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一种快速鉴定细菌的方法

食品与发酵工业 2007年第5期33卷 29-31页

作者：陈源源牛丹丹王正祥中国高校工业微生物资源和信息中心及江南大学工业生物技术教育部重点实验室

16S rDNA基因同源性分析是一种常用的细菌分子鉴定方法,16S rDNA基因的扩增需要细菌染色体DNA作为模板。传统的细菌染色体DNA提取方法费时费力,限制了细菌分子鉴定的规模化。文中建立了1种新的快速高效的细菌染色体DNA提取方法,整个提... 详细信息

16S rDNA基因同源性分析是一种常用的细菌分子鉴定方法,16S rDNA基因的扩增需要细菌染色体DNA作为模板。传统的细菌染色体DNA提取方法费时费力,限制了细菌分子鉴定的规模化。文中建立了1种新的快速高效的细菌染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得细菌的快速鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA无需任何处理即可作为模板用于PCR扩增细菌的16S rDNA基因,并获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。

关键词：细菌 DNA 提取扩增鉴定

凝结芽孢杆菌CICIM B1821发酵生产L-乳酸的研究

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食品工业科技 2011年第10期32卷 245-248,276页

作者：田康明石贵阳王正祥江南大学工业生物技术教育部重点实验室江南大学生物资源与生物能源研究中心江南大学中国高校工业微生物资源和信息中心江苏无锡214122

凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)CICIM B1821是一株实验室前期筛选获得的产L-乳酸的嗜热菌。该菌株在34～55℃范围内均表现出良好的生长特性和产酸特性,50℃时获得最高的比生长速率和最大的乳酸积累量。CICIM B1821能够在pH为5.0～7.... 详细信息

凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)CICIM B1821是一株实验室前期筛选获得的产L-乳酸的嗜热菌。该菌株在34～55℃范围内均表现出良好的生长特性和产酸特性,50℃时获得最高的比生长速率和最大的乳酸积累量。CICIM B1821能够在pH为5.0～7.5的范围内保持高的菌体活性。氧气的存在有利于CICIM B1821的快速生长,但会导致副产物的积累,而在不通氧的条件下该菌株也生长良好,同时产酸速率可高达5.63g/L·h。控制残糖浓度不高于10%的发酵条件下,发酵48h,可积累乳酸107.5g/L,副产物总和仅为1.05g/L,葡萄糖对乳酸的得率为97.5%,所产L-乳酸光学纯度高于99%。此外,高浓度葡萄糖发酵实验显示,该菌株可在高渗透压下利用20%葡萄糖发酵生产L-乳酸,发酵100h,可积累乳酸134g/L,副产物总和仅为1.12g/L,葡萄糖对乳酸的得率为92.0%。

关键词：凝结芽孢杆菌嗜热菌 L-乳酸发酵生产

黑曲霉CICIM F0410中α-葡萄糖苷酶的酶学性质研究

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生物技术通报 2009年第1期25卷 130-133,137页

作者：周敏王正祥江南大学工业生物技术教育部重点实验室江南大学中国高校工业微生物资源和信息中心无锡214122

研究了黑曲霉(Aspergillus niger)CICIMF0410发酵粗酶液中α-葡萄糖苷酶的酶学性质,发现该酶最适反应温度为55℃,最适反应pH值5.0,在65℃以下保持酶活力相对稳定,且能在pH值(4.0～6.5)范围内保持相对较高的酶活力。以该菌株的染色体DNA... 详细信息

研究了黑曲霉(Aspergillus niger)CICIMF0410发酵粗酶液中α-葡萄糖苷酶的酶学性质,发现该酶最适反应温度为55℃,最适反应pH值5.0,在65℃以下保持酶活力相对稳定,且能在pH值(4.0～6.5)范围内保持相对较高的酶活力。以该菌株的染色体DNA为模板,PCR扩增出大小为3.1kb的片段,经序列比对发现与NCBI上已公布的黑曲霉(Aspergillus niger)CBS513.88(登录号XP_001402053)序列有2个碱基的区别:2272(A→G),3098(T→G),导致2个氨基酸残基的变化:687(Asn→Ser)、983(Ser→Arg)。

关键词： α-葡萄糖苷酶性质黑曲霉

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嗜热菌合成乳酸的研究

食品研究与开发 2009年第8期30卷 1-5页

作者：田康明石贵阳王正祥江南大学工业生物技术教育部重点实验室江南大学中国高校工业微生物资源和信息中心江苏无锡214122

从467株原始菌株保藏物中筛选获得了产乳酸的嗜热菌29株。进一步复筛确定19株为产乳酸水平较高的嗜热菌,且均为Bacillus coagulans。采用高效液相色谱法对19株Bacillus coagulans的主要发酵产物进行分析。55℃下发酵54 h,总乳酸产量最... 详细信息

从467株原始菌株保藏物中筛选获得了产乳酸的嗜热菌29株。进一步复筛确定19株为产乳酸水平较高的嗜热菌,且均为Bacillus coagulans。采用高效液相色谱法对19株Bacillus coagulans的主要发酵产物进行分析。55℃下发酵54 h,总乳酸产量最高的为74.80 g/L,最低的为49.55 g/L。选择总乳酸产量较高的四株菌和产物中杂酸最少的一株菌作为进一步研究的菌株,分析所形成乳酸光学构型发现,5株菌所产L-乳酸的光学纯度均在98%以上,同时皆形成少量D-乳酸。

关键词：嗜热菌乳酸发酵

利用针对16S rDNA序列的限制性酶切分析鉴定栖热菌属

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生物技术 2009年第2期19卷 13-15页

作者：王浩竹王正祥中国高校工业微生物资源与信息中心江南大学工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122

目的:建立一套酶切体系,用于鉴定栖热菌。方法:收集和整理栖热菌属16S rDNA序列信息,利用限制性内切酶对信息进行位点分析。结果:建立了一套鉴定栖热菌的酶切体系,通过模拟电泳对该体系进行验证。结论:该系统可有效地对已经公开发表但... 详细信息

目的:建立一套酶切体系,用于鉴定栖热菌。方法:收集和整理栖热菌属16S rDNA序列信息,利用限制性内切酶对信息进行位点分析。结果:建立了一套鉴定栖热菌的酶切体系,通过模拟电泳对该体系进行验证。结论:该系统可有效地对已经公开发表但未鉴定到种的栖热菌属菌株进行种间分类。

关键词：栖热菌属 16S rDNA 限制性酶切鉴定

GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究

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食品与发酵工业 2012年第3期38卷 28-31页

作者：陈源源沈微樊游石贵阳王正祥江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心江苏无锡214122

rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列... 详细信息

rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列(19.3%)的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列(5.6%)存在错误命名或测序不准确问题;58条序列(65.9%)没有相关文章发表;62条序列(70.4%)无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。

关键词：微生物鉴定 GenBank数据库 rDNA序列准确性

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两种分子标识在酵母分子鉴定中的比较

食品工业科技 2011年第2期32卷 175-177页

作者：陈源源沈微石贵阳王正祥江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心江苏无锡214122

rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株... 详细信息

rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株进行分子鉴定,结果显示19株酵母分离物的鉴定结果相一致,两种分子标识序列在认定酵母种内和种间关系时都拥有足够的差异,能将大部分酵母菌株直接鉴定到种一级水平。

关键词：酵母鉴定 26S rDNA D1/D2区域序列 ITS序列分子标识

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一种酵母快速批量分子鉴定方法

食品与发酵工业 2011年第2期37卷 21-23页

作者：陈源源石贵阳王正祥江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心江苏无锡214122

26S rDNA D1/D2区域序列同源性分析是一种常用的酵母分子鉴定方法。D1/D2区域序列的扩增需要酵母染色体DNA作为模板,目前常用的酵母染色体DNA提取方法繁琐耗时且难以进行批量操作,限制了酵母分子鉴定的规模化。研究中建立了一种快速高... 详细信息

26S rDNA D1/D2区域序列同源性分析是一种常用的酵母分子鉴定方法。D1/D2区域序列的扩增需要酵母染色体DNA作为模板,目前常用的酵母染色体DNA提取方法繁琐耗时且难以进行批量操作,限制了酵母分子鉴定的规模化。研究中建立了一种快速高效的批量酵母染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得酵母大规模快速分子鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA不需要任何后续处理即可作为模板用于扩增酵母的26S rDNA D1/D2区域序列,获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。

关键词：酵母染色体DNA 提取 26S rDNA D1/D2区域鉴定

微生物资源库中产纤维素酶菌株的筛选及其酶学性质研究

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工业微生物 2011年第6期41卷 15-19页

作者：陈源源沈微石贵阳王正祥江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室无锡214122 江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心无锡214122

利用平板碘液染色法对中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIM-CU)资源库中保藏的625株细菌和放线菌进行筛选,从中筛出112株具有纤维素酶产生能力的菌株,建立了一个产纤维素酶微生物资源库。对筛选得到的纤维素酶产生菌株进行16S rDNA... 详细信息

利用平板碘液染色法对中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIM-CU)资源库中保藏的625株细菌和放线菌进行筛选,从中筛出112株具有纤维素酶产生能力的菌株,建立了一个产纤维素酶微生物资源库。对筛选得到的纤维素酶产生菌株进行16S rDNA鉴定后发现,其中的Streptomyces tanashiensis、Paenibacillus tundrae和Comamonas testosteroni等微生物产生的纤维素酶国内外未见文献报道。对Streptomyces tanashiensis CICIM B4515菌株产生的纤维素酶的酶学性质进行了初步研究,发现其最适反应温度为50℃,在60℃以下活性稳定;最适反应pH为6.0,在pH 5.0～7.0范围内酶活相对稳定。较好的温度耐受性和较宽的pH作用范围使得该菌株产生的纤维素酶具有一定的工业应用前景。

关键词：纤维素酶筛选田无链霉菌酶学性质