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基于基因组学数据的缺血性脑卒中免疫分子标志物的鉴定

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中华疾病控制杂志 2024年第6期28卷 664-671页

作者：张文婧徐雅琪黄一铭王凤琳王爱民王清华石福艳潍坊医学院公共卫生学院卫生统计学教研室潍坊261053

目的基于基因组学数据,探索缺血性脑卒中免疫相关分子标志物,为缺血性脑卒中的预防和临床治疗提供理论依据。方法选取基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中GSE16561和GSE58294两个数据,对缺血性脑卒中相关免疫分子标志物... 详细信息

目的基于基因组学数据,探索缺血性脑卒中免疫相关分子标志物,为缺血性脑卒中的预防和临床治疗提供理论依据。方法选取基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中GSE16561和GSE58294两个数据,对缺血性脑卒中相关免疫分子标志物进行分析和探索。基于免疫学数据库和分析网站(the immunology database and analysis portal,ImmPort)数据库,获取免疫相关的基因,分析其在缺血性脑卒中组和正常对照组中的差异表达,鉴定差异表达免疫基因(differentially expressed immune genes,DEIGs),并利用蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)鉴定免疫相关的关键基因。基于DEIGs进行通路富集分析,发现缺血性脑卒中可能富集的分子信号通路。最后,基于CIBERSORT算法评估22种免疫细胞的浸润丰度,并计算其在缺血性脑卒中组和正常对照组中的差异,以此推断缺血性脑卒中相关的免疫细胞。结果差异分析结果表明37个DEIGs在两组间差异均有统计学意义(均P<0.05),包含缺血性脑卒中样本上调基因31个,下调基因6个。通路分析结果表明鉴定的DEIGs主要富集于免疫相关分子通路上。PPI的分析结果显示,TLR4、TLR2、MMP-9、CCR7、STAT3、TNFSF13B、S100A12、CD19、CAMP和SLC11A1是缺血性脑卒中密切相关的关键免疫基因。CIBERSORT结果表明,与正常对照样本相比较,缺血性脑卒中样本免疫回应细胞的富集水平较低(均P<0.05),而免疫抑制细胞的水平较高(均P<0.05)。结论研究基于转录组表达数据鉴定了缺血性脑卒中相关的免疫基因、免疫信号通路和免疫细胞,从3个分子水平上揭示了与缺血性脑卒中相关的免疫分子标志物,对缺血性脑卒中的有效防控和治疗策略的制定具有重要意义。

关键词：缺血性脑卒中免疫基因信号通路免疫细胞分子标志物组学数据

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重复外周磁刺激治疗慢性肌骨疼痛的研究进展

中国康复医学杂志 2024年第2期39卷 294-299页

作者：潘佳欣贾延兵刘晓艳沈蓁管廷凤刘浩赣南医学院康复学院江西省赣州市341000 潍坊医学院康复医学院潍坊医学院智能康复研究院潍坊市脑康复与功能重塑重点实验室潍坊医学院附属医院潍坊医学院第一附属医院

疼痛是临床常见的症状,国际疼痛学会将其定义为一种与实际或潜在的组织损伤相关的不愉快的感觉和情绪情感体验,或与此相似的经历[1]。慢性疼痛是指持续存在3个月或以上的疼痛[2]。世界卫生组织(World Health Organization)在2018年最新... 详细信息

疼痛是临床常见的症状,国际疼痛学会将其定义为一种与实际或潜在的组织损伤相关的不愉快的感觉和情绪情感体验,或与此相似的经历[1]。慢性疼痛是指持续存在3个月或以上的疼痛[2]。世界卫生组织(World Health Organization)在2018年最新国际疾病分类(International Classification of Diseases,ICD-11)中将持续或者反复发作超过3个月的疼痛作为慢性疼痛纳入独立的疾病分类,其中慢性肌骨疼痛(chronic musculoskeletal pain,CMP)分为原发性和继发性两种类型[2]。

关键词：国际疾病分类慢性疼痛组织损伤国际疼痛学会

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脐带来源间充质干细胞抑制巨噬细胞M1极化

中国免疫学杂志 2024年第4期40卷 673-679页

作者：王晓旭李超然王惠杨春娟刘凤霞徐栋花潍坊医学院临床医学院潍坊261053 潍坊医学院第一附属医院中心实验室潍坊261041 潍坊医学院第一附属医院过敏反应科潍坊261041 潍坊医学院第一附属医院风湿免疫科潍坊261041

目的:探究人脐带间充质干细胞(hUC-MSCs)对巨噬细胞M1/M2极化的作用。方法:将hUC-MSCs与佛波酯(PMA)诱导分化的巨噬细胞样细胞(pTHP-1巨噬细胞)共培养后进行转录组测序分析,筛选差异表达基因,进一步进行GO及KEGG富集分析。细胞增殖实验(... 详细信息

目的:探究人脐带间充质干细胞(hUC-MSCs)对巨噬细胞M1/M2极化的作用。方法:将hUC-MSCs与佛波酯(PMA)诱导分化的巨噬细胞样细胞(pTHP-1巨噬细胞)共培养后进行转录组测序分析,筛选差异表达基因,进一步进行GO及KEGG富集分析。细胞增殖实验(CCK-8和EdU)分析hUC-MSCs对pTHP-1细胞增殖的影响。流式细胞术检测hUC-MSCs对LPS刺激的pTHP-1巨噬细胞炎症因子TNF-α表达及抑炎因子IL-10表达的影响。qRT-PCR及流式细胞术探究hUC-MSCs对pTHP-1巨噬细胞M1/M2相关分子表型的作用。结果:转录组测序数据分析发现hUC-MSCs与pTHP-1细胞共培养后M1相关基因TNF-α(P<0.05)、HLA-DRA(P<0.01)明显下调,M2相关基因ARG1(P<0.05)明显上调,提示hUC-MSCs抑制巨噬细胞向M1表型极化。GO和KEGG富集分析提示这些表达失调的基因参与调控炎症与免疫应答。hUC-MSCs抑制pTHP-1巨噬细胞增殖,且抑制TNF-α表达(P<0.001),促进IL-10表达(P<0.001)。qRT-PCR及流式细胞术分析发现,hUC-MSCs共培养后,pTHP-1细胞HLA-DRA(P<0.05)和CD68(P<0.01)mRNA表达明显下调,且CD14+CD11c+M1型细胞比例下调,而CD163(P<0.001)和CD206(P<0.001)mRNA表达及CD14+CD163+M2型细胞比例明显上调。结论:hUC-MSCs体外抑制巨噬细胞向M1促炎表型极化,诱导向M2抗炎表型极化。

关键词：脐带间充质干细胞 pTHP-1 转录组测序巨噬细胞极化

基于WGCNA和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因

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中南大学学报（医学版） 2024年第2期49卷 207-219页

作者：黄一铭王爱民王凤琳徐雅琪张文婧石福艳王素珍山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expres... 详细信息

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因。方法:从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载基因芯片数据,采用WGCNA筛选出与帕金森病相关的重要基因模块;将重要模块中的基因导出,绘制帕金森病重要相关基因与免疫相关基因的韦恩图,从而筛选出帕金森病免疫相关基因。采用基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)深入分析免疫相关基因的功能及参与的信号通路。通过R语言的CIBERSORT包进行免疫细胞浸润分析。采用生物信息学方法和3种机器学习方法[最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、随机森林(random forest,RF)和支持向量机(support vector machine,SVM)]对筛选出的帕金森病免疫相关基因进行进一步筛选研究,绘制4种方法筛选的差异表达基因的韦恩图,筛选交集基因即中心节点(hub node,hub)基因。通过STRING数据库搜索帕金森病hub基因的下游蛋白质,绘制蛋白质互作网络图。结果:筛选出帕金森病重要模块基因中与免疫相关的基因218个,其中45个为上调基因,50个为下调基因。富集分析结果显示218个基因主要在免疫系统对外来物反应和病毒感染通路富集。免疫浸润分析结果表明,CD4^(+)T细胞、NK细胞、CD8^(+)T细胞、B细胞在帕金森病患者样本中的浸润百分率较高,静息NK细胞、静息CD4^(+)T细胞在帕金森病患者样本中显著浸润。4种方法筛选出的hub基因为ANK1基因。交集基因蛋白质互作网络分析结果显示,ANK1基因翻译表达的11个蛋白质主要参与信号转导、铁稳态调节及免疫系统激活等功能。结论:通过WGCNA和机器学习方法,筛选出帕金森病免疫相关关键基因ANK1,该基因可能成为帕金森病诊断和治疗的候选靶点。

关键词：加权基因共表达网络分析机器学习帕金森病免疫 ANK1基因

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基于心脑血管疾病发病风险预测的CatBoost算法和贝叶斯网络模型分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1044-1054页

作者：王爱民王凤琳黄一铭徐雅琪张文婧丛显铸苏维强王素珍高梦瑶李爽孔雨佳石福艳陶恩学山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053 山东第二医科大学基础医学院山东潍坊261053

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过... 详细信息

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过类别型特征提升(CatBoost)算法进行特征选择,将所有参与者按7∶3比例随机分为训练集和测试集,并基于最大最小爬山(MMHC)算法构建贝叶斯网络模型。结果:本研究中人群心脑血管疾病患病率为28.8%。CatBoost算法筛选的排名前10位变量分别为年龄、体质量指数(BMI)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、总胆固醇(TC)、甘油三酯-葡萄糖(TyG)指数、家族史、载脂蛋白A/B比值、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、吸烟状态和性别。CatBoost训练集模型受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)为0.770,模型准确性为0.764;验证集模型AUC为0.759,模型准确性为0.763。临床效能分析,训练集阈值范围为0.06~0.85,验证集阈值范围为0.09~0.81。心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型分析,年龄、性别、吸烟状态、家族史、BMI和载脂蛋白A/B比值与心脑血管疾病直接相关,是心脑血管疾病发生的重要风险因素,TyG指数、HDL-C、LDL-C和TC通过影响BMI和载脂蛋白A/B比值间接影响心脑血管疾病的发生风险。结论:控制BMI、载脂蛋白A/B比值和吸烟行为,可以降低心脑血管疾病的发病风险。贝叶斯网络模型可用于预测心脑血管疾病发病风险。

关键词：心脑血管疾病 CatBoost算法贝叶斯网络风险推理

公共卫生硕士专业学位研究生学术创新能力及其影响因素分析

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中华医学教育杂志 2024年第6期44卷 440-443页

作者：安洪庆邢杰尹晓琴潍坊医学院公共卫生学院数学教研室潍坊261053

目的探讨公共卫生硕士专业学位研究生(简称研究生)学术创新能力及其影响因素。方法采用分层随机抽样方法,选取山东省6所高等医学院校的682名研究生作为研究对象,采用问卷调查方法,了解其学术创新能力及其影响因素。采用t检验进行组间比... 详细信息

目的探讨公共卫生硕士专业学位研究生(简称研究生)学术创新能力及其影响因素。方法采用分层随机抽样方法,选取山东省6所高等医学院校的682名研究生作为研究对象,采用问卷调查方法,了解其学术创新能力及其影响因素。采用t检验进行组间比较,采用多因素Logistic回归进行影响因素分析。结果研究生学术创新能力总分为(61.32±1.04)分(满分85分),其中个人特质维度评分(10.81±0.92)分(满分20分)、职业素养维度评分(22.75±0.86)分(满分30分)、基本能力维度评分(17.88±1.02)分(满分25分)、思维特征维度评分(7.07±0.94)分(满分10分)。影响研究生学术创新能力的主要因素有学术平台、师生关系、科研参与、学术动机、学习方式和导师学术支持(t值分别为5.95、10.09、10.23、20.88、10.97和10.44,均P<0.05)。结论研究生学术创新能力整体不足,需要重点关注个人特质与基本能力等维度;研究生学术创新能力受到学术平台、师生关系等方面的影响;建议通过优化学科群建设、完善双导师制等措施来提高其学术创新能力。

关键词：公共卫生硕士专业学位研究生学术创新能力影响因素

我国2011—2020年康复医学科卫生资源和服务水平的时空分布特征分析

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中国康复医学杂志 2024年第11期 1674-1678页

作者：高杰王雪纯裴亚兴胡艺张志杰岳寿伟山东省妇幼保健院妇幼健康发展研究中心潍坊医学院公共卫生学院复旦大学公共卫生学院流行病与卫生统计教研室山东大学齐鲁医院康复科

目的：揭示2011—2020年我国康复医学卫生资源和服务能力的现状及时空分布特征，为下一步我国康复医学资源配置提供科学依据。方法：以中国卫生统计年鉴中康复医学卫生资源（床位数）和服务能力指标（门急诊人次数、出院人数）为基础，... 详细信息

目的：揭示2011—2020年我国康复医学卫生资源和服务能力的现状及时空分布特征，为下一步我国康复医学资源配置提供科学依据。方法：以中国卫生统计年鉴中康复医学卫生资源（床位数）和服务能力指标（门急诊人次数、出院人数）为基础，采用空间自相关和时空扫描等方法对相关指标进行分析，揭示其发展趋势和时空聚集性。结果：2011—2020年，我国医院康复医学科的床位数、门急诊人次数和出院人数均呈上升趋势。全局自相关分析显示，我国医院康复医学科的床位数、门急诊人次数（万人次）和出院人数的空间异质性均呈上升趋势。康复科床位数共发现两个时空聚集区，其中主要聚集区位于2016/1/1—2016/12/31的浙江省，次要聚集区位于2017/1/1—2020/12/31的天津市、北京市、河北省等13个省份。康复科门急诊人次在时间和空间上共发现3个时空聚集区，最强聚集区时间为2016/1/1—2020/12/31，包括福建省、江西省等9个省份；次要聚集区位于2015/1/1—2019/12/31的北京市；第三聚集区位于2016/1/1—2020/12/31的重庆市和四川省。康复科出院人次在时间和空间上共发现2个时空聚集区，最强聚集区位于2016/1/1—2020/12/31的重庆市、四川省等7个省市；次要聚集区位于2017/1/1—2020/12/31的吉林省、黑龙江省等13个省份。结论：2011—2020年我国康复医学卫生资源和服务能力均呈现出明显的时空聚集性，下一步应加强各地区间的资源配置，提升服务能力，提高我国康复医学资源配置的均衡性。

关键词：康复医学卫生资源服务能力空间分布空间聚集性

RNA m^(6)A甲基化修饰在脂肪细胞胰岛素抵抗中的作用机制

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重庆医科大学学报 2024年第2期49卷 132-140页

作者：叶棣文张炳杨张丹彤马万山逯素梅潍坊医学院医学检验学院潍坊261000 山东大学齐鲁医学院济南250000 山东第一医科大学第一附属医院/山东省千佛山医院检验医学山东省医药卫生临床检验诊断学重点实验室济南250000

目的:探讨RNA m^(6)A甲基化修饰在脂肪细胞胰岛素抵抗中的作用及机制。方法:收集2型糖尿病患者术中赘余皮下脂肪组织,以非2型糖尿病患者同样组织为对照,检测组间RNA m^(6)A水平。高脂饮食诱导C57BL/6J小鼠构建胰岛素抵抗(in⁃sulin resis... 详细信息

目的:探讨RNA m^(6)A甲基化修饰在脂肪细胞胰岛素抵抗中的作用及机制。方法:收集2型糖尿病患者术中赘余皮下脂肪组织,以非2型糖尿病患者同样组织为对照,检测组间RNA m^(6)A水平。高脂饮食诱导C57BL/6J小鼠构建胰岛素抵抗(in⁃sulin resistance,IR)模型(HFD组,n=5,60%高脂饲料喂养16周),对照组10%低脂饲料喂养16周(CD组,n=5)。模型构建成功后,取附睾周围脂肪组织行表观转录组学m^(6)A甲基化修饰芯片检测,并借助MeRIP-qPCR实验、RT-qPCR以及RNA结合蛋白免疫沉淀测定(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RIP)实验验证胰岛素信号转导相关基因变化;进一步观察METTL3小分子抑制剂STM2457对高脂饮食诱导下小鼠胰岛素信号转导基因的影响。结果:2型糖尿病患者和小鼠IR模型脂肪组织中总体m^(6)A修饰水平均升高(患者200 ng RNA t=-8.375,P<0.001;患者100 ng RNA t=-3.722,P=0.006;患者50 ng RNA t=-4.937;P=0.001;小鼠100 ng RNA t=-3.590,P=0.023;小鼠50 ng RNA t=-2.760,P=0.025)。表观转录组学检测证实IR的脂肪组织中1175个基因发生高m^(6)A修饰,55个基因发生低m^(6)A修饰,同时有182个基因呈现高m^(6)A修饰且低表达,包括AKT2、INSR、PIK3R1、ACACA、SREBF1等5个胰岛素信号转导关键基因,其中AKT2、INSR、ACACA、SREBF1等4个基因被确证并证实其与METTL3存在直接结合,其m^(6)A修饰水平受METTL3正向调控。STM2457作用下,胰岛素敏感性提高,且AKT2、INSR、ACACA、SREBF1转录水平上调,提示IR表型改善明显。结论:高脂饮食通过METTL3诱导脂肪细胞胰岛素信号转导基因AKT2、INSR、ACACA、SREBF1发生m^(6)A高甲基化修饰,诱导其低表达,阻滞胰岛素信号转导,进而参与诱发IR。

关键词：高脂饮食胰岛素抵抗 RNA m^(6)A甲基化修饰胰岛素信号转导通路

亲环素D介导的线粒体通透性转换孔开放对骨肉瘤MG63细胞生物学行为的影响

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郑州大学学报（医学版） 2024年第5期59卷 602-607页

作者：刘一夏德佳赵柔王旭彤赵岳马玉芳王文军张玲华北理工大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学教研室河北唐山063000 济宁医学院护理学院妇儿护理学教研室山东济宁272000 济南大家医学检验有限公司临床实验室济南250104 济宁医学院附属医院医学检验科山东济宁272000 滨州医学院公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学教研室山东烟台264003 潍坊护理职业学院党政办公室山东潍坊262500

目的:探讨干扰线粒体关键蛋白亲环素D(CypD)对骨肉瘤MG63细胞增殖、迁移、凋亡等生物学行为的影响。方法:构建3种转染不同siRNA的MG63细胞系,分别为CypD-siRNA1、CypD-siRNA2和CypD-siRNA3组,采用qRT-PCR和Western blot检测3组细胞中Cyp... 详细信息

目的:探讨干扰线粒体关键蛋白亲环素D(CypD)对骨肉瘤MG63细胞增殖、迁移、凋亡等生物学行为的影响。方法:构建3种转染不同siRNA的MG63细胞系,分别为CypD-siRNA1、CypD-siRNA2和CypD-siRNA3组,采用qRT-PCR和Western blot检测3组细胞中CypD的表达水平,筛选用于后续实验的CypD-siRNA。将MG63细胞分为阴性对照组(转染siRNA-NC)和敲减组(转染CypD-siRNA2)。采用CCK-8法和平板克隆实验检测细胞的增殖能力,Transwell小室实验检测细胞的迁移能力;采用MitoSOX Red检测线粒体活性氧(mROS)水平,钙黄绿素-钴评价线粒体通透性转换孔的开放状态;采用流式细胞术检测细胞凋亡情况,Western blot法检测细胞迁移和凋亡相关蛋白的表达。结果:与CypD-siRNA1组和CypD-siRNA3组相比,CypD-siRNA2组中CypD mRNA和蛋白表达水平下降(P<0.05)。与阴性对照组相比,敲减组细胞克隆形成数和迁移数减少,细胞增殖能力下降,细胞凋亡率升高,N-cadherin和Vimentin蛋白表达水平降低(P<0.05),Bax/Bcl-2、Cleaved Caspase 3/Caspase 3以及E-cadherin和细胞色素C蛋白表达水平升高(P<0.05)。敲减组细胞mROS水平高于阴性对照组,而线粒体通透性转换孔开放程度低于阴性对照组(P<0.05)。结论:敲减CypD表达可上调MG63细胞氧化应激水平,抑制其增殖、迁移能力,并通过线粒体途径诱导其凋亡。

关键词：骨肉瘤亲环素D 线粒体通透性转换孔生物学行为 MG63细胞