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肝癌细胞株-乙型肝炎病毒DNA整合事件的高通量靶向捕获测序分析

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陆军军医大学学报 2024年第2期46卷 110-117页

作者：羊泽锐邓海君胡源重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆400016

目的采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对... 详细信息

目的采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对2个肝癌细胞株中整合的HBV DNA进行捕获测序,使用Trimmomatic、BBAP、BWA(Burrows-Wheeler Aligner)等生物信息学软件进行数据分析;最后通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)及克隆测序对病毒DNA整合特征进行验证。结果利用探针捕获和高通量测序技术分别在HepG2.2.15与HepAD38细胞系中检测出12、7个HBV DNA整合事件,随机分布在chr1、chr2、chr7、chr9、chr16、chr17、chr19、chrX染色体上,整合位点上下游基因出现频率较高的有DPP7、TRIM56、GPC3等。结论成功建立基于探针捕获和高通量测序技术检测HBV DNA在宿主基因组上的整合片段的方法,HepG2.2.15与HepAD38细胞系中HBV整合事件在染色体上随机发生,大部分整合位点发生在HBV基因组上的X基因区域。

关键词：乙型肝炎病毒 HBV整合探针捕获高通量测序克隆测序

卵巢癌结构域蛋白酶-1基因拮抗IFN-α抗病毒效应研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 382-389页

作者：周明慧江彦君宋术义胡源重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆400016

目的研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1,OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-... 详细信息

目的研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1,OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-stimulated response elements,ISRE)启动子转录活性的影响;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测OTUD1对IFN-α诱导的干扰素刺激基因(interferon-stimulated genes,ISGs)表达水平的影响;Western blot检测OTUD1对干扰素信号通路关键分子表达的调控作用,qPCR和ELISA检测其对IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的影响。结果在HEK293T和Huh7.0细胞中,OTUD1下调了干扰素信号通路下游的ISRE启动子转录活性以及ISG15和ISG56等抗病毒基因的表达。在HEK293T细胞中,OTUD1降低了磷酸化蛋白质酪氨酸激酶(phospho-Jak1,p-JAK1)的蛋白质表达水平,但是OTUD1酶活突变体C320S不能调控ISGs和p-JAK1的表达。在Huh7.0细胞中,OTUD1降低了IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的效应。结论OTUD1通过其泛素化酶活性下调p-JAK1的蛋白质表达水平,抑制干扰素JAK-STAT信号通路及ISGs表达。OTUD1拮抗IFN-α抑制病毒复制的效应可能与干扰素诱导的JAK-STAT信号通路有关。

关键词：卵巢癌结构域蛋白酶-1(OTUD1) IFN-α JAK-STAT信号通路抗病毒

2023年安徽省细菌耐药监测(HuiNet)结果

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中华临床感染病杂志 2024年第2期17卷 113-125页

作者：刘艳艳李亚胜余梁杨懿伍婷殷俊胡立芬叶英李家斌安徽医科大学第一附属医院感染病科安徽省细菌耐药性监控中心感染性疾病安徽省重点实验室安徽医科大学细菌耐药研究所合肥230022

目的分析安徽省细菌耐药的现状,及时掌握细菌耐药形势,为临床抗菌药物合理使用提供科学数据。方法选取2022年10月至2023年9月安徽省细菌耐药监测网(HuiNet)成员单位83所医院的监测数据,分析主要检出菌对常用抗菌药物的耐药情况及临床常... 详细信息

目的分析安徽省细菌耐药的现状,及时掌握细菌耐药形势,为临床抗菌药物合理使用提供科学数据。方法选取2022年10月至2023年9月安徽省细菌耐药监测网(HuiNet)成员单位83所医院的监测数据,分析主要检出菌对常用抗菌药物的耐药情况及临床常见耐药菌的检出情况。采用WHONET 5.6和SPSS 25.0软件对数据进行分析。结果共纳入201647株细菌,革兰阴性菌占74.8%(150847/201647)。革兰阳性菌以金黄色葡萄球菌(32.8%,16648/50800)、表皮葡萄球菌(14.0%,7098/50800)、粪肠球菌(10.7%,5458/50800)、屎肠球菌(9.1%,4613/50800)和人葡萄球菌(7.4%,3778/50800)为主;革兰阴性菌以大肠埃希菌(28.9%,43577/150847)、肺炎克雷伯菌(22.5%,34006/150847)、铜绿假单胞菌(14.7%,22171/150847)、鲍曼不动杆菌复合体(9.4%,14194/150847)和阴沟肠杆菌(3.5%,5235/150847)为主。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)和耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(methicillin-resistant coagulase-negative Staphylococci,MRCNS)检出率分别为39.5%(6442/16325)和75.7%(12343/16312),未检测到对万古霉素及替考拉宁耐药的葡萄球菌属。粪肠球菌和屎肠球菌对万古霉素的耐药率分别为0.5%和0.6%。耐碳青霉烯类大肠埃希菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CR-ECO)和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CR-KPN)的检出率分别为1.9%(805/42956)和11.7%(3950/33761);CR-KPN对替加环素的耐药率为3.9%。耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa,CR-PAE)和耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii,CR-ABA)复合体检出率分别为18.4%(3936/21447)和62.9%(8649/13744)。CR-PAE和CR-ABA复合体对多黏菌素B的耐药率分别为6.9%和1.7%。皖北地区的MRSA、CR-ABA复合体、耐三代头孢菌素大肠埃希菌(third-generation cephalosporin-resistant Escherichia coli,CTX/CRO-R-ECO)和耐喹诺酮类大肠埃希菌(quinolone-resistant Escherichia coli,QNR-ECO)检出率最高,分别为50.3%、72.9%、59.2%和55.6%,高于皖中和皖南地区(χ^(2)=112.734和575.069,132.747和233.885,93.986和471.209,60.062和230.669;P值均<0.001),并且皖中地区的检出率高于皖南地区(χ^(2)=278.671、29.219、207.395和80.267,P值均<0.001)。皖中地区的CR-KPN和耐三代头孢菌素肺炎克雷伯菌(third-generation cephalosporin-resistant Klebsiella pneumoniae,CTX/CRO-R-KPN)检出率最高,分别为15.5%和33.3%,高于皖北和皖南地区(χ^(2)=156.237和325.533,76.928和180.686,P值均<0.001),并且皖北地区的检出率高于皖南地区(χ^(2)=32.202和25.539,P值均<0.001)。老年人CTX/CRO-R-ECO和QNR-ECO的检出率最高,分别为55.2%和55.8%,高于儿童和成人(χ^(2)=23.906和120.575,376.404和196.612,P值均<0.001);新生儿CTX/CRO-R-KPN的检出率最高(57.1%),高于儿童、成人和老年人(χ^(2)=46.141、38.843和32.093,P值均<0.001),并且老年人的检出率也高于儿童和成人(χ^(2)=13.604和13.471,P值均<0.001);儿童MRSA和MRCNS的检出率最高,分别为42.8%和77.8%,高于成人(χ^(2)=21.766和10.704,P值均<0.001)。除MRSA和耐万古霉素屎肠球菌

关键词：细菌耐药性抗菌药物安徽省细菌耐药监测网

氨基酸代谢在非酒精性脂肪性肝病中的作用机制

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临床肝胆病杂志 2024年第4期40卷 810-815页

作者：张慧谭明程胜桃陈娟重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆010000

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是全球最普遍的慢性肝病之一,影响全球约1/4的人口,预计到2030年将成为肝移植的主要适应证。NAFLD可导致包括支链氨基酸在内的多种氨基酸水平显著异常,进而促进NAFLD的发生发展。提示除葡萄糖代谢和脂质代谢外... 详细信息

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是全球最普遍的慢性肝病之一,影响全球约1/4的人口,预计到2030年将成为肝移植的主要适应证。NAFLD可导致包括支链氨基酸在内的多种氨基酸水平显著异常,进而促进NAFLD的发生发展。提示除葡萄糖代谢和脂质代谢外,氨基酸代谢也在NAFLD疾病进展中发挥了重要作用。为系统了解氨基酸代谢在NAFLD中的作用及其机制,本文针对氨基酸代谢在NAFLD中的研究进展进行了综述。拟探讨氨基酸代谢在NAFLD疾病进展中发挥的作用及其相关机制,为临床防治提供思路和理论依据。

关键词：非酒精性脂肪性肝病氨基酸类代谢组学

微塑料暴露对小鼠肠道菌群分布及代谢途径的影响

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中国微生态学杂志 2024年第9期 1000-1008页

作者：程学英肖清婷柯志彬郑森霞孙杰伦永志刘奔泉州医学高等专科学校感染性疾病筛检与控制福建省高校重点实验室莆田学院医学检验系

目的研究微塑料对小鼠肠道菌群分布及代谢途径的影响，为进一步揭示微塑料对人类健康的影响奠定基础。方法建立食用聚苯乙烯(polystyrene,PS)微塑料的小鼠模型，检测微塑料喂饲前后小鼠血糖血脂的变化；利用宏基因组测序技术检测正常... 详细信息

目的研究微塑料对小鼠肠道菌群分布及代谢途径的影响，为进一步揭示微塑料对人类健康的影响奠定基础。方法建立食用聚苯乙烯(polystyrene,PS)微塑料的小鼠模型，检测微塑料喂饲前后小鼠血糖血脂的变化；利用宏基因组测序技术检测正常饮食小鼠和PS微塑料喂饲小鼠肠道菌群的种类和差异，分析微塑料对小鼠肠道菌群代谢的影响。结果与对照组相比，PS微塑料喂饲组小鼠血糖血脂水平无显著变化；在门水平上，子囊菌门相对丰度显著增加(t=-3.883,P=0.028)；在属水平上，鞘氨醇单胞菌属相对丰度显著增加(t=-5.917,P=0.003)，魏斯菌属相对丰度显著降低(t=-2.677,P=0.007)；在种水平上，解甘露醇罗尔斯顿菌相对丰度显著增加(t=-2.611, P=0.009)，约氏乳杆菌相对丰度显著降低(t=-1.984,P=0.047)。在属水平上，差异菌Massilistercora与LDL水平呈正相关(P<0.001), Ruthenibacterium、Phocaeicola等与TC水平呈负相关(均P<0.010)；微塑料使正常小鼠多条代谢通路的相对丰度发生改变，可能会影响到正常代谢功能。结论微塑料在一定范围内能改变正常小鼠肠道菌群结构组成，同时可以改变小鼠代谢通路变化，具体机制有待深入研究。

关键词：微塑料肠道菌群宏基因组测序代谢

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2023年重大感染性疾病流行动态与对策

中华临床感染病杂志 2024年第1期17卷 33-41页

作者：王雪婷陈涛熊璐颖葛淇肖永红浙江大学医学院附属第一医院传染病重症诊治全国重点实验室国家感染性疾病临床医学研究中心感染性疾病诊治协同创新中心杭州310003

回顾2023年,世界卫生组织宣布新型冠状病毒流行结束,但年末我国呼吸道感染呈小的流行高峰,提示传染病依旧需要高度关注。过去一年,全球在应对传染病的科学步伐不断前进,取得了一些突破,本文就2023年度感染性疾病领域发生的大事记及感染... 详细信息

回顾2023年,世界卫生组织宣布新型冠状病毒流行结束,但年末我国呼吸道感染呈小的流行高峰,提示传染病依旧需要高度关注。过去一年,全球在应对传染病的科学步伐不断前进,取得了一些突破,本文就2023年度感染性疾病领域发生的大事记及感染性疾病诊断和防治方面取得的重大研究进展进行简介,以飨读者。

关键词：感染性疾病新型冠状病毒感染微生物组疗法新型抗菌药物新型疫苗肿瘤细胞内微生物组

多组学联合检测可对肝癌高危人群进行有效机会性筛查

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中华肝脏病杂志 2024年第2期32卷 140-147页

作者：谢婵林炳亮邓洪张晓红赵绮毅高志良中山大学附属第三医院感染性疾病科中山大学附属第三医院肝脏病医院广州510630 广东省肝脏疾病研究重点实验室广州川510630

目的拟验证一项多组学联合检测在肝癌高危人群进行肝癌早筛的性能。方法在真实世界环境下前瞻性筛选173例肝癌高危患者,最后入组164例患者。所有患者均行B超、甲胎蛋白(AFP)和HCCscreen检测。HCCscreen检测是一项合并多基因甲基化、TP53... 详细信息

目的拟验证一项多组学联合检测在肝癌高危人群进行肝癌早筛的性能。方法在真实世界环境下前瞻性筛选173例肝癌高危患者,最后入组164例患者。所有患者均行B超、甲胎蛋白(AFP)和HCCscreen检测。HCCscreen检测是一项合并多基因甲基化、TP53/TERT/CTNNB1突变、AFP和异常凝血酶原(PIVKA-Ⅱ)的多组学肝癌早筛检测。计数资料使用χ^(2)检验、校正χ^(2)检验或Fisher精确概率法比较率的差异;等级资料使用非参数检验(Mann-Whitney)法比较两组数据间的差异。结果HCCscreen检测对肝癌的筛查灵敏度为100%,对肝癌及癌前疾病的筛查灵敏度为93.8%,阳性预测值34.1%,阴性预测值99.2%,曲线下面积(AUC)为0.89。平行检测的AFP、AFP+B超和甲基化+突变的灵敏度/特异度及AUC分别为31.3%/88.5%(AUC=0.78)、56.3%/88.2%(AUC=0.86)和81.3%/82.4%(AUC=0.84)。同时,疾病严重程度与甲基化+突变评分、HCCscreen评分或阳性检出率存在显著相关性。虽然AFP血清水平与甲基化+突变或HCCscreen评分之间没有显著相关性,但甲基化+突变评分与HCCscreen评分之间存在显著的线性相关性(r=0.73,P疾病,其表现优于AFP及AFP+B超。HCCscreen有潜力成为优于现有筛查方法的肝癌高危人群的有效筛查工具。

关键词：肝细胞癌基因突变筛查肿瘤生物标志物 DNA甲基化早期诊断

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乙型肝炎全人群管理专家共识(2023)

中华临床感染病杂志 2024年第1期17卷 1-13页

作者：中国医师协会感染科医师分会国家感染性疾病临床医学研究中心李兰娟不详浙江大学医学院附属第一医院传染病重症诊治全国重点实验室国家感染性疾病临床医学研究中心感染性疾病协同创新中心杭州310003

目前我国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染者诊断率和治疗率与世界卫生组织提出的“2030年消除病毒性肝炎作为公共卫生危害”目标仍有较大差距。为实现乙型肝炎全人群治疗,中国医师协会感染科医师分会、国家感染性疾病临床医学... 详细信息

目前我国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染者诊断率和治疗率与世界卫生组织提出的“2030年消除病毒性肝炎作为公共卫生危害”目标仍有较大差距。为实现乙型肝炎全人群治疗,中国医师协会感染科医师分会、国家感染性疾病临床医学研究中心组织国内感染病和肝炎疾病领域相关专家,在充分复习国内外相关指南与文献的基础上,共同撰写《乙型肝炎全人群管理专家共识(2023)》,以进一步扩大乙型肝炎社区筛查,规范抗病毒治疗适应群体,细化各类特殊人群乙型肝炎患者治疗,针对《慢性乙型肝炎防治指南(2022年版)》未覆盖人群进行临床管理,从而达到乙型肝炎的扩大筛查、应治尽治、全程管理及降本增效的目的。

关键词：乙型肝炎病毒抗病毒治疗全人群共识

人工肝血液净化系统治疗细胞因子风暴综合征专家共识

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中华临床感染病杂志 2024年第1期17卷 14-22页

作者：中华医学会感染病学分会肝衰竭与人工肝学组传染病重症诊治全国重点实验室国家传染病医学中心李兰娟不详浙江大学医学院附属第一医院传染病重症诊治全国重点实验室国家感染性疾病临床医学研究中心感染性疾病协同创新中心杭州310003

细胞因子风暴综合征(cytokine storm syndrome,CSS)是一种由感染、肿瘤和自身免疫性疾病等病因引起的免疫反应失控的临床综合征。患者主要表现为血浆中细胞因子水平明显升高,并出现发热、全身多个系统或脏器发生炎症反应及功能损害,甚... 详细信息

细胞因子风暴综合征(cytokine storm syndrome,CSS)是一种由感染、肿瘤和自身免疫性疾病等病因引起的免疫反应失控的临床综合征。患者主要表现为血浆中细胞因子水平明显升高,并出现发热、全身多个系统或脏器发生炎症反应及功能损害,甚至衰竭而死亡。人工肝血液净化系统治疗能清除炎症因子,减轻炎症反应对机体的损伤,其在重症H7N9、重型/危重型新型冠状病毒感染患者临床救治中具有重要应用价值。专家组在《人工肝血液净化系统应用于重型、危重型新型冠状病毒肺炎治疗的专家共识》基础上,结合现有临床应用经验及国内外研究进展,针对人工肝血液净化系统治疗CSS患者的基本原理、治疗适应证、相对禁忌证、治疗模式选择、监测指标及疗效评价等进行总结,制订了本专家共识,供临床医护人员参考。

关键词：人工肝血液净化细胞因子风暴共识