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基于CiteSpace的黑茶研究现状可视化分析

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食品工业科技 2024年第8期45卷 397-406页

作者：张旭雯刘岁赵锦琦杨亚葛炳钢王坤波傅冬和湖南农业大学茶学教育部重点实验室湖南长沙410128 国家植物功能成分利用工程技术研究中心湖南长沙410128 湖南省植物功能成分利用协同创新中心湖南长沙410128 农业农村部园艺作物基因资源评价利用重点实验室湖南长沙410128

黑茶是最受欢迎的茶类之一,为梳理黑茶研究进程,本文利用CiteSpace可视化分析软件,基于中国知网(China national knowledge infrastructure,CNKI)数据库和Web of Science(WOS)数据库核心集合,筛选出的3436篇中文文献和617篇英文文献,对... 详细信息

黑茶是最受欢迎的茶类之一,为梳理黑茶研究进程,本文利用CiteSpace可视化分析软件,基于中国知网(China national knowledge infrastructure,CNKI)数据库和Web of Science(WOS)数据库核心集合,筛选出的3436篇中文文献和617篇英文文献,对作者、关键词、研究机构、国家以及发表期刊等信息进行可视化分析。结果表明,黑茶文献数量呈上升趋势,中文研究早于英文研究,正处于高速发展阶段;《福建茶叶》和《Journal of Agricultural and Food Chemistry》分别是发表黑茶文献最多的中英文期刊;黑茶研究形成了多个研究团体,学者代表有刘仲华、吕才有、周红杰等;研究机构主要为各大农业院校和茶叶研究所,其中,研究成果较深入的机构是云南农业大学、湖南农业大学和安徽农业大学;黑茶研究领域中,我国是影响力最大的国家,其次为美国和日本;中文研究侧重于黑茶品质形成机理、微生物、香气成分等方面,英文研究更关注黑茶的药理研究。黑茶对糖尿病、动脉粥样硬化等代谢疾病的干预功效研究仍是未来国内外研究的热点。

关键词：黑茶 CiteSpace 文献计量学科学知识图谱

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高通量测序技术在生殖医学领域的研究与应用

安徽医科大学学报 2024年第6期59卷 929-934页

作者：曹云霞安徽医科大学第一附属医院妇产科国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室生命资源保存与人工器官教育部工程研究中心合肥230032

高通量测序技术的发明是基因组学领域一项具有里程碑意义的事件。经过20多年的发展与更迭,高通量测序技术在遗传学检测、肿瘤检测、病原体鉴定、疾病诊断等领域为精准医疗提供了一个高效的检测工具,成为推动现代医学发展的重要力量。在... 详细信息

高通量测序技术的发明是基因组学领域一项具有里程碑意义的事件。经过20多年的发展与更迭,高通量测序技术在遗传学检测、肿瘤检测、病原体鉴定、疾病诊断等领域为精准医疗提供了一个高效的检测工具,成为推动现代医学发展的重要力量。在生殖医学领域,在高通量测序技术基础之上发展出的适用于各种生殖医学应用场景的新技术,为更进一步揭示人类生殖自然规律、生殖疾病致病机制以及临床诊断和治疗提供新策略。

关键词：高通量测序生殖医学单细胞测序胚胎植入前遗传学检测

肝细胞癌组织核孔蛋白85(NUP85)高表达与免疫细胞浸润及预后相关性分析

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第6期40卷 508-519页

作者：刘新宇丁泽邦吴焕马俊杰陆进蚌埠医科大学临床医学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学精神卫生学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学基础医学院人体解剖学教研室安徽蚌埠233030

目的探究核孔蛋白85(NUP85)在肝细胞癌(HCC)中的表达意义及免疫相关性分析。方法综合利用多种在线数据库分析NUP85在HCC中的mRNA表达、蛋白表达以及突变情况,并进行预后诊断价值分析;采用单细胞测序数据及肿瘤免疫评估资源(TIMER)和... 详细信息

目的探究核孔蛋白85(NUP85)在肝细胞癌(HCC)中的表达意义及免疫相关性分析。方法综合利用多种在线数据库分析NUP85在HCC中的mRNA表达、蛋白表达以及突变情况,并进行预后诊断价值分析;采用单细胞测序数据及肿瘤免疫评估资源(TIMER)和基因表达谱交互作用分析2021(GEPIA2021)数据库分析NUP85的免疫相关性;利用基因组癌症分析(GSCA)和临床生信之家分析NUP85的药物敏感性;通过肝细胞癌综合分子数据库(HCCDB)筛选NUP85在HCC中的共表达基因,并利用R语言“limma包”分析NUP85及其相关基因的相关性;再利用R语言“clusterProfiler包”分析NUP85及其相关基因的基因本体论(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)以及基因集富集分析(GSEA);利用临床生信之家对NUP85及其相关基因进行列线图和预后风险评分模型的构建。结果 NUP85的mRNA和蛋白质在HCC中表达上调,在不同分期和分级均高表达,不利于患者预后;而其在HCC样本中突变率是19%,显著影响患者的总生存期(OS)、疾病特异性生存(DSS)以及无进展生存(PFS),且其在巨噬细胞、 B细胞、 T细胞等多种免疫细胞中高表达并与多种免疫细胞浸润水平呈正相关;此外,NUP85的表达与米尔达美替尼(PD0325901)、维莫非尼的结构类似物(PLX4720)和瑞法替尼(PD0325901)等多用药物具有显著相关性。NUP85及其共表达基因的GO功能主要富集在细胞器裂变、核分裂和染色体分离等,KEGG通路主要富集在细胞周期和运动蛋白等,并显著不利于HCC患者OS,且对HCC患者1年、 3年和5年OS预后诊断的ROC曲线下面积AUC均大于0.7。结论 NUP85高表达HCC患者预后差,并与多种免疫细胞和药物相关,可作为HCC诊断、治疗和预后的生物标志物。

关键词：核孔蛋白85(NUP85) 肝细胞癌单细胞分析免疫浸润生物信息学

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儿童青少年抑郁障碍患者认知功能损害特征的研究进展

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神经疾病与精神卫生 2024年第3期24卷 153-158页

作者：凡豪杰夏磊刘寰忠安徽医科大学附属巢湖医院精神科合肥238000 安徽省精神医学中心合肥238000 安徽医科大学精神卫生与心理科学学院合肥238000 脑库构建及资源利用安徽省重点实验室合肥238000

抑郁障碍是儿童及青少年时期常见的精神心理疾病,给家庭和社会带来了巨大负担。儿童青少年抑郁障碍患者的执行功能、注意力、学习记忆以及信息加工速度等认知功能存在不同程度的损害,并会影响患者的成长、治疗效果及教育和社会功能。本... 详细信息

抑郁障碍是儿童及青少年时期常见的精神心理疾病,给家庭和社会带来了巨大负担。儿童青少年抑郁障碍患者的执行功能、注意力、学习记忆以及信息加工速度等认知功能存在不同程度的损害,并会影响患者的成长、治疗效果及教育和社会功能。本文从神经心理测验的角度综述了儿童青少年抑郁障碍患者不同维度的认知功能损害特征,为早期识别、干预治疗和改善预后提供参考。

关键词：儿童青少年抑郁障碍认知功能综述

基于Nrf2-HO-1/GPX4信号轴探讨中药靛玉红衍生物E804抑制肺癌A549细胞增殖和迁移的作用机制

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安徽医科大学学报 2024年第2期59卷 331-335,343页

作者：袁育珺曹华华赵敏罗宇慧张素梅江西省九江学院附属医院检验科九江332000 九江市中医院检验科九江332000 南昌市人民医院病理科南昌330000 安徽省/省部共建教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室合肥230032

目的探讨中药靛玉红衍生物E804对非小细胞肺癌(NSCLC)系A549细胞增殖和迁移的影响,并阐明Nrf2-HO-1/GPX4信号轴可能的作用机制。方法以肺癌A549细胞为细胞模型。采用MTT和细胞划痕实验观察0、10μmol/L E804和10μmol/L E804+不同特... 详细信息

目的探讨中药靛玉红衍生物E804对非小细胞肺癌(NSCLC)系A549细胞增殖和迁移的影响,并阐明Nrf2-HO-1/GPX4信号轴可能的作用机制。方法以肺癌A549细胞为细胞模型。采用MTT和细胞划痕实验观察0、10μmol/L E804和10μmol/L E804+不同特异性抑制剂(Nec-1、CQ、Z-VAD、DFO、Fer-1和Lip-1)组细胞的增殖和迁移能力;采用DCFH-DA荧光探针法检测0、2.5、5和10μmol/LE804组细胞内活性氧(ROS)含量,比色法检测二价铁离子(Fe^(2+))含量,分光光度法检测还原型谷胱甘肽(GSH)含量,微量法检测丙二醛(MDA)含量;Western blot法检测0、2.5、5和10μmol/L E804组细胞SLC7A11、Transferrin、GPX4、SLC40A1、Nrf2和HO-1蛋白表达水平。结果与对照组(0μmol/LE804)比较,2.5、5和10μmol/L E804升高细胞内ROS、Fe^(2+)和MDA水平,降低细胞内GSH含量(P部分逆转E804对A549细胞的增殖和迁移抑制(P<0.01)。结论 E804可抑制A549细胞增殖和迁移,并诱发铁死亡,其机制可能与抑制Nrf2-HO-1/GPX4信号轴有关。

关键词：非小细胞肺癌中药靛玉红衍生物铁死亡 Nrf2-HO-1/GPX4信号轴

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牦牛基因组拷贝数变异研究进展

畜牧兽医学报 2024年第3期55卷 933-943页

作者：徐东辉徐宇辉李瑞哲成海建马志杰青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室西宁810016 青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室西宁810016 山东省农业科学院畜牧兽医研究所济南250100 山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室济南250100

拷贝数变异(copy number variation, CNV)是基因组结构变异(structural variation, SV)的重要组成部分。与SNP(single nucleotide polymorphism)相比,CNV显示出更丰富的复杂遗传变异,在家畜重要经济性状遗传机理、疾病诱因和物种进化等... 详细信息

拷贝数变异(copy number variation, CNV)是基因组结构变异(structural variation, SV)的重要组成部分。与SNP(single nucleotide polymorphism)相比,CNV显示出更丰富的复杂遗传变异,在家畜重要经济性状遗传机理、疾病诱因和物种进化等研究方面具有重要意义。牦牛作为青藏高原的重要牛种,近年来随着高通量测序技术的快速发展和参考基因组的不断升级,其全基因组水平上CNV的研究获得重要进展。本文在阐述基因组CNV的形成原理、作用机制和检测方法基础上,综述了近10年来牦牛基因组CNV的研究现状,分析探究了存在的一些问题与不足,并对其未来的发展和应用趋势进行了展望,以期为深入开展牦牛基因组研究和加速牦牛遗传资源的分子育种进程提供参考。

关键词：牦牛基因组拷贝数变异(CNV)

《中国药典》植物药基原鉴定DSS标准序列库的建立

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中国中药杂志 2024年

作者：王多梅蒋超蒲婧哲胡冲陈灵丽张亚中袁媛安徽省食品药品检验研究院药品检验研究所国家药品监督管理局中药质量研究与评价重点实验室道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室中国中医科学院中药资源中心中国中医科学院医学实验中心

随着分子生药学的发展，DNA分子标记在中药基原鉴定中的优势日益显著。为了弥补现有标记在中药质量监管中应用的局限性，该团队自主设计了一种新型分子标记，命名为DNA特征序列（DSS），该标记是仅出现在某个特定分类单元的DNA序列，长... 详细信息

随着分子生药学的发展，DNA分子标记在中药基原鉴定中的优势日益显著。为了弥补现有标记在中药质量监管中应用的局限性，该团队自主设计了一种新型分子标记，命名为DNA特征序列（DSS），该标记是仅出现在某个特定分类单元的DNA序列，长度40bp，鉴定准确率高。该文旨在筛选并验证可准确鉴别《中国药典》一部中收录的植物类药材DSS标记，建立标准核酸序列研制的操作规程，为聚合酶链式反应法在中药质量监管中的广泛应用奠定基础。首先使用植物叶绿体基因组数据库（CGIR）获取待测样品、同属近缘物种及通用背景物种的叶绿体基因组序列，利用IdenDSS 软件获得待测物种DSS序列组及其特异性引物对，通过DNA提取、PCR扩增、测序、序列比对进行验证，共获得203种药材的DSS序列。将上述序列上传至中药分子鉴定平台（***）标准数据库中，建立了用于大宗药材鉴定的标准DSS序列存储库，为中药质量监管提供重要的工具。在此基础上，形成DSS标准核酸序列研制操作规程，为进一步以更多元化的基因组序列为基础进行DSS筛选与应用奠定基础。

关键词： DNA特征序列基原鉴定标准核酸序列

牛传染性鼻气管炎病毒和牛副流感病毒3型的双重荧光PCR方法的建立及应用

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中国兽医科学 2024年第4期54卷 485-491页

作者：龚宏毅汤承岳华西南民族大学畜牧兽医学院四川成都610041 青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川成都610041

为建立同时检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛副流感病毒3型(BPIV3)的方法,通过对引物和探针筛选、反应体系和条件优化,成功建立了检测IBRV和BPIV3的双重荧光定量PCR方法。该方法只能特异性地检出IBRV和BPIV3,而对其他无关病原均不能... 详细信息

为建立同时检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛副流感病毒3型(BPIV3)的方法,通过对引物和探针筛选、反应体系和条件优化,成功建立了检测IBRV和BPIV3的双重荧光定量PCR方法。该方法只能特异性地检出IBRV和BPIV3,而对其他无关病原均不能检出;批内和批间变异系数均小于3%;对IBRV和BPIV3质粒标准品的检测下限分别为15.2 copies/μL和18.3 copies/μL。用建立的方法对采自四川、重庆、河北、安徽和吉林这5个地区的143份肉牛呼吸道疾病综合征(BRDC)样本以及四川省和青海省的59份牦牛BRDC样本进行检测,结果显示,肉牛样本中IBRV和BPIV3的阳性率分别为42.66%和39.86%,混感率为22.38%;牦牛样本中IBRV和BPIV3的阳性率分别为44.07%和30.51%,混感率为18.64%。上述结果表明,本研究建立的双重荧光定量PCR方法具有特异性和稳定性好、灵敏度高的特点,适用于临床上对IBRV和BPIV3的快速检测,临床样本的检测结果丰富了国内IBRV和BPIV3的流行病学资料。

关键词：牛传染性鼻气管炎病毒牛副流感病毒3型双重荧光定量PCR 混合感染

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霍山石斛黄烷酮合酶Ⅱ的克隆及功能分析

中国中药杂志 2024年第1期49卷 70-79页

作者：陆海波黄晓郑志玉陈创博沈晓晓高新怡张艳梅彭华胜韩邦兴易善勇皖西学院生物与制药工程学院、大别山中医药研究院安徽省中药生态农业工程研究中心安徽六安237012 中国中医科学院中药资源中心道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室北京100700

黄酮碳苷是一类广泛参与植物防御反应且有着广泛药理活性的天然产物,同时也是霍山石斛中一类重要活性成分。黄烷酮合酶Ⅱ已被证实是植物黄酮碳苷合成途径的关键酶,其催化产物2-羟基黄烷酮是多数已报道黄酮碳苷合成的前体化合物。该研究... 详细信息

黄酮碳苷是一类广泛参与植物防御反应且有着广泛药理活性的天然产物,同时也是霍山石斛中一类重要活性成分。黄烷酮合酶Ⅱ已被证实是植物黄酮碳苷合成途径的关键酶,其催化产物2-羟基黄烷酮是多数已报道黄酮碳苷合成的前体化合物。该研究基于已报道的黄烷酮合酶Ⅱ氨基酸序列,从构建的霍山石斛基因组本地化数据库中筛选并验证出一个黄烷酮合酶Ⅱ(DhuFNSⅡ)基因,验证其功能发现该酶可体外催化柚皮素和乔松素分别生成芹菜素和白杨素。DhuFNSⅡ的开放阅读框(ORF)为1 644 bp,编码547个氨基酸,亚细胞定位显示该蛋白定位在内质网上。RT-qPCR结果表明DhuFNSⅡ在茎中的表达量最高,其次是叶、根。霍山石斛经4种生长过程中常遇的非生物胁迫处理后,各组织中DhuFNSⅡ等目标基因的表达量均发生显著上调,但在各处理组中的上调程度却各不相同,其中干旱和冷胁迫对基因表达量影响更为显著。通过对DhuFNSⅡ的鉴定与功能分析,将有助于解析霍山石斛品质代谢物黄酮碳苷形成的分子机制,并为其品质形成及科学栽培提供参考。

关键词：霍山石斛黄烷酮合酶Ⅱ 黄酮碳苷催化活性非生物胁迫