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整合mRNA转录本与基因组信息的基因组选择方法研究

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遗传 2024年第7期46卷 560-569页

作者：胡玉龙杨芳陈彦潼谌烁楷闫煜博张跃博吴晓林汪加明何俊高宁湖南农业大学动物科学技术学院长沙410128 美国奶牛育种委员会马里兰州鲍伊市207163 威斯康星大学动物与奶业科学系威斯康星州麦迪逊市537064 湖南新五丰股份有限公司长沙410005

基因组预测已成为畜禽、作物遗传评估和人类疾病风险预测的主要技术,但经典的基因组预测方法在性状遗传调控机制等生物学先验信息的整合方面有一定的不足。本研究提出一种将mRNA转录本信息整合应用于复杂性状表型预测的方法。基于国际... 详细信息

基因组预测已成为畜禽、作物遗传评估和人类疾病风险预测的主要技术,但经典的基因组预测方法在性状遗传调控机制等生物学先验信息的整合方面有一定的不足。本研究提出一种将mRNA转录本信息整合应用于复杂性状表型预测的方法。基于国际上广泛应用于数量遗传学研究的果蝇群体,对本研究提出的新方法进行准确性评估。结果显示,整合mRNA转录本,可有效提高部分性状基因组预测准确性,但对部分性状的表型预测准确性没有改善。与GBLUP相比,雄性果蝇D-香芹酮嗅觉反应(dCarvone)准确性由0.256提高到0.274,提高幅度7%。雄性果蝇咖啡因耐受反应(cafe)准确性由0.355提高到0.401,提高幅度13%。雄性果蝇百草枯耐受反应(survival_paraquat)准确性由0.101提高到0.138,提高幅度36%。雌性果蝇1-已醇嗅觉反应(1hexanol)准确性由0.147提高到0.210,提高幅度43%。综上所述,对于部分性状,通过整合mRNA转录本可有效提高基因组预测准确性(提高幅度为7%~43%)。对于部分性状,整合mRNA转录本并考虑互作效应可进一步提高预测准确性。

关键词：基因组选择基因组预测 mRNA转录本整合组学

致病菌烟曲霉新基因Afu4g13170生孢致毒相关性初步研究

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微生物学通报 2012年第1期39卷 68-74页

作者：刘增然张光一 YU Jae-Hyuk 河北经贸大学生物科学与工程学院河北石家庄050061 美国威斯康星大学农业与生命科学学院麦迪逊53706

【目的】对烟曲霉Afu4g13170基因功能进行初步研究。【方法】利用Double-jointPCR方法和一步基因敲除技术,构建Afu4g13170基因缺失突变株。【结果】序列比对表明烟曲霉Afu4g13170蛋白与构巢曲霉Ani04163蛋白和新型隐球菌Gib2蛋白的氨基... 详细信息

【目的】对烟曲霉Afu4g13170基因功能进行初步研究。【方法】利用Double-jointPCR方法和一步基因敲除技术,构建Afu4g13170基因缺失突变株。【结果】序列比对表明烟曲霉Afu4g13170蛋白与构巢曲霉Ani04163蛋白和新型隐球菌Gib2蛋白的氨基酸序列相似性为88.6%;表型分析表明基因破坏使突变株生长迟缓、梗基伸长、孢子分化能力下降,产孢推迟、产孢量减少,色素产生量降低;色谱分析显示基因缺失突变株的产毒能力下降。【结论】烟曲霉Afu4g13170基因可以作为控制曲霉致毒的一个靶位点。

关键词：基因破坏 Double-joint PCR 烟曲霉毒素控制表型分析

基于尿嘧啶磷酸核糖转移酶为负向筛选标记的生酮古龙酸杆菌基因组无痕修饰系统的构建

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食品科学 2017年第4期38卷 39-44页

作者：陆浩李天明刘金雷杜红燕王北辰冯惠勇河北科技大学生物科学与工程学院河北石家庄050018 威斯康星大学农业与生命学院威斯康星麦迪逊53706

通过构建尿嘧啶磷酸核糖转移酶基因(upp)敲除打靶质粒,采用同源重组的方法获得了生酮古龙酸杆菌(Ketogulonigenium vulgare)的upp基因缺失突变株***Δupp,可作为基因组无痕修饰系统底盘细胞的upp基因表达载体,转化突变株***Δupp,获得up... 详细信息

通过构建尿嘧啶磷酸核糖转移酶基因(upp)敲除打靶质粒,采用同源重组的方法获得了生酮古龙酸杆菌(Ketogulonigenium vulgare)的upp基因缺失突变株***Δupp,可作为基因组无痕修饰系统底盘细胞的upp基因表达载体,转化突变株***Δupp,获得upp基因回补菌株PBB-upp,并验证了upp作为负向筛选标记的可行性。实验结果表明:突变株Δupp在1 mg/m L的5-氟尿嘧啶培养基上可生长,野生型和回补菌株PBB-upp不能生长,3株菌对5-氟尿嘧啶的抗性存在显著差异,说明可以将upp基因作为负向筛选标记,与正向筛选标记相结合,在upp基因缺失的底盘细胞基础上通过两次同源重组,实现基因组的无痕修饰与改造。

关键词：生酮古龙酸杆菌负向筛选标记无痕改造 5-氟尿嘧啶

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基于质谱技术的神经肽研究进展

生物工程学报 2017年第7期33卷 1061-1068页

作者：姬倩悦马敏彭鑫贾辰熙李灵军天津大学生命科学学院天津300072 国家蛋白质科学中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室放射与辐射医学研究所北京102206 美国威斯康星大学麦迪逊分校药学院和化学系美国威斯康星麦迪逊53705

神经肽是一类重要的内源活性物质,在神经系统中发挥重要的作用,并连接大脑和其他神经器官。基于质谱技术的神经肽组学研究旨在对神经肽进行大规模研究,在分子水平上得到重要信息,进一步加深对神经系统调控机制以及神经疾病致病机理的理... 详细信息

神经肽是一类重要的内源活性物质,在神经系统中发挥重要的作用,并连接大脑和其他神经器官。基于质谱技术的神经肽组学研究旨在对神经肽进行大规模研究,在分子水平上得到重要信息,进一步加深对神经系统调控机制以及神经疾病致病机理的理解。文中综述了利用质谱技术进行神经肽研究的基本策略,包括样品处理、定性定量方法以及质谱成像等研究进展。

关键词：神经肽质谱定性定量质谱成像

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谷氨酸棒状杆菌葡萄糖代谢阻断工程菌的构建

食品科学 2017年第2期38卷 65-74页

作者：韩武洋刘金雷杜红燕王北辰仪宏李天明河北科技大学生物科学与工程学院河北石家庄050018 威斯康星大学农业与生命学院美国麦迪逊53706

采用反向代谢工程的策略,以谷氨酸棒杆菌ATCC 13032野生型为出发菌株,利用无抗性标记的同源重组方法,敲除了编码葡萄糖pts系统关键转运蛋白基因ptsG、ptsH-ptsI和葡萄糖转运系统关键转运蛋白基因abc、abc2和iolt1,得到了5株逐次敲除了... 详细信息

采用反向代谢工程的策略,以谷氨酸棒杆菌ATCC 13032野生型为出发菌株,利用无抗性标记的同源重组方法,敲除了编码葡萄糖pts系统关键转运蛋白基因ptsG、ptsH-ptsI和葡萄糖转运系统关键转运蛋白基因abc、abc2和iolt1,得到了5株逐次敲除了相应基因的突变株。结果表明:当以葡萄糖为唯一碳源培养时,CGΔptsG菌株的葡萄糖的消耗是野生型的50%,菌体OD值为1.473;CGΔptsH-ptsI菌株的葡萄糖的消耗是野生型的39.5%,菌体OD值为1.226;CGΔabc菌株的葡萄糖的消耗是野生型的36%,菌体OD值为1.092;CGΔabc2菌株的葡萄糖的消耗是野生型的26.2%,菌体OD值为0.486;CGΔiolt1葡萄糖的消耗和菌体生长OD值为0,实现了谷氨酸棒状杆菌葡萄糖代谢的阻断,说明ptsG、ptsH-ptsI、abc、abc2和iolt1所编码的转运蛋白具有葡萄糖转运功能。

关键词：谷氨酸棒状杆菌葡萄糖基因敲除

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黄瓜LDC基因克隆及逆境胁迫下的表达分析

南京农业大学学报 2013年第3期36卷 8-14页

作者：苗永美宁宇沈佳贾利李季娄群峰翁益群陈劲枫南京农业大学园艺学院/作物遗传与种质创新国家重点实验室江苏南京210095 安徽科技学院生命科学学院安徽凤阳233100 美国威斯康星大学园艺系威斯康星麦迪逊53706

利用RT-PCR技术从耐冷黄瓜品种‘Chipper’中克隆鉴定了1个赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的ORF,命名为CsLDC,在GenBank中的登录号为KC202438。该基因ORF全长为645 bp,编码215个氨基酸的肽链,相对分子质量为23 625.2,等电点为5.99。BLASTp发现... 详细信息

利用RT-PCR技术从耐冷黄瓜品种‘Chipper’中克隆鉴定了1个赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的ORF,命名为CsLDC,在GenBank中的登录号为KC202438。该基因ORF全长为645 bp,编码215个氨基酸的肽链,相对分子质量为23 625.2,等电点为5.99。BLASTp发现该蛋白具有赖氨酸脱羧酶保守序列,与毛果杨的同源性最高,进化树分析表明CsLDC与矮牵牛LDC亲缘关系最近;该蛋白无信号肽但存在一个明显跨膜区,并存在多个蛋白质位点;SWISS-MODEL预测该蛋白的3D结构与拟南芥At2G37210基因编码赖氨酸脱羧酶蛋白2a33相似性为88.89%。荧光实时定量PCR检测结果显示,CsLDC是低温和盐快速响应基因,在处理4 h时表达量达峰值,分别是处理前的4.07和2.03倍,之后下降到原来水平,并长时间维持稳定;而干旱胁迫对该基因表达起到下调作用,24 h时又恢复到原来水平,推测CsLDC在黄瓜耐低温和耐盐中起重要作用。

关键词：黄瓜赖氨酸脱羧酶(LDC) 基因克隆生物信息学基因表达

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黄瓜转录因子CsCBF3的克隆及表达分析

中国蔬菜 2013年第3X期 30-36页

作者：宁宇苗永美李季娄群峰翁益群陈劲枫南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新国家重点实验室江苏南京210095 安徽科技学院生命科学学院安徽凤阳233100 美国威斯康星大学园艺系威斯康星麦迪逊53706

利用RT-PCR技术从黄瓜中克隆了植物低温信号转导途径中的关键转录因子C-repeat-BindingFactor3,将其命名为CsCBF3,GenBank登录号为JQ900769。CsCBF3基因开放阅读框全长为615bp,编码204个氨基酸。进化树分析表明,CsCBF3隶属于CBF基因家族... 详细信息

利用RT-PCR技术从黄瓜中克隆了植物低温信号转导途径中的关键转录因子C-repeat-BindingFactor3,将其命名为CsCBF3,GenBank登录号为JQ900769。CsCBF3基因开放阅读框全长为615bp,编码204个氨基酸。进化树分析表明,CsCBF3隶属于CBF基因家族,与葡萄CBF3蛋白亲缘关系最近,而与黑麦草、水稻CBF3蛋白亲缘关系较远。生物信息学分析结果表明,CsCBF3编码的蛋白包含保守的AP2DNA结合域,N端的核定位信号区和C端的酸性氨基酸富集区,且该蛋白中的一些磷酸化位点及二级结构在与DNA互作过程中发挥重要作用。荧光定量PCR检测结果显示低温可诱导CsCBF3的表达,且其表达量在迅速达到峰值后又降低,说明CsCBF3是一个快速响应基因,推测其在黄瓜耐冷过程中起着重要的作用。

关键词：黄瓜低温 CBF3 基因克隆表达分析

封闭式负压引流技术治疗糖尿病足对创面组织中TGF-β_1及其受体表达的影响研究

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中国修复重建外科杂志 2018年第8期32卷 1061-1065页

作者：胡承浩李东宇庞宗超李惠斌东野玉辉吴佳妮潍坊医学院临床医学院山东潍坊261000 临沂市人民医院烧伤整形中心二病区山东临沂276000 美国威斯康星大学麦迪逊分校农业与生命科学学院美国麦迪逊53706 临沂市兰山区医院外一科山东临沂276000

目的探讨封闭式负压引流技术(vaccum sealing drainage,VSD)治疗糖尿病足后,创面组织中TGF-β_1及其Ⅱ型受体(typeⅡof TGF-β-receptor,TβRⅡ)表达的变化,分析VSD加快创面愈合的机制。方法将2012年5月—2016年5月收治的80例糖尿病足... 详细信息

目的探讨封闭式负压引流技术(vaccum sealing drainage,VSD)治疗糖尿病足后,创面组织中TGF-β_1及其Ⅱ型受体(typeⅡof TGF-β-receptor,TβRⅡ)表达的变化,分析VSD加快创面愈合的机制。方法将2012年5月—2016年5月收治的80例糖尿病足患者纳入研究,随机分为两组(n=40)。采用相同基础治疗的同时,VSD组创面给予VSD治疗,对照组给予外用油纱换药治疗。两组患者性别、年龄、病程、体质量、足部溃疡面积以及Wagner分级比较,差异均无统计学意义(P>0.05),具有可比性。记录两组患者创基准备时间、住院时间;治疗前及治疗后7 d时取创面组织行免疫组织化学染色,计算TGF-β_1、TβRⅡ表达阳性指数。结果 VSD组患者经1~3次VSD治疗后行植皮术,平均2次;对照组患者经1~6次换药后行植皮术,平均4次。VSD组患者创基准备时间及住院时间均较对照组明显缩短,比较差异有统计学意义(t=–13.546,P=0.036;t=–12.831,P=0.041)。两组植皮均顺利成活,创面愈合良好。免疫组织化学染色示,治疗前VSD组TGF-β_1、TβRⅡ表达阳性指数分别为5.3±2.4、14.0±2.6,对照组分别为4.4±2.3、14.7±3.1,比较差异无统计学意义(t=1.137,P=0.263;t=1.231,P=0.409)。治疗7 d后,VSD组TGF-β_1、TβRⅡ表达阳性指数分别为34.3±2.9、41.7±3.7,对照组分别为5.8±2.0、18.1±2.5,比较差异有统计学意义(t=–35.615,P=0.003;t=23.725,P=0.002)。结论 VSD可提高糖尿病足创面组织中TGF-β_1、TβRⅡ的表达,促进肉芽组织生长,加快创面愈合。

关键词：糖尿病足封闭式负压引流技术创面愈合 TGF-β1 TGF-βⅡ型受体

碳水化合物发酵产生的奇链与支链脂肪酸及其与微生物蛋白产量的关系

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碳水化合物发酵产生的奇链与支链脂肪酸及其与微生物蛋白产量的关...