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基于最小二乘回归的定量指标一致性评价的样本量公式研制

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中国医学科学院学报 2024年第2期46卷 225-231页

作者：陈飞龙于淼徐涛中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性... 详细信息

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性,并与Bland-Altman(BA)法样本量计算公式结果进行对比。结果通过公式推导得到回归法定量一致性评价的样本量计算公式,并用实例验证了本公式的准确性。此外,本公式与BA法样本量公式所得结果具有一定差异,在回归法样本量公式计算结果下,回归分析与BA法分析均能得到一致性结论;而在BA法公式结果下,回归分析与BA法分析一致性结论有时不成立。结论本研究首次提出用于回归法定量一致性评价的样本量公式,为该领域研究提供了方法学支持。

关键词：最小二乘回归一致性评价样本量公式定量指标

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靶向大肠埃希菌外膜蛋白的18β-甘草次酸的筛选及抗菌活性评价系统构建

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 390-395页

作者：王星媛李清蓉韩晓晨张续严王哲秦有才储引娣范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系北京100005

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spe... 详细信息

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spectrometry,HPLC-MS)技术,从甘草提取物中筛选能够与BamA和BamD相互作用的化合物。用荧光定量PCR检测化合物处理后大肠埃希菌外膜蛋白bamA和bamD基因表达量的变化,并且利用离体重组系统检测化合物对于β桶状蛋白组装(β-barrel assembly machinery,BAM)复合物整合外膜蛋白功能的影响,最后利用SDS在细菌细胞内的积累情况检测化合物处理过后细菌细胞膜完整性变化。结果生物亲和超滤联合HPLC-MS筛选发现18β-甘草次酸可以与BamD发生相互作用,经18β-甘草次酸处理后,大肠埃希菌bamA基因表达水平升高1.5倍,bamD基因表达水平升高2倍,但是,离体重组系统检测未观察到18β-甘草次酸对BAM复合物的插膜功能具有抑制效果,细胞膜完整性检测实验也未发现18β-甘草次酸对于大肠埃希菌细胞膜的破坏。结论以BamA和BamD蛋白作为靶点,建立了使用亲和超滤联合HPLC-MS进行天然产物筛选的方法。筛选得到18β-甘草次酸能够与BamD相互作用并能够影响大肠埃希菌外膜蛋白的表达,故本研究所建立的筛选和实验流程对于以外膜蛋白为靶点的、其他来源的新型抗菌药物的筛选具有良好的借鉴价值,且本研究也提示在筛选过程中,相关靶点的选择对成功筛选到相应的天然产物至关重要。

关键词： 18β-甘草次酸 β桶状蛋白组装复合物离体重组系统

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中国北方典型地区人群活动模式特色数据集

Chinese Medical Sciences Journal 2024年第1期39卷 69-73,I0007页

作者：杨意森刘盛宇梅亚园周全赵梅朵许群吴思竹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院环境与健康研究中心北京100005 中国医学科学院北京协和医学院医学信息研究所医学数据共享研究室北京100020

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市... 详细信息

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市和保定市)收集了9,221名不同职业和生活方式居民连续3天的活动模式数据。TRAP数据集包括人口学指标(人口学、职业信息、个人习惯和居住条件)和体力活动模式数据(活动地点和活动强度)信息。此数据集提供了体力活动模式的暴露测量数据,数据使用者可以根据自己的特定目的将其与各种终点指标匹配。此数据集可为探究中国北方居民活动模式属性提供证据,为跨学科研究人员制定健康教育及健康促进策略和措施提供证据。

关键词：活动模式典型地区行为监测大气污染中国

超声心动图联合梅奥分期提高对轻链型心肌淀粉样变早期死亡高风险患者的识别

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科学通报 2024年第3期69卷 439-446页

作者：黎婧怡杨尹鉴邱露虹郭帆路丹胡婷婷沈恺妮徐希奇田庄张抒扬荆志成中国医学科学院/北京协和医学院北京协和医院心内科北京100730 中国医学科学院/北京协和医学院疑难重症及罕见病国家重点实验室医学科学研究中心北京100730 中国医学科学院/北京协和医学院北京协和医院血液科北京100730

轻链型心肌淀粉样变(AL-CA)是一类预后极差的浸润性心脏病,识别高危患者并尽早开展治疗,是改善预后的关键.梅奥分期是目前最常用的危险分层体系,但相同分期患者预后存在较大差异.本研究通过连续入选2020年5月~2022年12月间在北京协和医... 详细信息

轻链型心肌淀粉样变(AL-CA)是一类预后极差的浸润性心脏病,识别高危患者并尽早开展治疗,是改善预后的关键.梅奥分期是目前最常用的危险分层体系,但相同分期患者预后存在较大差异.本研究通过连续入选2020年5月~2022年12月间在北京协和医院确诊为AL-CA患者76名,旨在探讨超声心动图常规测量指标能否在现有危险分层基础上提高对AL-CA早期死亡高风险患者的识别.本研究中位随访时间为10月(5, 20), 20名患者6个月内死亡即早期死亡,左房前后径、左室射血分数(LVEF)、E/e′比值、(E/e′)/LVEF、梅奥2004分期Ⅲb期均对AL-CA患者6个月内死亡有预测价值(P研究结果显示,超声心动图常规测量指标E/e′与LVEF的比值可在梅奥2004分期Ⅲb期基础上提高对早期死亡高风险患者的预测价值.

关键词：心肌疾病淀粉样变性超声心动图预后

基于行政管理数据识别慢性病发病病例背景下确定洗脱期时长最佳策略的系统综述

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中国全科医学 2024年第4期27卷 460-467页

作者：杨文怡王敬鑫艾丽梅万霞中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院北京市100005

背景使用行政管理数据时,确立清晰、适当的慢性病洗脱期时长是正确确定反复就医的慢性病患者发病时点、确定新发病例的基础。目的通过系统文献回顾,综述确定洗脱期时长的方法,以期为我国研究者后续使用行政管理数据识别慢性病新发病例... 详细信息

背景使用行政管理数据时,确立清晰、适当的慢性病洗脱期时长是正确确定反复就医的慢性病患者发病时点、确定新发病例的基础。目的通过系统文献回顾,综述确定洗脱期时长的方法,以期为我国研究者后续使用行政管理数据识别慢性病新发病例时确认洗脱期长短、正确识别新发病例提供思路。方法于2021年10月,系统检索PubMed、Web of Science、EmBase、中国知网、维普中文科技期刊全文数据库、万方知识服务平台,获取有关利用行政管理数据探究慢性病发病、患病情况的文献,检索时限均为建库至2022-10-01。由两名研究者独立筛选文献并提取相关信息,并采用定性研究报告评价标准(SRQR)评价文献方法学质量后,使用描述性分析法总结洗脱期时长的确定方法。结果共纳入26篇文献,纳入文献的SRQR评分均≥15分,方法学质量较好。文献所使用的数据主要来自加拿大、美国、澳大利亚等行政管理数据完整、丰富的国家(地区),聚焦的疾病包括糖尿病、肿瘤、精神分裂症等多种慢性病。研究指出,设定合适的洗脱期时长是准确识别发病病例的基础。目前,文献中确定洗脱期时长的方法主要包括直接限定法、一致性检验法和逆向生存函数法三大类,其中最常用的方法是直接限定法,逆向生存曲线法的使用率相对较低。结论直接限定法、一致性检验法和逆向生存函数法均有相应的优势和局限性,方法的选择标准、判断标准和稳定性有待进一步探究。

关键词：慢性病行政管理数据医疗保险数据洗脱期发病率患病率

知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究

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中国生物医学工程学报 2024年第3期43卷 315-326页

作者：袁一泽王志刚王哲史涪仁杨晟杨啸林中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

蛋白质组知识注释能够帮助科研人员从已有知识中凝练出重要的科学假说,传统的蛋白质组知识注释知识单一且多为简单的知识检索和罗列汇总,知识的综合性和系统性不足。为此,本研究展开知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究... 详细信息

蛋白质组知识注释能够帮助科研人员从已有知识中凝练出重要的科学假说,传统的蛋白质组知识注释知识单一且多为简单的知识检索和罗列汇总,知识的综合性和系统性不足。为此,本研究展开知识图谱驱动的人类蛋白质组知识注释与知识探索研究。综合13种生物医学本体和数据库资源,依托图数据库Neo4j构建知识图谱(BMKG)管理生物医学知识;结合先验知识和中心度等图算法,从多层面多角度设计元路径,制定知识注释方案;实现相似度计算和链接预测算法,执行node2vec图嵌入,为辅助知识探索分析做准备。本研究所得BMKG图谱融合了13种生物医学知识资源,共9种2508348个节点,20种25362594条关系。以肾细胞癌蛋白质组知识注释为例,BMKG的知识注释方案能够从多层面多角度展开注释,实现对其关联的通路、药物和表型等知识的归纳提炼。此外,基于BMKG能够展开药物-疾病关联预测等知识探索研究,疾病知识的聚类结果与Mondo本体结构有很好的一致性。本研究建设了网站提供在线服务,网址:http://***,包括三大应用模块:知识检索、知识注释和知识分析。综上,本研究表明知识图谱能够为人类蛋白质组知识注释研究提供新的见解。

关键词：知识图谱蛋白质组知识注释知识探索

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病理学领域指南与共识的制订方法与思考

中华病理学杂志 2024年第6期53卷 521-527页

作者：周奇陈耀龙梁智勇兰州大学基础医学院循证医学中心兰州730000 中国医学科学院循证评价与指南研究创新单元、兰州大学基础医学院兰州730000 中国医学科学院、北京协和医学院北京协和医院病理科、国家病理质控中心北京100730

病理诊断在医学中扮演着至关重要的角色,制订和实施高质量的病理学指南和共识,可以促进提升疾病诊断的准确率,降低不必要的误诊和漏诊。因此,本文将围绕国内外病理学指南和共识的研究现状、高质量指南和共识的制订方法以及指南与共识的... 详细信息

病理诊断在医学中扮演着至关重要的角色,制订和实施高质量的病理学指南和共识,可以促进提升疾病诊断的准确率,降低不必要的误诊和漏诊。因此,本文将围绕国内外病理学指南和共识的研究现状、高质量指南和共识的制订方法以及指南与共识的区别等主题展开论述,并在此基础上提出推动我国病理学指南和共识发展的思考与建议。

关键词：指南质量控制病理学共识制订方法

基于数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析的原发性干燥综合征潜在唾液生物标志物研究

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Chinese Medical Sciences Journal 2024年第1期39卷 19-28,I0003页

作者：田艺超郭春岚李珍尤欣刘晓燕苏金梅赵斯佳穆月孙伟李倩中国医学科学院北京协和医院口腔科北京100730 中国医学科学院北京协和医院风湿病与临床免疫学系北京100730 北京协和医学院基础医学院中国医学科学院基础医学研究所仪器核心设施蛋白质组学中心北京100730

目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自... 详细信息

目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自年龄和性别匹配的健康对照(HCs)],验证集包括25个样本(12个来自pSS,13个来自HCs)。36例pSS患者和38例健康对照者以2:1的比例集中随机分配至Discovery组或验证组。在2D LC-HRMS/MS平台上使用数据非依赖性采集(DIA)策略分析来自pSS患者和健康对照组的未刺激性全唾液样本,以揭示差异蛋白。根据基因本体(GO)分析和国际药学文摘(IPA)分析的蛋白质注释,使用DIA分析验证了关键蛋白质。随机森林用于建立SS的预测模型。结果共发现1,963个蛋白,其中136个蛋白在pSS患者中表现出差异性。生物信息学研究表明这些蛋白质主要与免疫功能、新陈代谢和炎症有关。一组19个蛋白质生物标志物通过基于P值和随机森林的排序顺序进行鉴定,并验证为具有特殊曲线下面积(AUC)值(发现集:0.817;验证集:0.882)的潜在生物标志物,可用于鉴别pSS患者和健康对照人群。结论新发现的候选蛋白组合可能有助于pSS的诊断。唾液蛋白质组学分析是一种很有前途的无创方法,可用于对pSS患者进行预后评估以及早期和精确治疗。DIA具备最佳的时间效率和数据可靠性,可望成为未来唾液蛋白质组研究的合适选择。

关键词：原发性干燥综合征唾液蛋白质组学分析质谱诊断

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突变体p53的翻译后修饰与“功能获得”

中国生物化学与分子生物学报 2024年

作者：吴德轩吴臻王冬来中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学遗传学系

p53是细胞内最重要的抑癌基因之一，超过50%的人类肿瘤存在以错义突变为主的p53基因变异，导致肿瘤细胞中突变体p53蛋白的产生和积累。除了丧失正常的生物学功能、并通过显性负效应抑制野生型p53的转录活性和肿瘤抑制能力，越来越多的... 详细信息

p53是细胞内最重要的抑癌基因之一，超过50%的人类肿瘤存在以错义突变为主的p53基因变异，导致肿瘤细胞中突变体p53蛋白的产生和积累。除了丧失正常的生物学功能、并通过显性负效应抑制野生型p53的转录活性和肿瘤抑制能力，越来越多的研究表明，突变体p53的“功能获得（gain-of-function）”是其促进肿瘤进展和转移的重要途径。翻译后修饰是调节p53分子功能的关键方式，对野生型p53及不同类型突变体p53的调控表现出普遍性和特异性的双重特征，是靶向突变体p53进而逆转肿瘤的新兴潜在靶点。本文以突变体p53的翻译后修饰为切入点，对突变体p53通过“功能获得”参与肿瘤发生发展的过程、翻译后修饰对突变体p53的调控机制，以及靶向突变体p53及其翻译后修饰在肿瘤治疗中的应用做一综述。此外，我们还讨论了突变体p53在肿瘤生物学研究中尚未解决的问题，并对未来的研究方向进行了展望。本综述旨在系统概括翻译后修饰对突变体p53“功能获得”的调控和在肿瘤发生发展中的意义，为开发基于靶向突变体p53翻译后修饰的肿瘤干预策略提供依据。

关键词： p53 突变功能获得翻译后修饰肿瘤