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慈菇蛋白酶抑制剂A和B的活性中心探讨(英文)

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生物化学与生物物理学报 2002年第5期34卷 662-666页

作者：李炯阮康成戚正武中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组学实验室中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组学实验室上海200031

慈菇蛋白酶抑制剂A和B(APIA和APIB)是一种双头多功能抑制剂 ,它们的一级结构和cDNA序列已经被阐明。为了找到它们的活性中心 ,利用定点诱变的方法将APIB中根据与其他抑制剂家族的序列比较所推断的可能的活性中心残基 :Lys44、Arg76和Ar... 详细信息

慈菇蛋白酶抑制剂A和B(APIA和APIB)是一种双头多功能抑制剂 ,它们的一级结构和cDNA序列已经被阐明。为了找到它们的活性中心 ,利用定点诱变的方法将APIB中根据与其他抑制剂家族的序列比较所推断的可能的活性中心残基 :Lys44、Arg76和Arg87分别用Pro替代 ,所得到的突变基因分别在酵母分泌体系中得到了表达。与天然的APIB相比 ,K44P APIB对胰蛋白酶的抑制活力没有改变 ;而R76P APIB和R87P APIB对胰蛋白酶的抑制活力都分别下降了一半 ,由原来的抑制两分子变成了一分子。表明Arg76和Arg87分别是APIB的两个活性中心残基 ,而Lys44则不是。为了证实以上结论 ,进一步制备了另外 3种突变体 (K44P R76P APIB、K44P R87P APIB、R76P R87P APIB) ,在每个突变体中 ,3个可能的活性位点中只保留 1个。有关的抑制活力测定表明 ,K44P R76P APIB(只保留Arg87)和K44P R87P APIB(只保留Arg76)分别只抑制一分子胰蛋白酶 ,而R76P R87P APIB(只保留Lys44)对胰蛋白酶基本不抑制 ,从而肯定了以上结论。经过测定 ,两个突变体K44P R87P APIB和K44P R76P APIB对胰蛋白酶的抑制常数Ki 分别是 0 .39nmol/L和 0 .4 7nmol/L。突变体R87L APIB(APIA中 87位是Leu)丧失了接近一半的胰蛋白酶抑制活力 ,但同时对胰凝乳蛋白酶的抑制活性由原来?

关键词：慈菇蛋白酶抑制剂定点诱变抑制活性活性中心

超高分辨率毛细管等电聚焦- 电喷雾质谱联用方法观察蛋白质亚型(英文)

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生物化学与生物物理学报 2002年第4期34卷 423-432页

作者：刘韬邵晓霞曾嵘夏其昌中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组研究分析中心、蛋白质组重点实验室中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组研?

在线的毛细管等电聚焦电喷雾质谱联用 ,作为一种二维的分离系统 ,对毛细管等电聚焦过程中形成的蛋白质亚型进行了分析。这种分析系统通过使用中性的涂层毛细管 (80cm长 )、动态的毛细管位置调整方法和鞘流液接口得以建立。蛋白质首先... 详细信息

在线的毛细管等电聚焦电喷雾质谱联用 ,作为一种二维的分离系统 ,对毛细管等电聚焦过程中形成的蛋白质亚型进行了分析。这种分析系统通过使用中性的涂层毛细管 (80cm长 )、动态的毛细管位置调整方法和鞘流液接口得以建立。蛋白质首先在毛细管等电聚焦过程中根据它们等电点的差异得到分离 ,然后被电喷雾质谱鉴定。已聚焦好的蛋白质区带通过结合阴极移动和重力移动的方法从毛细管中流出而进入质谱仪。由于在此特定情况下这种方法具有极高的分辨率 ,有三种血红蛋白A和镰刀型血红蛋白的亚型 (具有几乎相同的电荷分布和分子质量 ,但它们的等电点差异在 0 .0 4到 0 .0 8之间 )和两种乳球蛋白A的亚型 (等电点差异为 0 .6 )被检测到。这些蛋白质亚型的等电点、相对含量和分子质量都通过毛细管等电聚焦电喷雾质谱联用方法同时得到了确定。

关键词：毛细管等电聚焦电喷雾质谱蛋白质亚型血红蛋白变种

从GDNF家族及其受体GFRα家族的进化分析中解析相互作用的功能决定位点

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生物化学与生物物理学报 2003年第4期35卷 331-337页

作者：张磬王丽梅陈哲宇丁达夫中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组学重点实验室第二军医大学神经生物学教研室中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所蛋白质组学重点实验室上海200031 上海200433

胶质细胞源神经营养因子 (glialcellline derivedneurotrophicfactor,GDNF)对神经退行性疾病具有潜在的治疗作用 ,因此解析GDNF及其糖基磷脂酰肌醇锚联受体GFRα的相互作用机制具有重要意义。根据蛋白质残基的功能重要性与自然选择压力... 详细信息

胶质细胞源神经营养因子 (glialcellline derivedneurotrophicfactor,GDNF)对神经退行性疾病具有潜在的治疗作用 ,因此解析GDNF及其糖基磷脂酰肌醇锚联受体GFRα的相互作用机制具有重要意义。根据蛋白质残基的功能重要性与自然选择压力相互关联的分子进化原理 ,对GDNF家族及其受体GFRα家族进行了进化踪迹分析 ,搜索到相互作用的功能决定位点。其中一些位点已被突变实验所证实 ,尤其大鼠GFRα1的功能位点N152 N153 ,R2 59、S3 16N3 17S3 18和Q2 47D2 48S2 49经丙氨酸替换突变实验确认是GFRα1同GDNF或跨膜受体酪氨酸蛋白激酶Ret相结合的关键位点 ,在GDNF GFRα1 Ret复合体的形成中起到重要作用。

关键词：胶质细胞源神经营养因子家族(GDNF家族) GFRα家族 TGF-β超家族功能决定位点进化踪迹分析

过量表达Stat3诱导COS7细胞显著的形态变化

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Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2003年第8期35卷 717-722页

作者：颜晔夏彩虹曹新民景乃禾中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所分子细胞生物学重点实验室、干细胞生物学重点实验室上海200031 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所分子细胞生物学重点实验室、干细胞生物学重点实验室中国科学院上海生命科学研究院分子细胞生物学研究所新加坡117609

信号转导和转录激活蛋白Stat3在细胞的生长、分化、存活和运动过程中扮演重要角色。通过免疫细胞化学染色 ,免疫沉淀结合免疫蛋白质印迹法 ,以及瞬时转染由Stat3特异识别DNA元件所指导的报道基因等技术 ,证明COS7细胞中存在活性Stat3蛋... 详细信息

信号转导和转录激活蛋白Stat3在细胞的生长、分化、存活和运动过程中扮演重要角色。通过免疫细胞化学染色 ,免疫沉淀结合免疫蛋白质印迹法 ,以及瞬时转染由Stat3特异识别DNA元件所指导的报道基因等技术 ,证明COS7细胞中存在活性Stat3蛋白的表达。Stat3cDNA和报道基因在COS7细胞中的共转染实验表明 ,外源的Stat3蛋白具有DNA结合活性 ,并可增强报道基因的表达。同时 ,过量表达Stat3的COS7细胞呈现显著的细胞形态变化 ,如细胞体积增大、胞体伸出突起 ,有些突起有分枝和伪足。这些结果提示 ,Stat3蛋白在细胞的粘附和迁移 ,以及细胞骨架的重建过程中可能具有重要功能。

关键词： COS7细胞 Stat3 过量表达细胞形态报道基因

脂立方相技术体系在膜蛋白结构与功能研究中的应用进展

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中国细胞生物学学报 2015年第7期37卷 925-935页

作者：姚贺帮蔡洪敏李典范中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心分子生物学国家重点实验室上海201210

脂立方相是包含连续脂双层和水通道的材料。其作为跨膜蛋白质结晶的有效介质,是一些重要和高难度膜蛋白结构解析的关键。因此,脂立方相技术体系越来越受到结构生物学家的重视。该文就脂立方相的特性及其结晶相关技术的最新进展作一简要... 详细信息

脂立方相是包含连续脂双层和水通道的材料。其作为跨膜蛋白质结晶的有效介质,是一些重要和高难度膜蛋白结构解析的关键。因此,脂立方相技术体系越来越受到结构生物学家的重视。该文就脂立方相的特性及其结晶相关技术的最新进展作一简要阐述,并介绍该技术体系在膜蛋白生化分析与体外复性研究中的应用现状。

关键词：膜蛋白脂立方相结晶酶学分析体外复性

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胞外基质的结构与功能

中国细胞生物学学报 2019年第3期41卷 415-422页

作者：武越歆葛高翔中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室上海200031 中国科学院大学北京100049

胞外基质是由细胞合成和分泌的胶原蛋白、非胶原糖蛋白、蛋白聚糖等生物大分子在细胞表面或细胞之间构成的复杂网络结构。胞外基质蛋白的结构与功能受到糖基化、共价交联等翻译后修饰的调控。胞外基质不仅起到结构支撑的作用,而且可作... 详细信息

胞外基质是由细胞合成和分泌的胶原蛋白、非胶原糖蛋白、蛋白聚糖等生物大分子在细胞表面或细胞之间构成的复杂网络结构。胞外基质蛋白的结构与功能受到糖基化、共价交联等翻译后修饰的调控。胞外基质不仅起到结构支撑的作用,而且可作为信号分子结合整合素等细胞表面受体传递信号。胞外基质网络同时结合并调控细胞因子与生长因子信号。胞外基质网络在细胞黏附、细胞迁移、细胞周期、细胞命运决定过程起到重要调控作用,进而调控组织发育与机体稳态的建立与维持。胞外基质网络结构与功能的紊乱将导致癌症、组织纤维化、结缔组织异常等多种疾病的发生。该文将简要介绍胞外基质的基本结构和功能、胞外基质与细胞骨架的交互调控机制及其生理与病理功能。

关键词：基质组胞外基质信号通路细胞黏附与迁移细胞骨架疾病

人群变异的分子基础:从单核苷酸多态性到单氨基酸多态性

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中国科学:生命科学 2013年第1期43卷 16-22页

作者：苏智端林旭曾嵘吴家睿中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室中国科学院上海生命科学研究院营养科学研究所营养与代谢重点实验室

单核苷酸多态性可以划分为位于基因编码区的SNP和非编码区的SNP两大种类;而在基因编码区的SNP还可以进一步划分为两个亚类:不改变氨基酸序列的同义SNP和改变氨基酸序列的非同义SNP.显然,非同义SNP将导致氨基酸序列的改变,即形成单氨基... 详细信息

单核苷酸多态性可以划分为位于基因编码区的SNP和非编码区的SNP两大种类;而在基因编码区的SNP还可以进一步划分为两个亚类:不改变氨基酸序列的同义SNP和改变氨基酸序列的非同义SNP.显然,非同义SNP将导致氨基酸序列的改变,即形成单氨基酸多态性.基于蛋白质组学方法,对亚洲人群血浆样本中的SAP进行了系统研究,发现某一特定SAP在纯合人群和杂合人群中可能与生理或病理性状有着不同的关联.更为重要的是,近期有研究发现,在生物体中广泛存在着RNA序列与DNA序列不一致的现象.导致这种差异的主要原因是在转录水平上存在着规模化的RNA编辑(被称为RNA编辑组,RNA editome).该发现表明,个体拥有的SAP中可能有一部分与基因组SNP无关,而是源于RNA编辑组.进一步推论,可能在翻译水平上存在着不依赖DNA和RNA序列的全新的SAP.

关键词：单核苷酸多态性(SNPs) 单氨基酸多态性(SAPs) RNA编辑组蛋白质编辑中心法则

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单分子光镊技术在生命科学中的应用

中国细胞生物学学报 2015年第10期37卷 1345-1352页

作者：冯楠高影上海国家蛋白质科学中心分子生物学国家重点实验室中国科学院上海生命科学研究院上海生物化学与细胞生物学研究所上海200031

单分子光镊技术是近年来发展起来的一种新型的高分辨率光学技术,可以在单分子水平上实时观测并研究生物大分子或复合物相互作用的动态行为。光镊次毫秒级的时间分辨率和皮牛顿的力分辨率可使我们精确获得中间态、折叠速率(两态迁移速率... 详细信息

单分子光镊技术是近年来发展起来的一种新型的高分辨率光学技术,可以在单分子水平上实时观测并研究生物大分子或复合物相互作用的动态行为。光镊次毫秒级的时间分辨率和皮牛顿的力分辨率可使我们精确获得中间态、折叠速率(两态迁移速率)、作用力、能量、距离等重要的动力学信息;不同于传统的结构生物学方法,光镊实验是在生理条件下进行的,这些优势都使得光镊技术成为生物物理学领域一项不可或缺的技术手段。该文将主要针对这项单分子光学技术的原理及其在生物动力学上的应用和发展前景作简要介绍。

关键词：单分子光镊技术光学蛋白质折叠

C／EBPβ mRNA3′非翻译区肿瘤抑制功能的分子机制--同时缺失3段短序列降低其肿瘤抑制活性

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生物化学与生物物理进展 2009年第9期36卷 1134-1140页

作者：王海震王莹孙达权刘定干中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所分子生物学国家重点实验室上海200031

CCAAT/增强子结合蛋白β(C/EBPβ)mRNA的3′非翻译区(3′UTR),是先前工作发现的一个具有肿瘤抑制功能的RNA调控元件.应用基因定点突变技术将该3′UTRcDNA上的三段核苷酸同时缺失掉,将缺失突变体稳定转染人肝癌细胞系SMMC-7721,并检测了... 详细信息

CCAAT/增强子结合蛋白β(C/EBPβ)mRNA的3′非翻译区(3′UTR),是先前工作发现的一个具有肿瘤抑制功能的RNA调控元件.应用基因定点突变技术将该3′UTRcDNA上的三段核苷酸同时缺失掉,将缺失突变体稳定转染人肝癌细胞系SMMC-7721,并检测了该缺失突变体对SMMC-7721细胞系表型的影响,包括测定稳转细胞系的生长曲线、软琼脂集落形成能力、细胞集落形成能力及裸小鼠成瘤性.研究发现,C/EBPβ3′UTR中这三段短序列的同时缺失明显降低了3′UTR的肿瘤抑制活性,使受其稳定转染的细胞系恶性显著增强.人全基因组基因芯片分析和实时荧光RT-PCR分析结果表明,与回复对照细胞相比,缺失突变3′UTR稳定转染细胞中,一些癌基因的表达量有所增加,而一些抑癌基因的表达量有所下降,这提示上述三段短序列是C/EBPβ3′UTR的肿瘤抑制功能所同时需要的.

关键词： C/EBPβ 3′非翻译区抑癌作用分子机制