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基于转录组测序对GULP1下游靶基因筛选及分析

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遗传 2024年第10期46卷 860-870页

作者：温馨梅锦钱美玉蒋一丹王娟许士博王翠喆张君石河子大学医学院新疆地方病与民族高发病教育部重点实验室石河子832000

GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转... 详细信息

GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转录组分析,然后对表达异常基因进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,qRT-PCR)与转录组测序进行相互验证。结果表明:以P<0.05和|Log_(2)Foldchange|≥1为阈值筛选差异表达基因,发现与对照细胞相比,过表达GULP1的脂肪细胞中有278个上调基因和263个下调基因,与代谢相关的GO(Gene Ontology)条目包括胆固醇生物合成过程、胆固醇代谢过程、对脂多糖的反应、脂质代谢过程等,有52个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路,其中脂质代谢被高度富集;过表达GULP1的骨骼肌细胞有280个上调基因和302个下调基因,与代谢相关的GO条目包括激素代谢过程、对脂多糖的反应、单碳代谢过程等,有86个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG通路,其中氨基酸代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢被高度富集。GULP1的生物学功能涉及广泛,包括脂代谢、肿瘤等方面。本研究通过转录组学以及生物信息学分析,筛选出GULP1下游关键的代谢相关差异基因,获得了过表达GULP1后的代谢相关差异基因及信号通路,为今后GULP1下游靶基因的研究提供了重要的理论依据。

关键词： GULP1 转录组差异表达基因代谢生物信息学

抑制自噬增强柔红霉素与姜黄素合用引起人U937白血病细胞凋亡的机制

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中国新药杂志 2020年第10期29卷 1166-1174页

作者：陈雅琳白天鸽李瑶瑶王文强魏虹石河子大学医学院/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832000

目的:探索自噬抑制剂3-甲基腺嘌呤(3-methyladenine,3-MA)对姜黄素(curcumin,CUR)联合传统化疗药物柔红霉素(daunorubicin,DNR)诱导人急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞U937自噬与凋亡的影响。方法:应用CCK-8法检测不同实验组U937细胞增殖情况;流式细胞仪检测各组U937细胞的凋亡率;吖啶橙染色(acridine orange,AO)和透射电镜观察各组U937细胞自噬发生的情况;qRT-PCR和Western Blot检测U937细胞中自噬相关基因和蛋白Beclin 1,LC3-Ⅱ与凋亡相关基因和蛋白Bax,Bcl-2的表达情况。结果:CUR和DNR能明显抑制U937细胞增殖,且联合组作用大于单独用药组,呈时间、剂量依赖性,经3-MA预处理U937细胞后,再以CUR和DNR单独或者两两联合处理24 h,结果显示与未预处理组相比,U937细胞活力明显下降、凋亡率明显增加。3-MA预处理后用药组自噬相关基因Beclin 1,LC3-Ⅱ表达降低,凋亡相关基因Bax的表达量明显增高,抗凋亡基因Bcl-2表达明显降低。结论:抑制自噬能够增强DNR与CUR合用引起的人U937细胞凋亡。

关键词：急性髓系白血病 3-甲基腺嘌呤凋亡姜黄素柔红霉素

骨髓基质细胞HS-5分泌物白细胞介素-6对人急性髓细胞性白血病细胞系HL-60抗凋亡的作用

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解剖学报 2020年第1期51卷 32-39页

作者：陈雅琳白天鸽李瑶瑶王文强魏虹石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000

目的探讨骨髓基质细胞HS-5分泌物白细胞介素-6(IL-6)对人急性髓细胞性白血病(AML)细胞系HL-60增殖与凋亡的影响。方法体外培养HL-60细胞与HS-5细胞,构建共培养体系,应用扫描电子显微镜、ELISA法、细胞计数试剂盒8(CCK-8)法、Annexin V-F... 详细信息

目的探讨骨髓基质细胞HS-5分泌物白细胞介素-6(IL-6)对人急性髓细胞性白血病(AML)细胞系HL-60增殖与凋亡的影响。方法体外培养HL-60细胞与HS-5细胞,构建共培养体系,应用扫描电子显微镜、ELISA法、细胞计数试剂盒8(CCK-8)法、Annexin V-FITC/PI双染流式细胞术、Real-time PCR和Western blotting技术分别检测HL-60细胞增殖和凋亡的变化;将不同组的HL-60细胞分别接种于BALB/c裸鼠,观察并记录成瘤情况。结果骨髓基质细胞HS-5分泌的IL-6能够促进HL-60细胞增殖、抑制其凋亡,并下调HL-60细胞中的促凋亡基因Bax的表达,上调抗凋亡基因Bcl-2的表达。共培养组HL-60细胞在BALB/c裸鼠中成瘤能力最强,HL-60细胞单独培养组成瘤能力最弱。结论骨髓基质细胞HS-5促进HL-60细胞增殖、抑制其凋亡的部分作用机制是通过分泌IL-6实现的。

关键词：人急性髓细胞性白血病骨髓基质细胞白细胞介素-6 免疫印迹法裸鼠

基于生物信息学对SLC25A21下游靶基因的筛选及验证

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遗传 2024年第12期46卷 1055-1065页

作者：陈瑶温馨袁芳媛彭钞灵王翠喆张君孟平平石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室石河子832000

溶质载体家族25成员21(solute carrier 25 member 21,SLC25A21)是氧代二羧酸盐载体,其主要功能是通过反向交换机制将胞浆内的2-氧代己二酸转运至线粒体。前期研究发现,在过表达SLC25A21的3T3-L1细胞中葡萄糖消耗能力显著增加。为进一步... 详细信息

溶质载体家族25成员21(solute carrier 25 member 21,SLC25A21)是氧代二羧酸盐载体,其主要功能是通过反向交换机制将胞浆内的2-氧代己二酸转运至线粒体。前期研究发现,在过表达SLC25A21的3T3-L1细胞中葡萄糖消耗能力显著增加。为进一步挖掘SLC25A21下游关键代谢基因,本研究在3T3-L1细胞中上调SLC25A21表达,利用高通量测序结合生物信息学分析获得差异表达基因,并通过实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证关键基因表达。结果显示:(1)过表达SLC25A21的脂肪细胞中有26个上调基因,66个下调基因;(2)基因本体论(gene ontology,GO)分析表明,差异表达基因的生物学功能主要涉及脂质合成和代谢过程;京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)表明,差异表达基因主要富集在鞘脂代谢、胰岛素和胰高血糖素样肽1分泌和合成等信号通路;(3)CytoHubba筛选出GRB2、SOS1、SHC1、CBL、HRAS、SOS2、EGFR、MET、PLCG2和KRAS等10个评分最高的关键基因,主要参与了细胞的糖、脂代谢过程;(4)在脂肪细胞中过表达SLC25A21,qRT-PCR验证结果表明除KRAS表达无明显变化外,其余基因的mRNA表达水平均出现相应的增高。本研究结果将为今后深入研究SLC25A21在糖、脂代谢过程中的作用及机制提供理论依据。

关键词： SLC25A21 生物信息学差异表达基因筛选及验证

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神经生长因子在食管鳞癌细胞中的表达及分泌

解剖学报 2015年第3期46卷 348-353页

作者：李秋霞裴学莲刘洋王玉婷黄燕燕周宗瑶慕晓玲石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000

目的探讨神经生长因子(NGF)与食管鳞癌细胞分化的相关性。方法采用有限稀释法分选出圆形和梭形单细胞克隆,采用无血清悬浮培养获得细胞球细胞,贴壁的Eca109细胞分别在含血清和不含血清培养基中培养48h;分别采用反转录-聚合酶链式反应(RT... 详细信息

目的探讨神经生长因子(NGF)与食管鳞癌细胞分化的相关性。方法采用有限稀释法分选出圆形和梭形单细胞克隆,采用无血清悬浮培养获得细胞球细胞,贴壁的Eca109细胞分别在含血清和不含血清培养基中培养48h;分别采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术和免疫印迹法,检测NGF在食管鳞癌细胞中mRNA水平和蛋白水平的表达;免疫荧光技术检测NGF在食管鳞癌细胞中的表达定位;免疫组织化学法检测食管鳞癌组织中NGF的表达定位;用酶联免疫吸附法(ELISA)检测NGF在Eca109细胞培养基中的分泌情况。结果在Eca109细胞中能检测到NGF的mRNA水平和蛋白水平的表达,其中NGF在细胞球细胞中的mRNA水平和蛋白水平的表达量最高。食管癌组织中检测到NGF表达于细胞质。Eca109细胞在无血清培养条件下能够分泌NGF,且明显高于含血清培养基中的含量。结论食管癌细胞系Eca109表达并分泌NGF,并且食管癌组织中表达NGF,NGF可能在维持食管鳞状细胞癌的干细胞特性发挥了重要作用。

关键词：食管鳞状细胞癌神经生长因子 Eca109细胞免疫组织化学反转录-聚合酶链反应免疫印迹法酶联免疫吸附法

福尔马林致痛对大鼠脊髓背角神经元神经肽CCK表达的影响

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中国应用生理学杂志 2009年第2期25卷 217-220页

作者：李丽李洪安蒋金芳梁伟华司军强石河子大学医学院生理教研室新疆石河子832002 石河子大学民族高发病和地方病教育部重点实验室新疆石河子832002

目的:本实验观察胆囊收缩素(CCK)在福尔马林致痛大鼠感觉信息传递中的作用。方法:用免疫组织化学技术,分别观察阴性对照、生理盐水、福尔马林致痛后1 h和福尔马林致痛后3 h大鼠脊髓背角的感觉神经元神经肽CCK表达的变化。结果:大鼠足底... 详细信息

目的:本实验观察胆囊收缩素(CCK)在福尔马林致痛大鼠感觉信息传递中的作用。方法:用免疫组织化学技术,分别观察阴性对照、生理盐水、福尔马林致痛后1 h和福尔马林致痛后3 h大鼠脊髓背角的感觉神经元神经肽CCK表达的变化。结果:大鼠足底注射福尔马林1 h后,脊髓背角Ⅰ、Ⅱ层神经元CCK表达阳性细胞数明显增加(P<0.01),且注射侧阳性细胞数明显高于非注射侧。注射福尔马林1 h后,注射侧和非注射侧CCK表达阳性细胞的半定量光密度均值分别是0.397±0.014和0.295±0.007,差异有显著性(P<0.01);注射福尔马林3 h后,注射侧和非注射侧脊髓背角CCK表达阳性细胞的半定量光密度均值分别是0.366±0.009和0.303±0.005,差异仍有显著性(P<0.01)。结论:福尔马林致痛大鼠脊髓CCK表达阳性细胞的半定量光密度均值增加,进一步证实CCK在炎性痛信息传递通路的多个环节中参与了痛觉调制。

关键词： CCK 免疫组织化学脊髓背角大鼠

长期低剂量NaAsO2诱导人骨髓间充质干细胞的分化

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解剖学报 2009年第4期40卷 580-584页

作者：冯丽娜王一李思源慕晓玲石河子大学新疆地方与民族高发病重点实验室

目的研究在建立抗砷细胞模型CAsE-人骨髓间充质干细胞（hBMSCs）过程中,低剂量砷长期暴露对hBMSCs分化的作用。方法常规条件培养hBMSCs,实验组用1μmol/L的亚砷酸钠连续诱导hBMSCs≥12周,采用48h急性砷中毒实验检测细胞抗砷性的产生;细... 详细信息

目的研究在建立抗砷细胞模型CAsE-人骨髓间充质干细胞（hBMSCs）过程中,低剂量砷长期暴露对hBMSCs分化的作用。方法常规条件培养hBMSCs,实验组用1μmol/L的亚砷酸钠连续诱导hBMSCs≥12周,采用48h急性砷中毒实验检测细胞抗砷性的产生;细胞集落形成实验分析CAsE-hBMSCs的增殖能力;应用RT-PCR、免疫细胞化学技术检测砷对Oct-4表达的影响;RT-PCR检测砷对ABCG2表达的影响。结果用1μmol/L的亚砷酸钠连续诱导12周后,hBMSCs获得抗砷性,砷诱导hBMSCs的LC50为35.59μmol/L,平行培养的hBMSCs的LC50为18.04μmol/L;与对照组比较,CAsE-hBMSCs不具有恶性增殖能力;Oct-4基因在第4代、第18代及砷诱导4周的hBMSCs中均有表达,但在亚砷酸钠诱导12周、15周后未检测到Oct-4的表达;Oct-4蛋白在第4代hBMSCs表达阳性,砷诱导15周的CAsE-hBMSCs中呈弱阳性表达,阳性颗粒分布在胞质内;实时定量结果显示ABCG2在砷诱导15周的hBMSCs中的表达明显低于对照组（P＆lt;0.001）。结论长期低剂量NaAsO...

关键词：骨髓间充质干细胞抗砷细胞分化 Oct-4 ABCG2 RT-PCR 人

RS102895通过阻断CCL2/CCR2通路抑制PC-3前列腺癌细胞的增殖、侵袭和迁移

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细胞与分子免疫学杂志 2021年第9期37卷 781-787页

作者：王竞州陈柯茹李雪杨冰琪庞槐王翠喆张君石河子大学医学院新疆地方病与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000

目的探讨RS102895特异性拮抗CC趋化因子受体2(CCR2),对不同恶性程度前列腺癌细胞生物学行为的影响。方法体外培养非雄激素依赖性PC-3前列腺癌细胞和雄激素依赖性22RV1前列腺癌细胞,设立空白对照组、重组CC趋化因子配体2(rCCL2)处理组、r... 详细信息

目的探讨RS102895特异性拮抗CC趋化因子受体2(CCR2),对不同恶性程度前列腺癌细胞生物学行为的影响。方法体外培养非雄激素依赖性PC-3前列腺癌细胞和雄激素依赖性22RV1前列腺癌细胞,设立空白对照组、重组CC趋化因子配体2(rCCL2)处理组、rCCL2联合RS102895处理组。CCK-8法检测细胞增殖能力,Transwell^(TM)法检测细胞侵袭和迁移能力,实时定量PCR检测细胞KI-67抗原(ki67)与基质金属蛋白酶2(MMP2)的mRNA表达水平,Western blot法检测细胞ki67、MMP2的蛋白表达水平。结果与对照组相比,rCCL2处理能够显著增强PC-3细胞的增殖、侵袭及迁移能力,对22RV1细胞的增殖能力具有显著增强作用;同时,rCCL2处理可显著上调PC-3细胞中ki67和MMP2的mRNA及蛋白表达水平。RS102895处理后,可逆转rCCL2的以上作用。结论RS102895可通过特异性阻断PC-3前列腺癌细胞中CCL2/CCR2通路,下调ki67及MMP2的表达,抑制细胞的增殖、侵袭和迁移。

关键词： RS102895 CC趋化因子配体2 CC趋化因子受体2 前列腺癌细胞细胞增殖、侵袭及迁移

腹部脂肪组织APN基因DNA甲基化及mRNA表达与维吾尔族T2DM的相关性

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遗传 2015年第3期37卷 269-275页

作者：张君张望强丁毓磊许彭王婷婷徐文静陆环刘宗智谢建新石河子大学新疆地方病与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000 石河子大学医学院第一附属医院心内科新疆石河子832000

为探讨APN基因启动子区DNA甲基化及m RNA表达与新疆维吾尔族T2DM发生、发展的相关性,文章选择新疆维吾尔族正常个体50例、肥胖个体48例、肥胖伴T2DM个体26例,收集腹部网膜脂肪组织,利用变性高效液相色谱技术检测APN基因启动子区DNA甲基... 详细信息

为探讨APN基因启动子区DNA甲基化及m RNA表达与新疆维吾尔族T2DM发生、发展的相关性,文章选择新疆维吾尔族正常个体50例、肥胖个体48例、肥胖伴T2DM个体26例,收集腹部网膜脂肪组织,利用变性高效液相色谱技术检测APN基因启动子区DNA甲基化情况,应用Real-time PCR方法检测APN基因m RNA表达情况。结果显示,APN基因启动子区DNA甲基化阳性率在正常对照(34%)、肥胖(47.9%)及T2DM组(65.4%)逐渐增加,差异具有统计学意义(P子区DNA甲基化与其m RNA表达负相关,甲基化阳性组相对拷贝数(0.2700)显著低于阴性组(0.7870),差异具有统计学意义(P子区DNA甲基化通过抑制其m RNA表达导致糖脂代谢紊乱,可能参与了新疆维吾尔族肥胖及T2DM的发生、发展过程。

关键词：维吾尔族 2型糖尿病腹部脂肪组织脂联素基因 DNA甲基化