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2013—2022年山西省市售食品中阪崎克罗诺杆菌毒力基因及分子分型研究

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中国食品卫生杂志 2024年第5期36卷 522-527页

作者：刘晔宋晓红赵英芳乔玫山西省疾病预防控制中心山西太原030012

目的了解山西省市售食品中阪崎克罗诺杆菌的污染状况、毒力基因携带状况及脉冲电场凝胶电泳(PFGE)分子分型。方法采用质谱检测系统对菌株进行分型鉴定,通过荧光PCR检测4种毒力基因:ompX、cpa、hly和sip,并对菌株进行PFGE分子分型。结果2... 详细信息

目的了解山西省市售食品中阪崎克罗诺杆菌的污染状况、毒力基因携带状况及脉冲电场凝胶电泳(PFGE)分子分型。方法采用质谱检测系统对菌株进行分型鉴定,通过荧光PCR检测4种毒力基因:ompX、cpa、hly和sip,并对菌株进行PFGE分子分型。结果2013—2022年检测样品1050份,分离阪崎克罗诺杆菌80株,总检出率为7.62%。4种毒力基因的检出率分别为:ompX 86.25%,cpa 85.00%,hly 98.75%,sip 86.25%。PFGE分型分为67种基因图谱,相似度在43.7%~100.0%,菌株间表现出较高的遗传多样性,不同产地、不同厂家间的菌株型别分散,仅少数菌株呈现出遗传相关性。结论该研究结果可对山西省食品中阪崎克罗诺杆菌的风险状况和分型情况提供数据支持,需进一步加强评估和多环节防控。

关键词：阪崎克罗诺杆菌毒力基因分子分型基因图谱食源性致病菌

2021-2022年浙江省绍兴市市售畜禽肉中致泻性大肠埃希菌耐药性与同源性分析

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疾病监测 2024年第09期 1204-1209页

作者：何琴芬蒋卓婧唐诗洁周梁康张琴超绍兴市疾病预防控制中心

目的了解2021—2022年浙江省绍兴市市售畜肉和禽肉中致泻性大肠埃希菌（DEC）的耐药表型和同源性。方法 2021年3月至2022年11月采集绍兴市所辖区内农贸市场、超市和餐饮店畜禽肉420份，对样本中的DEC进行分离鉴定。采用微量肉汤稀释法... 详细信息

目的了解2021—2022年浙江省绍兴市市售畜肉和禽肉中致泻性大肠埃希菌（DEC）的耐药表型和同源性。方法 2021年3月至2022年11月采集绍兴市所辖区内农贸市场、超市和餐饮店畜禽肉420份，对样本中的DEC进行分离鉴定。采用微量肉汤稀释法测定分离株对13种抗生素的耐药性，使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对分离株进行分子分型并采用BioNumerics7.6软件进行聚类分析。结果 420份畜禽肉样本（畜肉112份、禽肉308份）有72份阳性，总检出率为17.14%（72/420），其中畜肉DEC检出率为19.64%（22/112），禽肉DEC检出率为16.23%（50/308）。共分离到77株DEC，其中畜肉源24株，禽肉源53株，77株DEC共分为3种型别，其中肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）占92.21%（71/77），肠致病性大肠埃希菌（EPEC）占5.19%（4/77），产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）占2.60%（2/77）。77株DEC对四环素耐药率最高，为76.62%（59/77），对氨苄西林、氯霉素、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑的耐药率分别为67.53%（52/77）、61.04%（47/77）、57.14%（44/77）。发现1株EAEC对碳青霉烯类药物（亚胺培南）耐药。77株DEC获得46种耐药谱，多重耐药菌株占70.13%（54/77）。禽肉源分离株对头孢唑林（χ2=9.403,P=0.002）、头孢噻肟（χ2=7.721,P=0.005）、庆大霉素（χ2=11.422,P防控耐药菌的传播。

关键词：畜肉禽肉致泻性大肠埃希菌耐药性同源性

一起由Omicron变异株BA.2进化分支引起的本土聚集性疫情流行病学特征分析

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中华预防医学杂志 2024年第1期58卷 65-70页

作者：贺兆锴王哲考庆君程实冯爽赵婷婷陶焱炀于新芬孙昼杭州市疾病预防控制中心传染病防制所杭州310021 杭州市疾病预防控制中心卫生检验中心杭州310021 杭州市疾病预防控制中心健康危害因素监测所杭州310021

应用描述性流行病学方法,对2022年3月杭州市发生在余杭区物流园区的新型冠状病毒感染本土聚集性疫情的流行病学特点进行分析。此次聚集性疫情由1例发热门诊主动就诊的病例发现,疫情历时8 d,共发现病例58例,其中男性40例,女性18例;年龄为... 详细信息

应用描述性流行病学方法,对2022年3月杭州市发生在余杭区物流园区的新型冠状病毒感染本土聚集性疫情的流行病学特点进行分析。此次聚集性疫情由1例发热门诊主动就诊的病例发现,疫情历时8 d,共发现病例58例,其中男性40例,女性18例;年龄为(33.29±12.22)岁;工人53例,学生2例,农民、老师和待业人员各1例;主要分布在杭州市的余杭区(48例,82.77%)和上城区(7例,12.07%)。实时再生数最高是在3月10日为2.31,于3月15日降至0.37。指示病例测序结果与韩国2022年3月4日上传的1条序列100%同源。

关键词：新型冠状病毒聚集性疫情 Omicron变异株流行病学特征

深度测序用于家庭内传播HIV-1耐药及准种特征分析

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中国艾滋病性病 2024年第5期30卷 459-465页

作者：米云婷徐晴晴王爱玲金聪姚均中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心北京102206 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 中国疾病预防控制中心妇幼保健中心北京100013

目的通过深度测序获得家庭内成员HIV-1准种信息,分析相互之间的传播进化关系及耐药情况。方法收集1对阳性夫妻与其阳性新生儿产时、产后48小时、42天及2岁龄时的血液样本,对母亲产时血浆和新生儿产时干血斑样本进行HIV-1病毒载量检测;... 详细信息

目的通过深度测序获得家庭内成员HIV-1准种信息,分析相互之间的传播进化关系及耐药情况。方法收集1对阳性夫妻与其阳性新生儿产时、产后48小时、42天及2岁龄时的血液样本,对母亲产时血浆和新生儿产时干血斑样本进行HIV-1病毒载量检测;提取干血斑中HIV-1 DNA,经巢式PCR扩增HIV-1 gag、pol、env基因区后进行亚型鉴定、耐药分析和Hiseq高通量测序。计算各样本内/样本间基因离散率,选择最大似然法构建准种进化树。结果母婴产时病毒载量分别为5600拷贝/mL和1000拷贝/mL;3人均感染CRF07_BC亚型;新生儿2年后K65R低频耐药株占比较出生时增高;母子间基因离散率低于父子间;pol区进化树显示三者之间为“父-母-子”的传播关系;新生儿4个时期样本内基因离散率在0.47%~0.68%间波动,与基线样本相比基因离散率在0.49%~0.82%间波动;pol、env进化树表明新生儿优势准种是由基线准种进化而来。结论通过深度测序可以明确家庭内成员HIV-1准种传播规律、遗传特征、不同时期的准种动态以及耐药变化,指导后续的cART。

关键词：艾滋病深度测序低频耐药准种

2010—2023年新疆维吾尔自治区阿克苏地区人间布鲁氏菌病流行特征及空间分布分析

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疾病监测 2024年

作者：沈新秀周权李江峰阿克苏地区疾病预防控制中心

目的研究新疆维吾尔自治区阿克苏地区近年来人群布鲁氏菌病(布病)流行特征和时空分布特点，为阿克苏地区制定和调整布病防控措施提供依据。方法应用R4.2.1软件对阿克苏地区2010—2023年人间布病流行特征进行描述性流行病学分析，应用A... 详细信息

目的研究新疆维吾尔自治区阿克苏地区近年来人群布鲁氏菌病(布病)流行特征和时空分布特点，为阿克苏地区制定和调整布病防控措施提供依据。方法应用R4.2.1软件对阿克苏地区2010—2023年人间布病流行特征进行描述性流行病学分析，应用ArcGIS10.7软件和SaTScan10.1.2软件对布病发病率进行空间自相关分析和时空聚集性分析。结果 2010—2023年阿克苏地区报告6830例本地布病病例，年平均发病率为20.90/10万，发病率呈现先上升后下降再上升的趋势，2014年达到发病高峰后逐渐下降，2020—2023年发病呈上升趋势；5—9月为报告病例高峰；男性发病率高于女性(X2=1193.700，P＜0.001)；60～79岁组发病率最高(X2=1887.700，P＜0.001)；职业以农牧民(81.26%)为主；2010—2013年和2021—2022年阿克苏地区布病发病率呈现空间聚类分布(全局 Moran′sI值均＜0，P＜0.05)；局部空间自相关分析结果显示有4个低-低聚集区(温宿县和沙雅县、库车市、新和县)和2个低-高离散区(阿克苏市、乌什县)。时空聚集性分析发现，一级、二级聚集区分布在拜城县和温宿县、乌什县、柯坪县。结论阿克苏地区人间布病病例数及发病率逐年波动增加，布病发病率存在时空聚集性和季节性，应加强畜牧业发达、布病高发地区的畜间和人间布病病例监测，落实综合防控措施，密切关注人间布病流行趋势变化情况。

关键词：布鲁氏菌病流行病学特征时空分布

2016—2023年湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

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疾病监测 2024年

作者：邓先群李冰清李雯严小雪杨芸荆门市疾病预防控制中心

目的了解2016—2023监测年度湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒血凝素(HA)基因特征及抗原漂移情况。方法对2016—2023监测年度湖北省荆门市分离到的60株H3N2流感毒株进行全基因组测序，利用MEGA 11、UCSF Chimera 1.18等软件对HA基因序列... 详细信息

目的了解2016—2023监测年度湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒血凝素(HA)基因特征及抗原漂移情况。方法对2016—2023监测年度湖北省荆门市分离到的60株H3N2流感毒株进行全基因组测序，利用MEGA 11、UCSF Chimera 1.18等软件对HA基因序列进行抗原变异分析和三维建模分析。结果 2016—2023监测年度共计5个监测年度有H3N2亚型流感病毒检出，共有3C.2a1、3C.2a2、3C.2a3、3C.2a1b.1b、3C.2a1b.2a.1a、3C.2a1b.2a.2a.3a.1共计6个进化簇流行，优势毒株从2016年的3C.2a2簇逐步变更为2023年的3C.2a1b.2a.2a.3a.1簇，两者在HA蛋白抗原表位上存在差异的氨基酸突变位点达21个，有I140K等13处氨基酸突变位点在表面模式结构图中差异明显。结论 2016—2023监测年度湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒不断进化，发生了抗原漂移，应持续加强对H3N2亚型流感病毒的分子变异监测。

关键词： H3N2亚型流感病毒血凝素基因抗原漂移

2020年绍兴市145株分离自食源性腹泻患者和生禽肉的沙门菌表型及基因组特征分析

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中国食品卫生杂志 2024年第7期 774-781页

作者：张琴超周梁康陈吉铭唐诗洁何琴芬绍兴市疾病预防控制中心

目的监测绍兴市临床分离株和食品分离株沙门菌的分子分型特征和耐药情况，分析部分临床分离株的基因组特征。方法采用玻片凝集法鉴定血清型别，脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术应用于分子分型，微量肉汤稀释法检测药物耐药性。开展全基因... 详细信息

目的监测绍兴市临床分离株和食品分离株沙门菌的分子分型特征和耐药情况，分析部分临床分离株的基因组特征。方法采用玻片凝集法鉴定血清型别，脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术应用于分子分型，微量肉汤稀释法检测药物耐药性。开展全基因组测序，使用BioNumerics V7.6软件进行全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）分型，采用Pubmlst确定ST型别，使用ResFinder 4.1抗性基因数据库和VFDB毒力基因数据库预测耐药基因和毒力基因。结果 135株临床分离株和10株食品分离株沙门菌共检出24种血清型、109种PFGE指纹图谱、80种耐药表型，其中优势血清为鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、伦敦沙门菌，其中食品分离株以伦敦沙门菌和乙型副伤寒沙门菌为主；主要耐氨苄西林、四环素、链霉素，且多重耐药率达73.79%(107/145)，其中食品分离株以耐氨苄西林、头孢唑啉、四环素和萘啶酸抗生素为主。30株临床分离株沙门菌有11个ST型别，ST11型的4株肠炎沙门菌属于同一进化枝，具有较近的遗传进化关系。共预测31种耐药基因，其中氨基糖苷类耐药基因aac(6')-Iaa携带率达100%(30/30)，其次为β-内酰胺类耐药基因blaTEM-1B(70%,21/30)；预测出224种毒力基因，其中107种携带率达100%(30/30)。结论绍兴市沙门菌血清型、PFGE图谱、耐药表型种类多样，多重耐药率较高，且选取的生禽肉不是导致绍兴市沙门菌感染的直接来源；部分临床分离株的耐药基因和毒力基因携带率较高。

关键词：沙门菌血清型别全基因组测序耐药基因毒力基因食源性疾病患者

2021—2022年湖州市监测哨点医院感染性腹泻病例沙门菌病原学特征分析

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中国食品卫生杂志 2024年第7期 797-804页

作者：沈月华纪蕾徐德顺吴晓芳严伟湖州市疾病预防控制中心

目的分析湖州市感染性腹泻患者分离沙门菌的血清型分布、耐药情况及分子分型特征，为沙门菌引起腹泻性疾病的防控、预警、溯源及临床治疗提供科学依据。方法湖州市2021—2022年6家监测哨点医院分离出126株沙门菌，采用玻片凝集法、微... 详细信息

目的分析湖州市感染性腹泻患者分离沙门菌的血清型分布、耐药情况及分子分型特征，为沙门菌引起腹泻性疾病的防控、预警、溯源及临床治疗提供科学依据。方法湖州市2021—2022年6家监测哨点医院分离出126株沙门菌，采用玻片凝集法、微量肉汤稀释法和脉冲场凝胶电泳（PFGE）法，分别进行血清学分型、抗生素最小抑菌浓度测定和分子分型。结果 126株沙门菌可分为28种血清型，优势血清型为鼠伤寒沙门菌单相变种（32.5%,41/126），肠炎沙门菌（24.6%,31/126）及鼠伤寒沙门菌（15.1%,19/126）。不同血清型沙门菌对15种抗生素存在不同程度的耐药性，鼠伤寒沙门菌单相变种对四环素耐药率较高，分别为73.3%(44/60)其次氨芐西林和磺胺甲噁唑的耐药率为56.7%(34/60)，鼠伤寒沙门菌对四环素和磺胺甲噁唑的耐药率较高，分别为68.4%(13/19)、52.6%(10/19)，肠炎沙门菌对氨苄西林/舒巴坦的耐药率最高为54.8%(17/31)，其他沙门菌对四环素的耐药率最高为51.4%(18/35)，总体多重耐药率达62.7%(79/126)，呈现出20种多重耐药谱。鼠伤寒沙门菌单相及鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切后分别获得46种和15种不同PFGE指纹图谱。结论湖州市沙门菌感染优势血清型以鼠伤寒沙门菌单相变种和肠炎沙门菌为主，沙门菌多重耐药现象严重，PFGE带型既有多样性又具有优势带型。

关键词：沙门菌血清分型耐药性分子分型感染性腹泻监测哨点医院

2023年杭州市某区地表水和城市管网水中抗生素分布特征及风险评估

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中国公共卫生 2024年第1期40卷 75-81页

作者：洪宇伟李江波姜丽丹刘丹丹王军淋富阳区疾病预防控制中心检验科杭州311400 杭州医学院杭州310053 浙江省疾病预防控制中心杭州310051

目的了解浙江省杭州市某区地表水和城市管网水中抗生素的分布特征,评估抗生素对生态和人体的健康风险。方法2023年2—3月,在富春江流域19个采样点,采集水样,平行采样各2份,共38份。在某区29个采样点,采集相应的市政自来水厂的出厂水和... 详细信息

目的了解浙江省杭州市某区地表水和城市管网水中抗生素的分布特征,评估抗生素对生态和人体的健康风险。方法2023年2—3月,在富春江流域19个采样点,采集水样,平行采样各2份,共38份。在某区29个采样点,采集相应的市政自来水厂的出厂水和管网末梢水,平行采样各2份,共58份。利用固相萃取-超高效液相色谱串联质谱法(SPE-UPLC-MS/MS)分析杭州某区地表水和城市管网水中6类52种抗生素的浓度水平和分布特征,并采用风险熵值法评估水体中抗生素对生态环境和人体健康的潜在风险。结果在杭州某区地表水中检出25种抗生素,总抗生素浓度水平为ND~463.66 ng/L。在城市管网水中检出6种抗生素分别为磺胺吡啶(检出浓度ND~0.72 ng/L,检出率93.10%)、磺胺氯哒嗪(检出浓度ND~1.16 ng/L,检出率86.21%)、红霉素(检出浓度ND~0.60 ng/L,检出率6.90%)、克拉霉素(检出浓度ND~0.75 ng/L,检出率27.59%)、罗红霉素(检出浓度ND~0.68 ng/L,检出率34.48%)、脱水红霉素(检出浓度ND~0.96 ng/L,检出率86.21%)。生态风险评估表明,杭州市某区地表水中抗生素的生态风险熵值范围为0~10.56。其中磺胺嘧啶、氧氟沙星、红霉素、克拉霉素和脱水红霉素对该流域生态系统具有较高风险,其余抗生素则处于低风险或无风险暴露状态。人体健康风险评估表明,城市管网末梢水中6种抗生素的人体健康风险熵值为4.45×10^(-7)~1.68×10^(-4),均<0.01,无潜在健康风险。结论磺胺嘧啶、氧氟沙星、红霉素、克拉红霉素和脱水红霉素在杭州市某区地表水中具有较高风险,对生活在该水域的敏感水生生物存在潜在的生态风险,应予以关注。城市管网末梢水中仅检出痕量抗生素,不会对人体产生健康风险。

关键词：抗生素地表水管网水风险评估杭州市