势均显著上调。研究结果表明,cGPDH和mGPDH基因可能在大黄鱼适应冬季低水温过程中发挥重要作用。

关键词：大黄鱼 cGPDH mGPDH 低温基因调控基因表达

盐度对紫海胆受精、胚胎发育、幼体生长、摄食和变态的影响

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水产学报 2023年第5期47卷 84-96页

作者：梁其旭张丽莉黄世玉钟幼平谢仰杰王国栋集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为研究盐度对紫海胆受精、孵化、胚胎发育、浮游幼体生长发育、摄食和变态的影响，本研究采用实验室培养幼体的方法，设置了不同盐度(15、20、25、30、35和40)的水体，对紫海胆的胚胎和浮游幼体进行实验。结果显示，紫海胆在盐度20～35... 详细信息

为研究盐度对紫海胆受精、孵化、胚胎发育、浮游幼体生长发育、摄食和变态的影响，本研究采用实验室培养幼体的方法，设置了不同盐度(15、20、25、30、35和40)的水体，对紫海胆的胚胎和浮游幼体进行实验。结果显示，紫海胆在盐度20～35范围内的受精率超过95%，但在盐度15和40下无法受精；盐度30下胚胎发育最快，孵化率显著高于其他盐度，为89.8%；浮游幼体期适宜盐度为25～35，最适盐度为30，盐度20和40下幼体仅能发育至八腕幼体Ⅰ期，而盐度15下幼体发育受抑制，一直停留在四腕幼体阶段，7 d后死亡；盐度为15～40时的八腕Ⅳ期幼体在72 h的变态率超过21.4%，其中盐度30下幼体变态率最高，为54.7%，且变态速率最快，能在24 h时出现稚胆。浮游幼体在盐度35时前侧腕和口后腕生长最快，胃面积在盐度30时最大，摄食率在盐度30时最大。研究表明，盐度对紫海胆的早期发育有较显著的影响。本研究能够为紫海胆人工育苗培育提供基础资料。

关键词：紫海胆盐度受精胚胎发育幼体生长摄食变态

大黄鱼UBXN1基因鉴定及其过表达后的转录组分析

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水产学报 2024年第4期48卷 192-201页

作者：张东玲唐欣王志勇集美大学农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为探究一种包含泛素调节性X结构域的蛋白(ubiquitin regulatory X domain-containing protein,UBXN1)在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用，以及可能涉及的免疫信号通路。本实验克隆鉴定了大黄鱼UBXN1基因，并利用在线软件对其序列特征进行... 详细信息

为探究一种包含泛素调节性X结构域的蛋白(ubiquitin regulatory X domain-containing protein,UBXN1)在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用，以及可能涉及的免疫信号通路。本实验克隆鉴定了大黄鱼UBXN1基因，并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测UBXN1在健康大黄鱼各组织中的表达，及盾纤毛虫感染后的诱导表达变化；并进行了UBXN1的亚细胞定位；转录组测序分析了UBXN1过表达前后的差异表达基因。结果显示，UBXN1基因cDNA全长为915 bp，编码304个氨基酸。蛋白多重序列比对和结构预测表明UBXN1是一个进化保守的蛋白，包含UBA和UBX结构域。qRT-PCR分析表明UBXN1在所检测的11种组织中均有表达，脑中表达量最高，其次是肝脏、心脏和肾脏，在肌肉中表达量最低；盾纤毛虫感染大黄鱼后，UBXN1在脾脏、脑、肝脏和肾脏中表达量早期显著升高，后期逐步恢复至正常水平。亚细胞定位分析表明，UBXN1在大黄鱼肾脏细胞质和细胞核中均有表达。在293T细胞过表达UBXN1，转录组差异表达分析筛选到12个上调基因，4个下调基因，其中RPL41/RPL39/XIST/RNA45SN4表达量显著增加，而ATP8/ND4L表达量显著减少。研究表明UBXN1在大黄鱼抗寄生虫免疫应答中发挥重要作用。本实验为进一步研究UBXN1的免疫信号通路奠定基础。

关键词：大黄鱼包含泛素调节性X结构域的蛋白(UBXN1) 盾纤毛虫转录组免疫

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棘头梅童鱼中期染色体物理长度的估测

水产学报 2020年第11期44卷 1824-1831页

作者：罗晗娇刘富江陈俊男刘贤德刘滟溯蔡明夷集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室福建

为了支持棘头梅童鱼基因组学和细胞遗传学研究的发展,本研究采用流式细胞术(flow cytometry,FCM)首次估测了棘头梅童鱼基因组的大小,并利用碘化丙啶染色与图像分析软件测定棘头梅童鱼24对染色体的相对面积、相对长度以及相对累积荧光强... 详细信息

为了支持棘头梅童鱼基因组学和细胞遗传学研究的发展,本研究采用流式细胞术(flow cytometry,FCM)首次估测了棘头梅童鱼基因组的大小,并利用碘化丙啶染色与图像分析软件测定棘头梅童鱼24对染色体的相对面积、相对长度以及相对累积荧光强度,估算了染色体的物理长度。结果显示,雌性和雄性棘头梅童鱼的基因组大小分别为(802.91±2.19) Mb和(786.52±1.95) Mb。雌性基因组显著大于雄性基因组(约16.39 Mb)。雌性的核型公式为2n=48=48t,臂数NF=48,染色体估测物理长度为(22.17±0.72)～(46.30±1.06) Mb。雄性的核型公式为2n=47=1m+46t,臂数NF=48。其中,雄性特有的m染色体为Y染色体,其估测物理长度为(62.95±2.89) Mb。染色体的估测物理长度与相对面积、相对长度均成正线性相关。研究结果为棘头梅童鱼染色体的识别、配对提供更丰富的信息,为棘头梅童鱼Y染色体的组装及石首鱼科鱼类染色体进化提供参考数据。

关键词：棘头梅童鱼基因组大小染色体物理长度图像分析

时间分辨荧光免疫分析高灵敏检测嗜水气单胞菌

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化学学报 2017年第4期75卷 398-402页

作者：林鹏卢洁郭松林冯建军王艺磊陈锦民集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室厦门361021

建立了生物素-链霉亲和素时间分辨荧光免疫分析(BAS-TRFIA)高灵敏检测嗜水气单胞菌的新方法.以兔抗IgG包被微孔板,加入嗜水气单胞菌菌株B18和生物素化IgG,生成的夹心复合物用Eu^(3+)-链霉亲和素作为示踪物,Eu^(3+)可与离解增强液形成时... 详细信息

建立了生物素-链霉亲和素时间分辨荧光免疫分析(BAS-TRFIA)高灵敏检测嗜水气单胞菌的新方法.以兔抗IgG包被微孔板,加入嗜水气单胞菌菌株B18和生物素化IgG,生成的夹心复合物用Eu^(3+)-链霉亲和素作为示踪物,Eu^(3+)可与离解增强液形成时间分辨荧光(TRF),通过TRF值对病原菌定量.方法的检测限为1.0×10~2 cfu/mL,在1.0×10~1.0×10~6 cfu/mL范围内线性良好,相关系数0.9716.用该法检测时,不同来源的嗜水气单胞菌以及其它气单胞菌均呈阴性.板内和板间的变异系数分别小于5.00%和9.00%.所有相关检测试剂37℃恒温放置6 d后,检测性能无明显改变.对60份人工感染的美洲鳗鲡组织样品,包括肝、肾、肠、鳃和肌肉等组织进行检测,阳性检测率为98.33%.结果表明,BAS-TRFIA法检测嗜水气单胞菌,灵敏度高、特异性好、操作简便,该方法为水产养殖病原菌检测提供了新的思路.

关键词：时间分辨荧光免疫分析嗜水气单胞菌生物素-亲和素系统美洲鳗鲡水产养殖

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中国鲎(Tachypleus tridentatus)微卫星标记筛选及种群遗传多样性和遗传结构分析

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海洋与湖沼 2020年第2期51卷 345-353页

作者：翁朝红谢仰杰肖志群王志勇集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室厦门361021

采用FIASCO方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性... 详细信息

采用FIASCO方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性,其等位基因数为5-14个,每个位点平均具有8.1个等位基因。9个位点之间不存在连锁。利用该9个具有多态性微卫星标记分析了中国沿海9个中国鲎地理群体的种群遗传多样性和遗传结构。结果表明:中国沿海的中国鲎种群遗传多态性水平仍较高,9个地方群体间无遗传差异,它们之间未见显著分化,且有着较高的基因流;推测人为的迁移是造成遗传无分化的主要原因。我们建议中国鲎已绝迹的海域可从其他海域引入中国鲎个体来恢复地方群体资源。

关键词：中国鲎微卫星标记 FIASCO 遗传多样性遗传结构

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紫海胆不同家系早期发育、变态、生长和肠道微生物的比较

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水产学报 2023年第12期47卷 60-72页

作者：钟幼平酆伟张丽莉黄世玉王国栋集美大学水产学院集美大学农村农业部东海海水健康养殖重点实验室

为比较紫海胆不同家系间幼体生长发育的差异，实验构建了9个紫海胆全同胞家系，比较了其受精率、孵化率、幼体存活率、变态率、开口率、幼胆生长、性腺发育和消化道微生物组成。方差分析表明，各个家系的受精率均在95%以上，无显著性差... 详细信息

为比较紫海胆不同家系间幼体生长发育的差异，实验构建了9个紫海胆全同胞家系，比较了其受精率、孵化率、幼体存活率、变态率、开口率、幼胆生长、性腺发育和消化道微生物组成。方差分析表明，各个家系的受精率均在95%以上，无显著性差异，而其他指标在不同家系间均存在显著性差异。孵化率、早期幼体存活率、晚期幼体存活率、变态率和开口率最高的家系分别为3号(58%)、1号(83%)、4号(90%)、2号(75%)和9号(100%)，最低的家系分别为6号(0%)、3号(42%)、2号(76%)、9号(6%)和5号(24.5%)。幼胆生长速率最快是3号家系为146%；最慢的是5号家系为76%。3号家系在实验结束时性腺发育明显；而其他家系性腺未见发育。3号家系的消化道微生物中拟杆菌门丰度较高，变形菌门丰度低；生长速率较慢的5号家系则与之相反。研究结果表明，紫海胆不同家系间的生产性状存在差异，具有选育改良的潜力，实验为紫海胆良种培育积累了相关数据。

关键词：紫海胆家系早期发育生长变态

厦门近岸滩涂底泥中微型真核生物的群落结构及其对双齿围沙蚕扰动的响应

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水产学报 2017年第8期41卷 1237-1245页

作者：欧阳俊峰陈思扬魏娜张沙沙鄢庆枇林茂马英集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室

为研究厦门近岸潮间带滩涂底泥中微型真核生物的群落结构及其对双齿围沙蚕扰动的响应,采用PCR-DGGE技术对室内模拟沙蚕生物修复过程中微型真核生物的群落结构及动态变化进行了研究。结果显示,集美滩涂底泥中微型真核生物主要分为后生动... 详细信息

为研究厦门近岸潮间带滩涂底泥中微型真核生物的群落结构及其对双齿围沙蚕扰动的响应,采用PCR-DGGE技术对室内模拟沙蚕生物修复过程中微型真核生物的群落结构及动态变化进行了研究。结果显示,集美滩涂底泥中微型真核生物主要分为后生动物(包括6个门:颚口动物门、环节动物门、线虫动物门、节肢动物门、软体动物门和腹毛动物门),丝足虫门,硅藻门和囊泡虫总门(又分为纤毛虫门和甲藻门)。其中囊泡虫总门的纤毛虫门为优势类群。后生动物中的线虫门为次优势类群。Peridinium quinquecorne(属于囊泡虫总门中的甲藻门)是普遍存在的优势物种。DGGE图谱聚类分析表明播种双齿围沙蚕的处理组样品中微型真核生物的群落结构聚为一支,并与未播种沙蚕的对照样品分开。研究表明,播种双齿围沙蚕对微型真核生物群落结构造成了一定的影响。沙蚕的处理组检测到了更多的线虫动物门,可能是因为双齿围沙蚕的活动促进了这些类群的生长。

关键词：双齿围沙蚕滩涂沉积物微型真核生物群落结构生物扰动 18S rRNA PCR-DGGE