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三种无形态损伤提取粉螨DNA方法的改进与评估

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应用昆虫学报 2024年

作者：范海页朱永航陈慧林刘璐瑶赵薇曹玉祥叶长江孙恩涛皖南医学院检验学院

【目的】改进和评估无形态损伤提取粉螨DNA并保留完整凭证标本的方法。【方法】用改良Chelex-100法，STE法和碱裂解法提取单只椭圆食粉螨Aleurolyphus ovatus基因组DNA，并进行凭证标本回收和形态观察。超微量分光光度计测定DNA的纯度... 详细信息

【目的】改进和评估无形态损伤提取粉螨DNA并保留完整凭证标本的方法。【方法】用改良Chelex-100法，STE法和碱裂解法提取单只椭圆食粉螨Aleurolyphus ovatus基因组DNA，并进行凭证标本回收和形态观察。超微量分光光度计测定DNA的纯度。通过对COⅠ基因的扩增，验证所提取的DNA是否满足PCR扩增。【结果】3种方法处理后的凭证标本整体保持完整，但碱裂解法处理后，躯体刚毛易脱落，凭证标本透明过度，影响标本的形态鉴定。改良Chelex-100法的A260/A280比值为1.95，其余两种方法 A260/A280均低于1.8。3种方法所提单只螨DNA均满足PCR扩增，但STE法的扩增效果较差。【结论】改良Chelex-100法保存凭证标本完整，不影响标本的形态鉴定；提取的DNA纯度高，可以满足PCR扩增和后续相关分子生物学研究，且简单高效，适于单只粉螨DNA的无形态损伤提取。

关键词：粉螨 DNA提取无形态损伤改良Chelex-100法碱裂解法

早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证

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南方医科大学学报 2024年第1期44卷 179-186页

作者：成佳聪李智慧刘鳐李成黄鑫田颖鑫沈富兵成都医学院检验医学院四川成都610500 成都医学院药学院四川成都610500

目的通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构... 详细信息

目的通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构和三维结构。Zdock3.0.2软件进行PML与TAB1的蛋白-蛋白对接,并提取最佳构象进行对接模型的分子结构分析。α-MMC处理的M1炎性巨噬细胞,利用免疫共沉淀技术检测两种蛋白的相互作用。结果以PML的6IMQ为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成3个盐桥、6个氢键和6个疏水作用;以PML的5YUF为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成1个氢键、3个静电相互作用和9个疏水作用,两种对接模式皆能形成良好的分子对接和相互作用;在α-MMC处理4h后,其PML-IP组的细胞裂解沉淀液中分别能检测到显著的PML和TAB1阳性蛋白条带。结论PML蛋白与TAB1蛋白能发生较强的相互作用。

关键词： TAB1蛋白 PML蛋白生物信息学蛋白-蛋白对接免疫共沉淀

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藜麦麸皮黄酒和普通黄酒的品质比较

食品工业科技 2024年第6期45卷 254-264页

作者：姜学敏张虹高慧蔡雨情赵雷薛鹏潍坊医学院公共卫生学院山东潍坊261053 潍坊医学院公共卫生检测检验中心山东潍坊261053

为探究加入藜麦麸皮是否会对发酵黄酒的物质组成、风味及其生物活性产生影响。利用传统自制陈伏曲发酵黄酒,设置普通黄酒组和藜麦麸皮黄酒组,利用原子吸收分光光度计测定两组酒样当中的重金属含量,采用液相色谱-质谱联用技术(High-Perfo... 详细信息

为探究加入藜麦麸皮是否会对发酵黄酒的物质组成、风味及其生物活性产生影响。利用传统自制陈伏曲发酵黄酒,设置普通黄酒组和藜麦麸皮黄酒组,利用原子吸收分光光度计测定两组酒样当中的重金属含量,采用液相色谱-质谱联用技术(High-Performance Liquid Chromatography Mass Spectrometer,HPLC-MS)和气相色谱-质谱联用技术(Gas Chromatography-Mass Spectrometer,GC-MS)分析比较两组黄酒的基本理化指标、差异化合物和风味物质,并对黄酒的抗氧化活性进行分析。结果表明,藜麦麸皮黄酒中的总皂苷以及总酚酸含量明显优于普通黄酒,且铅含量低于普通黄酒,两组黄酒中均未检测到黄曲霉毒素B1。两种黄酒中共有48种差异化合物,其中数量最多的为醇类和酰胺类物质,均为10种,其次为酸类物质4种以及糖类物质2种。GC-MS测得挥发性物质共有19种,直接进样有12种,顶空进样有12种,利用外标法一共标定出四种物质,在普通黄酒中的物质为甲酸丁酯、乙酸和丁酸含量分别为5.10±1.10、4.40±1.70、10.80±2.20μg/mL。在藜麦麸皮黄酒中的物质为甲酸丁酯、正丁醇、乙酸和丁酸含量分别是9.00±1.80、7.40±2.10、4.50±1.00、9.50±2.10μg/mL。抗氧化活性方面,藜麦麸皮黄酒和普通黄酒的Fe2+螯合率分别为45.79%和6.51%,酪氨酸酶抑制率分别为94.84%和71.11%,藜麦麸皮黄酒要明显优于普通黄酒。自制藜麦麸皮黄酒和普通黄酒相比,酒体中非挥发性物质以及挥发性的风味物质含量上升,抗氧化性提高。

关键词：黄酒藜麦麸皮差异化合物挥发性风味物质抗氧化活性

老年医院分离铜绿假单胞菌的耐药性及耐消毒剂基因分析

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中国抗生素杂志 2024年第9期49卷 1032-1037页

作者：李玉林唐秋萍董叶娜胡洋龙治任苏承丹张旬郭紫琪程曦成都医学院检验医学院成都医学院临床医学院成都市第八人民医院检验科

目的分析老年患者分离铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)的耐药性和耐消毒剂基因的分布情况。方法收集2019—2022年老年患者分离的111株PA，采用VITEK 2 Compact进行细菌鉴定和耐药性分析，PCR法检测耐消毒剂基因，采用SPSS 2... 详细信息

目的分析老年患者分离铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)的耐药性和耐消毒剂基因的分布情况。方法收集2019—2022年老年患者分离的111株PA，采用VITEK 2 Compact进行细菌鉴定和耐药性分析，PCR法检测耐消毒剂基因，采用SPSS 21.0对结果进行统计分析。结果 15种药物中PA耐药率最高的是左氧氟沙星(30.63%)，最低的是多黏菌素B(1.80%)，耐碳青霉烯铜绿假单胞菌(carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa,CRPA)占比为23.42%(26/111)，多重耐药铜绿假单胞菌(multidrug-resistant PA,MDR-PA)占比为20.72%(23/111)。共检出3种耐消毒剂基因：qacE⊿1-sulΙ、emrE及merA基因，阳性率分别为16.22%(18/111)、91.89%(102/111)和46.85%(52/111)，只有3株PA所有消毒剂基因均未检出。消毒剂基因携带模式最多见为模式c(41.44%,46/111)；其次为模式f(36.94%,41/111)。CRPA组和非CRPA组之间、MDR组和非MDR组之间qacE⊿1-sulΙ检测阳性率具有显著差异。此外，MDR组qacE⊿1-sulΙ、emrE及merA基因同时检出的比率显著高于非MDR组。结论老年患者分离PA中携带耐消毒剂基因的比率高，携带qacE⊿1-sulΙ基因与耐药性之间可能存在一定的相关性。临床需科学合理使用消毒剂和抗菌药物，尽量减少细菌产生对两者的抗性。

关键词：铜绿假单胞菌消毒剂耐药性老年患者

结核分枝杆菌潜伏相关蛋白Rv2204c的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2024年第1期19卷 32-35,41页

作者：王文涛姜吉亮王晓强隽中乾付玉荣伊正君潍坊医学院医学检验学院山东潍坊261053 潍坊医学院基础医学院

目的应用生物信息学方法分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)潜伏相关蛋白Rv2204c的结构及功能。方法从NCBI数据库中搜索Rv2204c蛋白的氨基酸序列,运用ProtParam, Signal 6.0 Server, ProtScale, TMHMM Server v.2.0,ProtCompB,NetNGlyc-1.0及NetPhos-3.1预测蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜螺旋区、亚细胞定位及糖基化和磷酸化位点;运用SOPMA、SWISS-MODEL预测蛋白的二、三级结构;运用IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI,RANKPEP,NetMHC和NetCTL预测其细胞毒性T淋巴细胞(CTL)抗原表位;采用SYFPEITHI、RANKPEP预测其辅助性T(Th)淋巴细胞表位;利用MEGA构建Rv2204c蛋白进化树;运用STRING蛋白相互作用数据库预测Rv2204c相互作用蛋白。结果 Rv2204c蛋白氨基酸总数为118,为亲水性稳定蛋白;该蛋白无信号肽,无跨膜螺旋区;亚细胞定位主要为细胞质;无糖基化位点,含5个磷酸化位点;二级结构中α-螺旋(Hh)占23.73%,β-转角(Tt)占10.17%,无规则卷曲(Cc)占39.83%;含多个优势T、B细胞表位;其互作蛋白为Rv0398c, Rv0883c, pyrD(Rv2139),Rv1465,Rv1463,Rv2205c, ppiA(Rv0009),mmsA(Rv0753c),kgd(Rv1248c)和lipA(Rv2218),参与固氮、脂酸盐合成等多个生物过程。结论 Rv2204c为亲水性稳定蛋白,具有多个T、B细胞抗原表位,可能在潜伏结核感染过程中发挥重要作用,可作为结核病诊断的候选蛋白和治疗新靶点。

关键词：结核分枝杆菌结核潜伏感染 Rv2204c 生物信息学

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重组酶聚合酶扩增技术的研究进展

微生物学通报 2024年第5期51卷 1495-1511页

作者：沈方园葛萧张晓宇张郁勃周慧姿李恒潍坊医学院医学检验学院山东潍坊261053

重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术是一种利用重组酶(T4 UvsX)、单链DNA结合蛋白(T4 Gp32)和链置换DNA聚合酶(Bsu)等蛋白在恒温条件下扩增核酸的技术。由于其可以恒温、高效地扩增靶核酸片段,近几年在细... 详细信息

重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术是一种利用重组酶(T4 UvsX)、单链DNA结合蛋白(T4 Gp32)和链置换DNA聚合酶(Bsu)等蛋白在恒温条件下扩增核酸的技术。由于其可以恒温、高效地扩增靶核酸片段,近几年在细菌、病毒、寄生虫、支原体、衣原体检测方面发挥着独特的作用,逐渐成为床旁检测(point-of-care testing,POCT)的重要技术。本文以RPA技术的原理为起点,对其临床应用、不足之处及改进方法进行阐述,以期为临床疾病的快速检测和诊断方面提供新思路。

关键词：重组酶聚合酶扩增技术等温扩增技术核酸检测

基于免疫信息学的猴痘病毒多表位疫苗设计及免疫效果评价

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中国病原生物学杂志 2024年第8期19卷 869-874,879页

作者：宋浩然辛继莹王亚孙艳丽潍坊医学院医学检验学院山东潍坊261053

目的构建一种以猴痘病毒(monkeypox virus,MPXV)优势保护性抗原为基础的多表位疫苗。方法从NCBI网站获取9种MPXV蛋白的GenBank登录ID及其氨基酸序列;通过ABCpred、NetCTL 1.2和IEDB的MHC-I Immunogenicity模块分别预测9种MPXV蛋白的B、... 详细信息

目的构建一种以猴痘病毒(monkeypox virus,MPXV)优势保护性抗原为基础的多表位疫苗。方法从NCBI网站获取9种MPXV蛋白的GenBank登录ID及其氨基酸序列;通过ABCpred、NetCTL 1.2和IEDB的MHC-I Immunogenicity模块分别预测9种MPXV蛋白的B、CTL及Th细胞(HTL)表位;采用IEDB的MHC I Binding模块预测各CTL表位与特定MHC-I类分子的亲和力;使用VaxiJen v2.0、ToxinPred、AllerTOP v.2.0分别预测所得表位的抗原性、毒性及致敏性,从中筛选出具有最高抗原性但无细胞毒性和致敏性的表位,其中,CTL表位选择IC_(50)值<30 nmol/L者,HTL表位选择IFN-γ预测值最好者;将上述各表位与RS09、PADRE、Pam2Cys三种佐剂随机连接并添加6×H(组蛋白)尾巴以构建多表位疫苗,从各连接组合中筛选出具有最高抗原性但无细胞毒性和致敏性的组合;通过ExPASy的Protparam与ProtScale模块分析其理化性质;通过PSIPRED预测其二级结构;使用I-TASSER进行多表位疫苗的三级结构模拟,然后使用ModeRefiner和GalaxyRefiner将模拟出的三级结构进行优化;使用ZDOCK serves将优化后的多表位疫苗与TLR2、TLR4受体进行分子对接处理,以观察其相互作用情况与对接位点;采用C-ImmSim行免疫模拟对疫苗的免疫效果进行评估。结果该MPXV疫苗包括9个B细胞表位、23个CTL细胞表位和9个HTL表位,组合方式为RS09-PADRE-B-Pam2Cys-HTL-CTL-6×H,其抗原性得分为0.6828,共包含675个氨基酸残基,相对分子质量(M_r)为74431.30,理论pI值9.36,分子式为C_(3473)H_(5267)N_(867)O_(920)S_(17),热稳定性好,亲水性强;二级结构中α螺旋占46.82%,β折叠占18.37%,无规则卷曲占34.81%;可与TLR2、TLR4分子稳定结合,还可诱导较强的体液与细胞免疫应答。结论运用免疫信息学方法成功构建一种含多个优势抗原表位的MPXV疫苗,可能对猴痘病毒感染有预防作用。

关键词：猴痘病毒(MPXV) 免疫信息学多表位疫苗保护性抗原免疫效果

邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯对睾丸的毒性作用及机制

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生物化学与生物物理进展 2024年第3期51卷 555-563页

作者：冯安妮孙任任肖玉波曾昭明莫中成谢远杰桂林医学院基础医学院组织学与胚胎学教研室桂林541199 湖南医药学院公共卫生与检验医学院怀化418000 桂林医学院-明舜制药慢性病防治研究联合实验室邵东422800

邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)是目前使用最广泛的增塑剂之一,DEHP具有毒性,长期暴露会对机体的多个系统产生损害,特别是对雄性生殖系统的毒性作用更为明显。DEHP通过诱导氧化应激、调控细胞自噬,促进生精细胞和睾丸间质细胞凋亡、... 详细信息

邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)是目前使用最广泛的增塑剂之一,DEHP具有毒性,长期暴露会对机体的多个系统产生损害,特别是对雄性生殖系统的毒性作用更为明显。DEHP通过诱导氧化应激、调控细胞自噬,促进生精细胞和睾丸间质细胞凋亡、抑制睾酮合成、破坏血-睾屏障、诱导睾丸支持细胞铁死亡以及影响子代雄性的表观遗传等,造成生殖器官的病理损伤。本文就DEHP对睾丸的毒性作用及机制进行综述,拟为男性生殖障碍的防治研究提供新思路。

关键词：邻苯二甲酸二(2-乙基己基) 酯睾丸生殖毒性氧化应激铁死亡

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獐牙菜苦苷对放射性肺损伤的防护作用

中华放射医学与防护杂志 2024年第6期44卷 472-481页

作者：王瑾瑜公利鑫赵哲张甘李静怡成都医学院第二附属医院·核工业四一六医院核应激医学中心成都610051 成都医学院检验医学院成都610500

目的探讨獐牙菜苦苷对电离辐射所致肺损伤的防护作用和机制。方法实验将人支气管上皮细胞(Beas⁃2B)和人胚肺成纤维细胞(HELF)分为对照组、10 Gy X射线照射组、照射+獐牙菜苦苷组,检测獐牙菜苦苷对X射线照射后的影响。检测射线暴露后细... 详细信息

目的探讨獐牙菜苦苷对电离辐射所致肺损伤的防护作用和机制。方法实验将人支气管上皮细胞(Beas⁃2B)和人胚肺成纤维细胞(HELF)分为对照组、10 Gy X射线照射组、照射+獐牙菜苦苷组,检测獐牙菜苦苷对X射线照射后的影响。检测射线暴露后细胞的乳酸脱氢酶(LDH)释放量、细胞的增殖情况、DNA损伤水平、活性氧(ROS)水平、脂质过氧化物水平、铁离子水平、铁死亡相关蛋白SLC7A11(xCT)及谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)含量变化。为了验证獐牙菜苦苷在体内对放射性肺损伤是否具有防护作用,建立放射性肺损伤小鼠模型,将C57BL/6J雄性小鼠分为对照组、照射组、照射+獐牙菜苦苷组,每组5只,对小鼠胸部进行15 Gy X射线照射,照射后30 d收集小鼠肺组织及血清。观察受照小鼠肺组织病理变化、肺组织氧化应激水平及肺组织中γ⁃H2AX、GPX4含量变化和炎性因子水平变化。结果与照射组相比,照射+獐牙菜苦苷组(130μmol/l)细胞的增殖率及克隆形成率明显上升(Beas⁃2B:t=5.50~5.92,P<0.05;HELF:t=3.79~5.51,P<0.05);LDH释放率、ROS含量、脂质过氧化物水平及铁离子含量显著降低(Beas⁃2B:t=3.00~16.99,P<0.05;HELF:t=4.10~10.97,P<0.05)。DNA损伤水平显著下降(Beas⁃2B:t=5.69~8.27,P<0.05;HELF:t=3.44~14.77,P<0.05)。xCT和GPX4蛋白表达发生上调(Beas⁃2B:t=2.90~3.27,P<0.05;HELF:t=3.01~7.07,P<0.05)。体内实验中,与照射组相比,獐牙菜苦苷预处理可有效提升小鼠肺组织中GSH和GPX4含量(t=2.31~2.65,P<0.05),降低MDA和γ⁃H2AX含量(t=2.71~4.19,P<0.05),同时降低小鼠血清中IL⁃6及IL⁃1β水平(t=3.16~4.56,P<0.05)。结论獐牙菜苦苷可以通过降低电离辐射诱导的DNA损伤和氧化应激水平,从而对电离辐射引起的肺损伤发挥防护作用,为研发新型放射性肺损伤防护剂提供思路。

关键词：獐牙菜苦苷放射性肺损伤 DNA损伤铁死亡