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生物信息学方法分析锌指蛋白605在肝癌中的免疫作用及预后价值

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中西医结合肝病杂志 2024年第8期34卷 713-719页

作者：罗天新陈晓梅吴湘怡龙治燕张姝黄健贵州医科大学医学检验学院临床检验生化教研室贵州贵阳550004 织金县中医医院贵州医科大学医学检验学院临床检验基础与血液学教研室贵州贵阳550004

目的:探讨锌指蛋白605(ZNF605)在肝细胞癌(HCC)中的免疫作用及预后价值。方法:应用TCGA、GEO等数据库分析ZNF605在HCC中的表达情况,并分析ZNF605表达水平与HCC患者临床病理特征的相关性;应用UALCAN数据库探讨ZNF605在HCC中的甲基化表达... 详细信息

目的:探讨锌指蛋白605(ZNF605)在肝细胞癌(HCC)中的免疫作用及预后价值。方法:应用TCGA、GEO等数据库分析ZNF605在HCC中的表达情况,并分析ZNF605表达水平与HCC患者临床病理特征的相关性;应用UALCAN数据库探讨ZNF605在HCC中的甲基化表达水平;应用受试者操作特征(ROC)曲线分析ZNF605在HCC中的诊断价值并绘制诺模图,预测HCC患者1、3和5年总生存率;单因素及多因素Cox回归分析ZNF605在HCC中的预后价值;对ZNF605的高低水平表达进行了基因富集分析(GSEA);应用R包-GSVA分析ZNF605的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞的相关性。结果:ZNF605在多种癌症中异常表达,在HCC中高表达并呈低甲基化;ZNF605高表达与患者T分期、临床分期、组织学分级总生存期和甲胎蛋白相关;单因素及多因素Cox回归分析显示ZNF605表达及T分期为HCC的独立预后风险因素;GSEA分析显示ZNF605高表达主要富集在细胞周期;免疫细胞浸润分析提示,ZNF605在HCC中的表达水平与Th2细胞和T辅助细胞呈显著正相关;与树突状细胞细胞、Th17细胞、细胞毒性细胞、中性粒细胞、浆细胞样树突状细胞、B细胞、Tgd细胞和肥大细胞等呈负相关。结论:生物信息学分析结果表明,在HCC中高表达的ZNF605可能是HCC的诊断及预后生物标志物,可能成为潜在的治疗靶点。

关键词：肝细胞癌锌指蛋白605 生物信息学免疫浸润诊断预后

骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病之间免疫浸润相关基因的筛选及验证

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中国组织工程研究 2024年第13期28卷 2082-2089页

作者：邓发滑胡华丽王斯奇许建霞禄婷婷黄海韦四喜贵州医科大学医学检验学院临床生化教研室贵州省贵阳市550004 贵州医科大学附属医院临床检验中心贵州省贵阳市550004

背景:骨髓增生异常综合征具有较高的急性髓系白血病转化风险,有研究表明免疫浸润在二者之间发挥重要作用,但免疫细胞浸润与相关差异表达基因的调控关系仍需更多研究证实。目的:通过生物信息学分析方法,寻找与骨髓增生异常综合征和急性... 详细信息

背景:骨髓增生异常综合征具有较高的急性髓系白血病转化风险,有研究表明免疫浸润在二者之间发挥重要作用,但免疫细胞浸润与相关差异表达基因的调控关系仍需更多研究证实。目的:通过生物信息学分析方法,寻找与骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病具有预后意义的差异表达基因,探讨差异基因与免疫浸润细胞调控在疾病发生发展中的可能作用及机制。方法:利用GEO数据集筛选差异表达基因用于生物信息学分析,对差异表达基因进行DO、GO、KEGG和GSEA分析。利用TCGA预后数据库绘制差异表达基因的K-M曲线,并对预后相关的差异基因进行受试者工作特征曲线分析判断基因的临床诊断性能。最后,采用CIBERSORT分析预后相关关键基因与免疫浸润细胞分布之间的相关性,利用RT-qPCR检测健康对照、骨髓增生异常综合征及急性髓系白血病患者外周血样本对筛选出的关键基因进行初步验证。结果与结论:①在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病之间共获得150个差异表达基因,其中16个基因表达上调,134个基因表达下调;②DO、GO、KEGG及GSEA分析结果提示差异表达基因可能通过调节免疫应答促进骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病发展,CIBERSORT分析显示骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病之间存在免疫浸润差异,其中CD4+T细胞、单核细胞、中性粒细胞、M1巨噬细胞在急性髓系白血病患者中分布降低,而炎症抑制细胞M2巨噬细胞在急性髓系白血病患者中分布增加,可能与急性髓系白血病免疫抑制有关;③利用K-M曲线及受试者工作特征曲线从150个差异基因中筛选出4个与免疫和预后相关且具有较好诊断性能的基因:MANSC1、FLT3、BMX及CXCR2;④RT-qPCR检测结果显示MANSC1、BMX及CXCR2在急性髓系白血病患者中低表达,而FLT3在急性髓系白血病患者中高表达。结果表明,MANSC1、FLT3、BMX及CXCR2在骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病患者间差异表达,不仅与患者预后显著相关,还可能通过调节患者的免疫浸润影响骨髓增生异常综合征及急性髓系白血病的发生和进展,它们可作为骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病转化的潜在生物标志物和治疗靶点,为骨髓增生异常综合征“转白”的临床诊疗研究提供新的方向。

关键词：骨髓增生异常综合征急性髓系白血病免疫浸润预后生物信息学

新型神经梅毒诊断标志物UCH-L1、GFAP和NF-L与传统神经梅毒检测指标的诊断效能比较

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中华皮肤科杂志 2024年第3期57卷 224-232页

作者：谢琳陈锐牛建军杨天赐厦门大学附属中山医院临床检验中心厦门361004 厦门大学医学院传染病研究所厦门361004 厦门市临床检验质控中心厦门361004

目的评估泛素羧基末端水解酶L1(UCH-L1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)和神经丝轻链蛋白(NF-L)作为新型神经梅毒检测指标的诊断效能。方法回顾收集2021年12月至2022年11月于厦门大学附属中山医院就诊的未经治疗的、HIV阴性神经梅毒住院患者5... 详细信息

目的评估泛素羧基末端水解酶L1(UCH-L1)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)和神经丝轻链蛋白(NF-L)作为新型神经梅毒检测指标的诊断效能。方法回顾收集2021年12月至2022年11月于厦门大学附属中山医院就诊的未经治疗的、HIV阴性神经梅毒住院患者51例。使用倾向评分匹配法调整年龄后,纳入同时期未经治疗的、HIV阴性非神经梅毒的梅毒(简称非神经梅毒)住院患者51例。所有纳入的研究对象均同时收集血清和脑脊液(CSF)样本,使用酶联免疫吸附试验检测血清和CSF中UCH-L1、GFAP和NF-L的水平。采用Spearman相关系数分析血清和CSF中3个新型神经梅毒检测指标UCH-L1、GFAP、NF-L与传统神经梅毒检测指标CSF快速血浆反应素环状卡片试验(RPR)、CSF梅毒螺旋体明胶颗粒凝集试验(TPPA)、CSF白细胞计数和CSF总蛋白浓度之间的相关性,采用Hanley&McNeil法比较血清和CSF中UCH-L1、GFAP和NF-L水平与4个传统实验室检测指标诊断神经梅毒的受试者工作特征曲线下面积(AUC),采用配对卡方检验比较神经梅毒检测指标间敏感性和特异性的差异。结果51例神经梅毒患者年龄[M(Q1,Q3)]为56.0(48.0,67.0)岁,男33例,女18例;51例非神经梅毒患者年龄为54.0(44.0,64.0)岁,男30例,女21例。神经梅毒患者血清RPR滴度和阳性比例、CSF RPR和TPPA滴度及阳性比例、CSF白细胞计数和升高比例、CSF总蛋白浓度和升高比例均显著高于非神经梅毒患者(均P0.05)。血清UCH-L1水平的AUC值(0.966)显著高于CSF RPR滴度、CSF TPPA滴度、CSF白细胞计数和CSF总蛋白浓度(AUC=0.745、0.894、0.845、0.765,均P室检测指标的AUC值差异无统计学意义(均P>0.05),血清NF-L水平的AUC值(0.903)显著高于CSF RPR滴度和CSF总蛋白浓度(均P0.05)。CSF UCH-L1的AUC值(0.958)显著高于CSF RPR滴度、CSF白细胞数和CSF总蛋白浓度(均P0.05);CSF NF-L的AUC值(0.828)与4种传统实验室检测指标的AUC值差异均无统计学意义(均P>0.05)。血清UCH-L1的诊断敏感性显著高于CSF RPR滴度、CSF白细胞计数和CSF总蛋白浓度(均P室检测指标更好的神经梅毒诊断效能,具有潜在应用价值。

关键词：神经梅毒泛素羧基末端水解酶L1 胶质纤维酸性蛋白神经丝轻链蛋白诊断标志物诊断效能

耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌生物膜形成与外排泵基因AdeABC表达的相关性研究

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中国抗生素杂志 2024年第8期49卷 898-902页

作者：潘蓓珍刘岩宿建胜杨继飞姜菲菲孙丽媛北华大学医学技术学院临床病原学检验教研室吉林132013

目的研究鲍曼不动杆菌的生物膜形成,以及浮游态和生物膜状态下对外排泵基因AdeABC的相对表达量作用于碳青霉烯类抗生素耐药机制的影响。方法将菌株经药物敏感性试验分为碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌(CRAB)组和碳青霉烯类敏感鲍曼不动杆... 详细信息

目的研究鲍曼不动杆菌的生物膜形成,以及浮游态和生物膜状态下对外排泵基因AdeABC的相对表达量作用于碳青霉烯类抗生素耐药机制的影响。方法将菌株经药物敏感性试验分为碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌(CRAB)组和碳青霉烯类敏感鲍曼不动杆菌(CSAB)组,采用结晶紫染色法检测两组生物膜形成能力;通过微量肉汤稀释法分别测定两组对亚胺培南的MIC、MBIC值,并计算MBIC/MIC的比值进一步比较分析生物膜菌和浮游菌的耐药性;同时提取CRAB组浮游态和生物膜态的RNA,通过RT-qPCR检测外排泵基因AdeABC相对表达量。结果 35株标本的生物膜阳性率为91.43%,其中CRAB组生物膜的阳性检出率为92%,生物膜阴性、弱阳性、阳性和强阳性分别占8%、48%、36%和8%。MBIC/MIC比值显示,形成生物膜后,鲍曼不动杆菌的耐药能力呈现不同程度的增加,CSAB组的耐药增加幅度以2倍的菌株最多;CRAB组的增加幅度以4倍的菌株最多。同时CRAB组RT-qPCR结果显示,生物膜较浮游态相比,外排泵基因adeA和adeB的相对表达量明显增高(P0.05)。结论鲍曼不动杆菌碳青霉烯类耐药与生物膜密切相关,且生物膜态的鲍曼不动杆菌较浮游态可促进外排泵基因AdeABC的表达从而增强碳青霉烯类抗生素的耐药性。

关键词：鲍曼不动杆菌亚胺培南生物膜外排泵

敲低线粒体转录因子A(TFAM)抑制人宫颈癌细胞及骨肉瘤细胞自噬及增殖、侵袭和迁移

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第4期40卷 311-318页

作者：许颖高榴杨靖瑞汪晶蒋旭禹莉蚌埠医科大学检验医学院肿瘤基础研究与临床检验诊断重点实验室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学临床医学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学临床检验诊断学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学输血学教研室安徽蚌埠233030

目的研究线粒体转录因子A(TFAM)对宫颈癌HeLa细胞及骨肉瘤U2OS细胞的线粒体功能、自噬、增殖、侵袭、迁移的影响。方法HeLa、U2OS细胞转染TFAM小干扰片段(si-TFAM)下调TFAM表达,Mito-Tracker Red CMXRos染色结合激光共聚焦显微镜检测线... 详细信息

目的研究线粒体转录因子A(TFAM)对宫颈癌HeLa细胞及骨肉瘤U2OS细胞的线粒体功能、自噬、增殖、侵袭、迁移的影响。方法HeLa、U2OS细胞转染TFAM小干扰片段(si-TFAM)下调TFAM表达,Mito-Tracker Red CMXRos染色结合激光共聚焦显微镜检测线粒体膜电位(MMP)、MitoSOX^(TM)Red标记法检测线粒体活性氧(mtROS)水平、实时定量PCR检测线粒体DNA(mtDNA)的表达,免疫荧光细胞化学染色检测自噬体数量的变化。Western blot法检测TFAM、微管相关蛋白1轻链3A/B(LC3A/B)、自噬相关基因2A(ATG2A)、ATG2B、ATG9A、锌指转录因子Snail、基质金属蛋白酶2(MMP2)和MMP9的表达。CCK-8法、平板集落形成实验检测细胞增殖,Transwell^(TM)实验、划痕愈合实验检测细胞侵袭、迁移的变化。结果下调TFAM表达导致HeLa及U2OS细胞MMP减少,mtDNA拷贝数减少,mtROS产生量增加。LC3A/B蛋白含量较对照组明显下降,胞质内自噬体数量明显减少,自噬早期阶段蛋白ATG2B、ATG9A表达量明显减少。HeLa及U2OS细胞Snail、MMP2和MMP9蛋白表达均减少。干扰TFAM表达,抑制HeLa及U2OS细胞的增殖、侵袭、迁移能力。结论下调TFAM表达抑制线粒体功能,延缓自噬进程,降低宫颈癌细胞及骨肉瘤细胞的增殖、侵袭、迁移能力。

关键词：宫颈癌细胞骨肉瘤细胞线粒体转录因子A(TFAM) 自噬侵袭迁移

载富血小板血浆水凝胶对L929细胞氧化损伤的保护作用

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中国组织工程研究 2025年第4期29卷 771-779页

作者：王自林牟秋菊刘宏杰申玉雪祝丽丽贵州医科大学医学检验学院临床检验基础与血液学检验教研室贵州省贵阳市550000 贵州医科大学附属医院输血科贵州省贵阳市550000

背景:在慢性创面愈合过程中,活性氧的过量生成可能会损害L929成纤维细胞的功能,从而延缓创面修复,因此保护成纤维细胞免受氧化应激的影响对于促进创面愈合非常重要。目的:评估羧甲基壳聚糖-氧化硫酸软骨素/富血小板血浆(CMC-OCS/PRP)水... 详细信息

背景:在慢性创面愈合过程中,活性氧的过量生成可能会损害L929成纤维细胞的功能,从而延缓创面修复,因此保护成纤维细胞免受氧化应激的影响对于促进创面愈合非常重要。目的:评估羧甲基壳聚糖-氧化硫酸软骨素/富血小板血浆(CMC-OCS/PRP)水凝胶对H2O2刺激下L929细胞的保护作用。方法:制备CMC-OCS/PRP水凝胶,表征水凝胶的微观形貌、降解性能、清除H2O2与羟基自由基的能力及生物相容性。取生长状态良好的L929细胞,分5组培养:对照组常规培养,H2O2组加入H2O2,CMC-OCS组加入羧甲基壳聚糖-氧化硫酸软骨素水凝胶浸提液+H2O2,PRP组加入富血小板血浆凝胶浸提液+H2O2,CMC-OCS/PRP组加入羧甲基壳聚糖-氧化硫酸软骨素/富血小板血浆水凝胶浸提液处理+H2O2,每组先加入水凝胶浸提液处理6 h,然后再加入H2O2处理24 h。培养结束后,检测细胞活性氧及丙二醛水平,细胞凋亡、胶原纤维Ⅰ蛋白表达。在加入H2O2的情况下,将上述水凝胶浸提液分别与L929成纤维细胞直接或间接共培养36 h,通过划痕实验、Transwell小室实验检测细胞的迁移能力。结果与结论:①CMC-OCS/PRP水凝胶具有均匀相互关联的多孔结构及良好的降解能力,体外可有效清除H2O2与羟基自由基,并且具有良好的生物相容性;②与对照组比较,H2O2组细胞凋亡率、细胞活性氧与丙二醛水平升高(P0.05);与H2O2组比较,CMC-OCS组、CMC-OCS/PRP组细胞活性氧水平降低(P0.05);与H2O2组比较,PRP组、CMC-OCS组、CMC-OCS/PRP组细胞迁移数量、迁移面积均增加(P<0.05),并且以CMC-OCS/PRP组增加最显著;④在氧化应激条件下,CMC-OCS/PRP水凝胶可改善成纤维细胞的迁移能力,抗细胞凋亡并保护细胞伸展功能。

关键词：富血小板血浆羧甲基壳聚糖氧化硫酸软骨素水凝胶 L929细胞抗氧化

KDM4A通过下调BMP9促进乳腺癌细胞MDA-MB-231的迁移和侵袭

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中国癌症杂志 2024年第2期34卷 176-184页

作者：陈远香余涛杨诗雨曾涛魏兰张彦重庆医科大学检验医学院临床检验诊断学教育部重点实验室重庆400016

背景与目的:外源性骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein 9,BMP9)能抑制人乳腺癌的恶性进展,但其在乳腺癌中常异常低表达。本研究拟探索表观遗传修饰的组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶4A(lysine specific demethylase 4A,KDM4A)在... 详细信息

背景与目的:外源性骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein 9,BMP9)能抑制人乳腺癌的恶性进展,但其在乳腺癌中常异常低表达。本研究拟探索表观遗传修饰的组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶4A(lysine specific demethylase 4A,KDM4A)在乳腺癌中的表达及作用,探究KDM4A与BMP9之间的关系及其可能的调节机制。方法:通过生物信息学方法分析KDM4A在乳腺癌中的表达及其与BMP9之间的关系,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)进行验证;采用染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)验证KDM4A对BMP9的调控作用,采用RNA稳定性实验及CHX蛋白稳定性实验验证KDM4A对BMP9表达的影响。采用RNA干扰技术及敲低BMP9的腺病毒构建转染KDM4A小干扰RNA(siKDM4A)或感染siBMP9腺病毒(Ad-siBMP9)的外源性重组MDA-MB-231细胞,采用划痕愈合实验、transwell实验分别检测细胞迁移及侵袭能力。结果:生物信息学分析结果表明,KDM4A在乳腺癌中的表达明显高于正常组织,KDM4A与BMP9在乳腺癌中的表达呈负相关关系。RTFQ-PCR及Western blot结果显示,KDM4A在不同乳腺癌细胞系中均高表达,敲低KDM4A可显著上调BMP9。ChIP实验证实,KDM4A可显著富集于BMP9基因启动子区域,降低其组蛋白赖氨酸36号位而不是4号位甲基化水平,从而沉默BMP9表达。RNA稳定性实验及CHX蛋白稳定性实验证实,KDM4A对BMP9的mRNA表达无明显影响,但可影响其蛋白降解。敲低KDM4A后,乳腺癌细胞MDA-MB-231的迁移及侵袭能力均受到明显抑制,而这种作用可被敲低BMP9所部分逆转。结论:KDM4A在乳腺癌组织及乳腺癌细胞MDA-MB-231中高表达,并可通过下调BMP9基因启动子区域组蛋白甲基化水平沉默其表达,以及在蛋白水平而不是mRNA水平影响BMP9稳定性,促进乳腺癌的迁移和侵袭。

关键词：乳腺癌赖氨酸特异性去甲基化酶4A 组蛋白去甲基化骨形态发生蛋白9

基于倾向性评分逆概率加权法的视网膜母细胞瘤疗效评价及其预后影响因素分析

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解放军医学杂志 2024年第3期49卷 302-307页

作者：石丽娟李丽石福艳周希彬吴志鸿潍坊医学院临床医学院眼科学教研室山东潍坊261053 解放军总医院第三医学中心眼科医学部北京100039 潍坊医学院公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的评估手术、化疗及手术联合化疗3种治疗方式对视网膜母细胞瘤(RB)的疗效,分析RB患者的预后影响因素。方法选取2000年1月1日-2019年12月31日美国监测、流行病学和最终结果(SEER)数据库登记的RB患者1188例临床资料进行回顾性分析。采... 详细信息

目的评估手术、化疗及手术联合化疗3种治疗方式对视网膜母细胞瘤(RB)的疗效,分析RB患者的预后影响因素。方法选取2000年1月1日-2019年12月31日美国监测、流行病学和最终结果(SEER)数据库登记的RB患者1188例临床资料进行回顾性分析。采用倾向性评分逆概率加权法(IPTW)对接受手术、化疗或手术联合化疗治疗的3组患者基线特征进行平衡。采用Log-rank检验比较3组患者的生存概率,采用Cox回归模型分析RB患者预后影响因素。结果共纳入RB1188例,其中手术组426例,化疗组200例,手术联合化疗组562例。经IPTW加权后,患者的年龄、性别、种族等基线资料均达到平衡(P>0.05)。Log-rank检验结果显示,加权前后3组生存曲线比较差异均有统计学意义(P0.05)。加权后患者1年、3年和5年的生存概率为:手术组99.7%、98.9%和98.6%;化疗组97.4%、95.8%和95.8%;手术联合化疗组97.9%、95.8%和95.0%。Cox回归分析结果显示,与手术组比较,化疗组患者特异性死亡风险比为1.367(95%CI 1.100~1.700),手术联合化疗组特异性死亡风险比为1.132(95%CI0.963~1.330);与RB病灶为1个的患者比较,RB病灶数≥2个的患者特异性死亡风险比为0.399(95%CI0.268~0.594)。结论RB患者接受治疗后生存概率较高;在控制年龄、性别等因素的影响后,3种治疗方式中手术的疗效更好;多灶性可能是RB患者预后的独立影响因素。

关键词：视网膜母细胞瘤逆概率加权疗效生存分析

基于课程思政融入的线上线下混合式教学应用与评价——以临床血液学检验技术课程为例

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右江医学 2024年第3期52卷 276-280页

作者：支佳琦胡梅琮汤立旦杭州医学院检验医学院、生物工程学院临床检验教研室浙江杭州310053

医学检验技术专业旨在培养具备良好的职业素养和职业能力,掌握医学检验基本理论,有扎实的专业技能和一定创新能力的高素质应用型医学检验技术人才。习近平总书记在2016年召开的全国高校思想政治工作会议上,强调高校思想政治工作关系高... 详细信息

医学检验技术专业旨在培养具备良好的职业素养和职业能力,掌握医学检验基本理论,有扎实的专业技能和一定创新能力的高素质应用型医学检验技术人才。习近平总书记在2016年召开的全国高校思想政治工作会议上,强调高校思想政治工作关系高校培养什么样的人、如何培养人以及为谁培养人的根本问题,指出要把思想政治工作贯穿教育教学全过程^([1])。这意味着将高校思想政治教育从思想政治理论课延伸拓展到所有课程中。

关键词：教学改革临床血液学检验技术线上线下混合式教学课程思政

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