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大数据时代的大型人群队列

生命科学 2023年第12期35卷 1581-1585页

作者：蒋艳峰高培培陈兴栋复旦大学人类表型组研究院遗传工程国家重点实验室上海200433 复旦大学泰州健康科学研究院泰州225300

大数据技术推动了生命组学数据的爆炸式增长,生命科学研究进入大数据时代。大型人群队列研究依托大数据技术获得了重要突破,为生命科学和精准医学研究提供了宝贵资源,推动着预防医学模式发生革命性变化。以大数据技术为导向,人群队列研... 详细信息

大数据技术推动了生命组学数据的爆炸式增长,生命科学研究进入大数据时代。大型人群队列研究依托大数据技术获得了重要突破,为生命科学和精准医学研究提供了宝贵资源,推动着预防医学模式发生革命性变化。以大数据技术为导向,人群队列研究规模空前扩大、学科交叉创新层出不穷,如何充分高效地利用人群队列资源、实现队列间的互联互通与共享,也是队列研究亟待解决的难题。该文将重点分析大数据时代特征下国内大型人群队列研究的发展特点,并提出其未来发展趋势及面临的挑战。

关键词：大数据人群队列精准医学表型组

大规模人群队列生活行为方式相关的肺癌风险预测模型的构建

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四川大学学报:医学版 2023年第5期54卷 892-898页

作者：陈睿琳王静茹王硕唐思琦索晨复旦大学公共卫生学院流行病学教研室上海200032 上海市重大传染病和生物安全研究院上海200032 复旦大学泰州健康科学研究院泰州225316

目的发现影响肺癌发病的生活行为相关危险因素,并构建肺癌风险预测模型,识别人群中的高风险个体,帮助肺癌早期筛查。方法本研究数据来源于英国生物样本库(UK Biobank)2006年3月–2010年10月收集的502389名参与者。参考国内外肺癌筛查指... 详细信息

目的发现影响肺癌发病的生活行为相关危险因素,并构建肺癌风险预测模型,识别人群中的高风险个体,帮助肺癌早期筛查。方法本研究数据来源于英国生物样本库(UK Biobank)2006年3月–2010年10月收集的502389名参与者。参考国内外肺癌筛查指南和高质量肺癌危险因素研究文献,确定本研究高危人群识别标准。采用单因素Cox回归分析及逐步回归筛选出肺癌的危险因素,通过Cox比例风险回归构建多因素肺癌风险预测模型,根据比较赤池信息准则以及Schoenfeld残差检验结果,最终选择等比例假设的最优拟合模型。多因素Cox比例风险回归考虑生存时间,将人群按7∶3的比例随机分为训练集和验证集,使用训练集建立模型,并用验证集对模型性能进行内部验证。受试者工作特征曲线(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)被用于评估模型的效能。将人群按照发病概率的0%~研究最终纳入453558人,在累计随访5505402人年期间,共诊断出2330例肺癌。Cox比例风险回归分析筛选出10个自变量建立模型:年龄、体质量指数(body mass index,BMI)、学历、收入、体力活动情况、吸烟状态、饮酒频率、新鲜水果摄入量、癌症家族史、烟草暴露。该模型通过内部验证结果显示8个自变量(除BMI和新鲜水果摄入量外)均是肺癌的影响因素(P研究建立了大规模人群生活行为方式相关的肺癌风险预测模型,其在判别能力方面表现出良好的性能,为制定肺癌标准化筛查策略提供了工具。

关键词：肺癌风险预测预测模型危险因素

中国大陆居民2004-2017年乙型肝炎发病趋势分析

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中国公共卫生 2022年第3期38卷 257-261页

作者：蒋伟毛宪化刘振球张铁军俞顺章金力陈兴栋复旦大学生命科学学院上海200438 复旦大学泰州健康科学研究院复旦大学公共卫生学院

目的分析中国大陆居民2004-2017年乙型肝炎(乙肝)的发病趋势,为制定乙肝防控策略提供科学依据。方法收集公共卫生科学数据中心2004年3月-2017年3月中国大陆31个省/市/自治区(不包括台湾省、香港特别行政区和澳门特别行政区)居民的乙肝... 详细信息

目的分析中国大陆居民2004-2017年乙型肝炎(乙肝)的发病趋势,为制定乙肝防控策略提供科学依据。方法收集公共卫生科学数据中心2004年3月-2017年3月中国大陆31个省/市/自治区(不包括台湾省、香港特别行政区和澳门特别行政区)居民的乙肝报告发病率数据,以年平均变化百分比(AAPC)作为量化指标分析中国2004-2017年不同地区、性别和年龄居民乙肝发病的趋势变化。结果中国大陆居民2004-2017年乙肝报告发病率依次为70.50/10万、75.57/10万、84.82/10万、89.00/10万、88.52/10万、88.82/10万、79.46/10万、81.54/10万、80.68/10万、71.12/10万、69.05/10万、68.57/10万、68.74/10万、72.61/10万,2004-2017年乙肝报告发病率总体无显著变化(AAPC=0.2%,P>0.05)。全国31个省/市/自治区中,山西省、安徽省、江西省、湖北省、湖南省、广东省、广西壮族自治区、海南省、西藏自治区和新疆维吾尔自治区2004-2017年乙肝报告发病率均呈上升趋势(均P0.05)。0~4岁、5~9岁、10~19岁、20~39岁、40~59岁和≥60岁居民的年均乙肝报告发病率分别为12.78/10万、17.64/10万、80.21/10万、211.00/10万、181.62/10万和163.11/10万,2004-2017年0~4岁、5~9岁和10~19岁居民的乙肝报告发病率总体均呈下降趋势(AAPC=-7.7%、-13.6%和-11.6%,均P<0.001),≥60岁居民的乙肝报告发病率总体呈上升趋势(AAPC=5.0%,P<0.001)。结论中国大陆居民2004-2017年乙肝报告发病率总体无显著变化,但全国仍有部分地区居民乙肝报告发病率呈上升趋势,其中≥60岁居民是乙肝防控的重点人群。

关键词：乙型肝炎(乙肝) 发病趋势分析中国大陆居民

表型组学时代下的人类遗传资源利用与管理的发展趋势

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中国科学:生命科学 2024年第6期 1002-1007页

作者：陈兴栋刘振球金力复旦大学人类表型组研究院复旦大学泰州健康科学研究院

人类遗传资源是指可单独或联合用于识别人体特征的遗传材料与信息,包括所有来自于人体的样本以及基于样本产生的数据及相关信息,是生物医药研究与创新的重要基础,对揭示健康与疾病的人群规律至关重要,同时也是支撑疾病防控策略制定的关... 详细信息

人类遗传资源是指可单独或联合用于识别人体特征的遗传材料与信息,包括所有来自于人体的样本以及基于样本产生的数据及相关信息,是生物医药研究与创新的重要基础,对揭示健康与疾病的人群规律至关重要,同时也是支撑疾病防控策略制定的关键资源,已成为关乎公众健康、生命安全的战略性、公益性和基础性资源.迈进表型组学的新时代,确保人类遗传资源的合法合规获取、有效管理、开发利用及共享,成为了科研工作中的核心议题.本文将从人类遗传资源管理现状、发展动态及其与表型组学的联系等几方面进行综述.

关键词：遗传资源表型组人群队列多组学

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吸烟对健康人群唾液微生物组的影响

微生物学通报 2020年第9期47卷 2913-2922页

作者：蒋刘一琦包黎明钱巧霞金力王久存复旦大学生命科学学院上海200438 复旦大学泰州健康科学研究院江苏泰州225300

【背景】吸烟是重要的公共健康问题,可能通过改变唾液微生物组影响口腔健康甚至全身健康。【目的】探究吸烟对中国健康人群唾液微生物组的影响,为研究吸烟在疾病发展中的作用提供线索。【方法】收集167位健康个体的唾液样本,利用HiSeq... 详细信息

【背景】吸烟是重要的公共健康问题,可能通过改变唾液微生物组影响口腔健康甚至全身健康。【目的】探究吸烟对中国健康人群唾液微生物组的影响,为研究吸烟在疾病发展中的作用提供线索。【方法】收集167位健康个体的唾液样本,利用HiSeq高通量测序技术对样品中16S rRNA基因V3-V4区进行测序,分析比较吸烟者和非吸烟者的唾液微生物组的多样性、群落结构和物种丰度,并预测功能组成,探究吸烟对唾液微生物组的影响。【结果】吸烟对唾液微生物组的α多样性影响较小,但是在微生物组组成上,吸烟组中奈瑟菌属、艾肯菌属、二氧化碳嗜纤维属等细菌明显减少,而普雷沃氏菌属、韦荣氏球菌属、放线菌属、奇异菌属和巨球型菌属等细菌明显增加。在功能上,PICRUSt的预测结果显示吸烟组富集不依赖氧气的代谢功能,非吸烟组富集需要氧气参与的代谢功能。【结论】吸烟可能会通过改变唾液微生物组,造成微生物组功能途径的变化,进而引发与吸烟相关的疾病。

关键词：吸烟唾液微生物组高通量测序功能预测

晚期食管癌PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂疗法的Cochrane Meta分析

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复旦学报:医学版 2023年第5期50卷 660-669,682页

作者：许雨柔邹宜丰蔡宁范佳慧陈兴栋索晨复旦大学公共卫生学院流行病学系上海200032 复旦大学公共卫生安全教育部重点实验室上海200032 复旦大学人类表型组研究院遗传工程国家重点实验室上海200438 复旦大学泰州健康科学研究院泰州225300 复旦大学义乌研究院义乌322000

目的评价现有免疫检查点抑制剂疗法对接受手术、放疗或化疗的食管癌患者的疗效和安全性,比较使用与不使用免疫检查点抑制剂治疗方案的疗效。方法计算机检索Cochrane Library、PubMed、Embase等数据库,查询食管癌免疫疗法的相关研究,采用... 详细信息

目的评价现有免疫检查点抑制剂疗法对接受手术、放疗或化疗的食管癌患者的疗效和安全性,比较使用与不使用免疫检查点抑制剂治疗方案的疗效。方法计算机检索Cochrane Library、PubMed、Embase等数据库,查询食管癌免疫疗法的相关研究,采用RevMan5.4软件进行Meta分析。纳入的研究为临床Ⅱ期或Ⅲ期的双盲随机对照试验(randomized controlled trials,RSTs)。结果共纳入10项RSTs,包含6497例晚期食管癌患者。Meta分析结果显示,使用PD-1/PD-L1抑制剂干预的免疫检查点抑制剂疗法和/或联合手术、放化疗,能有效提高食管癌患者的总体生存率(overall survival,OS)(HR=0.75,95%CI:0.71~0.80,P<0.0001;异质性:I^(2)=48%,P=0.05)、无进展生存期(progression-free survival,PFS)(HR=0.77,95%CI:0.66~0.90,P=0.0008;异质性:I^(2)=90%,P<0.001)、客观缓解率(objective response rate,ORR)(RR=1.28,95%CI:1.20~1.36,P<0.0001;异质性:I^(2)=49%,P=0.06)和疾病控制率(disease control rate,DCR)(RR=1.07,95%CI:1.02~1.12,P=0.003;异质性:I^(2)=28%,P=0.24),且具有可管理的安全性。结论基于PD-1/PD-L1抑制剂的免疫检查点抑制剂疗法和/或联合传统疗法可以提高食管癌的总体生存水平和疗效,显示出优于传统放化疗的安全性。

关键词：食管癌免疫疗法免疫检查点抑制剂随机对照试验(RST) Meta分析

吸烟与遗传多态性交互作用对食管鳞状细胞癌发病风险的研究进展

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上海预防医学 2021年第12期33卷 1215-1221页

作者：赵仁嘉袁黄波张铁军陈兴栋索晨复旦大学公共卫生学院上海200032 复旦大学生命科学学院上海200438 复旦大学泰州健康科学研究院江苏泰州214400 复旦大学人类表型组研究院上海200438

食管鳞状细胞癌(ESCC)是由环境因素和遗传因素共同作用导致的恶性肿瘤。流行病学已证实吸烟为主要环境危险因素。近年来,基因组学研究的逐渐完善,使ESCC的遗传变异影响被认识。本文综述吸烟、遗传多态性以及两者交互作用对ESCC易感性影... 详细信息

食管鳞状细胞癌(ESCC)是由环境因素和遗传因素共同作用导致的恶性肿瘤。流行病学已证实吸烟为主要环境危险因素。近年来,基因组学研究的逐渐完善,使ESCC的遗传变异影响被认识。本文综述吸烟、遗传多态性以及两者交互作用对ESCC易感性影响的研究进展,发现减少烟草的暴露时间为最有效降低发病风险的手段。在遗传层面,DNA损伤修复基因、致癌物代谢酶调控基因、细胞周期调控基因、叶酸代谢相关基因和酒精代谢相关基因的变异,可以显著提高ESCC的发病风险。吸烟与遗传多态性交互作用的研究仍然有限,需要更多的研究,以期更好地对ESCC高危人群进行筛查和预防。

关键词：吸烟食管鳞状细胞癌基因多态性交互作用

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积极老龄观的理念与建构

行政管理改革 2022年第11期11卷 71-78页

作者：吴玉韶李晶复旦大学老龄研究院中国老龄科学研究中心

文章以积极老龄观为中心,论述社会发展与老龄观建构之间的关系,分析老龄观的双层建构(表层建构和深层建构)特征,认为在全社会深入开展人口老龄化国情教育是树立积极老龄观的重要方式。文章分别阐释了微观层面的个体老龄观和宏观层面的... 详细信息

文章以积极老龄观为中心,论述社会发展与老龄观建构之间的关系,分析老龄观的双层建构(表层建构和深层建构)特征,认为在全社会深入开展人口老龄化国情教育是树立积极老龄观的重要方式。文章分别阐释了微观层面的个体老龄观和宏观层面的国家老龄战略,并以健康老龄化为例说明积极老龄观的理念建构和实际践行。文章指出,不能简单地认为只有“活跃”“参与”等才具有积极意义,而要注重老年人的异质性和老年期的差异性,接受老年人可以根据自己的需要做出更加多元的选择,实现社会和个人福祉最大化。

关键词：积极老龄观健康老龄化社会建构老年期老年人

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鳞状细胞癌发病危险因素基因组学研究

中华肿瘤防治杂志 2023年第21期30卷 1327-1336页

作者：莫梦青马扬光朱栋良谢旖婧张铁军陈兴栋徐珂琳索晨复旦大学公共卫生学院上海200032 泰州医药高新技术产业园区管理委员会公共平台服务中心江苏泰州225300 复旦大学泰州健康科学研究院上海200032 复旦大学生命科学学院上海200032 复旦大学人类表型组研究院上海200032 复旦大学大数据学院上海200032 上海市重大传染病与生物安全研究院上海200032

目的总结国内外与鳞状细胞癌(简称鳞癌)发病相关的基因组学研究,为寻找不同解剖部位鳞癌共同遗传变异,进而识别鳞癌高危人群并降低疾病负担提供思路和参考。方法以鳞癌、遗传变异、危险因素为中文关键词,以squamous cell carcinoma、g... 详细信息

目的总结国内外与鳞状细胞癌(简称鳞癌)发病相关的基因组学研究,为寻找不同解剖部位鳞癌共同遗传变异,进而识别鳞癌高危人群并降低疾病负担提供思路和参考。方法以鳞癌、遗传变异、危险因素为中文关键词,以squamous cell carcinoma、genetic variations、risk factors为英文关键词,检索PubMed、Web of Science和中国知网(CNKI)数据库中2016-2022年发表的与鳞癌相关的基因组学研究。纳入标准:(1)可获取全文,语种限中文和英文;(2)所研究肿瘤的组织类型包括鳞癌;(3)研究遗传变异对鳞癌的影响。排除标准:(1)综述、摘要、个案;(2)效应指标仅包含药物疗效。共纳入70篇文献,其中中文文献9篇,英文文献61篇。结果单核苷酸多态性(SNPs)、染色体畸变(CAs)和甲基化修饰等遗传变异均可促进鳞癌的发生发展,随着测序技术的发展,驱动基因突变和基因环境交互作用也是探索鳞状细胞癌变过程中关键基因的研究热点。结论不同解剖部位鳞癌存在相同的遗传危险因素,但研究证据不完全一致,因此,需要更多的研究来探讨其在发病机制上的共性,进而应用于鳞癌的预防治疗。

关键词：鳞状细胞癌单核苷酸多态性染色体畸变拷贝数改变驱动基因突变危险因素综述文献