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2008-2021年广东省柯萨奇病毒B3型的流行及基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第7期44卷 629-634页

作者：曾汉日郑焕英龙勇陈晓丽张薇李彩霞柯碧霞邓小玲李柏生广东省疾病预防控制中心广东省新发传染病应急检测技术研究与应用重点实验室广州511430 广东省人民医院(广东省医学科学院)检验科广州510080

目的了解2008-2021年柯萨奇病毒B3型(coxsackievirus B3, CVB3)在广东省的流行及基因特征情况。方法对2008-2021年收集的非肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)/柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16, CVA16)/CVA6(以下简称其他肠道病毒)阳性的手足口病病例标本、2020-2021年疱疹性咽峡炎病例和新生儿感染病例标本进行肠道病毒检测及分型鉴定, 选取CVB3阳性标本分离病毒, 对CVB3毒株进行VP1全长序列扩增与测序, 运用生物信息学软件DNAStar 7.1和MEGA 6.06分析遗传进化特征。结果 2008-2021年3 484例其他肠道病毒阳性的手足口病病例中, CVB3阳性率为1.6%(57/3 484);2020-2021年560例疱疹性咽峡炎病例中, CVB3阳性率为2.1%(12/560);1例2021年新生儿感染病例CVB3阳性。按年份统计, 2021年CVB3阳性病例数最多, 占67.1%(47/70), 其次为2020年, 占18.6%(13/70), 其余年份均在5例以下。从CVB3阳性标本中分离得到48株CVB3毒株, 共获得26条CVB3毒株VP1基因全长序列。遗传进化分析显示, CVB3可分为A~H等8个基因型, 中国内地存在A、D、E等基因型CVB3毒株的流行。本研究26株广东省CVB3毒株VP1核苷酸相似性为80.2%~100.0%, 包括D和E两种基因型, 其中D基因型流行于2008-2017年, E基因型流行于2020-2021年。结论 2008-2017年CVB3在广东省呈散发流行, 而在2020-2021年流行强度呈上升态势。2008-2021年广东省存在D和E基因型CVB3的流行, 其中E基因型是2020-2021年的流行株。

关键词：手足口病疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒B3型基因型

2021-2023年广东省食物中毒来源金黄色葡萄球菌耐药特征与全基因组分析

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中国病原生物学杂志 2024年第5期19卷 534-538页

作者：李亭何冬梅柯碧霞欧阳方竹徐静李柏生颜瑾广东省疾病预防控制中心病原微生物所广东广州510310 广东药科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东省新发传染病应急检测技术研究与应用重点实验室

目的分析2021-2023年广东省疾病预防控制中心收到的食物中毒来源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)耐药特点、分子特征与同源性。方法使用VITEK 2 Compact全自动微生物生化鉴定仪进行菌株鉴定。使用微量肉汤稀释法进行药敏试验... 详细信息

目的分析2021-2023年广东省疾病预防控制中心收到的食物中毒来源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)耐药特点、分子特征与同源性。方法使用VITEK 2 Compact全自动微生物生化鉴定仪进行菌株鉴定。使用微量肉汤稀释法进行药敏试验。利用全基因组测序技术揭示菌株的分子流行特征。使用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)与系统发育分析菌株间同源性。结果8起SA食物中毒事件主要发生在春季(62.5%,5/8);导致中毒的食物类型主要为肉蛋制品(87.5%,7/8)。耐药分析结果表明75株SA均对青霉素耐药,对其他10种药物大部分敏感(76.0%~100.0%);使用耐药基因ErmB、BlaZ、MecA、TetM、Ant6预测SA对红霉素、青霉素、苯唑西林、四环素与庆大霉素耐药性,其总体符合率较高(94.7%)。MLST分析结果显示8起食物中毒来源SA的主要ST型为ST7、ST6与ST45;同一起食物中毒事件来源株同源率为80.5%~100.0%,系统发育进一步提示不同地级市食物中毒来源SA存在传播现象。结论SA所致食物中毒事件春季高发,肉蛋制品为主要致病食物;食物中毒来源SA均对青霉素耐药,且携带多种毒素基因;同一起食物中毒来源SA同源性较高,不同地区食物中毒来源菌株存在传播现象。

关键词：金黄色葡萄球菌食物中毒药物耐受性全基因组测序毒力因子系统发育分析

广东省2018-2022年侵袭性非伤寒沙门菌病原学特征分析

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中华流行病学杂志 2024年第4期45卷 520-528页

作者：邹敏何冬梅徐静程琦欧阳方竹陈乐妍陈启方柯昌文柯碧霞中山大学公共卫生学院广州510080 广东省疾病预防控制中心广东省新发传染病应急检测技术研究与应用重点实验室广州510080 广东药科大学公共卫生学院广州510080 广州中医药大学中药学院广州510080 南方医科大学公共卫生学院广州510080

目的了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌(iNTS)的血清型分布、耐药性以及分子流行情况,为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型(M... 详细信息

目的了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌(iNTS)的血清型分布、耐药性以及分子流行情况,为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型(MLST)和全基因组测序。同时利用微生物基因注释系统对测序结果开展耐药基因与毒力因子注释。结果136株iNTS分为25种血清型,肠炎沙门菌占38.24%(52/136)。以鼠伤寒变种沙门菌作为对照计算其余iNTS血清型的OR值,奥雷宁堡、里森和波摩那3种沙门菌血清型的OR值较高,分别为423.50、352.92和211.75。iNTS耐药率在0.74%~66.91%之间,普遍低于非iNTS株(3.90%~77.21%)。iNTS耐药以氨苄西林和四环素为主,耐药率分别为66.91%(91/136)和50.00%(68/136),而对环丙沙星(5.88%,8/136)、头孢他啶(5.88%,8/136)、庆大霉素(5.13%,7/136)和头孢西丁(0.74%,1/136)耐药率较低。iNTS携带多种耐药基因与毒力因子,但尚未发现共同毒力因子分布特征。MLST聚类分析显示,iNTS分为26种序列型别,ST11型占38.24%(52/136)。结论2018-2022年广东省iNTS以肠炎沙门菌为主,其中奥雷宁堡、里森和波摩那3种血清型可能与更高的侵袭性感染风险有关。iNTS对临床一线治疗药物(头孢类和氟喹诺酮类抗生素)敏感,序列呈现高度多样性且具有明确的系统发育分支,以ST11型为本地优势克隆群。

关键词：侵袭性非伤寒沙门菌血清学鉴定全基因组测序耐药基因毒力因子

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戊型肝炎的实验室诊断指标与临床应用

中华检验医学杂志 2024年第3期47卷 210-215页

作者：应东夏宁邵郑子峥厦门大学公共卫生学院/生命科学学院国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心国家药监局传染性疾病检测技术研究与评价重点实验室厦门361104

戊型肝炎病毒(HEV)感染引起的戊型肝炎已成为我国最主要的急性病毒性肝炎之一。近年来HEV各检测指标, 包括HEV RNA、HEV抗原、抗-HEV IgM及抗HEV-IgG等指标, 在方法学上有了新进展及在实验室诊断中有了新发现。急性戊型肝炎患者、慢性... 详细信息

戊型肝炎病毒(HEV)感染引起的戊型肝炎已成为我国最主要的急性病毒性肝炎之一。近年来HEV各检测指标, 包括HEV RNA、HEV抗原、抗-HEV IgM及抗HEV-IgG等指标, 在方法学上有了新进展及在实验室诊断中有了新发现。急性戊型肝炎患者、慢性戊型肝炎患者、肝外临床症状患者诊断以及病原体携带者、相关职业体检人员检测等不同人群中应进行多指标联合诊断。不同人群各指标检测结果有各自的临床意义。

关键词：肝炎病毒戊型戊型肝炎抗体戊型肝炎抗原病原学诊断

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单个生物纳米颗粒分析技术与应用

生物工程学报 2024年第5期40卷 1352-1364页

作者：丁翊捷李彩玉张师音葛胜祥厦门大学公共卫生学院、国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心、传染病疫苗研发全国重点实验室福建厦门361102

纳米检测技术在病毒、外泌体、小细菌和细胞器等生物医学研究中发挥着举足轻重的作用。目前已知最小的病毒颗粒直径仅为17nm,近20年来研究火热的外泌体的粒径范围在30-150nm之间。这些生物颗粒尺寸微小、生物性质复杂,因此难以被富集和... 详细信息

纳米检测技术在病毒、外泌体、小细菌和细胞器等生物医学研究中发挥着举足轻重的作用。目前已知最小的病毒颗粒直径仅为17nm,近20年来研究火热的外泌体的粒径范围在30-150nm之间。这些生物颗粒尺寸微小、生物性质复杂,因此难以被富集和检测,但却具有重要的研究价值。可以对单个纳米级颗粒检测和分析的技术正在被越来越广泛地应用到这一领域。一方面这些技术使得那些超过了光学检测下限的对象被灵敏、稳定地检测到;另一方面,这些技术也对这些微纳颗粒的各种其他性质提供了巧妙的分析手段。如今,已经有若干基于纳米技术的商品化仪器先后问世,这些系统提供了完整的单颗粒检测方案,并根据各自的技术优势实现了独有的功能。但是这些技术在应用和检测能力上仍存在一定的局限性。本文从几个主流的商品化仪器的技术原理出发,对其在应用中的优势、局限性以及未来的发展趋势进行了综述,为研究人员选择和正确使用纳米检测技术提供了参考。

关键词：生物纳米颗粒光学检测病毒细胞外囊泡标志物检测

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健康体检人群携带肠道病原体状况调查

华南预防医学 2024年第5期50卷 465-469页

作者：肖允王涛马爽何冬梅邹敏江捷莹马翔柯昌文柯碧霞南方医科大学公共卫生学院广东广州510515 汕头大学医学院广州市花都区妇幼保健院胡忠医院广东省疾病预防控制中心广东省新发传染病应急检测技术研究与应用重点实验室中山大学公共卫生学院汕头大学公共卫生学院广州花都人爱医院

目的了解广州市花都区健康体检人群肠道携带病原体的携带情况,为调查和处置肠道传染病和食源性疾病暴发事件提供健康人本底数据。方法2022年全年从广州市花都人爱医院体检中心收集健康体检人群肛拭子样本,每人采集2份肛拭子,1份使用直... 详细信息

目的了解广州市花都区健康体检人群肠道携带病原体的携带情况,为调查和处置肠道传染病和食源性疾病暴发事件提供健康人本底数据。方法2022年全年从广州市花都人爱医院体检中心收集健康体检人群肛拭子样本,每人采集2份肛拭子,1份使用直接法对沙门菌和志贺菌进行分离培养;另1份采用LUMINEX胃肠道多病原试剂盒(NxTAG GPP)进行病原核酸检测,对沙门菌和弯曲菌核酸阳性样本使用增菌法进行分离培养,并比较核酸检测和分离结果。结果共检测566名健康体检人群肛拭子样本,病原体检出54例,核酸阳性检出率为9.54%。共检出5种细菌、2种病毒。不同性别、年龄、职业的病原总检出率差异均无统计学意义(P>0.05);艰难梭菌检出率在不同性别间、沙门菌检出率在不同职业间差异均有统计学意义(均P<0.05)。使用直接法在566名健康体检人中检出1份沙门菌肛试子样本,未分离出志贺菌。使用增菌法在7份沙门菌核酸阳性样本中分离出6份沙门菌,5份弯曲菌核酸阳性样本中分离出1份弯曲菌。结论广州市花都区健康体检人群肠道中携带多种肠道病原体,病原体核酸检出率为9.54%。餐饮从业人员存在较高的沙门菌核酸检出率,存在引起食源性疾病传播或暴发的风险,应加强对餐饮从业人员的健康监测。

关键词：健康体检人群肠道病原体液相芯片技术

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草莓上新发现的病毒研究现状与展望

园艺学报 2024年第7期51卷 1639-1648页

作者：丁新伦张洁吴祖建福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒重点实验室闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室福州350002

草莓病毒病是制约草莓产量和品质的重要因素之一。随着高通量测序技术在植物病毒检测和鉴定上的应用,一些新病毒相继在草莓上被发现。本文中综述了近十年来草莓上新发现的11种病毒,包括5种(黄瓜花叶病毒、菠菜潜隐病毒、番茄线虫传多面... 详细信息

草莓病毒病是制约草莓产量和品质的重要因素之一。随着高通量测序技术在植物病毒检测和鉴定上的应用,一些新病毒相继在草莓上被发现。本文中综述了近十年来草莓上新发现的11种病毒,包括5种(黄瓜花叶病毒、菠菜潜隐病毒、番茄线虫传多面体病毒、橄榄潜伏病毒1和芸薹黄化病毒)以草莓为其新寄主和6种(草莓马铃薯叶卷病毒1、草莓病毒1、草莓病毒2、草莓病毒3、森林草莓相关病毒1和草莓病毒A)首次报道的新病毒,对这些新发现病毒的研究现状进行了阐述和总结,并对研究中存在的主要问题和今后的研究方向进行了讨论和展望,以期为生产上草莓病毒病诊断、检测、病害流行预测、预防和控制提供参考。

关键词：草莓病毒

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2017—2022年南昌市肺结核疾病负担调查分析

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南昌大学学报（医学版） 2024年第4期64卷 93-98页

作者：谢煜相刘月凤黄鹏杨树南昌大学公共卫生学院江西省预防医学重点实验室南昌330006 传染病预防控制国家重点实验室研究基地江西省卫生健康新发传染病病原学诊断及基因组学重点实验室南昌市疾病预防控制中心南昌330038

目的分析2017—2022年南昌市肺结核造成的疾病负担和经济负担,为制定合理有效的防控措施提供依据。方法采用描述性流行病学方法对2017—2022南昌市肺结核发病资料进行统计分析,应用世界卫生组织疾病负担Excel模板评估肺结核造成的伤残... 详细信息

目的分析2017—2022年南昌市肺结核造成的疾病负担和经济负担,为制定合理有效的防控措施提供依据。方法采用描述性流行病学方法对2017—2022南昌市肺结核发病资料进行统计分析,应用世界卫生组织疾病负担Excel模板评估肺结核造成的伤残调整寿命年(DALY),并结合人力资本法评估肺结核造成的间接经济负担。结果2017—2022年南昌市共登记肺结核21900例,其中死亡43例,男女性别比为2.41∶1,年均发病率为63.16/10万。DALY总损失为27738.72人年,DALY强度为0.74人年·千人-1;男性DALY及其强度均高于女性,男女DALY强度均随年龄增加而上升;肺结核疾病负担主要集中在>60岁年龄段,占总DALY的43.47%。南昌市每年因肺结核造成的间接经济负担为12824.99万元,其中45~59岁年龄组占比最高。结论南昌市肺结核患者疾病负担和经济负担水平较高,应加强对重点人群的结核病防控工作,同时优化肺结核患者的减免政策。

关键词：肺结核疾病负担伤残调整寿命年间接经济负担

致牛腹泻主要病毒四重PCR检测方法的建立与初步应用

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黑龙江畜牧兽医 2024年第4期 67-75页

作者：李沫萱钟林翰韩言言张晓梅刘伊湄张梦媛王美徐义刚李园浙江农林大学动物科技学院·动物医学院浙江省畜禽绿色生态健康养殖应用技术研究重点实验室杭州311300

为了建立能同时检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)和牛细小病毒(BPV)的四重PCR方法,试验首先分别以BVDV 5′-UTR、BCoV Nsp10、BRV VP6和BPV VP2为靶基因设计检测引物,然后通过优化退火温度、Mg^(2+)体积... 详细信息

为了建立能同时检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)和牛细小病毒(BPV)的四重PCR方法,试验首先分别以BVDV 5′-UTR、BCoV Nsp10、BRV VP6和BPV VP2为靶基因设计检测引物,然后通过优化退火温度、Mg^(2+)体积、rTaq酶体积、dNTPs Mix体积和上下游引物体积建立致牛腹泻主要病毒的四重PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、灵敏度和重复性评价,最后应用该方法对临床样本进行检测。结果表明:所建立的四重PCR方法的最优退火温度为55.2℃,最优Mg^(2+)体积为3.0μL,最优rTaq酶体积为0.8μL,最优dNTPs Mix体积为2.5μL,BVDV、BRV、BcoV和BPV对应基因最优的上下游引物分别为1.3μL/1.3μL、0.7μL/0.7μL、1.3μL/1.3μL和0.8μL/0.8μL。该方法仅对靶标病毒检测为阳性,对其他牛源病毒[牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)]和口蹄疫病毒(FMDV)灭活疫苗检测均为阴性;对BVDV、BCoV、BRV和BPV的最低检出限分别为1.0×10^(3)copies/μL、1.0×10^(3)copies/μL、1.0×10^(4)copies/μL和1.0×10^(3)copies/μL;对3个批次样本的各个重复均能扩增出目的基因;可准确检测出牛粪便样本组合中已知的病毒;对临床样本中4种病毒的检出率与商品化病毒核酸检测试剂盒的检测结果具有较好的一致性。说明本研究建立的致牛腹泻主要病毒四重PCR检测方法能同时检测BVDV、BCoV、BRV和BPV,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于临床样本的检测。

关键词：牛病毒性腹泻病毒牛冠状病毒牛轮状病毒牛细小病毒四重PCR检测方法