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唾液乳杆菌CICC23174全基因组测序及功能分析

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中国兽医学报 2024年第8期44卷 1659-1666页

作者：王丽屏邓玲聪王大红王茂鹏尹革芬云南农业大学动物医学院云南昆明650201 南京农业大学动物医学院江苏南京210000 广东省养猪与猪病防控技术研究企业重点实验室广东广州511400 温州大学病毒学研究所温州市病毒学与免疫学重点实验室浙江温州325035

为探究唾液乳杆菌CICC23174的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释... 详细信息

为探究唾液乳杆菌CICC23174的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释、细菌素和信号肽预测、基因共线性比较和分子进化树分析。基因预测结果表明,唾液乳杆菌CICC23174基因组大小为203542 bp,GC含量约为32.84%,基因组特征显示其编码基因1890个,含有3个细菌素和50个信号肽。重要的是,唾液乳杆菌CICC23174菌株含有27个特有基因,构成4个系统分别为Ⅰ型-CRISPR-Cas基因防御系统、Ⅱ型毒素-抗毒素系统、抑制肿瘤逃逸基因和蛋白分泌途径。而且基因共线性分析发现CICC23174菌株与模式菌株UCC118唾液乳杆菌最为相似,但是16S rRNA分子进化树结果表明CICC23174菌株与唾液乳杆菌FZJTZ9M6遗传距离较近。本研究结果为丰富唾液乳杆菌的物种进化库,挖掘唾液乳杆菌潜在益生功能奠定了基础。

关键词：唾液乳杆菌基因组学生物信息学功能注释细菌素基因共线性分析

基于线粒体DNA和核DNA遗传标记的中华鲟种属鉴定

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中国司法鉴定 2024年第1期 61-65页

作者：杨子豪夏若成蒋志伟蒋婷婷陈开琴吴晓连陶瑞旸杜志淳华东政法大学刑事法学院上海200042 司法鉴定科学研究院上海市法医学重点实验室上海市司法鉴定专业技术服务平台司法部司法鉴定重点实验室上海200063 温州医科大学基础医学院浙江温州325035 南方医科大学法医学院广东广州510515 遵义医科大学基础医学院贵州遵义563003

目的构建一种基于线粒体DNA和核DNA遗传标记的中华鲟及其潜在杂交种的鉴定方法。方法根据美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)已公布的中华鲟cytb基因序列设计引物,并选用鲟鱼单拷贝核基... 详细信息

目的构建一种基于线粒体DNA和核DNA遗传标记的中华鲟及其潜在杂交种的鉴定方法。方法根据美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)已公布的中华鲟cytb基因序列设计引物,并选用鲟鱼单拷贝核基因fam43a扩增引物对中华鲟DNA进行扩增与测序,其中对fam43a基因扩增产物进行TA克隆测序。通过BLAST序列相似性检索确定样本来源,并基于邻接法构建鲟形目系统进化树。结果中华鲟样本测序所得cytb和fam43a基因序列长度分别为728 bp和730 bp,且10个克隆群所测fam43a基因序列完全一致。基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool, BLAST)序列相似分析显示,所测cytb与fam43a基因序列均与GenBank数据库中的中华鲟相似性最高,相似性分别为99.86%和100%。系统进化分析显示,中华鲟样本所测得序列均与GenBank数据库中的中华鲟DNA序列聚类在一起,且与鲟形目其他物种位于不同分支。结论联合使用线粒体DNA和核DNA遗传标记能够快速准确地鉴定中华鲟及其潜在杂交种,该方法能够满足法医日常检案的鉴定需求,为中华鲟的拯救和保护提供科学技术支持。

关键词：法医遗传学 cytb基因 fam43a基因中华鲟种属鉴定

利用CRISPR/Cas9系统制备斑马鱼cbsb敲除模型

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浙江医学 2024年第4期46卷 377-383页

作者：陈福海蒋林曹建斌蒋伟青项略顾珊烨刘犇浙江大学医学院附属第一医院泌尿外科杭州310003 浙江省台州医院超声科浙江省台州医院麻醉科上海交通大学附属第六人民医院神经内科温州医科大学附属眼视光医院基础研究中心

目的采用成簇的规律性间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas9系统对斑马鱼胱硫醚-β-合成酶b基因(cbsb)进行编辑,并制备稳定的斑马鱼cbsb敲除品系。方法使用ClustalX软件分析斑马鱼cbsb编码蛋白(Cbsb)的保守结构域,利用生物信息学选取向... 详细信息

目的采用成簇的规律性间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas9系统对斑马鱼胱硫醚-β-合成酶b基因(cbsb)进行编辑,并制备稳定的斑马鱼cbsb敲除品系。方法使用ClustalX软件分析斑马鱼cbsb编码蛋白(Cbsb)的保守结构域,利用生物信息学选取向导RNA(gRNA)靶点,体外合成并纯化gRNA和密码子优化的Cas9 mRNA,在刚受精的斑马鱼胚胎(1-cell期)中显微注射混合的gRNA和Cas9 mRNA,提取受精后3 d的斑马鱼幼鱼基因组,通过PCR扩增并测序分析靶点的切割效率,通过基因组扩增和测序筛选并获得cbsb敲除的稳定品系。结果斑马鱼Cbsb与人、小鼠胱硫醚-β-合成酶(CBS)高度同源。在斑马鱼Cbsb保守结构域的编码序列处设计4个靶点,其中4#靶点具有高效的切割效率,利用该靶点制备并筛选获得多个cbsb敲除斑马鱼,选取-3+13 bps和-228 bps移码突变的两种品系,进一步筛选获得稳定的cbsb敲除品系。结论利用CRISPR/Cas9系统成功制备了两种斑马鱼cbsb敲除的稳定品系,为进一步在斑马鱼活体中研究Cbsb的功能奠定了基础。

关键词：胱硫醚-β-合成酶b 硫化氢基因敲除斑马鱼成簇的规律性间隔的短回文重复序列/Cas9

转录因子环腺苷酸反应元件结合蛋白在肿瘤转移中的作用及其分子机制

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解剖学报 2015年第1期46卷 138-143页

作者：庄海慧王雪王萍宁波大学医学院人体解剖学与组织学胚胎学系转化医学中心浙江宁波315211

目的肿瘤转移是复杂而精细的有序过程,其机制包括细胞骨架纤维重排、上皮-间质化发生和microRNAs的调控等。环腺苷酸反应元件结合蛋白(CREB)作为细胞内重要的转录因子,通过自身磷酸化和过表达,改变细胞骨架纤维重排、上皮-间质化发生和... 详细信息

目的肿瘤转移是复杂而精细的有序过程,其机制包括细胞骨架纤维重排、上皮-间质化发生和microRNAs的调控等。环腺苷酸反应元件结合蛋白(CREB)作为细胞内重要的转录因子,通过自身磷酸化和过表达,改变细胞骨架纤维重排、上皮-间质化发生和与microRNAs的相互作用等,参与调控肿瘤转移。我们综述了近几年的研究成果,探讨CREB在肿瘤转移中的作用及分子机制,为以CREB为靶点的预防和治疗肿瘤转移奠定基础。

关键词：环腺苷酸反应元件结合蛋白细胞骨架上皮-间质化 MicroRNAs 肿瘤转移

多中心横断面研究炎症性肠病患者感染新型冠状病毒的临床表现及因素分析

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中华炎性肠病杂志(中英文) 2024年第4期08卷 267-273页

作者：黄天璐彭春艳梁洁陈焰王梅欧阳春晖王晓蕾李晴晴王宏刚李玥刘文佳郝艳萍张晓琦南京大学医学院附属鼓楼医院消化内科南京空军军医大学西京医院消化内科西安浙江大学医学院附属第二医院消化内科杭州扬州大学附属医院消化内科扬州中南大学湘雅二医院消化内科长沙同济大学附属第十人民医院消化内科上海常州市中医医院消化内科常州淮安市第一人民医院消化内科淮安中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院消化内科北京南京医科大学附属第三医院(常州市第二人民医院)消化内科常州盐城市第一人民医院消化内科盐城

目的研究炎症性肠病(IBD)患者在新型冠状病毒感染(COVID-19)流行期间感染新型冠状病毒后的症状变化以及IBD治疗用药的情况。方法采用横断面调查研究方法。2022年12月1-31日通过自愿抽样对全国多中心的IBD患者进行问卷调查, 收集通过核酸... 详细信息

目的研究炎症性肠病(IBD)患者在新型冠状病毒感染(COVID-19)流行期间感染新型冠状病毒后的症状变化以及IBD治疗用药的情况。方法采用横断面调查研究方法。2022年12月1-31日通过自愿抽样对全国多中心的IBD患者进行问卷调查, 收集通过核酸/抗原检测确诊为COVID-19患者的临床资料。根据患者是否自觉IBD症状加重(包括腹部不适、便血加重或出现脓血便、腹泻次数增多等), 分为症状加重组和无症状加重组, 比较两组年龄、性别、体质量指数(BMI)、基础疾病、新型冠状病毒疫苗(简称新冠疫苗)接种、IBD类型、疾病活动度、COVID-19症状、治疗用药等差异。结果共纳入497例患者, 男317例, 女180例;年龄(35.27±11.54)岁;克罗恩病355例, 溃疡性结肠炎142例;超过50%患者出现发热、肌肉酸痛、乏力、咳嗽、咳痰、鼻塞等呼吸系统症状, 部分IBD患者出现消化系统症状和神经系统症状。症状加重组104例(20.93%), 无症状加重组393例(79.07%)。两组患者在性别、年龄、BMI、基础疾病、IBD类型及新冠疫苗接种针次差异均无统计学意义(均P>0.05)。与无症状加重组相比, 症状加重组处于疾病活动期的患者比例更高[47.12%(49/104)比24.68%(97/393), P<0.001], 使用美沙拉嗪/柳氮磺吡啶的比例更高(35.58%比23.41%, P = 0.012), 出现腹泻、头痛、头晕等COVID-19症状比例均更高(均P<0.05)。237例使用生物制剂的IBD患者中, 症状加重患者与无症状加重患者使用的生物制剂类型差异具有统计学意义(χ2 = 9.351, P = 0.031)。240例使用生物制剂患者中, 症状加重患者延迟或中断生物制剂治疗的比例高于无症状加重患者, 差异具有统计学意义[45.45%(20/44)比23.98%(47/196), χ2 = 8.235, P = 0.004]。47例使用免疫抑制剂的患者中, 症状加重患者和无症状加重患者停用免疫抑制剂的比例差异不存在统计学意义(P = 0.263)。结论 IBD患者确诊COVID-19后的主要表现为呼吸道症状及全身症状, 处于疾病活动期、延迟或者停用生物制剂者更容易在感染期间出现IBD症状加重。

关键词：炎症性肠病克罗恩病溃疡性结肠炎新型冠状病毒感染新型冠状病毒疾病活动停药症状加重

同型半胱氨酸对人主动脉平滑肌细胞HCY-2表达及细胞增殖的影响

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解剖学报 2006年第4期37卷 417-420页

作者：吕丹瑜王光明韩骁张丽娜吴俊陈光慧李英北京大学医学部基础医学院人体解剖学与组织学胚胎学系北京100083 北京大学医学部基础医学院心血管研究所北京100083

目的体外研究同型半胱氨酸(HCY)及叶酸对人主动脉平滑肌细胞(hASMCs)中同型半胱氨酸诱导基因(HCY-2)蛋白表达的影响,以及HCY对hASMCs增殖的影响。方法以免疫组织化学ABC法对体外培养的hASMCs中的HCY-2表达进行形态学观察,并利用图像分... 详细信息

目的体外研究同型半胱氨酸(HCY)及叶酸对人主动脉平滑肌细胞(hASMCs)中同型半胱氨酸诱导基因(HCY-2)蛋白表达的影响,以及HCY对hASMCs增殖的影响。方法以免疫组织化学ABC法对体外培养的hASMCs中的HCY-2表达进行形态学观察,并利用图像分析系统对结果进行定量分析;以细胞计数法观察不同浓度HCY对体外培养的hASMCs增殖的影响。结果HCY-2主要表达在hASMCs的胞浆中,其表达强度与培养液中HCY浓度呈正性剂量依赖关系;叶酸促使HCY-2表达增强;不同浓度HCY可影响hASMCs的增殖,细胞增殖数目随HCY浓度增长而增加,当HCY到达1.25 mmol/L时,细胞数目达到最大值,随着HCY浓度的继续增加,细胞增殖呈下降趋势。结论HCY促使HCY-2表达增强;并影响hASMCs的增殖。叶酸对HCY有拮抗作用。

关键词：同型半胱氨酸诱导基因同型半胱氨酸叶酸免疫组织化学主动脉平滑肌细胞人胎

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仿生学在微针领域的应用

中国医药工业杂志 2024年第8期55卷 1053-1060页

作者：杨晶王维青安悦方任华江昌照叶金翠浙江工业大学长三角绿色制药协同创新中心杭州医学院

微针是一种新型的经皮给药方式，具有提高药物渗透效率和生物利用度的优势。然而，微针技术在实际临床应用中面临硬度不足、给药精度差等问题。仿生学是利用自然界生物系统功能和行为基础，构建具有特定功能的技术系统的一种科学方法，... 详细信息

微针是一种新型的经皮给药方式，具有提高药物渗透效率和生物利用度的优势。然而，微针技术在实际临床应用中面临硬度不足、给药精度差等问题。仿生学是利用自然界生物系统功能和行为基础，构建具有特定功能的技术系统的一种科学方法，可有效实现系统间的创新性整合，为解决上述问题提供新思路。目前，仿生微针在医药领域也有广泛应用，如辅助伤口愈合、外科手术及生理/病理监测等。文章汇总了采用仿生学改善微针性能的研究，探讨了仿生微针的临床发展前景，为微针技术的未来发展提供了新的视角。

关键词：仿生学微针生物结构药物递送研究进展

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基于铁死亡的肾癌治疗药物研究进展

现代肿瘤医学 2024年第21期 4167-4172页

作者：余灵艳阳馨仪杨陈杜璟张隽瑜童向民浙江中医药大学第二临床医学院浙江省人民医院(杭州医学院附属人民医院)检验中心西湖大学附属杭州市第一人民医院丽水市中心医院血液科

肾癌是泌尿系统常见的恶性肿瘤，严重威胁着人体健康。手术是目前治疗早期肾癌的有效策略，但由于晚期肾癌化疗效果差，易发生耐药，因此迫切需要开发其他潜在的治疗策略。铁死亡是一种新定义的程序性细胞死亡形式，特征是铁依赖性脂质... 详细信息

肾癌是泌尿系统常见的恶性肿瘤，严重威胁着人体健康。手术是目前治疗早期肾癌的有效策略，但由于晚期肾癌化疗效果差，易发生耐药，因此迫切需要开发其他潜在的治疗策略。铁死亡是一种新定义的程序性细胞死亡形式，特征是铁依赖性脂质过氧化物的积累，在肿瘤进展和耐药性中起关键作用。研究表明，铁死亡参与肾癌的发生发展，铁死亡相关基因可诱导细胞凋亡，作为肾癌早期诊断的潜在生物标志物并参与肾癌化疗的耐药。随着铁死亡机制的完善，靶向铁死亡治疗肾癌的药物层出不穷。因此该文结合铁死亡发生机制的理论基础，从中草药、天然化合物、耐药机制、纳米材料等方面对药物诱导肾癌细胞铁死亡进行综述，希望为铁死亡相关药物治疗肾癌提供新策略。

关键词：铁死亡肾癌中草药天然化合物纳米材料

配子及早期胚胎发育过程中的DNA甲基化动态改变

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实用妇产科杂志 2024年第1期40卷 6-9页

作者：李明皓潘洁雪黄荷凤复旦大学附属妇产科医院生殖与发育研究院上海200001 中国医学科学院胚胎源性疾病创新单元上海200001 浙江大学附属妇产科医院教育部生殖遗传重点实验室浙江杭州310000

近年来,随着对染色质DNA、组蛋白、RNA化学修饰了解的深入,表观遗传学在胚胎发育、疾病发生发展中的生物学作用被逐步揭示。其中,DNA甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰,在基因表达调控与染色质结构调节中具有重要作用。在哺乳动物细胞... 详细信息

近年来,随着对染色质DNA、组蛋白、RNA化学修饰了解的深入,表观遗传学在胚胎发育、疾病发生发展中的生物学作用被逐步揭示。其中,DNA甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰,在基因表达调控与染色质结构调节中具有重要作用。在哺乳动物细胞中,胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)中胞嘧啶第5位碳原子甲基化(5mC)占99%,是最主要的甲基化类型。因此,本文关于配子和胚胎发育过程中的甲基化变化讨论也以5mC为主。

关键词： DNA甲基化表观遗传学早期胚胎发育染色质结构基因表达调控碳原子化学修饰 CpG