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利用因果森林估计异质性人群下个体的处理效应

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中华流行病学杂志 2019年第6期40卷 707-712页

作者：何文静尤东方张汝阳于浩陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室 211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术... 详细信息

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术实例数据集进行分析。结果模拟试验结果表明,在4种不同效应值设置下,用因果森林方法所估计的个体处理效应值都能与总体效应相吻合,符合预期分布;实例数据分析结果显示绝大多数患者个体处理效应为正值,使用RHC会导致该样本人群180d死亡率增高,2月生存模型估计概率和白蛋白含量偏低的患者在使用RHC后更倾向于有较低的死亡风险。结论因果森林能够有效地估计个体处理效应,为个体是否接受某种处理提供建议。

关键词：因果森林异质性个体处理效应

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随机森林在基因调控网络推断上的比较与应用

中国卫生统计 2019年第6期36卷 951-954页

作者：张铭智尤东方何文静张汝阳陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室南京医科大学环境与人类健康国际联合研究中心南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京医科大学生物医学大数据重点实验室

基因调控网络(gene regulatory network,GRN)是当前功能基因组学所研究的重要内容之一,作为一种描述基因间相互作用关系的方式,在推断复杂疾病的致病原理过程中发挥着重要的作用。通过对基因调控网络的分析,我们能够更加深入地了解各基... 详细信息

基因调控网络(gene regulatory network,GRN)是当前功能基因组学所研究的重要内容之一,作为一种描述基因间相互作用关系的方式,在推断复杂疾病的致病原理过程中发挥着重要的作用。通过对基因调控网络的分析,我们能够更加深入地了解各基因的生物学功能、理解基因间的调控机理并推断出未知基因的功能,这对疾病诊断、临床实践、药物研发等方面有指导性的意义。

关键词：基因调控网络随机森林疾病诊断药物研发功能基因组学临床实践复杂疾病未知基因

慢性肺部疾病与肺癌发病风险关联的孟德尔随机化研究

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中华预防医学杂志 2023年第8期57卷 1147-1152页

作者：张静马志敏王慧付雅婷吉晨朱猛沈洪兵马红霞南京医科大学公共卫生学院流行病学教研室南京211166

目的探讨既往患有慢性肺部疾病与肺癌发病风险的关联情况。方法采用英国生物银行(UKB)调查数据,以既往未被诊断为癌症且自报性别与遗传性别一致的472397名参与者为研究对象。采用基线问卷和国家健康系统数据收集既往慢性肺部疾病患病情... 详细信息

目的探讨既往患有慢性肺部疾病与肺癌发病风险的关联情况。方法采用英国生物银行(UKB)调查数据,以既往未被诊断为癌症且自报性别与遗传性别一致的472397名参与者为研究对象。采用基线问卷和国家健康系统数据收集既往慢性肺部疾病患病情况、一般人口学特征以及肺癌患病情况等信息。采用多因素Cox比例风险回归模型分析哮喘、慢性阻塞性肺病、特发性肺纤维化、间质性肺病等4种既往慢性肺部疾病与肺癌发病风险的关联。以观察性研究中具有基因型数据的458526名参与者为研究对象,选择与4种慢性肺部疾病密切相关且相互独立的遗传位点作为工具变量,采用孟德尔随机化(MR)分析4种慢性肺部疾病与肺癌发病风险的关联情况。采用限制性立方样条函数评估不同慢性肺部疾病GRS与肺癌发病风险的剂量反应关系。结果研究对象年龄的M(Q1,Q3)为57(50,63)岁,随访期间新发肺癌3516例(0.74%)。多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示:既往患有慢性阻塞性肺病和特发性肺纤维化与肺癌发病风险存在关联,分别为1.61(1.49~1.75)和2.61(1.24~5.49)。MR研究结果显示:遗传预测的慢性阻塞性肺病和特发性肺纤维化与肺癌发病风险存在关联,HR(95%CI)分别为1.10(1.03~1.19)和1.04(1.01~1.08)。限制性立方样条函数分析结果显示:肺癌发病风险随慢性阻塞性肺病和特发性肺纤维化遗传风险评分增加而升高且呈线性关系(P风险存在关联(均P>0.05)。结论既往患有慢性阻塞性肺病和特发性肺纤维化是肺癌发生的潜在危险因素。

关键词：肺疾病慢性病肺肿瘤孟德尔随机化

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微塑料环境暴露与人体健康效应研究进展

环境科学研究 2023年第5期36卷 1020-1031页

作者：孙香莹庄银王玉邦许秋瑾王成南京医科大学公共卫生学院全球健康中心江苏南京211166 中国环境科学研究院环境基准与风险评估国家重点实验室北京100012 南京医科大学公共卫生学院江苏省医药农药兽药安全性评价研究中心江苏南京211166

作为一种新型的全球性环境污染物,微塑料日益引起关注.人体可通过摄食等途径摄入微塑料,进而引起潜在健康风险.目前有关微塑料的研究日益增加,但关于人体微塑料暴露水平及其潜在健康危害方面的相关研究有限.本文在梳理微塑料的人体暴露... 详细信息

作为一种新型的全球性环境污染物,微塑料日益引起关注.人体可通过摄食等途径摄入微塑料,进而引起潜在健康风险.目前有关微塑料的研究日益增加,但关于人体微塑料暴露水平及其潜在健康危害方面的相关研究有限.本文在梳理微塑料的人体暴露途径及水平的基础上,从体内、体外两方面试验研究总结分析了微塑料暴露对细胞、哺乳模式动物小鼠组织的影响,结果表明:(1)人类可通过消化道、呼吸道以及皮肤接触的方式摄入微塑料,其中经口摄入是最主要的接触途径.(2)在人体多种组织、器官及代谢物中均检测到微塑料的存在,范围为0~134.3个/g.(3)动物试验表明,微塑料可以通过血液循环蓄积于心、肝、脾、肺、肾和睾丸等器官中,引起炎症反应、氧化应激、免疫损伤、菌群失调、代谢紊乱等,甚至可能产生跨代效应.(4)细胞试验表明,粒径较小的微塑料可穿透细胞膜进入细胞质中,引起细胞形态及功能改变,导致细胞活力下降,影响细胞生长与增殖,还可诱导ROS生成甚至产生DNA损伤等细胞毒性作用.微塑料的毒性作用可能与其类型、粒径、染毒浓度及受试物类型等有关,建议今后加强环境低浓度下微塑料及其吸附物质在食物链传递过程中毒性蓄积与变化的研究,以及开展流行病学调查,为将来进一步阐释微塑料潜在的毒理机制和评估人体健康风险提供理论依据.

关键词：微塑料暴露健康危害毒性效应

中国80岁及以上高龄老人认知功能损伤与主要金属的关联研究

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中华预防医学杂志 2023年第6期57卷 849-856页

作者：裘一丹郭彦波张振伟吉赛赛周锦辉吴兵陈晨魏源丁聪王君郑栩琳钟朱淳叶丽红陈光弟吕跃斌施小明浙江大学公共卫生学院杭州310000 中国疾病预防控制中心环境与人群健康重点实验室中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所北京100021 吉林大学公共卫生学院长春132000 南京医科大学公共卫生学院全球健康中心南京211166 中国医学科医学院北京协和医学院北京10002

目的:识别中国高龄老人认知功能损伤的主要金属,分析主要金属暴露与认知功能损伤的关联。方法:对中国老年健康生物标志物队列研究(2017—2018年)中1568名年龄80岁及以上的研究对象开展横断面研究。采集空腹静脉血检测研究对象血液中九... 详细信息

目的:识别中国高龄老人认知功能损伤的主要金属,分析主要金属暴露与认知功能损伤的关联。方法:对中国老年健康生物标志物队列研究(2017—2018年)中1568名年龄80岁及以上的研究对象开展横断面研究。采集空腹静脉血检测研究对象血液中九种金属(硒、铅、镉、砷、锑、铬、锰、汞和镍)的水平,使用中国版本的简易认知功能量表评估研究对象的认知功能。应用随机森林模型识别对认知功能损伤影响主要的金属,并采用多因素logistic回归模型和限制性立方样条(RCS)模型进一步识别主要金属和认知功能损伤之间的关系。结果:1568名研究对象的年龄为(91.8±7.6)岁,其中女性912名(58.2%),认知功能损伤者465名(29.7%)。基于随机森林模型(袋外错误率为22.9%)对变量进行重要性排序并进行五次十折交叉验证特征筛选后发现,对认知功能损伤影响的金属为硒,其他8种金属未能纳入模型。在调整协变量后,多因素logistic回归模型分析结果显示血硒水平每提高10μg/L,认知功能损伤的风险有降低趋势(OR=0.921,95%CI:0.889~0.954);与血硒Q1组相比,Q3和Q4组的OR(95%CI)值分别是0.452(0.304~0.669)和0.419(0.281~0.622)。RCS模型显示,血硒与认知功能损伤存在线性剂量-反应关系(P非线性>0.05)。结论:血硒与中国高龄老人认知功能损伤呈负向关联。

关键词：金属暴露认知功能损伤老年人 80以上随机森林算法

肺泡Ⅱ型上皮细胞在空气污染致特发性肺纤维化中的作用及潜在运用前景

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南京医科大学学报（自然科学版） 2022年第12期42卷 1767-1774,1778页

作者：沈洁淼王守林南京医科大学公共卫生学院现代毒理学教育部重点实验室江苏南京211166

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种以细胞外基质过度沉积和肺组织结构不可逆性重塑为特征的慢性肺病,空气污染物的吸入暴露可增加IPF的发病风险。肺脏结构复杂,多种细胞参与肺纤维化过程,而肺泡Ⅱ型上皮细胞(alv... 详细信息

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种以细胞外基质过度沉积和肺组织结构不可逆性重塑为特征的慢性肺病,空气污染物的吸入暴露可增加IPF的发病风险。肺脏结构复杂,多种细胞参与肺纤维化过程,而肺泡Ⅱ型上皮细胞(alveolar typeⅡepithelial cell,AT2)损伤和功能障碍在IPF的发病过程中起到了关键作用。本文围绕IPF相关的空气污染物,侧重阐述AT2细胞在IPF发生发展中的作用及重要机制,并分析了AT2细胞作为IPF诊断生物标志物及干预靶点的可能性,为大气污染防治及人群健康风险评估提供线索。

关键词：空气污染肺泡Ⅱ型上皮细胞特发性肺纤维化生物标志靶向干预

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孕期心理状况与无医学指征剖宫产的关联研究

南京医科大学学报（自然科学版） 2023年第1期43卷 66-72,121页

作者：李梅蒋杨倩吕红徐菠刘晓宇周昆韩秀梅蒋涛石中华杜江波林苑马红霞夏彦恺胡志斌吴炜南京医科大学生殖医学国家重点实验室江苏南京211166 南京医科大学公共卫生学院现代毒理学教育部重点实验室江苏南京211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏南京211166 南京医科大学附属苏州医院(苏州市立医院)生殖医学国家重点实验室(苏州中心) 南京医科大学姑苏学院江苏苏州215002 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系江苏南京211166 南京医科大学附属妇产医院(南京市妇幼保健院)产科江苏南京210004 南京医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学系江苏南京211166

目的:探讨孕期抑郁、焦虑和压力等心理因素对无医学指征剖宫产的影响。方法:采用前瞻性队列研究方法,以2016年10月—2019年1月在南京医科大学附属妇产医院纳入的1453例孕妇作为研究对象。采用焦虑自评量表、抑郁流行病学研究中心量表和... 详细信息

目的:探讨孕期抑郁、焦虑和压力等心理因素对无医学指征剖宫产的影响。方法:采用前瞻性队列研究方法,以2016年10月—2019年1月在南京医科大学附属妇产医院纳入的1453例孕妇作为研究对象。采用焦虑自评量表、抑郁流行病学研究中心量表和压力知觉量表分别评估孕妇孕早、中、晚期的心理状况。根据产科病例获取分娩方式并判断是否具有剖宫产医学指征,在无剖宫产医学指征的孕妇人群中,采用广义估计方程分析孕期心理因素与剖宫产的关联。结果:本研究最终纳入1453例孕妇作为研究对象,其中516例孕妇有剖宫产医学指征。余937例无剖宫产医学指征的孕妇中,139例孕妇选择剖宫产。调整母亲分娩年龄、孕前体重指数、产次、妊娠合并糖尿病和分娩孕周后,发现孕妇孕晚期伴有任一不良心理症状(高压力、抑郁或焦虑)可增加无医学指征剖宫产发生的风险(OR=1.69,95%CI:1.04~2.73,P=0.034),孕晚期抑郁与无医学指征剖宫产呈正相关(OR=1.32,95%CI:1.03~1.69,P=0.028),焦虑和压力与无医学指征剖宫产的关联无统计学意义。结论:孕晚期抑郁与无医学指征剖宫产发生的风险增加有关。建议在未来产检护理中,应重视孕产妇的心理疏导,尤其是孕晚期的心理健康。

关键词：压力抑郁焦虑无医学指征剖宫产孕期

金属暴露调控ATP13A3基因m6A修饰致结直肠癌的机制研究

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金属暴露调控ATP13A3基因m6A修饰致结直肠癌的机制研究

生命早期双酚AP暴露对小鼠神经行为的影响及机制研究

中国毒理学会第十次全国毒理学大会

作者：黎书炜徐申亚贲帅周婕妤张正东王美林南京医科大学公共卫生学院

目的结直肠癌是环境因素及遗传因素共同参与的复杂疾病。金属等毒性元素可通过消化道等途径进入体内,与遗传因素交互进而发挥毒性损伤及致癌作用。然而,金属对结直肠癌发病风险的影响及具体机制尚不清楚。因此,本研究旨在鉴定与结直肠...

目的结直肠癌是环境因素及遗传因素共同参与的复杂疾病。金属等毒性元素可通过消化道等途径进入体内,与遗传因素交互进而发挥毒性损伤及致癌作用。然而,金属对结直肠癌发病风险的影响及具体机制尚不清楚。因此,本研究旨在鉴定与结直肠癌发生密切相关的金属,探究其暴露致结直肠损伤及致癌的毒理学机制和关键分子事件。材料和方法运用ICP-MS技术检测208例结直肠癌及219例健康对照人群血浆56种元素的内暴露水平。通过Logistic、LASSO、贝叶斯核机器回归(BKMR)和广义相加模型(GAM)评估金属等元素单独暴露效应以及混合暴露的整体效应。构建急、慢性细胞金属染毒模型及裸鼠荷瘤模型,观察金属暴露致正常结肠上皮细胞毒性损伤和恶性转化能力。同时,采用金属-数量性状位点(metal-QTL)和表达数量性状位点(eQTL)分析,识别与金属暴露及结直肠癌易感相关的遗传变异位点。结合高通量测序技术及分子生物学实验阐明金属及遗传因素共同参与结直肠癌发生的调控机制。结果我们首次基于金属元素组学、转录组学及全基因组等联合分析策略,发现重金属铊(Tl)暴露与ATP13A3基因遗传变异交互作用,增加结直肠癌发病风险。金属铊急、慢性染毒细胞模型用于探究其毒理学作用。结果发现,金属铊急性染毒可促进正常结肠上皮细胞活性氧(ROS)生成和线粒体膜电位改变,引起细胞DNA损伤和凋亡增加;低剂量铊慢性染毒可致细胞抗凋亡能力增强,诱导细胞恶性转化,并促进裸鼠异种移植肿瘤的形成。为揭示铊发挥毒性的关键分子事件,我们先基于metal-QTL和eQTL识别出遗传变异rs1511625可影响铊内暴露水平和ATP13A3基因的表达水平,并增加结直肠癌的发病风险(OR=1.31,P=2.80×10-4)。进一步采用dot blot、MeRIP-qPCR等实验发现,慢性染毒细胞中ATP13A3的N6-甲基腺苷(m6A)修饰及蛋白表达水平随着恶转细胞代数的增加而显著增加。通过RNA-Seq测序、基因集富集分析及m6A修饰相关实验阐明了金属铊暴露通过影响METTL3、METTL14和ALKBH5等m6A修饰酶的表达水平,致ATP13A3mRNA稳定性增加,进而发挥其毒性及致癌作用。结论本研究基于金属元素组学、遗传及表观遗传毒作用机制揭示结直肠损伤和致癌效应,为制定减少结直肠癌高危人群接触金属污染的公共卫生策略提供了理论基础和科学思路。

关键词：

来源： cnki会议评论

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生命早期双酚AP暴露对小鼠神经行为的影响及机制研究