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安徽农业科学 2017年第8期45卷 159-160页

作者：朱德全王茗悦姚嘉张跃华韩诚武卢伟栾积毅刘向东佳木斯大学理学院黑龙江佳木斯154007 佳木斯大学生命科学学院黑龙江佳木斯154007 佳木斯大学机械工程学院黑龙江佳木斯154007

[目的]运用生物信息学方法预测动物双歧杆菌AD011锚定于细胞壁的蛋白并进行功能分析,为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制提供基础资料。[方法]用Phobius和SignalP 4.0软件对动物双歧杆菌AD011全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测... 详细信息

[目的]运用生物信息学方法预测动物双歧杆菌AD011锚定于细胞壁的蛋白并进行功能分析,为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制提供基础资料。[方法]用Phobius和SignalP 4.0软件对动物双歧杆菌AD011全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测,同时采用COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)功能数据库对预测的细胞壁蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]动物双歧杆菌AD011基因组1 518个编码蛋白中,11个蛋白含有细胞壁的锚定基序,6个蛋白含有LP×TG基序,1个蛋白含有Lys M基序,1个蛋白含有PG结合区域,2个蛋白含有SLH结构域,1个蛋白含有NLPC_P60结构域。细胞壁蛋白功能分析结果显示,11个细胞壁蛋白中,9个蛋白没有功能注释,2个蛋白(NLP/P60 protein和1,4-beta-N-acetylmuramidase)参与细胞壁和细胞膜的生物合成。[结论]动物双歧杆菌AD011大多数细胞壁蛋白功能未知,还需在以后的研究中进行进一步的功能注释。

关键词：两歧双歧杆菌基因组细胞壁蛋白功能

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桑树中铜离子胁迫调控miRNA的全基因组分析

桑树中铜离子胁迫调控miRNA的全基因组分析

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江苏省遗传学会2019年学术研讨会

作者：杜秋霞李阳郑丹艳郭鹏 Adolf Acheampong 赵卫国江苏科技大学生物技术学院中国农业科学院蚕业研究所

铜（Cu）是植物生长发育所必需的微量元素,在动物、植物和微生物体内,多以铜离子或铜蛋白的形式存在,广泛参与呼吸作用电子传递链,光合作用及花粉形成等多个生物学过程,因此土壤中铜含量过低或者超过可吸收量都会对植物造成一定伤害。Mi... 详细信息

铜（Cu）是植物生长发育所必需的微量元素,在动物、植物和微生物体内,多以铜离子或铜蛋白的形式存在,广泛参与呼吸作用电子传递链,光合作用及花粉形成等多个生物学过程,因此土壤中铜含量过低或者超过可吸收量都会对植物造成一定伤害。MicroRNAs（mi RNAs）是生物体内一类由内源基因编码的长度约为20-24个核苷酸（nt）的非编码单链小RNA分子,主要通过对靶基因m RNA的翻译抑制、降解等负调控的方式在转录后水平精确有效地调控基因的表达,调节植物生理生化进程、信号传导、响应生物和非生物胁迫等。桑树是重要的多年生经济林木,桑树资源的综合利用以及桑树产业的开发正得到越来越多的重视。目前,关于桑树非生物胁迫主要集中在抗性种质资源鉴定和抗性基因克隆,而MicroRNAs（miRNAs）的抗逆功能及其胁迫响应基因间的调控研究并不多见。针对铜胁迫应答反应,以桑叶组织为实验材料,构建两个小RNA文库,经过RNAseq和筛选,共鉴定出65个已知mi RNA和78个预测的新mi RNA成熟体,其中共有40个mi RNA在铜胁迫下差异表达,包括27个mi RNA上调表达基因,13个mi RNA下调表达基因。随后,通过PCR、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、5′RLM-RACE分别对15个mi RNA表达模式以及mi R156a靶基因的剪切位点进行验证,证明RNA-seq测序结果是准确的,为进一步研究桑树铜胁迫调控的分子机制提供了初步线索。

关键词：铜胁迫 MicroRNAs 桑树靶基因

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唾液腺功能基因在蚜虫适应寄主植物的作用

唾液腺功能基因在蚜虫适应寄主植物的作用

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首届“全国青年昆虫学科技工作者创新论坛”

作者：崔峰 Gerald Reeck Owain Edwards 康乐中国科学院动物研究所 Department of Biochemistry Kansas State UniversityUSA CSIRO Entomology Centre for Environment and Life SciencesAustralia

蚜虫是重要的农林害虫之一,严重危害多种粮食作物和经济作物的生长,每年造成极大的经济损失。在刺吸式昆虫与植物互作的关系中,昆虫的唾液既可以帮助昆虫克服植物的防御方应,又与传播植物病毒和诱导植物病理反应有关。豌豆蚜(Acyrthosip... 详细信息

蚜虫是重要的农林害虫之一,严重危害多种粮食作物和经济作物的生长,每年造成极大的经济损失。在刺吸式昆虫与植物互作的关系中,昆虫的唾液既可以帮助昆虫克服植物的防御方应,又与传播植物病毒和诱导植物病理反应有关。豌豆蚜(Acyrthosiphon plsum)作为模式蚜虫其基因组测序已完成,我们通过构建豌豆蚜唾

关键词：唾液腺蚜虫寄主适应生物型

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hsp23和hsp70在入侵粉虱温度胁迫耐受性中的关键作用

hsp23和hsp70在入侵粉虱温度胁迫耐受性中的关键作用

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第三届全国生物入侵大会

作者：吕志创余昊万方浩刘万学郭建英张桂芬中国农业科学院植物保护研究所

温度适应性是决定入侵粉虱分布和扩散的重要因素。本研究在比较入侵粉虱温度胁迫适应性差异的基础上,采用RNAi的方法,研究了温室白粉虱和B型烟粉虱hsp基因表达和功能。B型烟粉虱的hsp70和hsp20低温不被诱导,hsp90的诱导量也非常低,温室... 详细信息

温度适应性是决定入侵粉虱分布和扩散的重要因素。本研究在比较入侵粉虱温度胁迫适应性差异的基础上,采用RNAi的方法,研究了温室白粉虱和B型烟粉虱hsp基因表达和功能。B型烟粉虱的hsp70和hsp20低温不被诱导,hsp90的诱导量也非常低,温室白粉虱低温诱导下3种hsp都能极显著的诱导表达。通过RNAi技术发现,两种粉虱hsp90基因在高低温胁迫耐受性的作用不显著,hsp70和hsp20在两种粉虱的高温胁迫耐受性和温室白粉虱低温胁迫耐受性中起到关键作用,hsp70和hsp20对B型烟粉虱低温耐受性作用不显著。B型烟粉虱雄性hsp70 mRNA的表达量在44℃到达高峰,而雌性hsp70 mRNA的表达量在42℃达到高峰;雌性和雄性hsp20和hsp90 mRNA表达量均在40℃达到高峰。雌性hsp20和hsp70 mRNA表达量高于雄性,hsp90mRNA表达水平无显著差别。RNAi实验证明,hsp20和hsp70在雌性B型烟粉虱耐热中起关键作用,但在雄性中作用不明显;hsp90在雌性和雄性烟粉虱耐热中的作用均不明显。综上所述,hsp20和hsp70在粉虱温度胁迫耐受性过程中起关键作用。粉虱耐热性是由多基因差异表达调控的,热激条件下,粉虱通过调节体内的热激基因使之处于适量表达水平,从而保证了较高的存活率。本研究探讨入侵粉虱温度胁迫适应性差异与hsp基因表达和功能的差异的关系,为进一步揭示粉虱生物入侵扩展机制打下基础。

关键词：入侵粉虱 hsp23 hsp70

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青枯菌抑制性差减杂交文库的构建及分析

青枯菌抑制性差减杂交文库的构建及分析

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第三届全国生物入侵大会

作者：刘蕾潘哲超宋莎莎徐进许景升冯洁中国农业科学院植物保护研究所

植物细菌性青枯病(Bacterial wilt of plants),是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种世界性重大病害。青枯菌寄主范围广泛,可侵染50多个科的450余种植物。其中造成香蕉产业毁灭性损失的青枯菌2号小种,2007年被列为《中... 详细信息

植物细菌性青枯病(Bacterial wilt of plants),是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种世界性重大病害。青枯菌寄主范围广泛,可侵染50多个科的450余种植物。其中造成香蕉产业毁灭性损失的青枯菌2号小种,2007年被列为《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》的第316号检疫对象。Wicker等2007年报道了青枯菌演化型Ⅱ序列变种4中存在的一类致病力分化菌株,并命名为NPB(Not-pathogenic to banana)。该类型菌株对香蕉不致病,但对葫芦科及花烛属植物,特别是茄科植物具强致病力。该类菌株与序列变种4中的香蕉菌株亲缘关系较近,具有潜在侵染香蕉的危险。本实验室在前期对我国青枯菌遗传多样性的研究中发现,马铃薯青枯菌菌株IPPCAAS82与青枯菌2号小种及NPB菌株同属于演化型Ⅱ/序列变种4。病力测定结果表明,IPPCAAS82能够侵染茄科寄主,同时兼具对香蕉的致病力。IPPCAAS82菌株可侵染香蕉这一重要发现,说明其对香蕉产业具有潜在的危险性,也为检疫工作带来了新的问题。本研究以IPPCAAS82作为待测菌株菌株,分别香蕉青枯菌株RUN92和NPB菌株RUN292作为驱动菌株,进行抑制性差减杂交试验,建立了两个DNA差减文库(分别命名为IRSSH和INSSH)。目前,差异克隆测序后经BLAST比对分析发现,IRSSH文库共获得20个差异片段,功能涉及:假设蛋白、转座酶、跨膜蛋白、转录调节因子、GTP结合蛋白以及无同源性序列等;INSSH文库共获得29个差异片段,功能涉及:假设蛋白、内膜整合蛋白、ATP结合蛋白、内切酶蛋白亚基、锌指蛋白家族,转座酶、ATP结合蛋白以及无同源性序列等。本研究在明确IPPCAAS82与不同分支菌株在致病性以及亲缘关系的基础上,利用抑制性差减杂交技术(SSH)筛选出马铃薯菌株IPPCAAS82存在的特异性片段,以期建立该类菌株的快速分子检测技术并发掘寄主适应性相关基因。

关键词：青枯菌检疫对象抑制性差减杂交寄主适应性

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香蕉细菌性枯萎病的PCR检测方法

香蕉细菌性枯萎病的PCR检测方法

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第三届全国生物入侵大会

作者：田茜徐进冯洁中国农业科学院植物保护研究所

植物细菌性青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种世界性重大病害。青枯菌可侵染54个科的450余种植物,其寄主范围位居目前所有已知植物病原细菌之首。根据寄主范围,青枯菌可以被划分为5个不同的生理小种。其中,青枯... 详细信息

植物细菌性青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种世界性重大病害。青枯菌可侵染54个科的450余种植物,其寄主范围位居目前所有已知植物病原细菌之首。根据寄主范围,青枯菌可以被划分为5个不同的生理小种。其中,青枯菌2号小种能够引起香蕉细菌性枯萎病。该病于19世纪90年代肇始发生于南美的特立尼达岛,并造成大蕉感病品种"Moko"的毁灭性损失,成为香蕉生产上最具威胁的病害之一。目前,我国尚无该病发生危害的报道。鉴于其对我国香蕉产业构成的潜在威胁,2007年侵染香蕉的青枯菌2号小种被列为《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》的第3 16号检疫对象。为了获得可特异性检测青枯菌2号小种的分子靶标,建立快速、准确、低成本的香蕉细菌性枯萎病PCR检测体系,本研究通过对GenBank中登录的青枯菌1号小种GMI1000、2号小种MOLK2及3号小种IPO1609的全基因序列进行比对,并根据2号小种特异性序列设计检测引物。总共比对了170条序列片段,设计了34对引物。以来自5个不同生理小种、分离寄主涉及15种不同寄主的49株青枯菌菌株,对34对候选引物进行筛选。最终从中筛选获得了1对香蕉细菌性枯萎病菌的特异性检测引物Rs2-F/Rs2-R。该引物可以特异性地从供试的19个香蕉细菌性枯萎病菌株中扩增获得片段大小为481 bp的单一目的条带,而来自其它生理小种的30个供试菌株均无扩增信号产生。并通过调整PCR反应体系的各个变量,最终确定了最佳的反应条件。本检测体系具有特异性强、操作简便快速等优点,可用于香蕉细菌性枯萎病的快速检测。

关键词：青枯菌2号小种香蕉细菌性枯萎病 PCR检测

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家蚕核多角体病毒iap基因的克隆、序列分析及其对哺乳动物细胞核因子-κB的调节作用的研究

家蚕核多角体病毒iap基因的克隆、序列分析及其对哺乳动物细胞核...

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华东六省一市生物化学与分子生物学会2003年学术交流会

作者：吴金美 R.W.Lim 吴祥甫 Grace Sun 吕鸿声江苏科技大学(筹)生物技术学院 University of Missouri-Columbia Columbia65212 USA 中国科学院生物化学与细胞生物学研究所中国农业科学院蚕业研究所

利用PCR法克隆得到家蚕核型多角体病毒-镇江株(BmNPV-ZJ)的两个iap基因,BmNPV-ZJ iapl和Bm-NPV-ZJiap2。序列同源分析表明:BmNPV-ZJ的iapl全长为858个碱基对,与BmNPV-T3株的碱基同源性为96%,且与BmNPV-T3株相比少了一段编码7个氨基酸的...

利用PCR法克隆得到家蚕核型多角体病毒-镇江株(BmNPV-ZJ)的两个iap基因,BmNPV-ZJ iapl和Bm-NPV-ZJiap2。序列同源分析表明:BmNPV-ZJ的iapl全长为858个碱基对,与BmNPV-T3株的碱基同源性为96%,且与BmNPV-T3株相比少了一段编码7个氨基酸的区域,该缺失区域的两侧有着独特的结构:缺失区的5’侧为连续编码7个天冬氨酸的序列,缺失区的3’侧为连续编码3个天冬氨酸的序列。iap2基因的全长为750个碱基对,与BmNPV-T3株的iap2有99%的序列同源性。NCBI的DART(Domain Architecture Re-trieval Tool)功能域搜索表明BmNPV-ZJ的iapl含有2个杆状病毒BIR功能域,但不含RING区域。Iap2则

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鸡let-7b前体区SNP及其与生长肉用性状的关联分析

鸡let-7b前体区SNP及其与生长肉用性状的关联分析

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作者：岳孝亭佛山科学技术学院

学位级别：硕士

Micro RNA是一类约有22个左右核苷酸的内源性非编码功能RNA,通过与靶基因的m RNA 3′非编码区完全互补配对或不完全互补配对而调控基因表达。每个mi RNA都可能有若干个靶基因,而位于mi RNA基因序列上的单核苷酸多态性(Single Nucleotide... 详细信息

Micro RNA是一类约有22个左右核苷酸的内源性非编码功能RNA,通过与靶基因的m RNA 3′非编码区完全互补配对或不完全互补配对而调控基因表达。每个mi RNA都可能有若干个靶基因,而位于mi RNA基因序列上的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)能够改变其加工过程或其对靶基因的选择进而影响该mi RNA功能的发挥,因此鉴定与揭示mi RNA SNP的功能与作用显得尤为重要。本研究的主要目的是探究位于let-7b前体区的单核苷酸多态性与鸡的生长、屠体和肉质等性状的关联分析,揭示let-7b的生物学功能以及SNP对let-7b表达的影响。本研究应用生物信息学方法和测序法筛选出鸡let-7b前体区存在的SNP,以华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室的杏花鸡×隐性白洛克F2代全同胞家系为研究材料,通过直接DNA测序法筛选出位于资源群let-7b前体基因的SNP并进行基因分型,与该资源群的生长、屠体、肉质等经济性状进行关联分析初步揭示SNP的功能;通过构建let-7b不同单倍型的let-7b过表达载体并转染鸡原代成肌细胞,通过荧光定量PCR检测含不同单倍型的let-7b过表达载体对let-7b成熟体表达量的影响。本研究主要得到以下结果:1.获得let-7b前体区序列,通过混池测序结果分析和基因型频率检测,得出4个SNP位点,g.270G>A、g.526G>A、g.678T>C、g.710G>C。2.将SNP位点数据与杏花×隐性白F2代资源群的屠体、生长、体尺及肉质性状数据进行关联分析,g.270G>A与宰前活重、翅重、腿肌粗蛋白含量存在显著关联(PA与腿肌肉重存在显著关联(PC与腿胸比、腿肌PH、56d胫长存在极显著关联(PC与77d胫直径存在极显著关联(P组质粒,转染至鸡原代成肌细胞,测定不同单倍型let-7b成熟体表达量,其中AGCC单倍型转染后let-7b成熟序列相对表达量2.362,AACC单倍型为3.188,GATC单倍型为3.649,GACG单倍型为3.052,GACC单倍型为2.977,pc DNA3.1空载体为1.054。

关键词： miRNA let-7b SNP 表达载体

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香蕉枯萎病菌fgb1基因的克隆及序列分析

香蕉枯萎病菌fgb1基因的克隆及序列分析

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第三届全国生物入侵大会

作者：羊玉花杨腊英杨歆璇李松伟黄俊生中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

为了解fgb1基因在尖镰刀菌古巴专化型侵染香蕉过程中的作用,及其与尖镰刀菌古巴专化型生理小种1号和生理小种4号之间的致病力差异的关系,采用PCR和RT-PCR方法扩增了2个生理小种的fgb1基因,并对扩增产物进行了测序及相似序列搜索和比对,... 详细信息

为了解fgb1基因在尖镰刀菌古巴专化型侵染香蕉过程中的作用,及其与尖镰刀菌古巴专化型生理小种1号和生理小种4号之间的致病力差异的关系,采用PCR和RT-PCR方法扩增了2个生理小种的fgb1基因,并对扩增产物进行了测序及相似序列搜索和比对,还对基因编码的蛋白进行了氨基酸序列比对和功能分析。研究结果表明2个生理小种fgb1基因开放阅读框均为1080bp,编码359个氨基酸,基因序列序列差异小,氨基酸序列相同。推测fgb1基因可能与香蕉枯萎病菌的毒力及菌丝生长相关。从fgb1基因序列及其编码蛋白的氨基酸序列看,2个生理小种致病力的差异与fgb1基因并无明显对应关系,这为进一步研究fga1基因具体功能奠定了基础。

关键词：尖镰刀菌古巴专化型生理小种 fgb1基因致病性 G蛋白α亚基

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拟南芥AtNHX5基因的克隆及其抗盐性功能分析

拟南芥AtNHX5基因的克隆及其抗盐性功能分析

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2005年全国植物逆境生理与分子生物学研讨会

作者：石乐义李洪清李美茹中国科学院华南植物园华南师范大学生命科学院中国科学院华南植物园

＜正＞Na+/H+逆向转运蛋白是在细菌、酵母、藻类、动物和高等植物膜系统上普遍存在的负责Na+、H+交换的一种跨膜运输蛋白,它参与细胞内的pH值,Na+浓度的调节及细胞体积变化等生命活动。存在于液泡膜上的Na+/H+逆向转运蛋白通过将Na+区... 详细信息

＜正＞Na+/H+逆向转运蛋白是在细菌、酵母、藻类、动物和高等植物膜系统上普遍存在的负责Na+、H+交换的一种跨膜运输蛋白,它参与细胞内的pH值,Na+浓度的调节及细胞体积变化等生命活动。存在于液泡膜上的Na+/H+逆向转运蛋白通过将Na+区隔化在液泡中,减少Na+ 在胞质中的累积,保护细胞免受Na+的毒害。我们采用RT-PCR方法从拟南芥品种Landsberg 的实生苗叶片中克隆AtNHX5基因的cDNA,核酸序列表明该基因编码区为1554 bp,编码

关键词： AtNHX5基因蓝猪耳

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