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扩增子与宏基因组策略在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用比较

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中国人兽共患病学报 2024年

作者：黄枝妙翁育伟陈炜游丽斌王金章俞婷婷林琦福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室

目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二... 详细信息

目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析2种不同测序方法的有效数据百分比、测序深度及不同测序深度下的病毒全基因组测序覆盖度等质量参数,评估测序质量。使用Nextclade进行病毒分型、序列突变及缺失情况分析,比较2种测序方法所获得序列的一致性及完整性。结果使用猴痘参比毒株MPXV-M5312＿HM12＿Rivers全基因序列(GenBank登录号:NC＿063383.1)进行拼接后,扩增子测序和宏基因测序所获得有效数据百分比分别为99.72%和7.54%,测序深度范围分别为0×～334 839×和44×～1 000×,测序深度10×以上的位点覆盖度分别为90.3%和100%。通过IGV查看全基因组在不同测序深度下的覆盖情况发现,宏基因测序的全基因组位点测序深度覆盖均匀,而扩增子测序的全基因组位点测序深度覆盖不均、差异明显。病毒分型及序列一致性分析显示,2种方法所获得序列均为猴痘病毒Ⅱb B.1分支,与参比序列相比宏基因测序结果存在73个突变位点,扩增子测序存在68个突变位点,深入分析发现扩增子测序有7个Ⅱb B.1分支的共有突变位点未测到,还存在2个假阳性私有突变位点。结论在猴痘病毒全基因测序中可灵活使用扩增子测序或宏基因组测序方法,其中扩增子测序可以获得更多的有效数据量,而宏基因组测序在序列覆盖的均一性和准确性方面较好,本研究旨在为提高猴痘病毒全基因组测序成功率提供一点启发与技术参考。

关键词：猴痘病毒全基因组测序扩增子测序宏基因测序

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4%双唑草腈悬浮剂施用人员健康风险评估

现代农药 2024年第3期23卷 81-85页

作者：付少华屈文黎炎梅卢昊湖北省疾病预防控制中心武汉430079 湖北省应用毒理重点实验室武汉430079

对4%双唑草腈悬浮剂进行了施用人员初级健康风险评估。分别在直播田和移栽田2种不同工作场景下,评价了4%双唑草腈悬浮剂对施用人员在配药和施药过程中的综合风险系数。试验结果表明:在较差防护及中等防护下,2种工作场景的综合风险系数RQ... 详细信息

对4%双唑草腈悬浮剂进行了施用人员初级健康风险评估。分别在直播田和移栽田2种不同工作场景下,评价了4%双唑草腈悬浮剂对施用人员在配药和施药过程中的综合风险系数。试验结果表明:在较差防护及中等防护下,2种工作场景的综合风险系数RQ为2.9467~6.6659,风险超出可接受范围;而在较好防护下,2种不同工作场景的综合风险系数RQ均小于1,风险可控。

关键词：双唑草腈施用人员健康风险风险评估

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部分城市父母对儿童无细胞百白破、乙型肝炎、灭活脊髓灰质炎和b型流感嗜血杆菌成分疫苗接种方案偏好的离散选择实验

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中国疫苗和免疫 2024年第2期30卷 127-133页

作者：黄澳迪许侠唐林黄丽芳张雪周洋张倩周泽玫王钰王晓琪刘倩倩刘斯宇尹遵栋王富珍传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心北京102206 中国疾病预防控制中心免疫规划中心北京100050 福建省疾病预防控制中心福建福州350012 浙江省疾病预防控制中心浙江杭州310051

目的调查儿童父母对儿童无细胞百白破(DTaP)、乙型肝炎(HepB)、灭活脊髓灰质炎(IPV)和b型流感嗜血杆菌(Hib)成分疫苗接种方案的选择偏好。方法采用离散选择试验和便利抽样方法在中国3个城市地区6个预防接种门诊选择0-6岁儿童的父母开展... 详细信息

目的调查儿童父母对儿童无细胞百白破(DTaP)、乙型肝炎(HepB)、灭活脊髓灰质炎(IPV)和b型流感嗜血杆菌(Hib)成分疫苗接种方案的选择偏好。方法采用离散选择试验和便利抽样方法在中国3个城市地区6个预防接种门诊选择0-6岁儿童的父母开展问卷调查。使用混合Logit模型估计DTaP、HepB、IPV和Hib成分疫苗接种方案选择偏好的参数值和选择概率。结果共纳入220例研究对象。混合Logit模型回归分析显示,疫苗接种方案的接种剂次数最少(β=3.40,95%CI:3.03-3.77)和一般反应发生率最低(β=2.56,95%CI:2.18-2.94)是影响研究对象选择偏好最重要的属性;不同特征研究对象的选择偏好存在异质性。当疫苗接种方案为接种5剂次、一般反应发生率1/50、自付费用800元和进口疫苗时,研究对象的选择概率提高至99.83%。结论研究地区儿童父母对儿童疫苗接种方案的选择偏好主要受接种剂次数和疫苗安全性的影响;需开发和应用更多更安全的儿童联合疫苗。

关键词：疫苗接种接种方案偏好离散选择实验儿童父母

草地贪夜蛾核型多角体病毒对草地贪夜蛾的毒力及其侵染特征

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植物保护学报 2024年第3期51卷 629-635页

作者：彭倩易磊曾洋施玉双傅悦谌祖文黄冈师范学院生物与农业资源学院经济林木种质改良与资源综合利用湖北省重点实验室湖北黄冈438000 黄冈市疾病预防控制中心湖北黄冈438000

为明确草地贪夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedrovirus,SfMNPV)对草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda的毒力及其体内外侵染特性,于室内测定SfMNPV对草地贪夜蛾的毒力,采用苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色分析SfMNPV侵染后草地贪夜蛾的组织病理学特征,通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qPCR)技术分析SfMNPV在草地贪夜蛾体内和Sf9细胞系中的复制特征。结果表明,SfMNPV对草地贪夜蛾2龄幼虫的LC_(50)和LT_(50)分别为7.39×10~5 OBs/mL和3.82 d;SfMNPV可侵染草地贪夜蛾幼虫的真皮、气管、脂肪体和中肠等组织,未侵染肌肉组织;SfMNPV侵染96 h后草地贪夜蛾体内SfMNPV基因组拷贝数最大,为3.91×10~6拷贝数/ng,SfMNPV侵染96 h后Sf9细胞培养上清液中SfMNPV基因组拷贝数最大,为2.08×10~7拷贝数/mL。

关键词：草地贪夜蛾杆状病毒杀虫毒力侵染特性组织

2022年中国免疫规划信息系统建设和应用现状调查

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中国疫苗和免疫 2024年第5期 517-521页

作者：贾亚超叶家楷曹雷郝利新宋祎凡侯芊张肇南余文周陈俊磊李力尹遵栋传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心免疫规划中心福建省疾病预防控制中心

目的了解中国免疫规划信息系统建设和应用现状。方法采用问卷调查收集中国各省份截至2022年底免疫规划信息系统建设部署、升级、经费投入、应用等信息并进行描述性分析。结果截至2022年底中国各省份均已部署省级免疫规划信息系统，2... 详细信息

目的了解中国免疫规划信息系统建设和应用现状。方法采用问卷调查收集中国各省份截至2022年底免疫规划信息系统建设部署、升级、经费投入、应用等信息并进行描述性分析。结果截至2022年底中国各省份均已部署省级免疫规划信息系统，28个省份已按免疫规划信息系统基本功能规范要求完成升级改造。各级疾病预防控制机构(CDC)免疫规划信息系统覆盖率达100%,接种单位信息系统覆盖率为99.94%。省、市、县级CDC和接种单位疫苗扫码出入库覆盖率分别为100%、100%、96.53%和99.95%,接种单位疫苗接种扫码率为99.69%。2018-2022年各省份免疫规划信息系统建设总经费投入为61.79亿元。2022年免疫规划信息系统全人群建档数为13.08亿条，建档率为92.67%。结论中国免疫规划信息系统建设不断完善，仍需推进免疫规划信息系统升级改造和应用。

关键词：免疫规划信息系统建设应用

应用熵权-TOPSIS法结合RSR法综合评价2022年中国省级免疫规划信息系统业务功能完整性

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中国疫苗和免疫 2024年第3期30卷 333-338页

作者：陈俊磊叶家楷宋祎凡李力张肇南郑鲁曹雷余文周福建省疾病预防控制中心福建福州350012 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心北京102206 中国疾病预防控制中心免疫规划中心北京100050 济宁市疾病预防控制中心山东济宁272004

目的评估中国省级免疫规划信息系统业务功能完整性。方法对2022年各省级免疫规划信息系统现况开展问卷调查,采用熵权-TOPSIS法结合RSR法综合评价省级免疫规划信息系统业务功能建设完整性。结果各省级免疫规划信息系统6项业务功能建设完... 详细信息

目的评估中国省级免疫规划信息系统业务功能完整性。方法对2022年各省级免疫规划信息系统现况开展问卷调查,采用熵权-TOPSIS法结合RSR法综合评价省级免疫规划信息系统业务功能建设完整性。结果各省级免疫规划信息系统6项业务功能建设完成率分别在75.0%-100%、56.3%-100%、20.0%-100%、60.0%-100%、0.0%-100%、60.0%-100%之间;TOPSIS分析显示各省级免疫规划信息系统的综合评价指标Ci值在0.163-1.000之间;RSR法分析显示,业务功能完整性处于较好、中等和较差分档的省级免疫规划信息系统数量分别为8个、24个和0个。结论2022年省级免疫规划信息系统业务功能完整性总体较好但存在差异。建议各省级免疫规划信息系统按照国家免疫规划信息系统建设相关标准和要求进一步完善。

关键词：免疫规划信息系统功能完整性熵权-TOPSIS法 RSR法

注射用奈达铂的血管刺激性、溶血性和过敏性试验研究

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农业开发与装备 2024年第1期 145-147页

作者：余庆杨文祥吴琳应用毒理湖北省重点实验室湖北武汉430079 湖北省疾病预防控制中心湖北武汉430079

观察注射用奈达铂是否具有血管刺激性、溶血性和过敏性。按照《化学药物刺激性、过敏性和溶血性研究技术指导原则》的方法,开展了注射用奈达铂兔耳缘静脉给药血管刺激性试验、体外溶血性试验、豚鼠全身主动过敏性试验。注射用奈达铂对... 详细信息

观察注射用奈达铂是否具有血管刺激性、溶血性和过敏性。按照《化学药物刺激性、过敏性和溶血性研究技术指导原则》的方法,开展了注射用奈达铂兔耳缘静脉给药血管刺激性试验、体外溶血性试验、豚鼠全身主动过敏性试验。注射用奈达铂对家兔耳静脉注射无明显刺激性,对家兔红细胞未见溶血和血球凝集现象,豚鼠全身主动过敏性试验未观察到动物出现过敏症状。在本试验条件下,初步判断注射用奈达铂是安全的。

关键词：注射用奈达铂过敏性溶血性血管刺激性

中国男男性行为者HIV暴露前预防用药知信行及影响因素的Meta分析

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中国艾滋病性病 2024年第9期30卷 999-1004页

作者：雷达靳廷丽刘家虹江西省疾病预防控制中心重大疫情防控江西省重点实验室南昌330001

目的了解中国MSM对于HIV PrEP的认知、意愿、行为及相关影响因素。方法计算机检索Web of Science、PubMed、Science Direct、The Cochrane Library和万方、维普、中国知网、中国生物医学文献数据库中有关MSM对PrEP知识知晓、接受意愿、... 详细信息

目的了解中国MSM对于HIV PrEP的认知、意愿、行为及相关影响因素。方法计算机检索Web of Science、PubMed、Science Direct、The Cochrane Library和万方、维普、中国知网、中国生物医学文献数据库中有关MSM对PrEP知识知晓、接受意愿、使用情况的横断面研究,运用RevMan 5.3软件进行Meta分析。结果共纳入33篇文献,样本总量为38577例MSM。Meta分析得出MSM对PrEP的知晓率为55%(95%CI:45%~65%),了解PrEP知识后对PrEP的接受意愿率为58%(95%CI:46%~71%),PrEP实际使用率为8%(95%CI:6%~11%)。文化程度为大专及以上(OR=1.95,95%CI:1.59~2.38)、月收入≥5000元(OR=1.62,95%CI:1.28~2.05)、性向为同性恋者(OR=2.01,95%CI:1.65~2.44)、自我感知HIV感染高风险(OR=2.12,95%CI:1.34~3.35)及知晓PrEP(OR=2.52,95%CI:1.71~3.72)是中国MSM使用PrEP的促进因素。结论我国MSM对于PrEP的认知及意愿水平一般,实际使用率更低。影响MSM使用PrEP的因素较多,根据不同影响因素探索符合我国MSM特点的PrEP服务模式,加强MSM对PrEP的意愿-行为转换,可有效促进PrEP的应用和推广。

关键词：艾滋病病毒暴露前预防男男性行为者认知、意愿、使用

基于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术的快速沙门菌血清型分型

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中华流行病学杂志 2024年第9期45卷 1266-1272页

作者：王鲁彦侯心娇孙慧颖刁保卫李杰闫梅英山东省阳信县疾病预防控制中心滨州251800 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 山东大学公共卫生学院济南250061

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对常见沙门菌血清型进行鉴定,为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法收集不同地区来源的500株菌株,采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌(包括伤寒沙门菌、... 详细信息

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对常见沙门菌血清型进行鉴定,为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法收集不同地区来源的500株菌株,采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌(包括伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、印第安纳沙门菌)血清型,提取菌株的蛋白复合物,进行图谱采集,构建肽指纹图谱数据库,利用不同模块算法建立沙门菌血清分型方法,然后用155株测试菌株评价该分型方法的准确性。结果建立了5种沙门菌血清型MALDI-TOF MS数据库,在此基础上建立基于匹配算法和基于神经元卷积网络机器学习方法的2种沙门菌血清型分型方法,通过测试菌株分别评价2种分型方法的鉴定效果,发现基于匹配算法的MALDI-TOF MS能够快速识别、鉴定5种临床常见的沙门菌血清型,对沙门菌血清型鉴定的准确率可达100.00%,分型的敏感性及特异性均达100.00%。而且,该分型方法用时短(15~20 min)、重复性好。而基于机器学习的方法不能准确区分不同的血清型,分型的敏感性及特异性分别为82.23%和95.81%。结论本研究建立的基于MALDI-TOF MS技术的沙门菌血清分型方法能够简便、快速、准确地进行临床常见沙门菌血清分型。

关键词：基质辅助激光解析电离飞行时间质谱血清分型沙门菌