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甲型流感病毒NP及相关宿主因子研究进展

中国病原生物学杂志 2024年第3期19卷 360-366页

作者：高三利孙欣王盛羽宋鸿遵义医科大学微生物学教研室贵州遵义563000 遵义医科大学贵州省普通高等学校传染病与生物安全特色重点实验室

甲型流感病毒(influenza A virus,IAV)严重威胁人类健康。病毒核心是核糖核蛋白复合物(viral ribonucleoprotein complexes,vRNPs),是病毒基因组转录和复制的最小功能单位。核蛋白(nucleoprotein,NP)是vRNP的重要组成部分之一,在流感病... 详细信息

甲型流感病毒(influenza A virus,IAV)严重威胁人类健康。病毒核心是核糖核蛋白复合物(viral ribonucleoprotein complexes,vRNPs),是病毒基因组转录和复制的最小功能单位。核蛋白(nucleoprotein,NP)是vRNP的重要组成部分之一,在流感病毒整个生命周期起着关键作用。机体存在多种宿主因子通过NP影响病毒增殖。本文就通过NP影响vRNP核输入、病毒基因组转录和复制、vRNP核输出以及vRNP组装这几个方面的宿主因子进行综述,以期为治疗IAV新靶点的发现及新药物的研发提供参考。

关键词：甲型流感病毒核蛋白NP 宿主因子病毒增殖相互作用综述

结核分枝杆菌Rv3432c蛋白的原核表达与生物信息学分析

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四川大学学报（医学版） 2024年第2期55卷 330-336页

作者：易海波高兴红罗果徐鹏王欢遵义医科大学贵州省普通高等学校传染病与生物安全特色重点实验室遵义563099

目的构建结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,***)Rv3432c基因的原核表达质粒并进行体外表达,运用生物学信息学软件分析蛋白Rv3432c特征,探讨抗***新型药物靶点。方法以灭活的结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA为模板,PCR法扩增Rv3432... 详细信息

目的构建结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,***)Rv3432c基因的原核表达质粒并进行体外表达,运用生物学信息学软件分析蛋白Rv3432c特征,探讨抗***新型药物靶点。方法以灭活的结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA为模板,PCR法扩增Rv3432c基因,并与表达载体pET-28a构建原核表达重组质粒。SDS-PAGE分析表达产物并利用亲和层析的方法进行纯化。采用Protparam、Pfam online tool、SOMPA、Protscale、TMHMM、Signalp 6.0、NetPhos3.1、SUMOsp 2.0、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析蛋白Rv3432c的生物学特性。结果 pET-28a-Rv3432c重组质粒测序结果与目的基因完全一致;SDS-PAGE分析表明,该融合蛋白以可溶性蛋白形式存在,相对分子质量约为55×10~3,与预期大小相符。蛋白Rv3432c为亲水性蛋白(GRAVY值为-0.079)。蛋白Rv3432c为无跨膜结构域和信号肽的蛋白。Rv3432c二级结构主要由无规则卷曲(39.78%)和α-螺旋(39.57%)构成,结构比较松散。结论成功构建***蛋白Rv3432c的原核表达质粒,并利用生物信息学分析其结构,为进一步研究Rv3432c在结核病发生发展中的作用以及抗***新型药物靶点奠定了基础。

关键词：结核分枝杆菌 Rv3432c蛋白原核表达生物信息学

基于WGCNA和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因

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中南大学学报（医学版） 2024年第2期49卷 207-219页

作者：黄一铭王爱民王凤琳徐雅琪张文婧石福艳王素珍山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expres... 详细信息

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因。方法:从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载基因芯片数据,采用WGCNA筛选出与帕金森病相关的重要基因模块;将重要模块中的基因导出,绘制帕金森病重要相关基因与免疫相关基因的韦恩图,从而筛选出帕金森病免疫相关基因。采用基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)深入分析免疫相关基因的功能及参与的信号通路。通过R语言的CIBERSORT包进行免疫细胞浸润分析。采用生物信息学方法和3种机器学习方法[最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、随机森林(random forest,RF)和支持向量机(support vector machine,SVM)]对筛选出的帕金森病免疫相关基因进行进一步筛选研究,绘制4种方法筛选的差异表达基因的韦恩图,筛选交集基因即中心节点(hub node,hub)基因。通过STRING数据库搜索帕金森病hub基因的下游蛋白质,绘制蛋白质互作网络图。结果:筛选出帕金森病重要模块基因中与免疫相关的基因218个,其中45个为上调基因,50个为下调基因。富集分析结果显示218个基因主要在免疫系统对外来物反应和病毒感染通路富集。免疫浸润分析结果表明,CD4^(+)T细胞、NK细胞、CD8^(+)T细胞、B细胞在帕金森病患者样本中的浸润百分率较高,静息NK细胞、静息CD4^(+)T细胞在帕金森病患者样本中显著浸润。4种方法筛选出的hub基因为ANK1基因。交集基因蛋白质互作网络分析结果显示,ANK1基因翻译表达的11个蛋白质主要参与信号转导、铁稳态调节及免疫系统激活等功能。结论:通过WGCNA和机器学习方法,筛选出帕金森病免疫相关关键基因ANK1,该基因可能成为帕金森病诊断和治疗的候选靶点。

关键词：加权基因共表达网络分析机器学习帕金森病免疫 ANK1基因

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BRACO-19和TMPyP4在HBV-1.3mer质粒感染模型对HBV转录和复制的抑制作用

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中国病原生物学杂志 2024年第9期19卷 999-1003,1008页

作者：马海洋贺丽娜吕树娟余莉安徽医科大学基础医学院微生物学教研室安徽合肥230032 动物源性传染病安徽省重点实验室

目的探讨G-四链体小分子配体BRACO-19和TMPyP4对乙型肝炎病毒转录和复制的影响。方法利用含有HBV全基因组1.3倍复制子(HBV 1.3-mer)质粒转染HepG2细胞感染模型,BRACO-19和TMPyP4分别作用48 h,酶联免疫吸附试验检测上清表面抗原(HBsAg)和... 详细信息

目的探讨G-四链体小分子配体BRACO-19和TMPyP4对乙型肝炎病毒转录和复制的影响。方法利用含有HBV全基因组1.3倍复制子(HBV 1.3-mer)质粒转染HepG2细胞感染模型,BRACO-19和TMPyP4分别作用48 h,酶联免疫吸附试验检测上清表面抗原(HBsAg)和e抗原(HBeAg)表达水平,实时荧光定量PCR检测细胞内HBV Total RNA、3.5kbRNA以及DNA表达水平,将HBV DNA用plasmid SafeTMATP-Dependent DNase 37℃作用3 h后,定量PCR检测病毒cccDNA的表达;QGRS Mapper软件分析HBV推定的四链体形成序列(putative quadruplex-forming sequences,PQS),并在HBV 1.3-mer质粒DNA上设计PQS区域上下游引物及非PQS区域对照引物,两种小分子配体分别作用HBV 1.3-mer质粒DNA,qPCR stop试验分别定量PQS和非PQS区域DNA扩增水平,1%琼脂糖凝胶电泳可视化验证。结果20μmol/L BRACO-19和TMPyP4作用HepG2转染模型显著抑制HBsAg和HBeAg的表达水平,HBV的Total RNA、3.5 kb RNA、DNA和cccDNA水平相较于对照组均显著下调。通过不同浓度BRACO-19和TMPyP4作用HBV质粒DNA,qPCR stop试验发现随着BRACO-19和TMPyP4药物浓度递增可以显著抑制DNA聚合酶在基因组中三个HBV PQS区域的扩增。结论小分子配体BRACO-19和TMPyP4均能抑制HBV转染模型中的转录和复制,HBV基因存在富含鸟嘌呤的四链体形成序列,BRACO-19和TMPyP4特异性阻滞DNA聚合酶在HBV的PQS区域复制延伸。

关键词：乙型肝炎病毒 BRACO-19 TMPyP4 PCR stop assay

利福平致溶血性贫血临床特征与预后结局的系统评价

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中国药物警戒 2024年第6期21卷 671-676页

作者：高旭彭金娥范子博张伟首都医科大学附属北京地坛医院传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京100015 首都医科大学附属北京地坛医院国家传染病医学中心北京100015 首都医科大学附属北京地坛医院药学部北京100015

目的总结利福平导致溶血性贫血的流行病学、临床特征和预后结局,为指导利福平引起溶血性贫血的预防和治疗提供参考。方法检索PubMed、Web of science、Proquest、Ovid,中国知网、万方数据、维普网、SinoMed数据库,收集2023年12月31日之... 详细信息

目的总结利福平导致溶血性贫血的流行病学、临床特征和预后结局,为指导利福平引起溶血性贫血的预防和治疗提供参考。方法检索PubMed、Web of science、Proquest、Ovid,中国知网、万方数据、维普网、SinoMed数据库,收集2023年12月31日之前报道的确诊为利福平导致溶血性贫血的临床病例。结果共有62篇文献纳入系统评价,其中45篇为中文文献,17篇为英文文献。共有69例患者因服用利福平导致溶血性贫血,年龄最小的为7个月,最大的为80岁。其中男性35例(50.72%),女性34例(49.28%)。国内报道49例,国外报道20例。42例(60.87%)在首次服用利福平后出现溶血性贫血,24例(34.78%)在间歇用药后出现溶血性贫血,3例(4.35%)溶血性贫血发生时间不详。这些患者主要表现为发热、寒战、恶心、呕吐,同时多伴有白细胞、转氨酶、胆红素、肌酐升高和血红蛋白显著降低,严重者可出现溶血性尿毒综合征。临床治疗措施主要包括立即停药、吸氧、补液、维持水和电解质酸碱平衡、利尿、碱化尿液、应用激素、抗过敏药、保肝药、输血、血液透析、血浆置换和腹膜透析等治疗方式。经治疗,52例(75.36%)患者病情好转出院,10例(14.49%)死亡,7例(10.14%)结局不详。结论利福平导致溶血性贫血事件近年来均有报道,任何年龄段患者皆可发生,间歇使用利福平更易导致溶血性贫血。溶血性贫血的早期症状主要是流感样症状和胃肠道不适,及时治疗一般预后良好,但也可能病情迅速进展,严重病例可能导致死亡。

关键词：利福平溶血性贫血溶血性尿毒综合征药品不良反应病例报告系统综述

HIV/AIDS相关精神障碍患病状况及影响因素研究

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现代预防医学 2024年第8期51卷 1530-1536页

作者：黄小平张伟宋秘书秦雯王明江刘泽蓉陈晨杨欣烨杨颖蒋忠亮汪习成昆明医科大学云南省传染病医院/艾滋病关爱中心

目的调查HIV感染者/AIDS患者(以下简称HIV/AIDS患者)精神障碍的发病率，并探讨相关影响因素。为临床预防HIV相关精神障碍提供参考和依据。方法按入院年份分层随机抽取2017年5月至2023年3月在我院确诊的HIV/AIDS患者，通过病案管理系... 详细信息

目的调查HIV感染者/AIDS患者(以下简称HIV/AIDS患者)精神障碍的发病率，并探讨相关影响因素。为临床预防HIV相关精神障碍提供参考和依据。方法按入院年份分层随机抽取2017年5月至2023年3月在我院确诊的HIV/AIDS患者，通过病案管理系统查阅首次住院病案记录和相关实验室检测数据作为基线数据并随访追踪，应用Cox回归分析HIV相关精神障碍的影响因素。结果共纳入503名满足研究标准的HIV/AIDS患者，其中71名随访期间诊断精神障碍，发病率为14.1%。睡眠不佳(HR=3.813,95%CI:2.237～6.501),存在ART副作用(HR=1.740,95%CI:1.047～2.891),自知力不完整(HR=7.213,95%CI:4.277～12.163),CD4/CD8细胞比值异常(HR=2.772,95%CI:1.246～6.163)和CK值异常(HR=1.765,95%CI:1.086～2.871)是HIV相关精神障碍发病的危险因素。结论 HIV/AIDS患者在确诊第一年内精神障碍发病率偏高，在HIV/AIDS患者确诊时应当及早识别可能影响患者发生精神障碍的因素，制定相应干预计划防治HIV相关精神障碍的发生发展。

关键词： HIV/AIDS 精神障碍发病率危险因素

北京市某传染病医院近十年蜱传疾病流行病学及临床特征分析

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中国人兽共患病学报 2024年第4期40卷 315-322页

作者：范子博高旭张媛媛陈志海张伟首都医科大学附属北京地坛医院感染性疾病诊疗中心北京100015 国家传染病医学中心首都医科大学附属北京地坛医院北京100015 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京100015 首都医科大学附属北京地坛医院传染病研究所新发突发传染病研究北京市重点实验室北京100015 北京市感染性疾病研究中心北京100015

目的对蜱传疾病患者流行病学资料、临床特征进行分析,以期为蜱传疾病诊治能力提升提供帮助。方法收集北京地坛医院2013年1月至2023年6月收治的蜱传疾病患者资料,对流行病学和临床特征进行分析。结果共纳入32例蜱传疾病患者临床资料,包... 详细信息

目的对蜱传疾病患者流行病学资料、临床特征进行分析,以期为蜱传疾病诊治能力提升提供帮助。方法收集北京地坛医院2013年1月至2023年6月收治的蜱传疾病患者资料,对流行病学和临床特征进行分析。结果共纳入32例蜱传疾病患者临床资料,包括发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)17例,莱姆病5例,立克次体病10例。发病时间集中在每年的5—10月。北京本土病例14例(43.8%),平谷区占比最高(4例,28.6%),外省输入性病例16例(50.0%),境外旅居患病人员2例(6.3%)。病例年龄21~80岁,平均(50.16±14.61)岁。病例数最多的职业为农民(14例,43.8%)。游走性红斑为莱姆病典型皮损特点,发热多见于SFTS及立克次体病患者,以中度发热为主。WBC及NEUT降低多见于SFTS。SFTS及立克次体病均有EOS降低。PLT减少为SFTS典型特征。立克次体病及SFTS患者表现出明显的肝脏损伤,ALT、AST明显升高。SFTS患者存在明显心肌损伤,CK、CK-MB均有升高。CRP升高主要见于立克次体病。PCT升高最常见于立克次体病,其次为SFTS。结论北京地区蜱传疾病存在逐年上升趋势,多有延误诊断,需提升此类疾病的诊断能力,根据流行病学史和蜱传疾病临床特征进行早期识别,及早行病原学检测,从而提高早期诊断率,实现早诊早治。

关键词：蜱传疾病发热伴血小板减少综合征莱姆病立克次体病流行病学临床特征

基于免疫相关基因的肝细胞癌预后模型的构建和验证

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解剖学报 2024年第3期55卷 319-328页

作者：陈冬冬楼金金黄燕燕周璐李世波续力云温州医科大学附属舟山医院细胞分子生物学实验室温州医科大学研究生培养基地(舟山医院) 温州医科大学附属舟山医院传染病科浙江舟山316000

目的构建一种基于免疫相关基因的肝细胞癌(LIHC)预后模型。方法在UCSC Xena数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌和正常组织样本数据。对LIHC样本和癌旁/正常样本的基因数据进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行富集分析。... 详细信息

目的构建一种基于免疫相关基因的肝细胞癌(LIHC)预后模型。方法在UCSC Xena数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌和正常组织样本数据。对LIHC样本和癌旁/正常样本的基因数据进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行富集分析。使用TCGA队列中的肝癌样本进行Kaplan-Meier生存分析获得生存与免疫相关的差异表达基因,再采用LASSO Cox和多因素Cox回归分析构建基因风险预后模型。从高通量基因表达(GEO)数据库中获取数据用于外部验证。利用CellMiner数据库研究枢纽基因对常用抗肿癌药物的敏感性。结果富集分析结果表明,差异表达基因主要与分解代谢相关。通过差异分析和Kaplan-Meier生存分析获得25个生存与免疫相关的差异表达基因。再基于LASSO Cox和多因素Cox回归分析结果,获得5个枢纽基因(FYN、CSF3R、HLA-G、FOS和BIRC5),并构建列线图。训练队列和验证队列的一致性指数(C-index)值分别为0.739和0.625。根据枢纽基因与抗肿瘤药物的敏感性结果,选出12种抗肿瘤药物用于后续实验。结论该模型能够有效预测LIHC患者的预后,为LIHC的免疫治疗提供了新的思路。

关键词：肝细胞癌免疫浸润列线图免疫检查点基因药敏试验富集分析 Cox回归分析

基于心脑血管疾病发病风险预测的CatBoost算法和贝叶斯网络模型分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1044-1054页

作者：王爱民王凤琳黄一铭徐雅琪张文婧丛显铸苏维强王素珍高梦瑶李爽孔雨佳石福艳陶恩学山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053 山东第二医科大学基础医学院山东潍坊261053

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过... 详细信息

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过类别型特征提升(CatBoost)算法进行特征选择,将所有参与者按7∶3比例随机分为训练集和测试集,并基于最大最小爬山(MMHC)算法构建贝叶斯网络模型。结果:本研究中人群心脑血管疾病患病率为28.8%。CatBoost算法筛选的排名前10位变量分别为年龄、体质量指数(BMI)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、总胆固醇(TC)、甘油三酯-葡萄糖(TyG)指数、家族史、载脂蛋白A/B比值、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、吸烟状态和性别。CatBoost训练集模型受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)为0.770,模型准确性为0.764;验证集模型AUC为0.759,模型准确性为0.763。临床效能分析,训练集阈值范围为0.06~0.85,验证集阈值范围为0.09~0.81。心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型分析,年龄、性别、吸烟状态、家族史、BMI和载脂蛋白A/B比值与心脑血管疾病直接相关,是心脑血管疾病发生的重要风险因素,TyG指数、HDL-C、LDL-C和TC通过影响BMI和载脂蛋白A/B比值间接影响心脑血管疾病的发生风险。结论:控制BMI、载脂蛋白A/B比值和吸烟行为,可以降低心脑血管疾病的发病风险。贝叶斯网络模型可用于预测心脑血管疾病发病风险。

关键词：心脑血管疾病 CatBoost算法贝叶斯网络风险推理