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基于55K液相芯片的凡纳对虾生长和抗WSSV性状遗传参数估计

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渔业科学进展 2024年

作者：和怡婧刘绵宇栾生孔杰李旭鹏曹宝祥罗坤谭建曹家旺代平强光峰王照欣隋娟孟宪红海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室邦普种业科技有限公司

本研究基于55K SNP液相芯片“黄海芯1号”分型信息估计了凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和白斑综合征病毒(WSSV)抗性的遗传参数，以期为育种芯片在凡纳对虾多性状复合新品种选育中的应用提供数据。对凡纳对虾59个家系，共计1 770尾个... 详细信息

本研究基于55K SNP液相芯片“黄海芯1号”分型信息估计了凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和白斑综合征病毒(WSSV)抗性的遗传参数，以期为育种芯片在凡纳对虾多性状复合新品种选育中的应用提供数据。对凡纳对虾59个家系，共计1 770尾个体进行WSSV感染测试；根据家系内个体抗WSSV存活时间均匀选取590尾个体，利用55K SNP液相芯片进行分型，复合系谱和基因型信息构建H矩阵及个体动物模型和父母本模型，基于H矩阵估计凡纳对虾感染WSSV后体长、个体抗WSSV存活时间和家系WSSV半致死存活率的遗传力和遗传相关。结果显示，凡纳对虾体长、个体抗WSSV存活时间遗传力分别为0.21±0.06、0.22±0.16，为中等遗传力水平，家系WSSV半致死存活率和0.16±0.06，为低等遗传力水平；经五折交叉验证，基于H矩阵的体长遗传力预测准确性较A矩阵提高18.12%，预测偏差无明显差别；抗WSSV存活时间遗传力预测准确性较A矩阵无明显差别，预测偏差较大；家系半致死存活率遗传力预测准确性较A矩阵降低29.07%，预测偏差较大。基于两性状动物模型，估计凡纳对虾体长与个体抗WSSV存活时间、家系WSSV半致死存活率遗传相关分别为0.13±0.20和0.30±0.22，与0无显著差异(P>0.05)；个体抗WSSV存活时间与家系WSSV半致死存活率的遗传相关为0.95±0.03，与1无显著差异(P>0.05)。研究显示，利用芯片开展凡纳对虾生长的遗传评估可有效提高评估的准确性；WSSV抗性性状的评估可能受分型个体选择等因素影响，预测准确性无明显提升；个体抗WSSV存活时间在准确性和预测偏差等方面均优于家系抗WSSV半致死存活率的评估结果。在抗WSSV存活时间和家系半致死存活率高度相关的情况下，可考虑将抗WSSV存活时间作为基因组选择的目标性状。

关键词：凡纳对虾遗传评估 ssGBLUP WSSV抗性生长

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鱼类对乙醇梭菌蛋白中营养物质的表观消化率

饲料工业 2024年第2期45卷 18-24页

作者：邹方起马世峰陈颖梁化亮李重阳晁伟北京首朗生物科技有限公司北京100043 北京首钢朗泽科技股份有限公司北京100043 浙江大学动物科学学院浙江杭州310058 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心江苏无锡214081

试验旨在评价黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)和建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)对乙醇梭菌蛋白中干物质、粗蛋白、氨基酸、粗脂肪和总磷的表观消化率。试验饲料由70%的基础饲料和30%的乙醇梭菌蛋白组成,并添加0.1%的三氧化二钇(Y_(2)O... 详细信息

试验旨在评价黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)和建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)对乙醇梭菌蛋白中干物质、粗蛋白、氨基酸、粗脂肪和总磷的表观消化率。试验饲料由70%的基础饲料和30%的乙醇梭菌蛋白组成,并添加0.1%的三氧化二钇(Y_(2)O_(3))作为指示剂。选取平均体重为(6.03±0.09) g的黑鲷360尾,分为两组,每组6个重复,每个重复30尾,两组分别饲喂基础饲料和试验饲料;选取平均体重为(45.00±0.50) g的建鲤180尾,分为两组,每组3个重复,每个重复30尾,两组分别饲喂基础饲料和试验饲料。结果表明,黑鲷对乙醇梭菌蛋白中干物质、粗蛋白、氨基酸、粗脂肪和总磷的表观消化率分为99.89%、100%、95.16%~100%、88.60%和100%;建鲤对乙醇梭菌蛋白中干物质、粗蛋白、氨基酸、粗脂肪和总磷的表观消化率分为78.68%、95.00%、96.12%~100%、52.26%和100%。总体而言,乙醇梭菌蛋白的粗蛋白和氨基酸的表观消化率均处在较高水平。由此可知,对黑鲷和建鲤而言,乙醇梭菌蛋白是较好的单细胞蛋白原料。

关键词：黑鲷建鲤蛋白质氨基酸总磷表观消化率

一种基于CEEMDAN-CPELM的池塘溶解氧预测模型研究

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传感技术学报 2024年第1期37卷 89-97页

作者：施珮匡亮王泉钱承山袁永明无锡学院物联网工程学院江苏无锡214105 江苏省物联网设备超融合与安全工程研究中心江苏无锡214105 江苏信息职业技术学院物联网工程学院江苏无锡214153 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心江苏无锡214081

针对集约化水产养殖中水体溶解氧时间序列非线性、非稳定性特征导致的溶解氧预测模型构建难度大、预测精度不高的问题,提出一种基于自适应完备集合经验模态分解-聚类重构结构的偏最小二乘优化极限学习机溶解氧预测模型(CEEMDAN-CPELM)... 详细信息

针对集约化水产养殖中水体溶解氧时间序列非线性、非稳定性特征导致的溶解氧预测模型构建难度大、预测精度不高的问题,提出一种基于自适应完备集合经验模态分解-聚类重构结构的偏最小二乘优化极限学习机溶解氧预测模型(CEEMDAN-CPELM)。采用CEEMDAN方法将溶解氧数据流分解为不同频率的模态分量,并依据各分量的模糊熵值评估各分量的复杂度,利用K-medoids方法将所有分量按照模糊熵复杂度进行聚类,实现数据的分解-重构过程,降低溶解氧预测的难度;再利用偏最小二乘算法对极限学习机进行优化,提高模型的预测性能。最后,将CEEMDAN-CPELM模型应用到常熟养殖试验基地的水体溶解氧预测中。试验结果表明:基于CEEMDAN-CPELM的溶解氧预测模型的预测均方根误差值为0.959,明显低于GA-SELM、LSSVM和ELM等对比模型,验证了该预测模型的可行性和有效性。

关键词：传感网络溶解氧预测自适应完备集合经验模态分解偏最小二乘法

我国苏南地区美洲鲥7个养殖群体的遗传多样性分析

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上海海洋大学学报 2024年第2期33卷 285-296页

作者：李玉林罗明坤冯冰冰朱文彬傅建军梁政远解旭东缪凌鸿董在杰南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心、农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 江苏省渔业技术推广中心江苏南京210036 无锡瑞顺水产养殖科技有限公司江苏无锡214001 镇江欣润农业发展有限公司江苏镇江212115

为探讨苏南地区美洲鲥养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体:镇江丹徒(Dtq)、镇江扬中(Yzq)、苏州张家港(Zjg)、苏州相城(Xcq)、南通中洋(Zyq)、常州滆湖(Ghq)和常州武进(Czq)共... 详细信息

为探讨苏南地区美洲鲥养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体:镇江丹徒(Dtq)、镇江扬中(Yzq)、苏州张家港(Zjg)、苏州相城(Xcq)、南通中洋(Zyq)、常州滆湖(Ghq)和常州武进(Czq)共计210尾个体进行群体多样性分析。结果显示,15个SSR位点中除Asa-12外,其余位点均表现为高度多态性(PIC>0.5)。其中,7个群体期望杂合度(He)为0.615~0.758,多态信息含量(PIC)为0.568~0.723,两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点,定义了20个单倍型,其中Zjg群体单倍型最多(11个)。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618~0.945、0.003~0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析,发现Ghq群体和Zyq群体的Nei's遗传距离(0.058)和K2P遗传距离(0.003)最近,低于其他群体间的遗传距离(分别为0.073~0.397和0.003~0.006)。综合分析,发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富,而群体间遗传变异程度不高,基因流N_(m)>1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究,可初步了解苏南地区鲥的种质现状,为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。

关键词：美洲鲥微卫星 D-loop区遗传多样性

中国海域海马的物种多样性、生态特征及保护建议

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生物多样性 2024年第1期32卷 162-178页

作者：刘彩莲张雄樊恩源王松林姜艳林柏岸房璐李玉强刘乐彬刘敏厦门大学海洋与地球学院福建厦门361102 中山大学生态学院广东深圳518107 中国水产科学研究院资源与环境研究中心北京100071 青岛市海洋生态研究会山东青岛266600

濒危野生动植物种国际贸易公约(CITES)于2002年将海马属(Hippocampus)所有物种列入附录II进行国际贸易监管。2021年2月,农业农村部和国家林业和草原局联合公布了调整后的《国家重点保护野生动物名录》,明确将中国海域海马属所有物种(野... 详细信息

濒危野生动植物种国际贸易公约(CITES)于2002年将海马属(Hippocampus)所有物种列入附录II进行国际贸易监管。2021年2月,农业农村部和国家林业和草原局联合公布了调整后的《国家重点保护野生动物名录》,明确将中国海域海马属所有物种(野外种群)列为国家二级重点保护动物。尽管我国高度重视海马保护工作,但目前仍缺乏对各海区海马物种多样性以及重要生态学信息的汇总。本文通过文献资料整理,提供了最新的中国海域分布的16种海马名录,总结了其分布区域、栖息生境、繁殖特征等生态信息,并归纳了不同物种的濒危等级和主要威胁因素。在16种海马中,莫氏海马(H. mohnikei,又名日本海马)分布范围最为广泛,从渤海至南海均有出现。台湾地区、海南、广东、福建及广西沿岸海域的海马物种多样性较高。海马营底层生活,其栖息生境十分多样化,包括珊瑚礁、海草床、海藻场、红树林、碎石及砂泥质海床等。目前,海马野外种群所面临的主要威胁来自于渔业兼捕及栖息地破坏。为更好地保护海马野外种群,建议管理部门关注海马作为旗舰物种在海洋生态环境保护工作中的影响力,建立以海马及其栖息生境为主要保护目标的国家级自然保护区或采取其他有效的区域保护措施;加强海马保护公众宣传,着力解决海马兼捕问题;尽快启动全国范围的海马栖息地调查及种群数量评估工作,识别海马关键栖息地;提升贸易监管能力,规范海马利用管理,建立鉴别野生和养殖海马群体的关键技术,以期促进对我国海马野外种群的有效保护。

关键词：海马物种多样性保护动物分布生境

黄芪多糖对斑点叉尾[鱼回]的药效学及安全性临床评价

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淡水渔业 2024年第1期54卷 57-65页

作者：程安达艾晓辉于江杨移斌中国水产科学研究院长江水产研究所武汉430223 北京生泰尔科技股份有限公司北京102600 赤峰市农牧业综合检验检测中心内蒙古赤峰024000

为促进黄芪多糖在斑点叉尾[鱼回](Ictalurus punctatus)养殖中的应用,本研究参照农业农村部新渔药临床试验中心关于免疫调节剂临床效果及安全性评价SOP开展了黄芪多糖对斑点叉尾[鱼回]的药效学及安全性临床评价。Ⅱ期临床试验结果显示,... 详细信息

为促进黄芪多糖在斑点叉尾[鱼回](Ictalurus punctatus)养殖中的应用,本研究参照农业农村部新渔药临床试验中心关于免疫调节剂临床效果及安全性评价SOP开展了黄芪多糖对斑点叉尾[鱼回]的药效学及安全性临床评价。Ⅱ期临床试验结果显示,饲料中添加黄芪多糖可明显提高斑点叉尾[鱼回]血清中总超氧化物歧化酶、过氧化氢酶、溶菌酶、酸性磷酸酶、碱性磷酸酶活性及白细胞吞噬活性,并在Ⅲ期临床中发现黄芪多糖不仅可增强斑点叉尾[鱼回]免疫,提高其抗细菌感染的能力,还可促进斑点叉尾[鱼回]生长,效果最优添加量为20 mg/kg鱼体重。安全性临床评价发现每日投喂20 mg/kg鱼体重的黄芪多糖对斑点叉尾[鱼回]无害。上述结果表明,黄芪多糖可作为免疫增强剂应用于斑点叉尾[鱼回]的养殖中,建议饲料中每日添加量为20 mg/kg鱼体重。

关键词：黄芪多糖斑点叉尾[鱼回](Ictalurus punctatus) 药效学安全性临床评价

日本对虾热休克蛋白基因家族的鉴定及在发育时期的表达

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渔业科学进展 2024年第6期45卷 119-132页

作者：边雪琼任宪云王君霞贾少婷郭建军赵旷诚刘萍李健李吉涛上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室、中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071 青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266237 日照市海洋与渔业研究院山东日照276800 江苏海洋大学江苏连云港222005

热休克蛋白(HSPs)是一类广泛存在于原核和真核生物细胞的亚细胞区室中具有高度保守性的蛋白质,具有参与蛋白质折叠、蛋白质修复和免疫等多种功能,在机体生长发育过程中发挥重要作用。为进一步研究日本对虾(Penaeus japonicus)hsp基因家... 详细信息

热休克蛋白(HSPs)是一类广泛存在于原核和真核生物细胞的亚细胞区室中具有高度保守性的蛋白质,具有参与蛋白质折叠、蛋白质修复和免疫等多种功能,在机体生长发育过程中发挥重要作用。为进一步研究日本对虾(Penaeus japonicus)hsp基因家族特征及在胚胎发育时期的表达特征,本研究通过生物信息学技术对日本对虾hsp进行鉴定,并对其结构域、基因结构、染色体定位、编码蛋白的理化性质和在胚胎不同发育时期的表达特征进行分析,鉴别出15个Pjhsp基因,包括1个Pjhsp10、2个Pjhsp20、2个Pjhsp40、1个Pjhsp60、6个Pjhsp70和3个Pjhsp90,其中,7个蛋白的理化性质较稳定,不稳定系数小于40;亚细胞定位结果显示,7个Pj HSP定位到细胞质,2个定位到细胞核,2个定位到细胞外基质,2个定位到内质网,2个定位到线粒体。Pjhsp基因家族中Pjhsp40-15.349、Pjhsp70-39.287和Pjhsp70-1.298等在胚胎时期大量表达;Pjhsp20、Pjhsp70-3.662、Pjhsp70-15.369、Pjhsp70-32.916和Pjhsp90-12.759等在幼体发育时期大量表达。本研究明确了日本对虾hsp家族的基因特征、系统进化关系及其在发育时期的表达规律,丰富了日本对虾hsp家族的基础信息,为进一步探讨该家族在日本对虾生长发育中的作用提供了参考。

关键词：日本对虾热休克蛋白发育时期表达规律

渔船渔港异地容灾备份中心网络安全及保护研究

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中国水运 2024年第1期 52-55页

作者：虞嘉禄倪晨瀚徐硕刘慧媛孔淼上海市农业农村委员会上海200003 中国水产科学研究院渔业工程研究所北京100000

网络环境中存在的多项确定性和不确定性影响因素,通过研究网络威胁评估方法,准确识别网络环境态势与潜在的发展趋势。渔船渔港异地容灾备份中心日志数据为研究对象,研究基于层次分析法的多因素网络环境威胁综合评估模型。模型提供定量... 详细信息

网络环境中存在的多项确定性和不确定性影响因素,通过研究网络威胁评估方法,准确识别网络环境态势与潜在的发展趋势。渔船渔港异地容灾备份中心日志数据为研究对象,研究基于层次分析法的多因素网络环境威胁综合评估模型。模型提供定量化的系统网络环境状况分析结果,提出当前整体网络环境的威胁态势和保护研究。评估模型能够为渔船渔港异地容灾备份中心网络运维工作提供指导建议,为系统网络安全与保护研究提供思路。

关键词：网络安全网络运维管理网络安全态势日志分析

半滑舌鳎dnmt3a基因的分子鉴定和功能研究

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上海海洋大学学报 2024年

作者：孙衍旭龚小玲邵长伟上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中国水产科学研究院黄海水产研究所海水养殖生物育种与可持续产出国家重点实验室青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

为探究dnmt3a基因在半滑舌鳎性逆转过程中的调控作用，开发适用于半滑舌鳎的DNA甲基化编辑系统，克隆了半滑舌鳎dnmt3a基因的CDS区序列，并通过生物信息学分析其结构域特点以及进化过程中的保守性，利用qPCR分析了其在半滑舌鳎不同性别... 详细信息

为探究dnmt3a基因在半滑舌鳎性逆转过程中的调控作用，开发适用于半滑舌鳎的DNA甲基化编辑系统，克隆了半滑舌鳎dnmt3a基因的CDS区序列，并通过生物信息学分析其结构域特点以及进化过程中的保守性，利用qPCR分析了其在半滑舌鳎不同性别中的表达模式，探究了DNA甲基化酶抑制剂5-Aza-dC处理对dnmt3a基因表达的影响。结果表明，dnmt3a基因全长3063bp，编码1020个氨基酸，包括三个核心结构域（PWWP结构域、ADDz结构域和AdoMet＿MTases超家族），dnmt3a基因结合结构域（PWWP结构域、ADDz结构域）相对保守，催化活性结构域（AdoMet＿MTases超家族）与哺乳动物和爬行动物有较大差异。基因表达模式分析表明，雌性半滑舌鳎性腺组织dnmt3a基因表达量显著高于雄性和伪雄性。5-Aza-dC处理后，dnmt3a基因表达显著升高。本研究表明dnmt3a基因在DNA 甲基化调控半滑舌鳎性别决定与分化过程中发挥重要作用，为阐明半滑舌鳎性逆转机制和实现半滑舌鳎单基因靶向DNA 甲基化编辑提供参考。

关键词：半滑舌鳎 dnmt3a基因 DNA甲基化性别调控 5-Aza-dC