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高通量测序文库质量控制技术研究进展

遗传 2024年第2期46卷 140-148页

作者：崔梦楠郭彦武雅蓉裴广倩崔玉军军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所北京100071

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序... 详细信息

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序数据产出后的数据分析造成影响。对文库构建质量控制技术的选择和实施是提高结果可靠性、降低测序数据误差的重要保证。本文对文库构建质量控制技术进行深入综述,总结评价其原理、优缺点、适用范围,并对实际应用场景中相关技术的选择进行了论述,以期为科研人员、疾病预防控制人员等在选择文库质量控制技术时提供理论依据与参考,从而促进高通量测序工作的质量和效率。

关键词：高通量测序文库文库浓度文库大小分布质量控制技术评价

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HIV耐药毒株传播的监测

中国热带医学 2024年第1期24卷 6-11页

作者：李韩平李林李敬云军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)指HIV耐药毒株的感染,在没有抗逆转录病毒(antiretroviral,ARV)药物暴露史的患者中检出耐药,将影响一线抗病毒治疗及暴露前后预防的效果,是实现艾滋病防治目标的重大现实威胁。耐药毒株适... 详细信息

传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)指HIV耐药毒株的感染,在没有抗逆转录病毒(antiretroviral,ARV)药物暴露史的患者中检出耐药,将影响一线抗病毒治疗及暴露前后预防的效果,是实现艾滋病防治目标的重大现实威胁。耐药毒株适应性的改变是决定其传播风险的根本性生物学因素,影响监测人群选择、从感染到耐药检测时间的确定及检测方法的应用;传播性耐药突变的定义和分类是获得准确监测结果的关键。本文介绍了近年来耐药毒株的适应性、监测的耐药突变、监测人群选择等方面的研究进展,提出了我国TDR监测应重点开展的工作,包括建立适合我国毒株特点的监测耐药突变、建立和使用高分辨测序方法准确鉴定混合碱基、实现TDR监测的规范化等,从而为准确获得TDR监测结果,有效遏制耐药毒株的传播提供科技支撑。

关键词：传播性耐药监测耐药突变适应性

基于最小二乘回归的定量指标一致性评价的样本量公式研制

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中国医学科学院学报 2024年第2期46卷 225-231页

作者：陈飞龙于淼徐涛中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性... 详细信息

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性,并与Bland-Altman(BA)法样本量计算公式结果进行对比。结果通过公式推导得到回归法定量一致性评价的样本量计算公式,并用实例验证了本公式的准确性。此外,本公式与BA法样本量公式所得结果具有一定差异,在回归法样本量公式计算结果下,回归分析与BA法分析均能得到一致性结论;而在BA法公式结果下,回归分析与BA法分析一致性结论有时不成立。结论本研究首次提出用于回归法定量一致性评价的样本量公式,为该领域研究提供了方法学支持。

关键词：最小二乘回归一致性评价样本量公式定量指标

中国成人急性淋巴细胞白血病诊断与治疗指南(2024年版)

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中华血液学杂志 2024年第5期45卷 417-429页

作者：中国抗癌协会血液肿瘤专业委员会中华医学会血液学分会白血病淋巴瘤学组王建祥秘营昌王迎不详中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) 天津300020 中国医学科学院血液病医院

成人急性淋巴细胞白血病(ALL)是成人最常见的急性白血病之一, 目前国际上有比较统一的诊断标准和不同研究组报道的系统治疗方案。我国自2013年至今发表了三版中国成人ALL诊断与治疗的专家共识/指南, 对该病种诊断治疗水平提升有重要意义... 详细信息

成人急性淋巴细胞白血病(ALL)是成人最常见的急性白血病之一, 目前国际上有比较统一的诊断标准和不同研究组报道的系统治疗方案。我国自2013年至今发表了三版中国成人ALL诊断与治疗的专家共识/指南, 对该病种诊断治疗水平提升有重要意义。2022年WHO造血与淋巴组织肿瘤分类对ALL(前体淋巴细胞肿瘤——淋巴母细胞白血病/淋巴瘤)的分类进行了更新, 提出了一些新概念;近年来免疫治疗快速发展, 在一定程度上提高了成人ALL的疗效, 且抗体、嵌合抗原受体T细胞(CAR-T细胞)产品陆续在国内上市, 临床实践日益丰富。为促进成人ALL临床诊疗的规范, 本指南参考国内外最新指南和文献, 荟萃国内外最新研究成果, 为成人ALL的诊断、治疗、疗效监测提供参考意见。

关键词：白血病,淋巴细胞,急性成人诊断治疗疗效监测

中国嗜酸性粒细胞增多症诊断和治疗指南(2024版)

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中华血液学杂志 2024年第1期45卷 1-7页

作者：中华医学会血液学分会白血病淋巴瘤学组肖志坚不详中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

嗜酸性粒细胞增多症包括一组非血液系统(继发或反应性)和血液系统(原发或克隆性)疾病,该组疾病可能伴有器官受损。基于新的临床研究数据和对疾病分子遗传学解析结果,2022年世界卫生组织(WHO)和国际共识分型(ICC)对嗜酸性粒细胞增多性疾... 详细信息

嗜酸性粒细胞增多症包括一组非血液系统(继发或反应性)和血液系统(原发或克隆性)疾病,该组疾病可能伴有器官受损。基于新的临床研究数据和对疾病分子遗传学解析结果,2022年世界卫生组织(WHO)和国际共识分型(ICC)对嗜酸性粒细胞增多性疾病的诊断和分型标准进行了更新。本指南是在《嗜酸性粒细胞增多症诊断和治疗中国专家共识(2017年版)》基础上的更新,旨在为我国血液学工作者提供一个规范的嗜酸性粒细胞增多症的诊断程序、实验室检查、诊断标准和治疗原则。

关键词：嗜酸性粒细胞增多症诊断治疗指南

“国际公共卫生紧急事件”下的mRNA疫苗研发

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合成生物学 2024年第2期5卷 310-320页

作者：叶青秦成峰军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

“国际公共卫生紧急事件”(简称PHEIC)是指疾病的国际传播对其他国家构成公共卫生风险,需要采取协调一致的国际应对措施的不同寻常事件。迄今为止,世界卫生组织(WHO)一共宣布了7次PHEIC,包括甲型H1N1流感、埃博拉、脊髓灰质炎、寨卡、... 详细信息

“国际公共卫生紧急事件”(简称PHEIC)是指疾病的国际传播对其他国家构成公共卫生风险,需要采取协调一致的国际应对措施的不同寻常事件。迄今为止,世界卫生组织(WHO)一共宣布了7次PHEIC,包括甲型H1N1流感、埃博拉、脊髓灰质炎、寨卡、新型冠状病毒感染和猴痘疫情。疫苗是应对传染病疫情的有力武器,合成生物学的发展突破了传统疫苗存在的难点问题和技术瓶颈,为病毒性传染病防控提供了全新的思路,尤其是mRNA疫苗作为下一代疫苗研发的平台技术,具有安全性强、有效性良好、研发周期短、易规模化生产、易扩大产能等特点,在应对新突发传染病疫情方面具有明显的优势。目前,新冠mRNA疫苗已正式获批上市,针对流感、寨卡和猴痘病毒的多款mRNA疫苗已进入临床研究阶段,埃博拉mRNA疫苗处于临床前研究阶段,而针对脊髓灰质炎病毒尚无mRNA疫苗研究的报道。本文就历次PHEIC应对中mRNA疫苗的研发进展进行了详细梳理和评述,同时对mRNA疫苗应对PHEIC的未来发展趋势和挑战进行了展望和讨论。结合合成生物学、生物化学和人工智能等多学科技术对mRNA分子设计、高效递送以及疫苗生产和储存运输等进行优化,有望进一步提高mRNA疫苗的有效性和可及性。综上,尽管尚无法预知下一次PHEIC何时会出现,但当下一次PHEIC出现时,mRNA疫苗技术一定会成为人类防范PHEIC的有力武器。

关键词：国际公共卫生紧急事件 mRNA疫苗病毒性传染病流感病毒埃博拉病毒脊髓灰质炎病毒寨卡病毒新冠病毒猴痘病毒

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产气荚膜梭菌ε毒素的研究进展

微生物学通报 2024年第7期51卷 2289-2300页

作者：岳楠康琳李佳欣王菁高姗辛文文王景林军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)ε毒素(epsilon toxin,ETX)可导致牛羊等宿主动物的坏死性肠炎,以及肺脏、肾脏和脑部等多器官的损伤,导致感染动物的生产效能下降,还因为毒性较强被列入生物战剂和生物恐怖剂清单。ETX通过在靶细... 详细信息

产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)ε毒素(epsilon toxin,ETX)可导致牛羊等宿主动物的坏死性肠炎,以及肺脏、肾脏和脑部等多器官的损伤,导致感染动物的生产效能下降,还因为毒性较强被列入生物战剂和生物恐怖剂清单。ETX通过在靶细胞膜上形成孔道,导致内容物的异常释放,从而损伤细胞,其中髓鞘和淋巴细胞蛋白(myelin and lymphocyte,MAL)是ETX发挥毒性效应的特异性受体。目前ETX的防治手段有限,仅适用于动物的粗制疫苗,适用于人类的疫苗仍在研发之中,并且潜在治疗药物在探索中。近年来,研究者在ETX的成孔机制、特异性受体、疫苗和治疗药物的研究方面取得了较多的进展。本文对上述几个方面进行综述,旨在为ETX的进一步研究提供有价值的参考。

关键词：产气荚膜梭菌ε毒素成孔毒素髓鞘和淋巴细胞蛋白疫苗

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基于再生数的上海市奥密克戎流行趋势研究

中华疾病控制杂志 2024年第3期28卷 329-334页

作者：王子涵徐梦霞方立群张勇北京师范大学数学科学学院北京100875 军事医学研究院微生物流行病研究所北京100071

目的基于截至2022年5月9日上海市奥密克戎(Omicron)的流行趋势,估计封控管理之前的早期再生数(R)以及后续的有效再生数(Rt)变化情况。方法利用指数增长法、最大似然法和下一代矩阵法估计R,利用贝叶斯方法、时依法和新时变法估计Rt。结... 详细信息

目的基于截至2022年5月9日上海市奥密克戎(Omicron)的流行趋势,估计封控管理之前的早期再生数(R)以及后续的有效再生数(Rt)变化情况。方法利用指数增长法、最大似然法和下一代矩阵法估计R,利用贝叶斯方法、时依法和新时变法估计Rt。结果截至2022年3月29日上海市奥密克戎疫情呈指数增长模式。3种方法估计的R值分别为2.36(95%CI:2.33~2.38),2.14(95%CI:2.11~2.18)和2.29(95%CI:2.22~2.38)。结论 R值较大,上海市早期疫情形势较为严峻。自4月7日起,Rt呈下降趋势,表明封控管理措施有效地减缓了疫情增长。Rt的计算方法中,时依法和新时变法可以较快地响应疫情的动态变化趋势;而贝叶斯法反应较为迟缓,且当报告数据波动较大时,会出现分母为0导致无法计算的情况。

关键词： COVID-19 奥密克戎再生数

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干细胞移植患者白消安暴露量的估算模型研究

中国药理学通报 2024年第6期40卷 1193-1198页

作者：李晋文徐燕王晓丹廖应熙何帅徐姗章萍苗文娟中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) 天津300020

目的采用有限采样法建立接受自体造血干细胞移植(autologous stem cell transplantation,ASCT)的淋巴瘤患者体内白消安暴露量-药时曲线下面积(area under the concentration-time curve,AUC)的估算模型。方法选取12名适合接受ASCT的淋... 详细信息

目的采用有限采样法建立接受自体造血干细胞移植(autologous stem cell transplantation,ASCT)的淋巴瘤患者体内白消安暴露量-药时曲线下面积(area under the concentration-time curve,AUC)的估算模型。方法选取12名适合接受ASCT的淋巴瘤患者,采用含白消安105 mg·m^(-2),静脉滴注3 h的预处理方案,分别于白消安第1剂输注开始后1 h,输注结束后5 min,1、2、4、6、18 h采集血样,采用液质联用法进行白消安血药浓度测定。采用传统药动学方法计算白消安的临床药动学参数后,采用多元线性逐步回归分析法,建立有限采样法的白消安的AUC 0-t估算模型。以Jackknife法和Bootstrap法进行模型内部验证,采用Bland-Altman图评价经典药动学方法与有限采样法的一致性。结果采取有限采样法得出以AUC对C 60min、C 180min、C 300min进行多元线性回归的方程分析,方程的线性关系和预测效果最好,为AUC 0-t=295.003C 60min+233.050C 180min+273.163C 300min-1202.713,其中r 2为0.995,平均预测误差为-0.87%,均方根误差为2.40%。结论采用三点法估算的有限采样法模型,可以用于接受ASCT的淋巴瘤患者体内白消安AUC 0-t的估算,为临床合理应用白消安提供参考。

关键词：白消安有限采样法 Jackknife法 Bootstrap法自体造血干细胞移植药时曲线下面积治疗药物监测

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