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基于剪接因子SRSF9在头颈部鳞状细胞癌中的表达及临床意义的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第2期50卷 379-391页

作者：刘玉婷喻莹黎桂珍史沁雪李彬彬广东医科大学基础医学院病理生理学教研室广东东莞523808 广东医科大学第二临床医学院广东东莞523808

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30... 详细信息

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库、基因表达交互分析(GEPIA)数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系;利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况;应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源(TIMER)数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路;基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件,并对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:TCGA数据库、GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高(P系(r=0.44,P系(r=0.186,P系(r=-0.269,P<0.001;r=-0.353,P<0.001;r=-0.304,P<0.001)。SRSF9共表达基因富集分析,核糖体、剪接体和代谢通路等相关基因上调,而黏着斑、细胞因子和细胞黏附分子等相关基因下调。SRSF9相关可变剪接靶基因主要涉及脂类代谢、胰高血糖素和紧密连接等通路。结论:SRSF9在HNSCC中呈高表达,且与患者预后不良和肿瘤微环境免疫细胞浸润相关,可成为HNSCC诊断、预后评估和治疗的潜在分子靶标。

关键词：头颈部鳞状细胞癌富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9 可变剪接肿瘤免疫生物信息学

基于蛋白质组学探讨Ppp3cb和Ppm1g在NHE1基因敲除模型鼠海马组织中的表达

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陆军军医大学学报 2024年第11期46卷 1244-1253页

作者：马鹏飞杨攀郑乾张祥明屠秋霞张春林叶兰冯占辉贵州医科大学临床医学院贵阳550000 贵州医科大学基础医学院:分子医学工程研究中心贵阳550025 贵州医科大学基础医学院生物教研室贵阳550025

目的通过NHE1基因敲除模型鼠的海马组织差异蛋白质组学分析,发现并明确Ppp3cb和Ppm1g的表达特征。方法①选取6只2周龄NHE1基因敲除模型鼠作为模型组,同周龄野生型小鼠6只作为对照组,采用琼脂糖凝胶电泳检测其基因型;应用旷场实验和强迫... 详细信息

目的通过NHE1基因敲除模型鼠的海马组织差异蛋白质组学分析,发现并明确Ppp3cb和Ppm1g的表达特征。方法①选取6只2周龄NHE1基因敲除模型鼠作为模型组,同周龄野生型小鼠6只作为对照组,采用琼脂糖凝胶电泳检测其基因型;应用旷场实验和强迫游泳实验对模型组和对照组小鼠进行行为学评估,并按照Racine评分标准对模型鼠进行癫痫发作分级;②通过串联质谱分析技术对模型组和对照组的海马组织进行差异蛋白筛选,基因本体论(Gene Ontology Analysis,GO)分析差异蛋白并进行注释和富集,蛋白网络数据库(search tool for the retrieval of interesting genes,STRING)分析差异蛋白之间的蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI);③应用qPCR和Western blot检测Ppp3cb和Ppm1g的转录和翻译水平,应用免疫组织化学技术分别观察其在组织中的表达量。结果①模型组小鼠NHE1基因未见表达,旷场实验中模型鼠的运动总距离较对照组减少(P=0.0073),跨越的格子数比对照组显著减少(P系统过程的差异蛋白数量最多。STRING分析显示差异蛋白Ppp3cb和Slc9a1直接作用,Ppm1g通过Ppp3cb和Slc9a1间接作用,Ppp3cb和Ppm1g之间相互作用。③Ppp3cb的转录和翻译水平减少,在组织中的表达量下降,而Ppm1g转录和翻译水平增加,在组织中的表达量上升(P<0.05)。结论本研究确定了NHE1基因敲除小鼠海马组织中差异蛋白Ppp3cb表达下调,而Ppm1g表达上调,为进一步研究Ppp3cb和Ppm1g参与癫痫发病机制提供了依据。

关键词： NHE1基因敲除癫痫海马蛋白质组学 Ppp3cb Ppm1g

甲状腺功能正常的2型糖尿病合并桥本甲状腺炎患者甲状腺抗体水平与早期肾脏损伤相关性的研究

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中国糖尿病杂志 2024年第9期32卷 657-661页

作者：付瑞瑞陈晶晶方瑶陆雨纯周晓燕应长江徐州医科大学第一临床医学院 221000 徐州医科大学遗传学教研室徐州医科大学附属医院内分泌科

目的探讨T2DM合并桥本甲状腺炎(HT)患者甲状腺抗体水平与早期肾脏损伤的相关性。方法选取2018年1月至2022年12月于徐州医科大学附属医院内分泌科住院治疗的T2DM患者375例,根据是否合并HT分为单纯T2DM组(n=191)和T2DM合并HT组(HT,n=18... 详细信息

目的探讨T2DM合并桥本甲状腺炎(HT)患者甲状腺抗体水平与早期肾脏损伤的相关性。方法选取2018年1月至2022年12月于徐州医科大学附属医院内分泌科住院治疗的T2DM患者375例,根据是否合并HT分为单纯T2DM组(n=191)和T2DM合并HT组(HT,n=184),选取同期197名体检健康者为正常对照(NC)组。HT组根据UACR水平分为微量白蛋白尿亚组(MUAlb,30≤UACR≤300 mg/g,n=70)和正常白蛋白尿亚组(NUAlb,UACR<30 mg/g,n=114);另根据甲状腺抗体是否阳性分为甲状腺球蛋白抗体阳性[TGAb(+)]亚组(n=40)、甲状腺过氧化物酶抗体阳性[TPOAb(+)]亚组(n=56)及TGAb和TPOAb双抗体阳性[TGAb(+)+TPOAb(+)]亚组(n=88)。比较各组一般资料及生化指标的差异。结果与NC组比较,HT、T2DM组吸烟史、饮酒史、尿肌酐、α1微球蛋白、UACR、FPG、HbA_(1)c、LDL-C、TC及TG升高(P<0.05),HDL-C降低(P<0.05)。与NUAlb亚组比较,MUAlb亚组年龄、DM病程、FPG、HbA_(1)c、TGAb、TPOAb、促甲状腺激素(TSH)升高(P<0.05),游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、e GFR降低(P<0.05)。Spearman相关分析显示,UACR与年龄、HbA_(1)c、TPOAb、TGAb、TSH呈正相关(P<0.01),与FT3呈负相关(P<0.01)。TGAb(+)+TPOAb(+)亚组UACR高于TGAb(+)、TPOAb(+)亚组(P<0.05)。Logistic回归分析显示,TSH、TGAb、TPOAb、HbA_(1)c是MUAlb的危险因素,FT3是MUAlb的保护因素。结论甲状腺功能正常的T2DM合并HT患者TPOAb、TGAb与早期肾脏损伤密切相关。

关键词：糖尿病 2型桥本甲状腺炎甲状腺抗体尿白蛋白/肌酐比值

基于WGCNA和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因

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中南大学学报（医学版） 2024年第2期49卷 207-219页

作者：黄一铭王爱民王凤琳徐雅琪张文婧石福艳王素珍山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expres... 详细信息

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因。方法:从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载基因芯片数据,采用WGCNA筛选出与帕金森病相关的重要基因模块;将重要模块中的基因导出,绘制帕金森病重要相关基因与免疫相关基因的韦恩图,从而筛选出帕金森病免疫相关基因。采用基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)深入分析免疫相关基因的功能及参与的信号通路。通过R语言的CIBERSORT包进行免疫细胞浸润分析。采用生物信息学方法和3种机器学习方法[最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、随机森林(random forest,RF)和支持向量机(support vector machine,SVM)]对筛选出的帕金森病免疫相关基因进行进一步筛选研究,绘制4种方法筛选的差异表达基因的韦恩图,筛选交集基因即中心节点(hub node,hub)基因。通过STRING数据库搜索帕金森病hub基因的下游蛋白质,绘制蛋白质互作网络图。结果:筛选出帕金森病重要模块基因中与免疫相关的基因218个,其中45个为上调基因,50个为下调基因。富集分析结果显示218个基因主要在免疫系统对外来物反应和病毒感染通路富集。免疫浸润分析结果表明,CD4^(+)T细胞、NK细胞、CD8^(+)T细胞、B细胞在帕金森病患者样本中的浸润百分率较高,静息NK细胞、静息CD4^(+)T细胞在帕金森病患者样本中显著浸润。4种方法筛选出的hub基因为ANK1基因。交集基因蛋白质互作网络分析结果显示,ANK1基因翻译表达的11个蛋白质主要参与信号转导、铁稳态调节及免疫系统激活等功能。结论:通过WGCNA和机器学习方法,筛选出帕金森病免疫相关关键基因ANK1,该基因可能成为帕金森病诊断和治疗的候选靶点。

关键词：加权基因共表达网络分析机器学习帕金森病免疫 ANK1基因

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姜黄素加重结肠癌细胞株HCT-116线粒体损伤和促进细胞凋亡的作用研究

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重庆医科大学学报 2024年第3期49卷 270-275页

作者：徐明亮康清梅张顺涛张雄高敏娜曾波西南医科大学附属医院麻醉科泸州646099 西南医科大学病理教研室泸州646099 重庆医科大学附属永川医院消化内科重庆402160 重庆医科大学基础医学院病理学教研室重庆400016

目的:观察姜黄素对结肠癌细胞株HCT-116细胞增殖和凋亡的影响以及对细胞线粒体形态和功能的改变,并探讨其可能的机制。方法:体外培养结肠癌细胞株HCT-116,给与不同浓度的姜黄素(5、10、20、30μmol/L)处理,细胞计数试剂盒CCK-8观察细胞... 详细信息

目的:观察姜黄素对结肠癌细胞株HCT-116细胞增殖和凋亡的影响以及对细胞线粒体形态和功能的改变,并探讨其可能的机制。方法:体外培养结肠癌细胞株HCT-116,给与不同浓度的姜黄素(5、10、20、30μmol/L)处理,细胞计数试剂盒CCK-8观察细胞增殖的变化并筛选出最佳作用浓度。流式细胞术检测细胞凋亡的改变。线粒体膜电位检测试剂盒JC-1检测细胞内线粒体膜电位的变化。电镜和Mito Tracker Deep Red染色观察细胞内线粒体形态结构的变化。三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)和活性氧(reactive oxygen species,ROS)检测试剂盒检测细胞ATP和ROS的变化。分光光度计检测与凋亡密切相关的casppase-3和caspase-9活性变化。最后,Western blot检测结肠癌细胞内caspase-3和caspase-9蛋白水平的变化。结果:姜黄素处理细胞株HCT-116细胞后,细胞的增殖水平受到抑制,且呈浓度-时间依赖性,其半数最大抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))为13μmol/L。姜黄素不仅增加早期凋亡的结肠癌细胞的比例,还使细胞内线粒体膜电位水平下降,且呈浓度依赖性。电镜结果显示姜黄素处理后,细胞内线粒体出现明显的线粒体肿胀,线粒体嵴肿胀、消失、膜破裂和空泡等。Mito Tracker Deep Red染色后显示线粒体数量减少且呈碎片状。细胞内的ATP生产明显下降。另外,姜黄素还增加细胞内caspase-3和caspase-9酶活性和蛋白水平的表达。结论:姜黄素抑制结肠癌HCT-116细胞的增殖,并促进细胞的凋亡,其机制与姜黄素加重线粒体形态和功能的损伤有关。

关键词： HCT-116细胞株姜黄素凋亡线粒体

5-氟尿嘧啶联合重组人细胞珠蛋白治疗缺氧诱导化疗耐受肝细胞癌的体外实验

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实用医学杂志 2024年

作者：王毅何硕杨斯昀章俊贵州医科大学病理学教研室贵州医科大学附属医院病理科

目的探讨联合使用重组人细胞珠蛋白（rhCYGB）靶向缺氧诱导的5-氟尿嘧啶（5-FU）治疗耐受在肝癌中的作用及机制。以期为改善难治性肝癌提供一种新的联合治疗策略。方法在常氧和缺氧条件下检测不同药物对肝癌细胞的半数抑制率并绘制量... 详细信息

目的探讨联合使用重组人细胞珠蛋白（rhCYGB）靶向缺氧诱导的5-氟尿嘧啶（5-FU）治疗耐受在肝癌中的作用及机制。以期为改善难治性肝癌提供一种新的联合治疗策略。方法在常氧和缺氧条件下检测不同药物对肝癌细胞的半数抑制率并绘制量效曲线，评估不同氧浓度下肝癌细胞对5-FU的敏感性。使用CompuSyn和SynergyFinder 3.0软件分析不同浓度rhCYGB和5-FU在常氧和缺氧条件下处理肝癌细胞的联合效应。肿瘤干细胞成球实验评估联合用药对肝癌干细胞性的作用。流式细胞术检测联合用药对CD133阳性细胞亚群比例的影响。划痕实验评估联合用药对肝癌细胞迁移的影响。结果缺氧条件下5-FU处理Hep3B、Huh7和HepG2细胞IC50值显著高于常氧条件下IC50值（P <0.05），分别为常氧条件下的15.27、4.25、2.34倍。常氧和缺氧条件下5-FU联合rhCYGB具有协同效应。与5-FU单药组相比，5-FU联合rhCYGB对肝癌干细胞球的形成具有抑制作用（P <0.05），且可显著下调Hep3B细胞中CD133阳性亚群比例（P <0.05）。常氧条件下rhCYGB联合5-FU处理48 h后对Hep3B细胞的迁移具有联合抑制作用（P <0.05）。结论 rhCYGB与5-FU联合运用在肝癌中具有协同效应；联合机制可能涉及干细胞性及细胞迁移能力的调控。

关键词： rhCYGB 缺氧微环境联合策略肿瘤干细胞肝细胞癌

骨膜水凝胶负载脂肪间充质干细胞来源外泌体治疗骨关节炎

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海南医学院学报 2024年

作者：章竞常恬刘欣张诗晗刘阳霍强蚌埠医科大学药学院药物化学教研室安徽省生化药物工程技术研究中心南京医科大学药学院药剂学教研室

目的：制备了一种骨膜细胞外基质（periosteum extracellular matrix， PECM）水凝胶负载脂肪间充质干细胞来源的外泌体（exosomes of adipose mesenchymal stem cells， AdMSC-Exo），评价其对内侧半月板失稳术（destabilization of medial meniscus， DMM）构建的骨关节炎大鼠模型的治疗效果。方法：采用超速离心法提取AdMSC-Exo并进行表征。PECM通过脱细胞和酶降解工艺制备。以制得的水凝胶负载外泌体得到PECM@AdMSC-Exo。SD雄鼠随机分为假手术(Sham)组、DMM+Saline组、DMM+PECM组、DMM+ AdMSC-Exo组、DMM+PECM@AdMSC-Exo组。通过关节腔注射药物进行体内药效实验，观察其对骨关节炎的治疗作用。结果：表征实验结果表明，成功制备了AdMSC-Exo、PECM和PECM@AdMSC-Exo。体外实验表明，AdMSC-Exo对损伤的软骨细胞具有修复作用。体内药效实验结果表明，与对照组相比，PECM@AdMSC-Exo可以有效修复软骨，对大鼠骨关节炎具有较好的治疗作用，且对大鼠的体重无明显影响。结论：本研究成功制备了PECM@AdMSC-Exo，对大鼠软骨损伤具有较好的修复效果，为骨关节炎的治疗提供了一种新策略。

关键词：骨膜细胞外基质水凝胶间充质干细胞外泌体软骨修复骨关节炎

膳食炎症指数与中老年人认知障碍发生风险的Meta分析

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中华疾病控制杂志 2024年第2期28卷 209-214,220页

作者：王丽丽赵海峰山西医科大学公共卫生学院营养与食品卫生学教研室太原030001

目的系统评价膳食炎症指数(dietary inflammatory index,DII)与中老年人认知障碍发生风险的关系。方法检索中国知网、万方、维普、生物医学文献、PubMed、Science Direct、Springer、Cochrane Library、Embase等数据库从建库至2022年6... 详细信息

目的系统评价膳食炎症指数(dietary inflammatory index,DII)与中老年人认知障碍发生风险的关系。方法检索中国知网、万方、维普、生物医学文献、PubMed、Science Direct、Springer、Cochrane Library、Embase等数据库从建库至2022年6月20日发表的关于DII与中老年人认知障碍的文献,按照纳入、排除标准严格筛选。采用纽卡斯尔-渥太华(Newcastle-Ottawa scale,NOS)量表及美国卫生保健质量和研究机构(Agency for Healthcare Research and Quality,AHRQ)推荐的横断面研究质量评价量表评估筛选后的文献质量,采用Revman 5.4软件和Stata 15.1软件进行Meta分析,随机效应模型汇总OR值和95%CI。结果共纳入7项研究,包含15428名参与者。Meta分析显示,与最低位数DII相比,最高位数DII与中老年人认知障碍风险增加相关(OR=1.62,95%CI:1.27~2.05,P<0.01),尤其是在使用FFQ调查膳食数据(OR=1.46,95%CI:1.21~1.77,P=0.17)及计算能量调整后的DII的研究(OR=1.71,95%CI:1.26~2.33,P=0.07)中。结论与抗炎饮食相比,高促炎饮食可能与中老年人认知障碍的风险增加有关,受纳入研究数量和质量的限制,未来仍需更多高质量研究予以验证。

关键词：膳食炎症指数认知障碍 Meta分析

ABI2在胃癌进展和预后中的作用及其调控机制

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南方医科大学学报 2024年第9期44卷 1653-1661页

作者：陈孝华鲁辉王子良王炼夏勇生耿志军张小凤宋雪王月月李静胡建国左芦根蚌埠医科大学第一附属医院胃肠外科安徽蚌埠233004 蚌埠医科大学第一附属医院中心实验室安徽蚌埠233004 蚌埠医科大学第一附属医院检验科安徽蚌埠233004 炎症相关性疾病基础与转化研究安徽省重点实验室安徽蚌埠233004

目的探讨Abelson相互作用因子2(ABI2)在胃癌进展和预后中的作用及机制。方法通过TIMER2.0和GEPIA数据库分析ABI2在泛癌和胃癌中的表达,采用Kaplan-Meier Plotter数据库分析ABI2表达水平与胃癌预后的关系,通过DAVID数据库预测ABI2在生物... 详细信息

目的探讨Abelson相互作用因子2(ABI2)在胃癌进展和预后中的作用及机制。方法通过TIMER2.0和GEPIA数据库分析ABI2在泛癌和胃癌中的表达,采用Kaplan-Meier Plotter数据库分析ABI2表达水平与胃癌预后的关系,通过DAVID数据库预测ABI2在生物系统中的功能。纳入在我院于2016年1月~2018年10月接受胃癌根治术治疗的120例胃癌患者,检测胃癌及癌旁组织中ABI2的表达水平,分析其与疾病进展的联系,并通过Cox单因素和多因素分析影响患者预后的危险因素。构建胃癌细胞系(MGC-803)ABI2干扰及过表达模型并构建裸鼠移植瘤模型,联合CCK-8、划痕、Transwell和免疫印迹实验分析ABI2对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。结合体内外研究分析ABI2影响胃癌细胞恶性生物学行为的可能分子机理。结果生信分析和本院胃癌组织检测结果表明ABI2在胃癌组织中高表达(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明ABI2低表达患者的术后生存率优于高表达患者(P<0.0001)。本院患者的生存分析结果显示,胃癌组织中ABI2高表达患者术后5年生存率降低(P<0.0001),Cox单因素和多因素生存分析进一步表明,ABI2高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(P=0.022,HR=1.887,95%CI:1.096~3.249)。富集分析提示,ABI2的作用可能与Wnt信号通路相关。上调ABI2促进裸鼠移植瘤和胃癌细胞的增殖能力(P<0.05),并增加Vimentin和N-cadherin的表达,同时降低E-cadherin的表达(P<0.05);下调ABI2则相反(P<0.05)。机制分析发现上调ABI2促进移植瘤组织和胃癌细胞中Wnt2和β-catenin的表达(P<0.05),下调ABI2则相反(P<0.05)。结论ABI2在胃癌中表达升高并影响疾病远期预后,其可能与调控Wnt信号通路进而促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭能力有关。

关键词：胃癌 ABI2 预后增殖迁移侵袭 Wnt信号通路

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