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昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

宁波市HIV感染者抗病毒治疗医疗保险药物使用情况及相关因素分析

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中华流行病学杂志 2024年第1期45卷 123-127页

作者：叶泽豪姜海波谭诗文史宏博褚堃张丹丹宁波市疾病预防控制中心宁波315010

目的分析宁波市HIV感染者抗病毒治疗(ART)医疗保险(医保)药物使用情况及影响因素。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统截至2023年2月宁波市所有在治HIV感染者与ART相关历史数据。采用logistic回归模型分析HIV感染者ART医保药物使... 详细信息

目的分析宁波市HIV感染者抗病毒治疗(ART)医疗保险(医保)药物使用情况及影响因素。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统截至2023年2月宁波市所有在治HIV感染者与ART相关历史数据。采用logistic回归模型分析HIV感染者ART医保药物使用的相关因素。使用R 4.2.2软件进行统计学分析。结果共收集有ART记录的HIV感染者6433例,其中在治HIV感染者5783例。在治HIV感染者中,医保药物使用比例为24.8%(1435/5783,95%CI:23.7%~25.9%)。ART医保药物使用比例最低的两个区(县)为北仑区(8.7%,43/497)和奉化区(5.7%,14/247)。在治HIV感染者中,ART医保或自费药物组最近1年病毒载量检测≥1次的比例(84.9%,1352/1593)显著低于免费药物组(91.4%,3829/4190)(χ^(2)=52.50,P市HIV感染者ART医保药物使用比例的地区差异较明显,应尽快完善HIV感染者随访管理方案,提高HIV感染者随访依从性,调动各区(县)推广ART医保药物积极性。加强对文化程度较低者和延迟治疗者的ART医保药物的科普宣传。

关键词：艾滋病病毒感染者医疗保险药物随访相关因素

一种基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法的建立

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中华预防医学杂志 2024年第4期58卷 489-496页

作者：苏文哲李岩陆维智谢华萍李魁彪狄飚聂凯王环宇张周斌许松涛广州市疾病预防控制中心病毒免疫部广州510440 山东省疾病预防控制中心传染病防制所济南250000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 广州市疾病预防控制中心主任室广州510440

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份C... 详细信息

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增;在样品Ct值小于33时,可获得完整编码区序列;样品Ct值达到35时,可获得99.38%的编码区序列;使用多次迭代,逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单,对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。

关键词：基孔肯雅病毒全基因组测序多重PCR 高通量测序

2013—2022年浙江省华支睾吸虫感染监测结果分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第4期42卷 469-474页

作者：柴应植陈华良余可根张轩王笑笑张家祺徐文婕阮卫浙江省疾病预防控制中心传染病防治所浙江杭州310051 常山县疾病预防控制中心浙江衢州324200

目的了解浙江省华支睾吸虫感染流行现状。方法2013—2017年,每年选择浙江省1个曾有华支睾吸虫病例报告的县(市、区)为监测点,每个监测点选择3个乡(镇)开展人群监测,各乡(镇)选择至少100位3周岁以上当地居民采集静脉血,使用酶联免疫吸附... 详细信息

目的了解浙江省华支睾吸虫感染流行现状。方法2013—2017年,每年选择浙江省1个曾有华支睾吸虫病例报告的县(市、区)为监测点,每个监测点选择3个乡(镇)开展人群监测,各乡(镇)选择至少100位3周岁以上当地居民采集静脉血,使用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测华支睾吸虫抗体,计算监测对象的抗体阳性率;对2013—2015年的监测对象开展影响华支睾吸虫感染率因素的问卷调查。2018—2022年,每年以宁波市宁海县为固定监测点、另选7~9个县(市、区)为流动监测点,每个监测点按地理位置划分为东、西、南、北、中等5个片区,每个片区抽取1个乡(镇)的1个行政村,整群抽取3周岁以上当地居民200人采集粪样(>30 g),使用改良加藤厚涂片法检测华支睾吸虫虫卵,计算检测对象感染率。2013—2017年,每年在监测点的自然水体环境中采集淡水鱼;2018—2022年,每年在固定监测点和随机一个流动监测点的自然水体环境中采集淡水鱼,鉴定鱼种后采用压片法检查囊蚴感染情况。2018—2022年,每年在固定监测点和监测中间宿主的流动监测点采集猫、犬或猪粪样,用改良加藤厚涂片法检测华支睾吸虫虫卵。用SPSS 19.0进行数据统计分析,感染率的比较采用卡方检验。结果2013—2017年浙江省共监测1516人,抗体阳性率为2.51%(38/1516);2018—2022年共监测52626人,粪样中均未检出华支睾吸虫虫卵,感染率为0(0/52626)。各监测点人群抗体阳性率以磐安县最高(6.00%,18/300),不同监测点间人群抗体阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=21.212,P浙江省人群华支睾吸虫感染水平较低,但中间宿主和保虫宿主仍有感染,具有潜在流行风险,需加强监测防治和健康教育。

关键词：华支睾吸虫中间宿主保虫宿主感染率监测

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2012—2022年广东省深圳市腺病毒暴发疫情监测结果分析

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疾病监测 2024年

作者：王昕房师松武伟华刘慧孙颖邹旋唐秀娟深圳市疾病预防控制中心

目的分析2012—2022年广东省深圳市腺病毒暴发疫情监测结果及流行特点，为呼吸道病毒防控提供科学参考。方法收集深圳市2012—2022年腺病毒暴发疫情监测的流行病学资料和实验室检测结果，用描述性统计学方法分析腺病毒疫情监测数据。结... 详细信息

目的分析2012—2022年广东省深圳市腺病毒暴发疫情监测结果及流行特点，为呼吸道病毒防控提供科学参考。方法收集深圳市2012—2022年腺病毒暴发疫情监测的流行病学资料和实验室检测结果，用描述性统计学方法分析腺病毒疫情监测数据。结果：2012—2022年深圳市经实验室检测共确定了39起腺病毒暴发疫情，共采集了241份咽拭子样本，经核酸检测共167份呼吸道病毒阳性，阳性率为69.29%，其中腺病毒阳性147份，其它呼吸道病毒阳性23份（有3份样本腺病毒和鼻病毒均为阳性）。39起腺病毒疫情中有33起由腺病毒单独引起，有6起疫情由腺病毒和其它呼吸道病毒混合感染引起。2019年疫情数最多，为15起，其次是2014年6起，39起腺病毒疫情的发病人数为369例，平均罹患率为18.70％。69.23%的腺病毒疫情发生在中小学校，其余发生在幼儿园。腺病毒疫情报告最多的月份是10月（10起，占25.64%），其次是9月和4月（均为6起，占15.38%）。结论：深圳市2012—2022年每年均报告了腺病毒疫情，2019年报告数较多，高发季节是秋季和春季。

关键词：腺病毒暴发疫情监测

中国内地2010—2020年蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件分析

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中国食品卫生杂志 2024年第5期36卷 601-606页

作者：陈文韩海红庄茂强李宁陈京蓉贾华云欧阳英英付萍林黎郭云昌四川省疾病预防控制中心四川成都610041 国家食品安全风险评估中心北京100022 山东省疾病预防控制中心山东济南250014 重庆市疾病预防控制中心重庆400042 湖南省疾病预防控制中心湖南长沙410005 湖北省疾病预防控制中心湖北武汉430079

目的分析中国内地地区由蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件的发生规律及流行病学特点,为制定相应的预防和控制措施提供科学依据。方法对2010—2020年国家食源性疾病暴发监测系统中报告的蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件的流行病... 详细信息

目的分析中国内地地区由蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件的发生规律及流行病学特点,为制定相应的预防和控制措施提供科学依据。方法对2010—2020年国家食源性疾病暴发监测系统中报告的蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件的流行病学特征进行描述性分析。结果2010—2020年中国内地共报告蛋及蛋制品引发的食源性疾病暴发事件529起,发病3609人,其中死亡3人,年平均发病率每千万人口2.4人。以夏秋季节为主,其中又以7月事件数最多,占20.6%(109/529);此类事件主要分布于西南、华东和华中地区,以西南地区的事件数最多,占59.2%(313/529),其中皮蛋引发的事件数、发病人数和死亡人数均最多,分别占61.8%(327/529)、41.1%(1485/3609)和66.7%(2/3)。皮蛋的致病因素主要是沙门菌(60.9%,199/327),主要感染原因是原料污染(20.5%,67/327)和存储不当(11.0%,36/327),皮蛋引发的事件中西南地区家庭最多,占42.5%(139/327),其次是西南地区街头摊点,占18.7%(61/327)。结论皮蛋是高危食品,沙门菌是主要致病因素,原料污染和存储不当是主要污染环节,建议相关监管部门加强合作,加强对皮蛋的监测和街头摊点的管理,在高危季节的西南地区落实食品安全的健康教育。

关键词：蛋及蛋制品沙门菌食源性疾病暴发流行病学特征

大连市2022-2023年手足口病柯萨奇病毒A组16型分子流行特征分析

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病毒学报 2024年

作者：王越郎兴莹肖冰华近于蕾薄志坚栾明春大连市疾病预防控制中心

本文主要研究大连市2022-2023年手足口病重要病原柯萨奇病毒A组16型的VP1区的基因进化特征。收集2022年1月-2023年12月手足口病疑似病例1677例，利用Real-time PCR方法进行肠道病毒核酸检测，利用RTPCR对CVA16核酸阳性标本VP1区进行扩... 详细信息

本文主要研究大连市2022-2023年手足口病重要病原柯萨奇病毒A组16型的VP1区的基因进化特征。收集2022年1月-2023年12月手足口病疑似病例1677例，利用Real-time PCR方法进行肠道病毒核酸检测，利用RTPCR对CVA16核酸阳性标本VP1区进行扩增和测序，并使用肠道病毒在线定型工具（Enterovirus genotyping tool version 1.0）进行病毒型别鉴定。从GenBank上下载参考序列利用DNAStar软件和MAGE11.0软件对CVA16的VP1区进行氨基酸变异分析和进化分析。结果显示全部1677个病例中，检出肠道病毒阳性1472病例，阳性率为87.78%，其中CVA16型共252个病例（17.12%）。CVA16阳性病例主要分布在3-6岁，4岁以上儿童CVA16病毒感染比例随年龄增长而呈下降趋势。大连市手足口病的2022年和2023年主要病原体分别是CVA16和CVA6，其中CVA16在2022年的主要基因型是B1c亚型，2023年的主要基因型是B1a亚型。本研究获得CVA16的VP1区序列168条，其中有82株属于B1a亚型（82/168,48.81%）;73株属于B1c亚型（73/168,43.45%）;13株属于B1b亚型（13/168,7.74%）。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组16型 VP1区 B1c亚型基因特征分析

2021-2022年浙江省绍兴市市售畜禽肉中致泻性大肠埃希菌耐药性与同源性分析

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疾病监测 2024年第9期 1204-1209页

作者：何琴芬蒋卓婧唐诗洁周梁康张琴超绍兴市疾病预防控制中心

目的了解2021—2022年浙江省绍兴市市售畜肉和禽肉中致泻性大肠埃希菌（DEC）的耐药表型和同源性。方法 2021年3月至2022年11月采集绍兴市所辖区内农贸市场、超市和餐饮店畜禽肉420份，对样本中的DEC进行分离鉴定。采用微量肉汤稀释法... 详细信息

目的了解2021—2022年浙江省绍兴市市售畜肉和禽肉中致泻性大肠埃希菌（DEC）的耐药表型和同源性。方法 2021年3月至2022年11月采集绍兴市所辖区内农贸市场、超市和餐饮店畜禽肉420份，对样本中的DEC进行分离鉴定。采用微量肉汤稀释法测定分离株对13种抗生素的耐药性，使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对分离株进行分子分型并采用BioNumerics7.6软件进行聚类分析。结果 420份畜禽肉样本（畜肉112份、禽肉308份）有72份阳性，总检出率为17.14%（72/420），其中畜肉DEC检出率为19.64%（22/112），禽肉DEC检出率为16.23%（50/308）。共分离到77株DEC，其中畜肉源24株，禽肉源53株，77株DEC共分为3种型别，其中肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）占92.21%（71/77），肠致病性大肠埃希菌（EPEC）占5.19%（4/77），产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）占2.60%（2/77）。77株DEC对四环素耐药率最高，为76.62%（59/77），对氨苄西林、氯霉素、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑的耐药率分别为67.53%（52/77）、61.04%（47/77）、57.14%（44/77）。发现1株EAEC对碳青霉烯类药物（亚胺培南）耐药。77株DEC获得46种耐药谱，多重耐药菌株占70.13%（54/77）。禽肉源分离株对头孢唑林（χ2=9.403,P=0.002）、头孢噻肟（χ2=7.721,P=0.005）、庆大霉素（χ2=11.422,P市市售畜禽肉源DEC优势型别为EAEC，分离株对常见药物的耐药率较高，耐药谱广泛，多重耐药现象普遍存在。分离株的PFGE带型呈多态性分布，亲缘关系较低。畜牧业应加强对抗生素的使用管理，加强DEC的耐药性监测，防控耐药菌的传播。

关键词：畜肉禽肉致泻性大肠埃希菌耐药性同源性

心血管病高危人群腰围和体质指数变化与空腹血糖水平变化关系纵向数据分析

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中国公共卫生 2024年第1期40卷 1-6页

作者：吴洵覃玉苏健陈路路崔岚陶然周金意江苏省疾病预防控制中心南京210009

目的探讨心血管病高危人群腰围和体质指数变化与空腹血糖水平变化的关系,为糖尿病和心血管病的防治提供理论参考依据。方法于2015年9月—2016年6月基于“中国心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”在江苏省徐州市、连云港、盐城市等... 详细信息

目的探讨心血管病高危人群腰围和体质指数变化与空腹血糖水平变化的关系,为糖尿病和心血管病的防治提供理论参考依据。方法于2015年9月—2016年6月基于“中国心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”在江苏省徐州市、连云港、盐城市等8个项目点招募71758名≥35岁常住居民进行基线调查,对筛查出的12369名初筛血糖水平记录完整的心血管病高危人群分别于2017、2018和2019年每年进行1次随访调查,采用广义估计方程分析心血管病高危人群腰围和体质指数变化与空腹血糖水平变化的关系。结果江苏省完成3次随访且随访血糖水平完整的9952名心血管病高危人群中,正常腰围、中心性肥胖前期和中心性肥胖分别有3045人(30.6%)、2130人(21.4%)和4777人(48.0%),体重过轻、正常体重、超重和肥胖分别有56人(0.6%)、2669人(26.8%)、4540人(45.6%)和2687人(27.0%)。在调整了性别、年龄、文化程度、居住地、吸烟情况、饮酒情况、是否高血压、是否糖尿病、是否血脂异常、基线腰围、基线体质指数和随访次序等混杂因素后,广义估计方程分析结果显示,腰围减少和腰围增加心血管病高危人群的空腹血糖升高风险分别为腰围稳定心血管病高危人群的0.911倍(OR=0.911,95%CI=0.867~0.958)和1.070倍(OR=1.070,95%CI=1.022~1.120);基线腰围每增加1 cm和基线体质指数每增加1,心血管病高危人群空腹血糖水平分别增加0.011(β=0.011,95%CI=0.008~0.014)mmol/L和0.027(β=0.027,95%CI=0.013~0.041)mmol/L。亚组分析结果显示,基线腰围每增加1 cm,男性、女性、城市、农村、非糖尿病和糖尿病心血管病高危人群空腹血糖水平分别增加0.011、0.010、0.014、0.005、0.007和0.021mmol/L(均P市、农村和非糖尿病心血管病高危人群空腹血糖水平分别增加0.030、0.026、0.024和0.031 mmol/L(均P病高危人群的腰围和体质指数变化均与空腹血糖水平变化存在正向线性相关关系。

关键词：心血管病腰围体质指数血糖水平