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基于转录组测序技术探索1型糖尿病肝损伤的作用机制

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武汉大学学报（医学版） 2024年第5期45卷 527-532,537页

作者：张腊英金柳荫何安玲肖勇陈明锴武汉大学人民医院消化内科湖北武汉430060 武汉大学人民医院精神卫生中心湖北武汉430060

目的:利用转录组测序的方法分析链脲佐菌素(STZ)诱导的1型糖尿病肝损伤大鼠模型组和对照组大鼠肝组织mRNA的表达情况,确定关键基因,讨论过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)信号通路在该模型中的作用。方法:将20只SD雄性大鼠随机分为模... 详细信息

目的:利用转录组测序的方法分析链脲佐菌素(STZ)诱导的1型糖尿病肝损伤大鼠模型组和对照组大鼠肝组织mRNA的表达情况,确定关键基因,讨论过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)信号通路在该模型中的作用。方法:将20只SD雄性大鼠随机分为模型组和对照组,模型组一次性腹腔注射60 mg/kg STZ,对照组注射等量溶解液,第3天鉴定模型是否构建成功。通过RNA-seq寻找大鼠肝脏组织中差异表达基因,进行差异表达基因的功能富集,绘制蛋白质互作网络图,利用MCC、MNC、DMNC三种算法分别获得关键基因。结果:和对照组相比,模型组大鼠空腹血糖明显升高,肝脏病理染色(HE染色和油红O染色)显示有轻度脂肪变性。随后我们对肝脏组织的差异表达基因按照|log2FC|>1和P<0.05的标准进行筛选,和对照组相比模型组中有298个基因高表达,212个基因低表达。利用KEGG、GO以及GOKEGG联合log2FC进行富集分析时,其中富集到细胞组分、生物过程和分子功能的通路分别有282条、26条、9条,KEGG富集分析发现了19条信号通路。通过MCC、MNC、DMNC三种算法得到的3个基因集合两两取交集可得到8个关键基因:Top2a、Kif11、Plk1、Ttk、Bub1、Cdk1、Ccna2、Cdc20。结论:通过RNA-seq筛选了STZ诱导的1型糖尿病肝损伤大鼠模型中的差异表达基因,发现PPARs信号可能在其中发挥了一定的作用,其具体机制有待进一步阐明。

关键词： 1型糖尿病链脲佐菌素肝损伤过氧化物酶体增殖物激活受体 RNA-seq

SHC4对Erastin诱导肝癌细胞铁死亡的调控作用及机制

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武汉大学学报（医学版） 2024年第2期45卷 180-184页

作者：张嘉诚董可帅余佳王卫星武汉大学人民医院普外科湖北武汉430060 武汉大学人民医院肝胆外科湖北武汉430060

目的:探讨Src同源2结构域转化蛋白4(SHC4)对Erastin诱导肝癌细胞铁死亡的调控作用及机制。方法:利用GEO数据库分析Erastin干扰肝癌细胞系后SHC4的变化情况。选取HepG2和Huh-7肝癌细胞系,利用慢病毒构建稳定过表达SHC4的细胞系(SHC4组)... 详细信息

目的:探讨Src同源2结构域转化蛋白4(SHC4)对Erastin诱导肝癌细胞铁死亡的调控作用及机制。方法:利用GEO数据库分析Erastin干扰肝癌细胞系后SHC4的变化情况。选取HepG2和Huh-7肝癌细胞系,利用慢病毒构建稳定过表达SHC4的细胞系(SHC4组)及转入空白质粒的对照组细胞系(vec组)。采用CCK-8法检测过表达SHC4对铁死亡激动剂Erastin干预的肝癌活力影响,流式细胞术检测细胞活性氧(ROS)水平,丙二醛(MDA)试剂盒检测细胞MDA水平,谷胱甘肽(GSH)试剂盒检测细胞GSH水平。Western Blot检测铁死亡通路蛋白NRF2、GPX4、xCT的蛋白的表达变化。结果:Erastin干预肝癌细胞后,SHC4的表达明显增加。与对照组相比,过表达SHC4增加肝癌细胞的存活率,同时相较于vec组ROS和MDA水平降低,GSH水平升高,NRF2、xCT、GPX4蛋白明显增加。结论:SHC4通过调控NRF2-xCT/GPX4通路抑制Erastin诱导肝癌细胞铁死亡进程,进而促进肝癌的进展。

关键词： SHC4 铁死亡肝细胞肝癌 Erastin 谷胱甘肽过氧化物酶4 NRF2

基于网络药理学和细胞实验探讨玉屏风散治疗慢性阻塞性肺病的作用机制

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中成药 2024年第7期46卷 2407-2414页

作者：丁敏何芳鲍敏姜维武汉市第三医院呼吸与危重症医学科湖北武汉430060

目的基于网络药理学和细胞实验探讨玉屏风散治疗慢性阻塞性肺病的分子机制。方法利用TCMSP数据库收集玉屏风散的活性成分和作用靶点,CTD、GenCLip3、DisGeNET、GeneCards数据库获取慢性阻塞性肺病的相关靶点,STRING网站构建蛋白互作网络... 详细信息

目的基于网络药理学和细胞实验探讨玉屏风散治疗慢性阻塞性肺病的分子机制。方法利用TCMSP数据库收集玉屏风散的活性成分和作用靶点,CTD、GenCLip3、DisGeNET、GeneCards数据库获取慢性阻塞性肺病的相关靶点,STRING网站构建蛋白互作网络,DAVID进行GO、KEGG通路分析,Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络。将BEAS-2B细胞分为对照组、模型组和槲皮素低、中、高剂量组,CCK-8法检测细胞存活率,流式细胞术检测细胞凋亡率,ELISA法检测细胞上清液IL-1β、TNF-α、IL-6、CRP、PICP、ICTP水平,RT-qPCR法检测细胞Akt1、CASP3、CCL2、CXCL8、CCND1、EGFRmRNA表达,Westernblot检测细胞TGF-β、Akt、MAPK1蛋白表达。结果共获取活性成分41种、相关靶点215个,玉屏风散与慢性阻塞性肺病共有靶点74个,核心靶点为Akt1、CASP3、CCL2、CXCL8、CCND1、EGFR等。KEGG通路分析筛选了152条信号通路,IL-17信号通路、PI3K/Akt信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、Toll样受体信号通路等可能在治疗慢性阻塞性肺病的过程中发挥关键作用。细胞实验表明,槲皮素能促进慢性阻塞性肺病细胞增殖,抑制细胞凋亡,降低炎症因子IL-1β、TNF-α、IL-6和细胞外基质损伤相关因子CRP、PICP、ICTP水平,核心靶点Akt1、CASP3、CCL2、CXCL8、CCND1、EGFRmRNA表达,以及TGF-β、Akt、MAPK1mRNA和蛋白表达。结论玉屏风散可能通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性阻塞性肺病。

关键词：玉屏风散慢性阻塞性肺疾病槲皮素炎症因子细胞外基质网络药理学细胞实验

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诉源治理的机制和原理

法律科学（西北政法大学学报） 2024年第1期42卷 49-63页

作者：陈柏峰中南财经政法大学法学院湖北武汉430060

“诉讼爆炸”现象发生后,法院面临“案多人少”的压力,“诉源治理”的理念被提出并成为司法政策。基层法院参与诉源治理,主要通过调解优先的司法政策、不同调解方式的衔接联动机制、调解协议的司法确认、司法建议等一系列制度机制来保... 详细信息

“诉讼爆炸”现象发生后,法院面临“案多人少”的压力,“诉源治理”的理念被提出并成为司法政策。基层法院参与诉源治理,主要通过调解优先的司法政策、不同调解方式的衔接联动机制、调解协议的司法确认、司法建议等一系列制度机制来保障。在矛盾纠纷的不同阶段,法院参与诉源治理的角色预设有所不同。然而,诉源治理面临一些实践困难:基层法院敦促其他机构协同配合的效果不佳,其他机构在法院主导下化解纠纷的主动性不够。“诉源治理”的成功典型,是“一站式矛盾纠纷调解中心”及““一码解纠纷”在线平台”的建设和运行,其本质是在政法委的推动下,创生新的组织平台,并在新平台上聚合矛盾纠纷预防化解资源。其中发挥主导作用的不是法院,而是党委、政府。这种党政主导的诉源治理模式,发挥了党政体制的优势,生动鲜明地体现了党法关系原理。诉源治理工作由党委领导、政府负责,法院参与并从中受益,这充分彰显了“党支持司法”的现实意义。

关键词：诉源治理一站式矛盾纠纷调解中心党政体制党支持司法

深度学习计算T2加权像磁共振前列腺体积:与椭球公式比较

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中国医学影像学杂志 2024年第4期32卷 348-352,357页

作者：倪鑫淼杨瑞陈志远刘修恒武汉大学人民医院泌尿外科湖北武汉430060

目的研究和实现利用深度学习计算T2加权像MR的前列腺体积,并与椭球公式计算的前列腺体积进行比较。资料与方法回顾性收集2019年10月—2022年2月武汉大学人民医院经病理确诊的180例前列腺增生和251例前列腺癌患者的T2加权像MR图像及诊断... 详细信息

目的研究和实现利用深度学习计算T2加权像MR的前列腺体积,并与椭球公式计算的前列腺体积进行比较。资料与方法回顾性收集2019年10月—2022年2月武汉大学人民医院经病理确诊的180例前列腺增生和251例前列腺癌患者的T2加权像MR图像及诊断报告,根据诊断报告使用椭球公式计算每例患者的前列腺体积,使用U-Net模型的变体对所收集MR图像上的前列腺进行分割,利用公式前列腺体积=对(前列腺像素数目×每个像素的大小×层厚)进行求和,获得深度学习计算的前列腺体积。比较深度学习和椭球公式计算的前列腺体积差异和一致性。结果Bland-Altman分析显示,在前列腺增生和前列腺癌患者中,深度学习和椭球公式计算的前列腺体积具有较高的一致性,仅5%和6.37%的数据位于95%置信区间外。前列腺增生组用两种方法计算的前列腺体积的一致性高于前列腺癌组(ICC=0.803、0.686)。两种方法计算的前列腺体积在两组间差异有统计学意义(Z=-10.742、-12.706,P<0.05),深度学习计算的前列腺体积更大。结论深度学习在计算前列腺体积方面与椭球公式保持一致,利用深度学习计算MR前列腺体积具有广阔的前景,但还需进一步改进。

关键词：前列腺增生前列腺肿瘤深度学习磁共振成像前列腺分割前列腺体积椭球公式

基于物方一致性的珞珈三号01星视频数据在轨实时稳像

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武汉大学学报（信息科学版） 2024年第6期49卷 899-910页

作者：张致齐王密曹金山刘闯廖敦波湖北工业大学计算机学院湖北武汉430068 武汉大学测绘遥感信息工程国家重点实验室湖北武汉430079 武汉华迪维度科技有限公司湖北武汉430074

利用高分辨率敏捷光学卫星的凝视观测能力,对特定区域或目标进行连续观测,从而实现区域监测、目标跟踪等应用,是高分辨率光学卫星的应用热点之一。获取的凝视观测数据经过几何与稳像处理后,能得到稳定的高质量视频数据。但受制于过程中... 详细信息

利用高分辨率敏捷光学卫星的凝视观测能力,对特定区域或目标进行连续观测,从而实现区域监测、目标跟踪等应用,是高分辨率光学卫星的应用热点之一。获取的凝视观测数据经过几何与稳像处理后,能得到稳定的高质量视频数据。但受制于过程中需要的大量运算,星载设备计算与存储能力难以满足,该处理只能由地面系统在事后完成,信息获取的时效性低。针对该问题,基于珞珈三号01星数据特点与星载硬件计算能力,提出一种基于物方一致性的在轨视频帧实时稳像方法。所提方法利用实时几何定位,在卫星成像过程中实时提取并对目标区域影像进行几何校正;同时利用影像帧之间地理信息的一致性,对相邻影像帧进行实时配准,保证帧间相对精度;在此基础上,通过构建算法并行流水线,实时生成带有地理编码的兴趣区视频帧序列。使用珞珈三号01星真实数据与帧率(6帧/s)进行实验,结果表明,基于珞珈三号01星嵌入式星载处理硬件,所提方法能够实现快于6帧/s的处理速度,同时获得的视频帧序列带有地理编码,且帧间稳像精度达0.328像素,可满足星载实时服务需求。

关键词：视频稳像兴趣区提取实时处理星上处理

IGF-1R抑制剂通过调控自噬抑制碱烧伤小鼠角膜基质纤维化

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武汉大学学报（医学版） 2024年第6期45卷 657-662,687页

作者：程思敏蒋维艳颜瑜琳万珊珊杨燕宁武汉大学人民医院眼科中心湖北武汉430060

目的:探究胰岛素样生长因子1-受体(IGF-1R)在碱烧伤小鼠角膜组织的表达情况,以及IGF-1抑制剂(PPP)对小鼠角膜基质纤维化的影响和作用机制。方法:81只C57BL/6J小鼠随机分为对照(Control)组、碱烧伤(AB)组、碱烧伤+溶剂组(DSMO)和碱烧伤+I... 详细信息

目的:探究胰岛素样生长因子1-受体(IGF-1R)在碱烧伤小鼠角膜组织的表达情况,以及IGF-1抑制剂(PPP)对小鼠角膜基质纤维化的影响和作用机制。方法:81只C57BL/6J小鼠随机分为对照(Control)组、碱烧伤(AB)组、碱烧伤+溶剂组(DSMO)和碱烧伤+IGF-1R抑制剂组(PPP)。除Control组外,其余三组建立碱烧伤模型。自造模前1 d,PPP组给予2 mol/L PPP滴眼,DMSO组给予相同剂量溶剂,处理14 d。PCR和免疫蛋白印迹检测碱烧伤小鼠角膜组织中IGF-1R的mRNA和蛋白水平。裂隙灯显微镜观察IGF-1R抑制剂干预处理后小鼠角膜混浊情况,HE染色观察角膜组织病理损伤,PCR、Western Blot和免疫荧光染色检测角膜组织α-SMA和LC3mRNA和蛋白表达水平。结果:碱烧伤造模后14 d,与Control组相比,AB组IGF-1R蛋白和mRNA表达量增加;与DMSO组相比,PPP组角膜混浊和组织病理损伤减轻,α-SMA蛋白和mRNA表达水平降低,LC3蛋白和mRNA表达水平增加。结论:抑制IGF-1R可能通过促进自噬,抑制角膜基质纤维化,进而减轻碱烧伤小鼠角膜损伤。

关键词：胰岛素样生长因子1-受体角膜碱烧伤角膜基质纤维化自噬

一种土地类型标签精细化的GNSS-R土壤湿度反演方法

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武汉大学学报（信息科学版） 2024年第1期49卷 47-55页

作者：郭斐董桂芳朱逸凡张小红武汉大学测绘学院湖北武汉430079

针对传统的星基全球导航卫星系统反射测量(global navigation satellite system–reflectometry,GNSS-R)技术在土壤湿度反演中对土地覆盖类型信息利用不全面的问题,引入基于国际地圈生物圈计划(international geosphere biosphere programme,IGBP)分类的土地覆盖类型数据,考虑不同土地类型间的相似性和差异性,根据语义关系设计了精细化的特征标签,并将其加入BP(back propagation)神经网络中构建土壤湿度反演模型。利用该方法得到的土壤湿度与参考值的相关系数为0.85,均方根误差为0.060 cm^(3)/cm^(3),相比于已有的IGBP编号标签法,反演精度提升了7.7%。结果表明,精细化土地覆盖类型标签法可以更大程度地利用土地覆盖信息,不依赖植被、地表粗糙度等辅助数据,有效实现土壤湿度反演。

关键词： GNSS反射测量技术土壤湿度 IGBP土地覆盖类型标签精细化 BP神经网络

基于数据库挖掘分析BIRC5基因在卵巢癌中的表达及意义

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武汉大学学报（医学版） 2024年第3期45卷 285-290页

作者：武福文洪莉武汉大学人民医院妇产科湖北武汉430060

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与卵巢癌诊断、预后及免疫浸润相关的基因。方法:从GEO数据库中下载数据集,并筛选出卵巢癌差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出核心基因BIRC5。通过GEPIA和UALCAN数据库分析BIRC5表达水平... 详细信息

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与卵巢癌诊断、预后及免疫浸润相关的基因。方法:从GEO数据库中下载数据集,并筛选出卵巢癌差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出核心基因BIRC5。通过GEPIA和UALCAN数据库分析BIRC5表达水平与预后关系以及其表达与卵巢癌患者临床特征之间的关系。TIMER数据库分析BIRC5与卵巢肿瘤免疫细胞浸润的相关性。LinkedOmics和DAVID数据库分析BIRC5基因的正相关基因和KEGG通路。结果:筛选出卵巢癌相关的核心基因18个,包括BIRC5。BIRC5在卵巢癌中的表达均高于正常组织(均P<0.05),且在分期和淋巴结转移方面比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。BIRC5高表达组患者5年生存率高于低表达组(P<0.05)。BIRC5基因参与卵巢癌肿瘤细胞的免疫浸润。KEGG通路显示BIRC5主要参与细胞周期、人类T细胞白血病病毒1型感染、卵母细胞减数分裂、细胞衰老、p53信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞外基质受体互作、蛋白消化和吸收等信号通路。结论:BIRC5为卵巢癌诊断及预后相关基因,参与多种分子调控通路,可作为卵巢癌潜在的生物标志物。

关键词：卵巢癌生物信息学差异表达基因预后免疫浸润 BIRC5