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蕉麻假茎纤维结构及其纤维细胞发育的转录组分析

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分子植物育种 2024年

作者：刘明吴密陈涛金刚杨祥燕覃旭黄灿彭欣怡钟敬贤杜英俊周步进广西壮族自治区农业科学院玉米研究所广西壮族自治区亚热带作物研究所

本研究以蕉麻品系‘桂31-1号’和香蕉主栽品种‘桂蕉1号’为试材，利用扫描电镜比较蕉麻和香蕉纤维显微结构，并利用转录组测序技术从分子水平上对蕉麻纤维细胞发育进行生物信息学分析。结果发现，蕉麻纤维相比于香蕉细胞壁较厚、结构... 详细信息

本研究以蕉麻品系‘桂31-1号’和香蕉主栽品种‘桂蕉1号’为试材，利用扫描电镜比较蕉麻和香蕉纤维显微结构，并利用转录组测序技术从分子水平上对蕉麻纤维细胞发育进行生物信息学分析。结果发现，蕉麻纤维相比于香蕉细胞壁较厚、结构紧实、中腔空隙小，纵截面粗糙。蕉麻和香蕉共筛选到差异表达基因共2 831个，其中上调表达806个，下调表达2 025个。GO功能富集分析发现，生物过程方面，差异表达基因显著富集在植物型细胞壁(包括原代细胞壁和次生细胞壁)发生，碳水化合物、多糖、葡聚糖、β-葡聚糖生物合成和代谢，细胞分裂相关过程，纤维素的生物合成和代谢过程等；分子功能方面，DEGs显著富集在纤维素合酶活性、葡糖基转移酶活性等。这些通路与蕉麻细胞壁发生和纤维细胞发育密切相关。转录因子分析发现MYB、ERF、bHLH、C2H2、WRKY、NAC等家族转录因子，与蕉麻和香蕉纤维细胞发育显著相关。综上可见，细胞壁生物发生、多糖代谢、纤维素生物合成、纤维素合酶活性等代谢通路是调控蕉麻纤维细胞发育的主要代谢通路；MYB等家族转录因子可能参与调控蕉麻纤维细胞发育，为研究蕉麻纤维细胞发育规律提供了参考。

关键词：蕉麻香蕉细胞壁纤维细胞转录组

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张量分解和自适应图全变分的高光谱图像去噪

西安电子科技大学学报 2024年第2期51卷 157-169页

作者：蔡明娇蒋俊正蔡万源周芳桂林电子科技大学信息与通信学院广西壮族自治区桂林541004 桂林电子科技大学卫星导航定位与位置服务国家地方联合工程研究中心广西壮族自治区桂林541004 桂林电子科技大学广西无线宽带通信与信号处理重点实验室广西壮族自治区桂林541004

高光谱图像在采集过程中受到观测条件、成像仪材料属性、传输条件等客观因素的影响,不可避免地会引入各种噪声。这严重降低了高光谱图像的质量以及限制了后续处理的精度。因此,高光谱图像去噪是一个极其重要的预处理步骤。针对高光谱图... 详细信息

高光谱图像在采集过程中受到观测条件、成像仪材料属性、传输条件等客观因素的影响,不可避免地会引入各种噪声。这严重降低了高光谱图像的质量以及限制了后续处理的精度。因此,高光谱图像去噪是一个极其重要的预处理步骤。针对高光谱图像去噪问题,提出了低秩张量分解和自适应图全变分的高光谱图像去噪算法。首先,利用低秩张量分解来描述高光谱图像的全局空间和光谱相关性,并使用自适应权重图全变分来刻画高光谱图像空间维度上的分段平滑特性和保留高光谱图像的边缘信息;此外,采用l1-范数、Frobenius-范数分别刻画包括条纹噪声、脉冲噪声、死线噪声在内的稀疏噪声和高斯噪声。由此高光谱图像去噪问题归结为一个包含低秩张量分解和自适应图全变分的约束优化问题。利用增广拉格朗日乘子法对该优化问题进行交替求解。实验结果表明,所提出的高光谱图像去噪算法与现有的算法相比,能够充分刻画高光谱图像数据的内在结构特性,具有更好的去噪性能。

关键词：高光谱图像去噪 Tucker分解自适应图全变分

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广西林火发生动态及气象影响因素研究

森林工程 2024年第2期40卷 77-84页

作者：巨文珍韩斐扬彭泊林李常诚何珊潘婷广西壮族自治区林业勘测设计院南宁530011

了解森林火灾的时空分布格局,定量分析其统计学规律,能够为该地区的火源管理与森林火灾科学预防提供基础支撑。根据广西1990—2020年的森林火灾数据、气象数据和基础地理数据,分析广西大尺度下的森林火灾时空分布趋势,同时构建零膨胀负... 详细信息

了解森林火灾的时空分布格局,定量分析其统计学规律,能够为该地区的火源管理与森林火灾科学预防提供基础支撑。根据广西1990—2020年的森林火灾数据、气象数据和基础地理数据,分析广西大尺度下的森林火灾时空分布趋势,同时构建零膨胀负二项回归模型,探讨气象因素对森林火灾的影响。结果表明,在年际变化上,广西林火数量呈“M”形波动,2005年以后森林火灾波动较大,季节上多发于冬季和春季,每年10月至次年4月累计发生13 249起,占比80%;森林火灾的发生具有明显的地域聚集性,主要发生在海拔0~400 m和斜坡为25°以下的平原低山地区;气象因子对森林火灾的发生具有重要影响,其中降雨量和平均风速对广西森林火灾的影响最为显著。未来广西应加大防火期,尤其是重要节假日前后的野外火源管控力度与应急处置能力,同时完善火险天气预警,以应对极端天气带来的森林火灾隐患。

关键词：森林火灾时间序列空间分布特征负二项回归广西壮族自治区

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构建女方因素异常受精的预测模型及验证

中国组织工程研究 2024年第11期28卷 1696-1703页

作者：周超李欢庾广聿于春梅陈迪唐程民莫秋菊覃仁利黄新梅广西壮族自治区南溪山医院广西壮族自治区桂林市541000 中国人民解放军联勤保障部队第九二四医院广西壮族自治区桂林市541000 常州市妇幼保健院江苏省常州市213000 柳州市人民医院广西壮族自治区柳州市545000 富川瑶族自治县人民医院广西壮族自治区贺州市542700

背景:降低异常受精率是提高体外受精应用效能与降低患者经济压力的有效手段。然而,现阶段对异常受精的研究主要集中于探讨原核类型及其产生机制,以及对异常受精所形成胚胎、染色体倍性与利用价值的分析,缺乏基于回顾性研究而建立的异常... 详细信息

背景:降低异常受精率是提高体外受精应用效能与降低患者经济压力的有效手段。然而,现阶段对异常受精的研究主要集中于探讨原核类型及其产生机制,以及对异常受精所形成胚胎、染色体倍性与利用价值的分析,缺乏基于回顾性研究而建立的异常受精临床预测模型。目的:构建常规体外受精中基于女方因素发生异常受精的临床预测模型列线图。方法:回顾性分析2017年3月至2022年3月于广西壮族自治区南溪山医院接受常规体外受精助孕治疗患者共5075例,以匹配容差为0.02按1∶1倾向评分校准男方混杂因素,匹配成功1672例,根据维也纳共识,以正常受精能力值≥60%的患者纳入正常受精组(836例),区分度与准确度及临床应用效能验证。结果与结论:①单因素分析发生异常受精的影响因素为年龄、控制性促排卵方案、助孕次数、不孕年限、不孕因素、抗苗勒管激素、窦状卵泡数、基础促黄体生成素、人绒毛膜促性腺激素注射日促黄体生成素、人绒毛膜促性腺激素注射日雌二醇(P区分度;校准曲线平均绝对误差0.044,Hosmer-Lemeshow检验表明该模型预测异常受精的概率与实际异常受精的概率无统计学差异(P>0.05),具有较好的一致性与准确性;临床决策曲线与临床影响曲线显示,模型组和验证组分别在阈概率值为0.00-0.52与0.00-0.48时具有临床最大净获益,且在该阈概率范围内具有较好的临床应用效能;⑤结果表明,基于年龄、微刺激方案、助孕次数、不孕年限、抗苗勒管激素、人绒毛膜促性腺激素注射日雌二醇构建女方常规体外受精发生异常受精的预测模型列线图,具有较好的区分度与准确度以及临床应用效能。

关键词：异常受精体外受精预测模型正常受精列线图女方因素

类风湿性关节炎中免疫相关基因表达及免疫细胞的双样本孟德尔随机化分析

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中国组织工程研究 2024年第27期28卷 4312-4318页

作者：范以东秦刚何凯毅龚玉芳李威材吴广涛广西中医药大学广西壮族自治区南宁市530222 广西中医药大学第一附属医院广西壮族自治区南宁市530022 贵港市人民医院广西壮族自治区贵港市537199

背景:类风湿性关节炎是一种慢性全身性自身免疫疾病,研究其涉及的免疫学特征改变对诊断和治疗具有重要意义。目的:通过生物信息学方法筛选类风湿性关节炎中免疫相关生物标志物,分析其免疫细胞浸润变化及与免疫细胞的潜在因果关系。方法... 详细信息

背景:类风湿性关节炎是一种慢性全身性自身免疫疾病,研究其涉及的免疫学特征改变对诊断和治疗具有重要意义。目的:通过生物信息学方法筛选类风湿性关节炎中免疫相关生物标志物,分析其免疫细胞浸润变化及与免疫细胞的潜在因果关系。方法:基于GEO与ImmPort数据库,采用差异表达分析筛选类风湿性关节炎中表达上调的免疫相关基因,采用GO与KEGG富集分析探索这些上调基因的潜在作用。采用支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)、最小绝对收缩和选择算法(Lasso)筛选类风湿性关节炎中免疫特征基因,独立的数据集进行差异验证,绘制特征基因的受试者工作特征曲线评价诊断性能。采用免疫细胞浸润分析类风湿性关节炎中免疫细胞的差异情况及特征基因与免疫细胞的相关性。最后,进行孟德尔随机化分析,以确定免疫细胞中单核细胞与类风湿性关节炎的因果效应。结果与结论:①筛选得到了39个在类风湿性关节炎中高表达的差异基因,GO富集分析显示其主要富集在趋化性、细胞因子活性、免疫受体活性等过程,KEGG富集分析显示其在肿瘤坏死因子信号通路、白细胞外周迁移等途径显著富集;②通过Lasso与SVM-RFE两种机器学习算法确定了5个特征基因,分别为CXCL13、SDC1、IGLC1、PLXNC1和SLC29A3,独立的数据集对特征基因验证发现他们同样在类风湿性关节炎样本中高表达,5个特征基因在2个数据集中的AUC值均大于0.8;③免疫细胞浸润发现大多数免疫细胞如单核细胞、自然杀伤细胞等在类风湿性关节炎样本里表现出更高的浸润水平,相关性分析显示5个特征基因与记忆B细胞、不成熟B细胞等呈正相关性,逆方差加权法发现单核细胞与类风湿性关节炎发病风险相关。

关键词：类风湿性关节炎机器学习免疫浸润全基因组关联研究孟德尔随机化

动力位下早期脊髓型颈椎病患者脊髓致压特点的有限元分析

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中国组织工程研究 2024年第33期28卷 5257-5264页

作者：李承蔚张翼升李智斐钟远鸣蒙纪文梁钦秋陈华龙广西中医药大学研究生学院广西壮族自治区南宁市530000 广西中医药大学第一附属医院广西壮族自治区南宁市530000 玉林市中西医结合骨伤医院广西壮族自治区西林市537000

背景:脊髓型颈椎病是导致中老年人功能障碍的进行性加重疾病,早期诊断困难,近年来临床上有学者发现动态磁共振成像(dMRI)技术可更早期发现动力位下的脊髓受压,但其具体生物力学机制亟待阐明。目的:探讨早期脊髓型颈椎病患者在动力位(过... 详细信息

背景:脊髓型颈椎病是导致中老年人功能障碍的进行性加重疾病,早期诊断困难,近年来临床上有学者发现动态磁共振成像(dMRI)技术可更早期发现动力位下的脊髓受压,但其具体生物力学机制亟待阐明。目的:探讨早期脊髓型颈椎病患者在动力位(过伸过屈位)下脊髓的生物力学致压特点,验证颈椎dMRI对早期脊髓型颈椎病诊断的有效性。方法:回顾性分析2022年1-6月在广西中医药大学第一附属医院骨科就诊并拍摄过颈段dMRI患者的病历资料,共纳入16例,分为2组,病理组为8例以黄韧带肥厚为主要征象的早期脊髓型颈椎病患者,男5例,女3例;正常组为8例正常退变人群,男4例,女4例。所有患者均已拍摄颈椎CT平扫、MRI平扫、dMRI平扫。此次研究分为以下3个部分实验进行阐述:①采集两组受试者dMRI图像的DCOM数据,并采集其颈椎CT、中立位MRI图像DCOM数据了解两组受试者在中立位下的骨质及软组织情况;②基于MRI及CT平扫的图像DCOM数据,使用逆向工程软件分别建模正常退变人群、脊髓型颈椎病早期患者的下颈椎(C3-7)三维有限元模型,分析脊髓、硬膜后部的等效应力、等效弹性应变数值,观察应力、应变分布情况;③得出应力、应变数据后进行组间数据对比,分析出早期脊髓型颈椎病在动力位下脊髓致压的力学特点,验证dMRI对早期脊髓型颈椎病诊断的有效性。结果与结论:①两组受试者下颈椎(C3-7)模型在模拟后伸、前屈、中立位时,其脊髓后部的应力、应变数值从大到小依次为后伸位>前屈位>中立位(P前屈位>中立位(P区域不规则;③在中立位下,两组模型脊髓的应变数值无明显差异(P>0.05),应变分布区域均匀规则;④提示在颈椎后伸位状态下,以黄韧带肥厚为主要征象的早期脊髓型颈椎病患者硬膜囊和脊髓后部均受压变形,脊髓的受压形变程度明显大于前屈位和中立位;中立位状态下,早期脊髓型颈椎病患者硬膜受压变形,脊髓无明显形变征象;此次研究从生物力学的角度验证了dMRI对早期脊髓型颈椎病诊断的有效性。

关键词：脊髓型颈椎病动态MRI(dMRI) 动力位早期诊断生物力学

lncRNA-TUG1作为竞争性内源RNA在心血管疾病中的研究进展

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中国病理生理杂志 2024年第3期40卷 557-563页

作者：常晨苏强广西壮族自治区江滨医院广西南宁530021 桂林医学院广西桂林541000

长链非编码RNA(long no-coding RNA,lncRNA)是指长度超过200个核苷酸的RNA分子,虽然本身并不具备直接编码蛋白质的作用,却可通过参与多种生物过程,包括细胞增殖、分化、凋亡等介导疾病的发生[1]。lncRNA-牛磺酸上调基因1(taurine up-reg... 详细信息

长链非编码RNA(long no-coding RNA,lncRNA)是指长度超过200个核苷酸的RNA分子,虽然本身并不具备直接编码蛋白质的作用,却可通过参与多种生物过程,包括细胞增殖、分化、凋亡等介导疾病的发生[1]。lncRNA-牛磺酸上调基因1(taurine up-regulated gene 1,TUG1)被认为与人类疾病进展密切[2]。此外,过表达lncRNA-TUG1是心血管疾病后心脏预后不良的生物标志物[3]。

关键词：牛磺酸上调基因1 竞争性内源RNA 心血管疾病

壮药拟草果中3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品的制备及其质量控制研究

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药物分析杂志 2024年第2期44卷 333-339页

作者：赖克道柴玲陈明生冯军袁健童刘布鸣广西壮族自治区中医药研究院、广西中药质量标准研究重点实验室南宁530022

目的:从壮药拟草果中制备纯化3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品并建立其质量分析方法。方法:采用硅胶柱色谱、重结晶和高效制备液相色谱等,从拟草果中制备纯化得到高纯度的3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮,通过红外、紫外、... 详细信息

目的:从壮药拟草果中制备纯化3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品并建立其质量分析方法。方法:采用硅胶柱色谱、重结晶和高效制备液相色谱等,从拟草果中制备纯化得到高纯度的3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮,通过红外、紫外、核磁共振等综合波谱解析方法及质谱确定其化学结构,采用薄层色谱法、高效液相色谱法检测色谱纯度,炽灼残渣法测定灰分,质量平衡法计算3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮的含量。采用高效液相色谱法对建立的3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品质量分析方法进行方法学考察。结果:3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品用高效液相色谱法面积归一化法测定的含量均值为99.85%,炽灼残渣法测得灰分值为0.02%,以质量平衡法计算的含量为99.83%。建立的含量测定方法专属性强,精密度良好。结论:制备得到的3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品符合化学对照品的质量标准要求,可作为拟草果及其他含有此成分的药材与制剂质量控制的对照品。建立的质量分析方法准确、可靠,可为该对照品质量标准研究与制定提供科学依据。

关键词：壮药拟草果 3,5-二羟基-7,4’-二甲氧基黄酮候选化学对照品制备纯化结构鉴定纯度检查含量测定

三种基质栽培的毛木耳营养成分和子实体代谢物差异

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菌物学报 2024年第5期43卷 95-116页

作者：罗阳兰陈丽新王灿琴韦娇君蓝桃菊吴圣进韦仕岩广西壮族自治区农业科学院微生物研究所广西南宁530007

为了解桉树皮和桉木屑与杂木屑栽培的毛木耳Auricularia cornea营养成分和子实体代谢物的差异,以杂木屑、桉木屑和桉树皮作为主料栽培的毛木耳子实体为供试材料,分别测定水分、蛋白质、脂肪、可溶性糖、粗纤维和粗灰分;基于超高效液相色... 详细信息

为了解桉树皮和桉木屑与杂木屑栽培的毛木耳Auricularia cornea营养成分和子实体代谢物的差异,以杂木屑、桉木屑和桉树皮作为主料栽培的毛木耳子实体为供试材料,分别测定水分、蛋白质、脂肪、可溶性糖、粗纤维和粗灰分;基于超高效液相色谱-串联质谱(ultra-highperformance liquidchromatography-tandemmassspectrometry,UHPLC-MS)代谢组学技术分析不同子实体的代谢差异。结果表明:与杂木屑栽培毛木耳相比,利用桉木屑和桉树皮栽培的毛木耳的粗蛋白、可溶性糖和粗灰分的含量较高,而粗脂肪、粗纤维则含量较低。桉木屑组与杂木屑组间有41种差异代谢产物和5种差异代谢物通路,桉树皮组与杂木屑组间有49种差异代谢产物和15种差异代谢物通路,桉木屑组与桉树皮组间有44种差异代谢产物和21种差异代谢物通路。根据KEGG(Kyoto EncyclopediaofGenesandGenomes)代谢通路富集分析,桉木屑组和杂木屑组之间有2条差异显著的代谢通路(P研究为桉木屑和桉树皮应用于食用菌栽培提供参考。

关键词：桉树加工副产物毛木耳栽培基质营养成分非靶向代谢组学