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一起肉毒梭菌中毒事件的实验室诊断

中国食品卫生杂志 2024年第08期 916-921页

作者：钱璐梁胜楠董晶徐雪芳胡彬张香媛崔方元程利红窦继波聊城市疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室山东省疾病预防控制中心

目的对2023年11月发生的1起疑似肉毒中毒事件的相关样本进行实验室检测，对分离到的一株A型肉毒梭菌（C. botulinum）进行全基因组测序（WGS）。方法对食品、病例粪便和环境样本应用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）快速检测肉毒毒... 详细信息

目的对2023年11月发生的1起疑似肉毒中毒事件的相关样本进行实验室检测，对分离到的一株A型肉毒梭菌（C. botulinum）进行全基因组测序（WGS）。方法对食品、病例粪便和环境样本应用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）快速检测肉毒毒素基因。参照GB 4789.12—2016对样本进行前处理，经接种疱肉培养基和TPGYT培养基增菌培养5 d，通过动物试验进行毒素检出、确证和定性实验，采用卵黄琼脂平板分离和纯化菌株，并用API 20A和VITEK MS做菌种鉴定。同时对分离得到的菌株开展WGS，分析菌株的遗传特征。结果病例粪便样本A型肉毒毒素基因阳性，通过动物试验检出A型肉毒毒素，利用卵黄琼脂平板成功分离A型肉毒梭菌RD1和RD2。其他样品均为阴性。WGS分析显示，该菌为肉毒梭菌，共有12个毒素编码相关基因，染色体上有3个噬菌体序列，wg-SNPs分析显示RD1和RD2与BrDura亲缘关系最近。结论此次实验按照国家标准和本实验室建立的荧光定量PCR方法进行鉴定，检测方案和结果为临床A型肉毒中毒提供参考。

关键词：肉毒梭菌肉毒毒素食物中毒实验室诊断全基因组测序

基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

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中华流行病学杂志 2024年第4期45卷 574-578页

作者：曹蓝夏丹陈艺韵周腾飞殷尚晖刘艳慧李魁彪狄飚张周斌秦鹏哲广州市疾病预防控制中心广州510440

目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生... 详细信息

目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

关键词：禽流感病毒基因重组纳米孔测序

2023年云南省首例猴痘确诊病例的流行病学调查与处置

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疾病监测 2024年第9期 1223-1226页

作者：韩晓宇罗春蕊王珏朱向晖刘春蓓张利那伏晓庆张美玲刘照生云南省疾病预防控制中心曲靖市疾病预防控制中心

目的描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子、疱疹液等样本，应用实时荧光定量聚... 详细信息

目的描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子、疱疹液等样本，应用实时荧光定量聚合酶链式反应对标本进行猴痘病毒核酸检测、基因测序等。结果病例于2023年6月16日在云南省外发生多次高风险暴露行为，6月22日出现生殖器部位瘙痒伴皮疹，乏力、肌痛。其咽拭子、肛拭子、尿道口分泌物、疱疹液均检出猴痘病毒核酸阳性，基因测序结果显示，病例感染的猴痘病毒属西非系B.1.3分支。病例的6名密切接触者中，1人检出猴痘病毒核酸阳性，为有同性性行为者。采集患者床单、被套，卫生间毛巾等6份环境标本，其中1份卧室床单标本为阳性。结论综合流行病学调查和实验室结果，该猴痘确诊病例系国内本土感染引起，需密切关注猴痘疫情的发展趋势，加强健康教育，同时加强监测和预警系统的建设，做好猴痘疫情监测和防控准备工作。

关键词：猴痘病毒云南省首例防控措施

浙江省嘉兴市孕妇戊型肝炎知识知晓率及影响因素分析

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中国公共卫生 2024年第7期40卷 804-808页

作者：郭飞飞富小飞王远航亓云鹏周晚玲向泽林嘉兴市疾病预防控制中心传染病预防控制科嘉兴314050

目的了解浙江省嘉兴市孕妇戊型肝炎(“戊肝”)知识知晓率及影响因素,为制定孕妇戊肝防控策略提供依据。方法 2023年4月,采用随机抽样方法,由嘉兴市8家市县两级妇幼保健院向在医院体检的孕妇发放问卷进行调查,每家医院至少调查300人,共2... 详细信息

目的了解浙江省嘉兴市孕妇戊型肝炎(“戊肝”)知识知晓率及影响因素,为制定孕妇戊肝防控策略提供依据。方法 2023年4月,采用随机抽样方法,由嘉兴市8家市县两级妇幼保健院向在医院体检的孕妇发放问卷进行调查,每家医院至少调查300人,共2 512名孕妇参与调查。采用多因素logistic回归模型分析孕妇戊肝知识知晓率及影响因素。结果共回收有效问卷2 495份,有效率为99.32%。孕妇戊肝知识知晓人数为809人,知晓率为32.42%。不同户籍地、孕期、职业、学历和年收入的孕妇戊肝知识知晓率差异均有统计学意义(P 科及以上者戊肝知识知晓率较高(OR=2.052,95%CI=1.648~2.555)。结论嘉兴市孕妇戊肝知识知晓率较低,外地户籍、孕晚期、大专及以下学历的孕妇是知识干预的重点人群。应针对性加强工人、无业/自由职业群体的戊肝相关知识宣传教育。

关键词：戊肝孕妇知晓率嘉兴

重点人群同时接种23价肺炎球菌多糖疫苗和流感病毒裂解疫苗安全性评价

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中国公共卫生 2024年第7期40卷 809-816页

作者：李涛孙建文卢希徐海洋靳玉惠龚李敏程育慧万江顺江良梁罗静赵艳伟王斌冰安徽省疾病预防控制中心合肥230601 北京科兴生物制品有限公司北京102601 阜阳市疾病预防控制中心阜阳236000 合肥市疾病预防控制中心合肥230091 蚌埠市疾病预防控制中心蚌埠233000 宣城市疾病预防控制中心宣城242000 安庆市疾病预防控制中心安庆246000 马鞍山市疾病预防控制中心马鞍山243000 宿州市疾病预防控制中心宿州234000

目的评价在3岁及以上重点人群同时接种国产23价肺炎球菌多糖疫苗和流感病毒裂解疫苗的安全性,为制定23价肺炎多糖疫苗和流感疫苗免疫策略提供参考依据。方法于2021年10月—2023年2月在安徽省8个地市对3~0.05);各年龄组不良反应分级均以... 详细信息

目的评价在3岁及以上重点人群同时接种国产23价肺炎球菌多糖疫苗和流感病毒裂解疫苗的安全性,为制定23价肺炎多糖疫苗和流感疫苗免疫策略提供参考依据。方法于2021年10月—2023年2月在安徽省8个地市对3~疾病人群和≥60岁老年人群同时接种1针23价肺炎球菌多糖疫苗和1针流感病毒裂解疫苗,并观察接种后28 d内的安全性。采用“方舟免疫”手机程序和问卷相结合的方式进行主动监测,收集疫苗接种后的不良反应。结果本研究共主动监测5502名疫苗接种志愿者,3~疾病者占1.45%)、8~疾病1598例,≥60岁1832人(患基础疾病者占37.61%)。不良反应均在接种后7 d内发生、发生率为2.67%,1、2和3级不良反应发生率分别为1.62%、0.93%和0.13%。局部和全身不良反应发生率分别为2.25%和1.00%,局部反应以疫苗接种部位疼痛为主,全身反应以发热为主。同时接种时肺炎疫苗的局部不良反应高于流感疫苗。3~0.05);各年龄组不良反应分级均以1级、2级为主。健康人群总体不良反应发生率为2.32%,患基础疾病人群总体不良反应发生率为3.15%,2组人群差异无统计学意义(χ^(2)=3.530,P>0.05),其中3~疾病人群不良反应、发生等级差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论在重点人群中同时接种国产23价肺炎球菌多糖疫苗和流感病毒裂解疫苗,不同年龄、不同健康状况接种人群均具有良好安全性,2种疫苗可同时接种。

关键词： 23价肺炎球菌多糖疫苗流感病毒裂解疫苗同时接种安全性

利福平耐药结核分枝杆菌对氟喹诺酮类药物表型耐药与其基因突变的一致性研究

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中国防痨杂志 2024年第8期46卷 942-950页

作者：于兰陈双双王嫩寒田丽丽赵琰枫樊瑞芳刘海灿李传友代小伟北京市疾病预防控制中心结核病实验室北京100035 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的:研究利福平耐药结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对氟喹诺酮类药物(fluoroquinolones,FQs)耐药基因突变特征与FQs最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)的关系。方法:选取2016—2021年北京市结核病防治机构及定点医院收治的利福平耐药结核病(rifampicin resistant tuberculosis,RR-TB)患者分离培养阳性菌株进行微孔板法药物敏感性检测,总结RR-TB患者菌株对左氧氟沙星(levofloxacin,Lfx)和莫西沙星(moxifloxacin,Mfx)的MIC值;同时进行一代测序。分析FQs耐药相关基因gyrA和gyrB突变特征与FQs MIC之间的关系;以表型药物敏感性试验(phenotypic drug susceptibility testing,pDST)结果为参照标准,评价基因型药物敏感性试验(genotypic drug susceptibility testing,gDST)对FQs耐药的检测效能;探讨RR-MTB对FQs表型耐药与基因型耐药差异的原因。结果:303株RR-TB患者菌株中,FQs pDST耐药率为27.7%(84/303),gyrA基因突变检出率为25.1%(76/303),未检测到gyrB基因突变。以pDST结果为参照标准,gDST检测RR-MTB的FQs耐药性的敏感度和特异度分别为84.5%(71/84;95%CI:74.6.1%~91.2%)和97.7%(214/219;95%CI:94.5%~99.1%)。两种方法结果不一致的菌株有25株,不一致率为8.3%(25/303)。FQs耐药菌株的MIC主要为2μg/ml,最常见的突变位点发生在第94位点(53.9%,41/76),gyrA基因在第88和94位点突变与pDST耐药完全一致,而第90和91位点突变的pDST耐药一致率分别为95.8%(23/24)和3/5。第88位点的突变与Lfx pDST耐药相关,与Mfx pDST高浓度耐药相关;第90位点的突变以丙氨酸转变为缬氨酸为主(92.3%,24/26),该突变发生的Lfx和Mfx最低MIC为临界浓度(1μg/ml和0.25μg/ml)。第94位点天冬氨酸突变为天冬酰胺均为Lfx和Mfx高浓度耐药(1/1),该位点天冬氨酸突变为酪氨酸与Lfx耐药(1/1)相关,与Mfx高浓度耐药相关(1/1)。结论:北京地区RR-MTB的FQs耐药的主要机制是gyrA基因突变,不同gyrA基因突变提示FQs耐药水平存在差异。FQs pDST和gDST检测RR-MTB的结果高度一致,可及早应用gDST检测RR-TB患者的FQs的耐药性,以指导临床制定合理治疗方案。

关键词：分枝杆菌,结核荧光喹诺酮类微生物敏感性试验 DNA突变分析抗药性,细菌

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昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

北京市通州区一起聚集性发热疫情的病原学鉴定及柯萨奇病毒A4型基因特征分析

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病毒学报 2024年

作者：邹林甄博珺张萍张冲佟玲张建明郗璐王建国王芳高翔李仁清北京市通州区疾病预防控制中心北京市疾病预防控制中心

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究，为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测，并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Bl... 详细信息

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究，为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测，并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Blast型别鉴定，随后与筛选自不同国家和地区的CVA4的VP1序列的代表株进行系统发育树构建、核苷酸序列相似性及氨基酸变异位点等分析。结果显示通州区7例肠道病毒核酸阳性标本均为柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CVA4）。通过对从NCBI公共数据库筛选的来自全球的324条CVA4的全长VP1序列构建系统发育树，发现CVA4可分为A～F 6个基因型，F基因型分为F1和F2亚型。相似性分析表明，7株分离株与CVA4 F2亚型核苷酸相似性最高，中位数为0.936(0.927～0.945)，与F2亚型氨基酸相似性中位数为0.993(0.990～0.996)。因此北京市通州区此次聚集性发热疫情是由CVA4引起，属于F基因型F2亚型，提示未来工作应加强对CVA4的监测。

关键词：柯萨奇病毒A组4型 F基因型序列分析分子特征

深度测序用于家庭内传播HIV-1耐药及准种特征分析

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中国艾滋病性病 2024年第5期30卷 459-465页

作者：米云婷徐晴晴王爱玲金聪姚均中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心北京102206 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 中国疾病预防控制中心妇幼保健中心北京100013

目的通过深度测序获得家庭内成员HIV-1准种信息,分析相互之间的传播进化关系及耐药情况。方法收集1对阳性夫妻与其阳性新生儿产时、产后48小时、42天及2岁龄时的血液样本,对母亲产时血浆和新生儿产时干血斑样本进行HIV-1病毒载量检测;... 详细信息

目的通过深度测序获得家庭内成员HIV-1准种信息,分析相互之间的传播进化关系及耐药情况。方法收集1对阳性夫妻与其阳性新生儿产时、产后48小时、42天及2岁龄时的血液样本,对母亲产时血浆和新生儿产时干血斑样本进行HIV-1病毒载量检测;提取干血斑中HIV-1 DNA,经巢式PCR扩增HIV-1 gag、pol、env基因区后进行亚型鉴定、耐药分析和Hiseq高通量测序。计算各样本内/样本间基因离散率,选择最大似然法构建准种进化树。结果母婴产时病毒载量分别为5600拷贝/mL和1000拷贝/mL;3人均感染CRF07_BC亚型;新生儿2年后K65R低频耐药株占比较出生时增高;母子间基因离散率低于父子间;pol区进化树显示三者之间为“父-母-子”的传播关系;新生儿4个时期样本内基因离散率在0.47%~0.68%间波动,与基线样本相比基因离散率在0.49%~0.82%间波动;pol、env进化树表明新生儿优势准种是由基线准种进化而来。结论通过深度测序可以明确家庭内成员HIV-1准种传播规律、遗传特征、不同时期的准种动态以及耐药变化,指导后续的cART。

关键词：艾滋病深度测序低频耐药准种