鸡let-7b前体区SNP及其与生长肉用性状的关联分析

作     者：岳孝亭 

作者单位：佛山科学技术学院 

学位级别：硕士

导师姓名：林树茂;张发良

授予年度：2018年

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

主      题：miRNA let-7b SNP 表达载体 

摘      要：Micro RNA是一类约有22个左右核苷酸的内源性非编码功能RNA,通过与靶基因的m RNA 3′非编码区完全互补配对或不完全互补配对而调控基因表达。每个mi RNA都可能有若干个靶基因,而位于mi RNA基因序列上的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)能够改变其加工过程或其对靶基因的选择进而影响该mi RNA功能的发挥,因此鉴定与揭示mi RNA SNP的功能与作用显得尤为重要。本研究的主要目的是探究位于let-7b前体区的单核苷酸多态性与鸡的生长、屠体和肉质等性状的关联分析,揭示let-7b的生物学功能以及SNP对let-7b表达的影响。本研究应用生物信息学方法和测序法筛选出鸡let-7b前体区存在的SNP,以华南农业大学动物科学学院广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室的杏花鸡×隐性白洛克F2代全同胞家系为研究材料,通过直接DNA测序法筛选出位于资源群let-7b前体基因的SNP并进行基因分型,与该资源群的生长、屠体、肉质等经济性状进行关联分析初步揭示SNP的功能;通过构建let-7b不同单倍型的let-7b过表达载体并转染鸡原代成肌细胞,通过荧光定量PCR检测含不同单倍型的let-7b过表达载体对let-7b成熟体表达量的影响。本研究主要得到以下结果:1.获得let-7b前体区序列,通过混池测序结果分析和基因型频率检测,得出4个SNP位点,g.270GA、g.526GA、g.678TC、g.710GC。2.将SNP位点数据与杏花×隐性白F2代资源群的屠体、生长、体尺及肉质性状数据进行关联分析,g.270GA与宰前活重、翅重、腿肌粗蛋白含量存在显著关联(PA与腿肌肉重存在显著关联(PC与腿胸比、腿肌PH、56d胫长存在极显著关联(PC与77d胫直径存在极显著关联(P0.01)。3.通过构建表达载体,获得5个不同单倍型的重组质粒,转染至鸡原代成肌细胞,测定不同单倍型let-7b成熟体表达量,其中AGCC单倍型转染后let-7b成熟序列相对表达量2.362,AACC单倍型为3.188,GATC单倍型为3.649,GACG单倍型为3.052,GACC单倍型为2.977,pc DNA3.1空载体为1.054。