检索结果-南通市图书馆

基于宏基因组学揭示自然发酵与植物乳杆菌接种发酵酸笋中微生物代谢及关键风味基因

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食品与发酵工业 2024年

作者：李昕诺吴宇辉吴良如杨金来郑炯国家林业和草原局竹子研究开发中心竹林生态与资源利用国家林业和草原局重点实验室西南大学西塔学院西南大学食品科学学院

该文采用宏基因组技术分析自然发酵酸笋（natural fermented Suansun， NFS）和植物乳杆菌发酵酸笋（Lactobacillus plantarum fermented Suansun， LPS）的微生物多样性及代谢，并挖掘其关键风味基因。结果表明，厚壁菌门（Firmicutes... 详细信息

该文采用宏基因组技术分析自然发酵酸笋（natural fermented Suansun， NFS）和植物乳杆菌发酵酸笋（Lactobacillus plantarum fermented Suansun， LPS）的微生物多样性及代谢，并挖掘其关键风味基因。结果表明，厚壁菌门（Firmicutes）是NFS与LPS共有的优势菌门；属水平上，植物乳杆菌属（Lactiplantibacillus）为NFS中的优势菌属，LPS除此之外还含有魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）等优势菌属；从种水平上2种发酵方式的组成重叠情况可得，2种样品在组成上较为相似，但LPS菌种多样性更强。经京都基因与基因组百科全书注释并重构关键代谢网络发现，碳水化合物代谢及氨基酸代谢是酸笋的主要代谢途径。大肠杆菌K-12 MG1655、大肠杆菌K-12 W3110等基因被认为与乳酸形成密切相关；肉毒杆菌BKT015925、梭菌ATCC 25775等基因被注释与色氨酸代谢相关，其与酸笋的特征性风味密切相关。此外，LPS可通过抑制半胱氨酸和蛋氨酸代谢（ko00270）和酪氨酸代谢（ko00350）来抑制酸笋不悦气味的产生，从而改善酸笋的风味品质。研究结果可以为酸笋发酵风味品质的调控提供理论基础。

关键词：酸笋接种发酵宏基因组微生物多样性功能基因

人参和三七叶绿体基因组密码子偏好性比较分析

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分子植物育种 2024年

作者：早浩龙李奇黄珍华刘春兰施辉能张广辉杨生超罗瑜范伟云南农业大学食品科学技术学院云南农业大学西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心云南省药用植物生物学重点实验室云南农业大学资源与环境学院

为探讨人参(Panax ginseng C. A. Meyer)和三七(Panax notoginseng (Burk.) ***)叶绿体基因的密码子偏好性(codon usage bias， CUB)及其影响因素，找到二者在进化过程中的异同性。本研究综合运用CodonW 1.4.2、CUSP、Graphpad Prism 8.0.2软件以及Python编程语言，系统分析了人参和三七叶绿体基因组编码序列(coding sequence， CDS)的CUB模式、变异来源、高频密码子以及最优密码子。结果表明，人参和三七叶绿体基因组CUB主要受自然选择影响，但影响程度在人参中大于三七；人参和三七叶绿体基因组CUB较弱，均表现出高度相似的CUB特征，倾向于使用以A/T结尾的密码子，但相比而言，人参对A/T的偏好性更强。进一步对密码子使用频率比较发现，酿酒酵母和本氏烟草均可作为人参和三七叶绿体基因异源表达的适配受体。本研究结果可为深入理解五加科人参属药用植物叶绿体基因组密码子使用模式及进化规律提供参考。

关键词：人参三七叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

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水稻OCPI2基因的克隆与表达分析

广西植物 2024年

作者：许金港任欣欣王海冰王白雪荆胜利刘清松西南林业大学林学院信阳师范大学生命科学学院河南大学生命科学学院/棉花生物育种与综合利用全国重点实验室

为探究蛋白酶抑制剂基因在水稻抵御植食性昆虫为害中的功能，该研究以水稻品种‘中花11’为材料，克隆了水稻丝氨酸蛋白酶抑制剂基因OCPI2编码区序列，并通过生物信息学软件对其序列特征进行了分析和系统发育树的构建，同时采用实时荧... 详细信息

为探究蛋白酶抑制剂基因在水稻抵御植食性昆虫为害中的功能，该研究以水稻品种‘中花11’为材料，克隆了水稻丝氨酸蛋白酶抑制剂基因OCPI2编码区序列，并通过生物信息学软件对其序列特征进行了分析和系统发育树的构建，同时采用实时荧光定量PCR技术探究了该基因在植食性昆虫取食和植物激素诱导下的表达特征。结果表明：（1）水稻OCPI2基因编码区序列全长219 bp，编码72个氨基酸，预测蛋白分子量为7.72 k Da，理论等电点为5.21，不含信号肽，无跨膜结构。（2）OCPI2蛋白与乌拉尔图小麦(Triticum urartu,EMS61613.1)同源蛋白亲缘关系较近。（3）OCPI2基因具有1个potato＿inhibit保守结构域，属于丝氨酸蛋白酶抑制剂家族。（4）二化螟、褐飞虱取食、机械损伤以及水杨酸甲酯处理均能诱导OCPI2基因的表达，茉莉酸甲酯处理则持续抑制OCPI2表达。以上研究结果表明OCPI2基因可能参与了水稻对植食性昆虫的诱导防御反应，为深入研究OCPI2在水稻抗虫防御反应中的功能提供理论依据。

关键词：水稻蛋白酶抑制剂 OCPI2 基因克隆诱导表达特征

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压力应答延长寿命的遗传机制

中华医学杂志 2013年第36期93卷 2925-2927页

作者：宋江波陈聪童晓玲代方银鲁成家蚕基因组生物学国家重点实验室农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室西南大学生物技术学院重庆400716

寿命是指一个生物体从诞生到死亡所经历的时间。过去的20年中，影响寿命的经典信号通路的研究已经表明在很多物种中这些信号通路都能够影响生物体的寿命”J。压力，在广义上通常被理解为有害的因子，微弱但无害的压力能够活化细胞内在... 详细信息

寿命是指一个生物体从诞生到死亡所经历的时间。过去的20年中，影响寿命的经典信号通路的研究已经表明在很多物种中这些信号通路都能够影响生物体的寿命”J。压力，在广义上通常被理解为有害的因子，微弱但无害的压力能够活化细胞内在的动力学机制，使生物体更好地应对强烈的压力刺激，进而促进寿命的延长，这被称为毒物刺激作用。越来越多的研究表明，有机体抵抗内在和外在压力的能力在很大程度上能决定其寿命的长短。而压力感受器介导的寿命延长主要发生于有机体应答不同的环境和生理信号刺激时。现从营养压力、氧化压力和其他压力应答来介绍与之相关的寿命通路或因子对寿命的影响，以期对之后的寿命研究有所帮助。

关键词：寿命延长压力刺激遗传机制应答信号通路动力学机制压力感受器生物体

家蚕核型多角体病毒lef-11基因RNA干扰策略的优化

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微生物学报 2016年第10期56卷 1561-1570页

作者：陈婷婷董战旗胡楠胡志刚鲁成潘敏慧西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室重庆400716 西南大学农业部家蚕功能基因组和生物学重点实验室重庆400716

【目的】家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)lef-11基因作为杆状病毒高度保守的晚期表达因子之一,对病毒晚期基因的表达极其重要。因此对lef-11基因进行有效RNA干扰将提高宿主细胞对BmNPV的抗性。【方法】本... 详细信息

【目的】家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)lef-11基因作为杆状病毒高度保守的晚期表达因子之一,对病毒晚期基因的表达极其重要。因此对lef-11基因进行有效RNA干扰将提高宿主细胞对BmNPV的抗性。【方法】本文基于经典的sh-RNA-loop骨架及家蚕内源性的miRNA骨架,构建以BmNPV lef-11基因为靶标的干扰载体pIZ-shRNA1、pIZ-shRNA2和pIZ-Ds RedamiR279;分别构建基于A4、IE1、IE1-295、IE2、IE2-339、hr3A4和hsp70启动子驱动的干扰载体,用以评价不同启动子驱动的干扰载体的抗病毒效果,并对干扰载体进行优化。【结果】首先,本文通过比较miRNA-based和shRNA-based RNAi载体对同一靶基因同一位点的干扰效率,发现pIZ-Ds Red-amiR279对BmNPV lef11基因的干扰效率超过90%,远优于shRNA-based RNAi载体的干扰效果;其次,通过对干扰载体进行优化,发现IE1启动子的效果最优,由其驱动的pIZ-Ds Red-milef11干扰载体也是本研究中的最优干扰载体,对病毒的增殖抑制效果最为明显。【结论】对目的基因的干扰效果并非启动子的活性越高、miRNA积累得越多就越好,只有综合考虑干扰片段的选择、启动子的活性以及靶基因自身的功能等多方面的因素,才能提高干扰效率,达到干扰目的。

关键词：家蚕家蚕核型多角体病毒 RNA干扰 lef-11 载体优化启动子

桑树Na^+/H^+逆向转运蛋白基因(MnNHX1)的克隆与耐盐力表达

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林业科学 2015年第8期51卷 16-25页

作者：边晨凯龙定沛刘雪琴魏从进龚加红赵爱春西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室重庆400716

【目的】研究川桑液泡膜型Na+/H+逆向转运蛋白(NHX)基因的功能,探究桑树耐盐机制,为植物抗逆基因工程筛选提供优良的候选基因。【方法】以川桑基因组数据库为基础,基于同源基因序列的保守性,以川桑叶片cDNA为模板克隆川桑液泡膜型NHX基... 详细信息

【目的】研究川桑液泡膜型Na+/H+逆向转运蛋白(NHX)基因的功能,探究桑树耐盐机制,为植物抗逆基因工程筛选提供优良的候选基因。【方法】以川桑基因组数据库为基础,基于同源基因序列的保守性,以川桑叶片cDNA为模板克隆川桑液泡膜型NHX基因;利用生物学软件和在线公共平台,分析所得基因编码的蛋白质序列及功能结构域,并构建系统进化树,分析与其他物种的亲缘关系。采用荧光定量PCR方法研究在NaCl胁迫条件下不同时间段‘湖桑32号’根、茎、叶等不同组织中桑树NHX1表达量的变化情况;通过构建超量表达载体,将其转化到拟南芥中,分析转基因拟南芥在Na Cl胁迫环境中的种子发芽数,根长、侧根生长情况和幼苗成活率,并对转基因拟南芥连续浇灌含高浓度Na Cl的营养液,研究过量表达NHX基因对拟南芥的影响。【结果】本研究得到1个液泡膜型NHX基因,命名为MnNHX1(Gen Bank登录号:KJ720637);该基因ORF长度为1 644bp,编码547个氨基酸残基,具有Na+/H+交换泵,且在其上游含有抑制剂氨氯吡嗪脒结合位点(LFFIYLLPPI)以及糖基化位点等结构域,TMHMM在线程序预测Mn NHX1具有12个明显的跨膜结构区;系统进化树分析结果显示,Mn NHX1具有较高的保守性,先与源于蔷薇科的桃聚合,与桑树形态学和基因组进化分析分类结果一致。荧光定量PCR试验表明,在无Na Cl胁迫条件下桑树NHX1在‘湖桑32号’根、茎、叶中均有表达;在Na Cl胁迫处理12 h后,根、茎中桑树NHX1的表达量显著增加,而后回落;而在胁迫处理24 h后,叶中桑树NHX1的表达量显著提高,随后回落。过量表达Mn NHX1的转基因拟南芥在Na Cl胁迫环境中,种子发芽率低于野生型,而根长和侧根生长情况以及幼苗成活率都优于野生型;连续浇灌含高浓度Na Cl营养液的转基因拟南芥生长状态更为优良。【结论】MnNHX1为优良的植物耐盐基因,在桑树中为组成型表达,并受Na Cl胁迫诱导,表现出组织特异性。过量表达Mn NHX1的拟南芥耐盐能力显著提高,生存在盐胁迫环境中,依然具有良好的生长和发育能力。

关键词：桑树 Na + /H +逆向转运蛋白非生物胁迫耐盐性基因功能

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家蚕蜕皮液蛋白质双向电泳及质谱分析

生物工程学报 2017年第1期33卷 99-110页

作者：侯勇田莎郭超周霞陈世达杨欢赵萍夏庆友西南大学生物技术学院家蚕基因组生物学国家重点实验室重庆400716

蜕皮液是存在于新旧表皮之间的一层液体,在昆虫蜕皮和变态发育的过程中发挥了重要的作用。为进一步探究家蚕蜕皮液的功能,利用双向电泳技术对家蚕预蛹期及羽化前期的蜕皮液的蛋白质进行了分析,结果表明,预蛹期及羽化前期的蜕皮液中分别... 详细信息

蜕皮液是存在于新旧表皮之间的一层液体,在昆虫蜕皮和变态发育的过程中发挥了重要的作用。为进一步探究家蚕蜕皮液的功能,利用双向电泳技术对家蚕预蛹期及羽化前期的蜕皮液的蛋白质进行了分析,结果表明,预蛹期及羽化前期的蜕皮液中分别可以检测出超过200个蛋白点,它们主要分布在等电点4-9、分子量10-180 kDa之间。利用MALDI TOF/TOF对羽化前期蜕皮液的42个蛋白点进行了鉴定分析,结果表明34个蛋白点成功得到了鉴定,它们主要包括载脂蛋白类、蛋白酶与蛋白酶抑制剂、免疫相关蛋白、几丁质结合蛋白等,部分蛋白在预蛹期的蜕皮液和羽化前的蜕皮液之间存在明显的差异表达。为了进一步验证蛋白质组分析的结果,对其中1个差异表达明显的蛋白质Apolipoprotein D进行了进一步的分析,Q-PCR的结果表明,该蛋白主要在化蛹第1–4天存在高表达,其在羽化前蜕皮液中的高度累积暗示了它可能参与了家蚕羽化变态的过程。以上研究结果进一步丰富了人们对蜕皮液蛋白质的认识,为深入研究蜕皮液蛋白质的功能提供了一些参考。

关键词：家蚕蜕皮液双向电泳变态发育载脂蛋白

缬氨酸对猪原代肝细胞脂质代谢调节基因PPARα、FASN表达的影响

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江西农业大学学报 2024年第2期46卷 427-437页

作者：谢宪兵黄仁祺何玉珠吴国云陈星平郑双艳万小娟南昌大学实验动物科学中心江西南昌330031 南昌大学第二临床学院江西南昌330031 江西农业大学动物科学技术学院/江西省动物营养重点实验室/南昌市动物健康与安全重点实验室江西南昌330045 南昌大学中德联合研究院江西南昌330047 南昌大学基础医学院江西南昌330006

【目的】研究旨在探究缬氨酸调节猪肝脏脂质代谢相关基因及其参与的调控途径,为揭示缬氨酸调控猪肝脏脂质代谢的分子作用机制提供试验数据和理论依据。【方法】以5日龄三元杂(杜洛克×长白×大白)仔猪原代肝细胞为试验对象,采用0,0.1,1,... 详细信息

【目的】研究旨在探究缬氨酸调节猪肝脏脂质代谢相关基因及其参与的调控途径,为揭示缬氨酸调控猪肝脏脂质代谢的分子作用机制提供试验数据和理论依据。【方法】以5日龄三元杂(杜洛克×长白×大白)仔猪原代肝细胞为试验对象,采用0,0.1,1,10 mmol/L缬氨酸(Val)分别处理原代肝细胞24 h及48 h,通过蛋白免疫印迹(Western-blot)技术检测不同浓度缬氨酸对脂质代谢重要调控基因PPARα及FASN的影响,同时将10 mmol/L缬氨酸处理24 h组与对照组的肝细胞样品进行RNA-Seq转录组测序,结合GO功能与KEGG通路富集分析,筛选出缬氨酸调控肝脏脂类代谢的潜在关键基因及信号通路,最后应用实时荧光定量(qPCR)技术验证差异表达基因。【结果】(1)与对照组相比,10 mmol/L缬氨酸处理原代肝细胞24 h和48 h均显著降低PPARα、FASN基因的蛋白表达(P组相比,10 mmol/L缬氨酸处理原代肝细胞24 h组共筛选出418个差异表达基因,其中181个上调,237个下调。(3)GO功能分析发现,差异基因在分子功能方面主要参与蛋白质结合过程、催化活性、分子转导活性和转运蛋白活性。(4)KEGG分析发现,差异基因富集在代谢、疾病、生物系统、细胞信号调控、基因调控、环境调控等6个生物过程。其中脂质代谢是参与代谢生物过程的主要信号通路之一,富集到脂肪酸代谢的FASN、SCD、FADS2、FADS1、HSD17B12等5个差异基因主要参与胰岛素信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路。【结论】10 mmol/L缬氨酸可显著下调猪原代肝细胞中PPARα及FASN的蛋白表达,调节脂质代谢关键基因的表达及信号通路活性,研究结果为进一步解析支链氨基酸调控脂代谢提供了理论基础。

关键词：缬氨酸猪原代肝细胞脂质代谢转录组测序

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家蚕丝素蛋白阳离子化及其对羊毛性状的影响

纺织学报 2019年第7期40卷 24-30页

作者：包红徐水张小宁成国涛朱勇西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室重庆400715 西南大学生物技术学院重庆400715

为提高羊毛织物的穿着舒适性,以碳化二亚胺(EDC)为激活剂激活家蚕丝素蛋白侧链上的羧基,使其与精胺反应得到阳离子化丝素蛋白,并将其整理到羊毛上,借助扫描电子显微镜、X射线衍射仪、傅里叶红外光谱仪、差示扫描热量仪对整理后的羊毛进... 详细信息

为提高羊毛织物的穿着舒适性,以碳化二亚胺(EDC)为激活剂激活家蚕丝素蛋白侧链上的羧基,使其与精胺反应得到阳离子化丝素蛋白,并将其整理到羊毛上,借助扫描电子显微镜、X射线衍射仪、傅里叶红外光谱仪、差示扫描热量仪对整理后的羊毛进行分析与表征。结果表明:整理后的丝素蛋白Zeta电位由-3.58 mV上升到5.41 mV;改性羊毛鳞片层表面被丝素蛋白膜包裹,其表面形成了更多的氢键和酰胺键,晶体结构更稳定,耐热分解性能提高,但力学性能下降;不同改性程度的家蚕丝素蛋白对羊毛结构的影响无明显差异,改性处理使羊毛酸性染料上染率下降。

关键词：家蚕丝素蛋白精胺羊毛改性结晶性能