检索结果-南通市图书馆

基于多模态多示例学习的免疫介导性肾小球疾病自动分类方法

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

南方医科大学学报 2024年第3期44卷 585-593页

作者：龙楷兴翁丹仪耿舰路艳蒙周志涛曹蕾南方医科大学生物医学工程学院//广东省医学图像处理重点实验室//广东省医学成像与诊断技术工程实验室广东广州510515 南方医科大学基础医学院广东广州510515 南方医科大学中心实验室广东广州510515 广州华银医学检验中心广东广州510515

目的探讨如何利用多模态深度学习方法,联合光学显微镜(OM)、免疫荧光显微镜(IM)及透射电子显微镜(TEM)对应的3种图像进行免疫介导性肾小球疾病分类。方法基于273例患者的病理图像进行回顾性研究,构建多模态多示例模型对3种免疫介导性的... 详细信息

目的探讨如何利用多模态深度学习方法,联合光学显微镜(OM)、免疫荧光显微镜(IM)及透射电子显微镜(TEM)对应的3种图像进行免疫介导性肾小球疾病分类。方法基于273例患者的病理图像进行回顾性研究,构建多模态多示例模型对3种免疫介导性的肾小球疾病——免疫球蛋白A肾病(IgAN)、膜性肾病(MN)、狼疮性肾炎(LN)进行分类。该模型采用示例水平的多示例学习(I-MIL)方法挑选患者的TEM图像并与同一患者的OM图像和IM图像进行多模态特征融合。通过该模型与单模态、双模态模型的比较,探究3种模态之间的不同组合形式以及模态特征融合方式的特性。结果联合OM、IM以及TEM图像建立的多模态多示例模型准确率为(88.34±2.12)%,优于准确率为(87.08±4.25)%的最优的单模态模型,以及准确率为(87.92±3.06)%的最优的双模态模型。结论本研究成功建立基于OM、IM及TEM三种模态图像的多模态多示例模型,并验证了采用多示例学习结合多模态学习方法对免疫介导性肾小球疾病分类的有效性。

关键词：肾活检病理肾小球疾病深度学习多模态融合多示例学习

马铃薯三糖甘草次酸衍生物通过抑制SARS-CoV-2进入靶细胞作为潜在的小分子新冠病毒融合抑制剂

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南方医科大学学报 2024年第3期44卷 474-483页

作者：万欣洪崇竣王进绅宋高鹏刘叔文惠州卫生职业技术学院药学与检验学院广东惠州516000 华南农业大学材料与能源学院广东广州510642 南方医科大学药学院广东广州510515

目的研究马铃薯三糖甘草次酸衍生物能否通过抑制SARS-CoV-2进入靶细胞,作为潜在的小分子新冠病毒融合抑制剂。方法以天然SARS-CoV-2进入抑制剂甘草酸为先导化合物,利用活性亚结构的拼合原理等设计并合成了系列马铃薯三糖甘草次酸衍生... 详细信息

目的研究马铃薯三糖甘草次酸衍生物能否通过抑制SARS-CoV-2进入靶细胞,作为潜在的小分子新冠病毒融合抑制剂。方法以天然SARS-CoV-2进入抑制剂甘草酸为先导化合物,利用活性亚结构的拼合原理等设计并合成了系列马铃薯三糖甘草次酸衍生物。利用SARS-CoV-2假病毒体外细胞感染模型,检测该系列甘草次酸衍生物的体外抗SARS-CoV-2活性;利用表面等离子共振技术及假病毒模型寻找先导化合物1b的抗病毒作用靶点;利用SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞-细胞融合体系,检测先导化合物1b是否作用于SARS-CoV-2病毒入侵宿主的膜融合过程;基于分子对接与定点突变技术,确定先导化合物1b与S蛋白的作用模式等。结果先导化合物1b对SARS-CoV-2奥密克戎假病毒有显著抑制作用,EC50值为3.28μmol/L(P分子对接预测先导化合物1b可与S1与S2亚基交界处的空腔中的Glu309、Ser305、Arg765、Lys964等多个保守氨基酸残基产生氢键作用,亲和力为-8.6 kcal/mol。化合物1b在10、5、2.5、1.25μmol/L时对Arg765、Lys964、Glu309和Leu303突变后的假病毒的抑制活性显著降低(P生物能够靶向作用于S蛋白,特异性干扰病毒-细胞膜融合阶段,继而发挥抗SARS-CoV-2感染的作用,是一类结构新颖的小分子SARS-CoV-2融合抑制剂。

关键词： SARS-CoV-2 小分子新冠病毒融合抑制剂刺突蛋白甘草次酸衍生物

鸡抗人B7同源物4(B7-H4)IgY多克隆抗体的制备及鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

细胞与分子免疫学杂志 2024年第3期40卷 257-266页

作者：张丽范振军张文婷黄焕绍王家俊黑爱莲丛延广徐军发广东医科大学医学技术学院检验医学研究所广东东莞523808 广东医科大学附属东莞第一医院检验医学中心广东东莞523710 华瑞同康生物技术(深圳)有限公司广东深圳518000

目的制备抗人B7同源物4(B7-H4)IgY多克隆抗体,建立合适的双抗体夹心ELISA检测人血清中可溶性B7-H4(sB7-H4)蛋白。方法筛选人源B7-H4蛋白合适的B细胞表位肽免疫新海兰灰蛋鸡,收集鸡蛋纯化鸡抗人B7-H4 IgY抗体;检测抗体的纯度、浓度及效价... 详细信息

目的制备抗人B7同源物4(B7-H4)IgY多克隆抗体,建立合适的双抗体夹心ELISA检测人血清中可溶性B7-H4(sB7-H4)蛋白。方法筛选人源B7-H4蛋白合适的B细胞表位肽免疫新海兰灰蛋鸡,收集鸡蛋纯化鸡抗人B7-H4 IgY抗体;检测抗体的纯度、浓度及效价,并用ELISA、Western blot、流式细胞术验证抗体的特异性和功能;建立双抗体夹心ELISA法并检测临床样本;同时采用商品化的ELISA试剂盒对相同样本进行对比检测。结果制备了鸡抗人B7-H4 IgY抗体并证明该抗体对人B7-H4蛋白有高特异性;采用该抗体检测临床样本发现卵巢癌和良性卵巢肿瘤患者血清中sB7-H4含量明显高于健康人,这与使用商品试剂盒获得的检测结果一致;采用IgY抗体建立的ELISA灵敏度高于商品试剂盒。结论成功制备了鸡抗人B7-H4 IgY多克隆抗体,并用其建立了一种适合检测人血清中sB7-H4蛋白的双抗体夹心ELISA。

关键词：可溶性B7同源物4(sB7-H4) IgY多克隆抗体双抗体夹心ELISA

头颈部鳞状细胞癌巨噬细胞关键基因的筛选分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国临床解剖学杂志 2024年第2期42卷 174-180页

作者：侯晓睿李浩坤宋贻芳常若水薛小磊张千兵吴砂王妮莎南方医科大学基础医学院免疫学教研室广东省功能蛋白质组学重点实验室广州510515 南方医科大学南方医院病理科广州510515 南方医科大学基础医学院肿瘤研究所广州510515 国家医学基础实验教学示范中心广州510515 南方医科大学基础医学院生物化学教研室广州510515

目的应用生物信息学的方法分析筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)巨噬细胞中的潜在关键基因,为HNSCC的预后提供靶点。方法基于在线数据库,利用一致流形近似与投影(UMAP)降维,捕获巨噬细胞群;进一步通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分... 详细信息

目的应用生物信息学的方法分析筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)巨噬细胞中的潜在关键基因,为HNSCC的预后提供靶点。方法基于在线数据库,利用一致流形近似与投影(UMAP)降维,捕获巨噬细胞群;进一步通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分析肿瘤组织与正常组织细胞群分布的变化并筛选差异基因的表达;运用Monocle包对关键风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析;利用Kaplan-Meier Plotter在线数据平台分析生存曲线;运用空间转录组技术验证关键基因在组织中的表达映射;多色荧光免疫组化进行临床样本的验证。结果捕获得到7个巨噬细胞亚群,其中第1亚群仅存在于肿瘤组织中且分泌型磷蛋白1(SPP1)基因高富集。SPP1高表达趋向巨噬细胞M2型极化并处于细胞分化的终末阶段。SPP1+巨噬细胞糖酵解、缺氧、上皮间质化、血管生成等功能活跃,与HNSCC患者的预后呈负相关。结论 SPP1可能成为HNSCC中有价值的预后生物标志物。

关键词：头颈部鳞状细胞癌分泌型磷蛋白1(SPP1) 肿瘤相关巨噬细胞

敲除PAMM基因对小鼠白色和棕色脂肪组织基因表达的影响

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国病理生理杂志 2024年第4期40卷 697-705页

作者：孙雪荣徐明锋吴洪福梁杰吴志远陈露珠和文奕李伟玲张之炜刘新光史玉仓广东医科大学广东省医学分子诊断重点实验室衰老研究所广东东莞523808 广东医科大学生理学教研室广东湛江524023 广东医科大学生理学教研室广东东莞523808 广东医科大学附属医院整形外科广东湛江524001 广东医科大学药学院广东东莞523808 广东医科大学医学技术学院广东东莞523808 广东医科大学第二临床医学院广东东莞523808

目的:巨噬细胞集落刺激因子诱导单核细胞活化的类过氧化物酶2(peroxiredoxin-like 2 activated in M-CSF stimulated monocytes,PAMM)是一种具有抗炎、抗氧化功能的蛋白,在脂肪组织中高表达,本文拟利用基因敲除小鼠,探究PAMM对白色和棕... 详细信息

目的:巨噬细胞集落刺激因子诱导单核细胞活化的类过氧化物酶2(peroxiredoxin-like 2 activated in M-CSF stimulated monocytes,PAMM)是一种具有抗炎、抗氧化功能的蛋白,在脂肪组织中高表达,本文拟利用基因敲除小鼠,探究PAMM对白色和棕色脂肪组织形态及基因表达等的影响,以期为其功能研究提供新思路。方法:利用CRISPR-Cas9等技术构建PAMM基因敲除(knockout,KO)小鼠,用野生型(wild-type,WT)小鼠作为对照。收集腹股沟皮下白色脂肪组织(inguinal adipose tissue,IAT)和背部棕色脂肪组织(brown adipose tissue,BAT),通过HE染色观察组织形态,利用RNA-seq和RT-qPCR检测相关基因的表达。结果:通过基因组PCR及测序,证明基因敲除小鼠构建正确。敲除PAMM后IAT和BAT形态无明显变化,但E2F靶点、未折叠蛋白反应等基因集在IAT或BAT中富集。比较WT和KO小鼠组织,发现33个基因的变化趋势在IAT和BAT中保持一致;而仅在IAT中出现变化的基因,分布在胞外、胞膜等部位,参与免疫和趋化反应等,与钙信号通路等相关;仅在BAT中出现变化的基因,分布在胞外基质、胞核等部位,参与葡萄糖稳态、生物节律等过程。RT-qPCR检测钙通路及生物节律相关基因,变化趋势与测序结果类似。本文还观察了敲除PAMM对IAT和BAT之间差异表达基因的影响,发现WT和KO小鼠BAT/IAT的差异基因和通路大多相同,但也有部分基因和通路发生了变化。结论:PAMM敲除对IAT和BAT的形态结构无明显影响,但显著影响了二者的基因表达及相关信号通路,还可能影响IAT和BAT之间的相互作用。

关键词：白色脂肪组织棕色脂肪组织 PAMM基因基因敲除

维普期刊数据库博看期刊

抗人B7同源物4（B7-H4）IgY多克隆抗体的制备及鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

细胞与分子免疫学杂志 2024年

作者：张丽范振军张文婷黄焕绍王家俊黑爱莲丛延广徐军发广东医科大学附属东莞第一医院检验医学中心华瑞同康生物技术(深圳)有限公司广东医科大学医学技术学院检验医学研究所

目的制备抗人B7同源物4（B7-H4）IgY多克隆抗体，建立合适的双抗体夹心ELISA检测人血清中可溶性B7-H4（sB7-H4）蛋白。方法筛选人源B7-H4蛋白合适的B细胞表位肽免疫新海兰灰蛋鸡，收集鸡蛋纯化鸡抗人B7-H4IgY抗体；检测抗体的纯度、浓... 详细信息

目的制备抗人B7同源物4（B7-H4）IgY多克隆抗体，建立合适的双抗体夹心ELISA检测人血清中可溶性B7-H4（sB7-H4）蛋白。方法筛选人源B7-H4蛋白合适的B细胞表位肽免疫新海兰灰蛋鸡，收集鸡蛋纯化鸡抗人B7-H4IgY抗体；检测抗体的纯度、浓度及效价，并用ELISA、Westernblot、流式细胞术验证抗体的特异性和功能；建立双抗体夹心ELISA法并检测临床样本；同时采用商品化的ELISA试剂盒对相同样本进行对比检测。结果制备了鸡抗人B7-H4IgY抗体并证明该抗体对人B7-H4蛋白有高特异性；采用该抗体检测临床样本发现卵巢癌和良性卵巢肿瘤患者血清中sB7-H4含量明显高于健康人，这与使用商品试剂盒获得的检测结果一致；采用IgY抗体建立的ELISA法灵敏度高于商品试剂盒。结论成功制备了鸡抗人B7-H4 IgY多克隆抗体，并用其建立了一种适合检测人血清中sB7-H4蛋白的双抗体夹心ELISA。

关键词：可溶性B7同源物4(sB7-H4) IgY多克隆抗体双抗体夹心ELISA

胶质母细胞瘤恶性进展中不同细胞亚群的动态轨迹和细胞通讯网络

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

北京大学学报（医学版） 2024年第2期56卷 199-206页

作者：蔡祥王仁东王世佳任梓齐于秋红李冬果首都医科大学生物医学工程学院智能医学工程学学系北京100069 首都医科大学附属北京天坛医院高压氧科北京100070

目的:探索胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)恶性进展过程中细胞亚群的动态轨迹以及免疫细胞亚群之间的通讯网络,结合GBM患者的转录组数据和临床信息,挖掘GBM恶性进展过程中的关键风险标志物,以期为该疾病的治疗和预后提供科学依据。方法... 详细信息

目的:探索胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)恶性进展过程中细胞亚群的动态轨迹以及免疫细胞亚群之间的通讯网络,结合GBM患者的转录组数据和临床信息,挖掘GBM恶性进展过程中的关键风险标志物,以期为该疾病的治疗和预后提供科学依据。方法:基于单细胞测序数据分析方法,构建GBM恶性进展中的细胞亚群图谱,利用Monocle2技术构建GBM恶性进展中肿瘤细胞亚群的动态进展轨迹,基于基因富集分析,挖掘肿瘤细胞亚群随GBM恶性进展中显著变化的基因所富集的生物学过程,利用CellChat软件识别不同免疫细胞亚群间的复杂通讯网络,通过生存分析识别GBM恶性进展中影响患者预后的关键风险分子标记物。结果:单细胞测序数据分析识别出6种不同的细胞类型,包括淋巴细胞、周细胞、少突神经胶质细胞、巨噬细胞、胶质瘤细胞、小胶质细胞,单细胞数据集中了27151个细胞,其中包含3881个来源于低级别胶质瘤患者的细胞,10166个来源于新诊断GBM患者的细胞,13104个来源于复发性胶质瘤患者的细胞。胶质瘤细胞亚群逆时序分析提示,胶质瘤细胞亚群在恶性进展中存在着明显的细胞异质性;免疫细胞亚群的细胞相互作用分析揭示,GBM恶性进展中不同免疫细胞亚群之间的通讯网络共识别出22条具有生物学意义的配体-受体对,涉及12条通路;生存分析识别出8个与GBM患者预后密切相关的基因,其中SERPINE1、COL6A1、SPP1、LTF、C1S、AEBP1、SAA1L是GBM患者的高风险基因,ABCC8是GBM患者的低风险基因。结论:深入揭示了GBM恶性进展中胶质瘤细胞亚群的动态变化以及免疫细胞亚群之间的通讯模式,对于理解GBM的复杂生物学过程具有重要意义,为GBM的精准医疗和治疗决策提供了科学依据,也为GBM患者更准确的预后评估提供了新的线索。

关键词：胶质母细胞瘤单细胞测序拟时序分析细胞相互作用细胞间通讯

多囊卵巢综合征患者外周血PD-1、PD-L1表达水平及其与细胞因子相关性研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华生殖与避孕杂志 2024年第5期44卷 480-487页

作者：韩锐巩晓芸朱玥洁李奇凤叶尔登切切克丁剑冰腊晓琳新疆医科大学第一附属医院产前诊断科乌鲁木齐830054 新疆医科大学第一附属医院生殖医学中心乌鲁木齐830054 新疆儿科研究所乌鲁木齐830054 新疆医科大学基础医学院免疫教研室乌鲁木齐830000

目的探讨多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者外周血程序性细胞死亡蛋白1(programmed cell death protein 1,PD-1)和其配体PD-L1表达水平与细胞因子相关性。方法利用GEO数据库中GSE54248数据集筛选出PCOS中差异表达PD-1/PD-L1通路相关基因,对其进行GO和KEGG通路富集分析。采用病例对照研究,选取2022年1月至2023年6月期间在新疆医科大学第一附属医院生殖医学中心就诊的105例PCOS患者(记为PCOS组)和109例非PCOS患者(记为对照组)作为研究对象,利用QBPlex流式高通量多因子检测技术检测两组外周血PD-L1、PD-L2、PD-1和细胞因子表达水平。采用Pearson法进行相关性分析。结果PCOS组患者外周血中PD-1水平[2.890(0.020,4.540)ng/L]显著低于对照组[3.370(2.460,4.360)ng/L,P=0.008];PD-L1水平[9.820(8.860,10.880)ng/L]显著低于对照组[10.410(9.700,11.160)ng/L,P=0.001];PD-L2表达水平在两组间差异无统计学意义(P>0.05)。在GSE54248数据集筛选出26个差异表达基因,主要富集在PD-1/PD-L1通路、1型T辅助细胞(T helper cell 1,Th1)和2型T辅助细胞(T helper cell 2,Th2)分化、参与炎症反应的细胞因子的产生等通路。与对照组相比较,PCOS组患者外周血中白细胞介素(interleukin,IL)-5、IL-9、IL-25、IL-10、生长刺激表达基因2(growth stimulation expressed gene 2,ST-2)和颗粒酶B(Granzyme B)浓度显著降低,IL-8、IL-1RA和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)浓度显著升高,差异均具有统计学意义(均P分子生物标志物。

关键词：多囊卵巢综合征程序性细胞死亡蛋白1 程序性细胞死亡蛋白配体1 细胞因子

S100A16启动子区DNA甲基化在小细胞肺癌细胞增殖及化疗耐药中的调控作用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国病原生物学杂志 2024年第5期19卷 528-533页

作者：叶瑞芳黄彩玲林潍轩方曼霖甘思远李汝佳冯娜郭琳琅熊英环孙艳芹广东医科大学第一临床医学院广东湛江524023 广东医科大学病理学系东莞东华医院病理科南方医科大学珠江医院病理科广东医科大学附属医院生物样本库广东医科大学实验动物中心

目的探讨S100钙结合蛋白A16(S100 calcium binding protein A16,S100A16)对小细胞肺癌细胞增殖、凋亡和化疗耐药性的影响,并揭示S100A16启动子区低甲基化在小细胞肺癌恶性表型中的潜在作用。方法结合生物信息学分析,采用RNA干扰技术降低... 详细信息

目的探讨S100钙结合蛋白A16(S100 calcium binding protein A16,S100A16)对小细胞肺癌细胞增殖、凋亡和化疗耐药性的影响,并揭示S100A16启动子区低甲基化在小细胞肺癌恶性表型中的潜在作用。方法结合生物信息学分析,采用RNA干扰技术降低H69AR细胞中S100A16的表达,使用RT-qPCR、Western blot、CCK-8实验、流式细胞术及免疫组化法分析S100A16在小细胞肺癌各种恶性表型中的调控作用。结果生物信息学在线数据分析发现,小细胞肺癌细胞易对化疗药物顺铂产生抵抗性,其持久耐药(Drug tolerant persister,DTP)细胞株中S100A16启动子区甲基化水平相对较低,与其mRNA表达水平呈负相关(P技术沉默化疗耐药细胞H69AR中S100A16的表达后,CCK-8实验分析发现细胞贴壁生长60 h后增殖能力明显下降(P分子机制,采用MassARRAY平台系统进行基因甲基化位点检测发现,癌组织中S100A16基因启动子区CpG-8甲基化水平显著较低(P<0.01),进一步采用去甲基化药物5-阿扎胞苷(5-aza-2′-deoxycytidine,5-aza-CdR)处理H69细胞后发现,DNA甲基转移酶DNMT3A明显下降(P<0.05)而S100A16的表达相对显著升高(P<0.01)。结论启动子区DNA低甲基化会导致S100A16在小细胞肺癌中高表达,能够进一步促进肿瘤发生发展,并且在化疗耐药中发挥一定作用。

关键词：小细胞肺癌 S100A16 化疗耐药 DNA甲基化