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一种羟胺氧化酶基因序列的PCR扩增及其生物信息学分析

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应用与环境生物学报 2009年第1期15卷 100-105页

作者：赵祖国孔庆鑫王景峰金敏王新为李君文中国人民解放军军事医学科学院卫生学与环境医学研究所天津300050

采用PCR法获得不动杆菌Acinetobactor ***-5的一种羟胺氧化酶(Hydroxylamine oxidored uctase,HAO)编码基因序列并进行生物信息学分析.根据自养菌的HAO基因序列保守区设计4对引物,通过RT-PCR获得预期大小的部分序列,再采用Genome walkin... 详细信息

采用PCR法获得不动杆菌Acinetobactor ***-5的一种羟胺氧化酶(Hydroxylamine oxidored uctase,HAO)编码基因序列并进行生物信息学分析.根据自养菌的HAO基因序列保守区设计4对引物,通过RT-PCR获得预期大小的部分序列,再采用Genome walking PCR法向所得的部分序列两侧延伸;对所得序列在NCBI中进行blast分析,并用FGeneSB进行开放读码框(Open read frame,ORF)预测.结果表明,RT-PCR获得了一段462bp的序列,通过Genome walking PCR向两侧延伸后,获得了一段3152bp长的序列;ORF预测结果显示所得序列可能有4个ORF,RT-PCR获得的462bp序列所在ORF长555bp,对应氨基酸序列相对分子质量(Mr)大小为20.2×103;在Gene bank中进行的Blast比对分析显示,除保守区的引物序列外,未发现有与此ORF存在明显相似性的HAO基因,表明这可能是一种新型羟胺氧化酶基因.

关键词：不动杆菌生物信息学生物脱氮氨氮 PCR 羟胺氧化酶基因序列开放读码框

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重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子的研究

中华医学杂志 1996年第9期76卷 654-657页

作者：沈倍奋杨子义许锦良丁林茂吕秋军鲍云华吴进冬杨志刚赖春宁陈兴中国人民解放军军事医学科学院基础医学研究所北京100850 军事医学科学院放射医学研究所中国人民解放军第三○七医院

目的进行重组人粒细胞／巨噬细胞集落刺激因子（ｒｈＧＭ－ＣＳＦ）的临床前研究和Ⅰ期临床试验。方法在动物模型上进行ｒｈＧＭ－ＣＳＦ的药理、毒理、药代和药效研究，并在人体上进行安全性评价和初步疗效观察。结果体外实验证明ｒ... 详细信息

目的进行重组人粒细胞／巨噬细胞集落刺激因子（ｒｈＧＭ－ＣＳＦ）的临床前研究和Ⅰ期临床试验。方法在动物模型上进行ｒｈＧＭ－ＣＳＦ的药理、毒理、药代和药效研究，并在人体上进行安全性评价和初步疗效观察。结果体外实验证明ｒｈＧＭ－ＣＳＦ对骨髓造血祖细胞有促增殖作用；在６０Ｃｏｒ射线照射造成的白细胞低下动物（狗和猴），显示了明显的升白细胞作用；急性毒性试验显示，ＬＤ５０大于５０００μｇ／ｋｇ；小鼠的药代动力学研究表明，注入的ＧＭ－ＣＳＦ主要从尿中排出，并不在体内蓄积；狗的慢性毒性试验表明在高于临床用量３倍时，无明显毒性反应。Ⅰ期临床试验证明，每天在２．５－７．５μｇ／ｋｇ的剂量下使用是安全的，并能升高白细胞。结论ｒｈＧＭ－ＣＳＦ可用于治疗放疗与化疗引起的白细胞减少症。

关键词：白细胞减少粒细胞巨噬细胞集落刺激因子

抗HIV-1 gp41单链抗体导向SEAD227A融合蛋白原核温控表达及活性检测

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中华微生物学和免疫学杂志 2004年第8期24卷 653-657页

作者：王宏金宁一徐一鸣金洪涛张立树江文正中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所

目的　获得抗HIV 1gp4 1单链抗体与葡萄球菌外毒素A融合表达的重组导向毒素蛋白。方法　人工合成能广泛识别HIV 1gp4 1的单链抗体 (ScFv4 1)基因和金黄色葡萄球菌外毒素A(SEA)基因 ,将SEA基因第 2 2 7位编码Asp(D)的密码子GAT转换成编码... 详细信息

目的　获得抗HIV 1gp4 1单链抗体与葡萄球菌外毒素A融合表达的重组导向毒素蛋白。方法　人工合成能广泛识别HIV 1gp4 1的单链抗体 (ScFv4 1)基因和金黄色葡萄球菌外毒素A(SEA)基因 ,将SEA基因第 2 2 7位编码Asp(D)的密码子GAT转换成编码Ala(A)的密码子GCT ,并对两基因进行密码子优化。以大肠杆菌温控型表达质粒pBV2 2 0为载体 ,分别构建单表达ScFv4 1的质粒pBV 4 1和SEA与ScFv4 1融合表达的质粒pBV SL4 1,转化大肠杆菌感受态细胞 ,通过提高温度诱导表达 ,表达产物经分子筛层析折叠复性后 ,检测单链抗体结合活性及重组导向毒素介导的细胞毒淋巴细胞 (CTL)杀伤活性。结果　表达质粒pBV 4 1和pBV SL4 1分别在E .coliBL2 1(DE3)plys中 4 4℃诱导 6h、4 2℃诱导 7h得到较高表达 ,经SDS PAGE、薄层扫描分析表明 ,目的蛋白分别占菌体总蛋白的14 .35 9%和 2 3.4 82 % ,目的蛋白经复性后可与HIV 1抗原条发生良好的结合反应 ,并且SL4 1可激活外周血淋巴细胞 (PBMC)并介导其杀伤稳定表达HIV 1gp16 0蛋白的靶细胞。结论　成功得到ScFv4 1与SEA融合表达蛋白SL4 1,为研制抗HIV 1重组导向毒素奠定基础。

关键词：抗HIV-1gp41单链抗体 SEAD227A融合蛋白原核温控表达活性检测金黄色葡萄球菌外毒素A 淋巴细胞

染料木黄酮对乳鼠颅骨成骨细胞增殖分化的影响及其与c-jun的关系

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卫生研究 2008年第3期37卷 308-310页

作者：张月红金宏许志勤南文考王先远薛长勇高兰兴中国人民解放军总医院营养科北京100853 军事医学科学院卫生学环境医学研究所

目的研究染料木黄酮对成骨细胞活性的影响及其相关机制。方法胰蛋白酶和Ⅱ型胶原酶分步消化法获得乳鼠盖骨成骨细胞,Ⅱ代细胞用于实验。MTT和3H-TdR测定成骨细胞增殖和DNA合成,原位杂交的方法测定c-jun表达。结果成骨细胞培养基中加入(1... 详细信息

目的研究染料木黄酮对成骨细胞活性的影响及其相关机制。方法胰蛋白酶和Ⅱ型胶原酶分步消化法获得乳鼠盖骨成骨细胞,Ⅱ代细胞用于实验。MTT和3H-TdR测定成骨细胞增殖和DNA合成,原位杂交的方法测定c-jun表达。结果成骨细胞培养基中加入(10-5、10-6和10-7mol/L)染料木黄酮或10-9mol/L和10-10mol/L雌激素培养48h和72h后,MTT的吸光度值与对照组相比均明显升高,48h和72h后对照组、染料木黄酮组和雌激素组MTT值分别为0.19、0.15;0.39、0.45、0.46;0.29、0.32、0.37和0.35、0.38;0.50、0.49。3H-TdR掺入量均显著增加,对照组、染料木黄酮组和雌激素组3H-TdR掺入量分别为68.47;101、844、512和1108.8、1204.2。c-jun表达各组差异无显著性。结论染料木黄酮不是通过促进c-jun表达来促进成骨细胞增殖与分化。

关键词：染料木黄酮成骨细胞 c-jun 雌激素大豆异黄酮骨质疏松

幽门弯曲菌及其与胃窦粘膜上皮关系的形态学观察

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军事医学科学院院刊 1989年第3期13卷 185-188页

作者：杨惠彬王之贤祝品金芦于原张桂芬徐恩迪陈希军事医学科学院卫生学环境医学研究所中国人民解放军第254医院

6例胃病患者的胃窦粘膜活检标本进行电镜观察,其中4例查见幽门弯曲菌.该菌外形呈弯曲杆状,菌体一端或两端着丛生有鞘鞭毛,外膜结构属革兰氏阴性型,胞浆中有致密的圆形颗粒.该菌具螺菌科形态特征,对胃窦粘膜上皮有损伤作用.

关键词：幽门弯曲菌超微结构胃炎

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染料木黄酮对去势大鼠骨骼矿化的影响

中国应用生理学杂志 2005年第1期21卷 86-89页

作者：张月红金宏许志勤南文考王先远薛长勇高兰兴中国人民解放军总医院营养科北京100853 军事医学科学院卫生学环境医学研究所天津300050

目的 :研究染料木黄酮对去势大鼠骨骼矿化的影响。方法 :雌性Wistar大鼠 4 7只随机分为假手术组 ,去势对照组、去势 +雌激素组 (己烯雌酚 2 0 μg .kgbw-1.d-1)、去势 +染料木黄酮组 (剂量分别为 2 5、5 0、10 0mg .kgbw-1.d-1)。饲养... 详细信息

目的 :研究染料木黄酮对去势大鼠骨骼矿化的影响。方法 :雌性Wistar大鼠 4 7只随机分为假手术组 ,去势对照组、去势 +雌激素组 (己烯雌酚 2 0 μg .kgbw-1.d-1)、去势 +染料木黄酮组 (剂量分别为 2 5、5 0、10 0mg .kgbw-1.d-1)。饲养三个月后处死 ,测定骨密度、骨矿化相关参数、骨钙、磷、锌、镁、锰、血清甲状旁腺激素、降钙素和雌激素含量。结果 :大鼠去势后 ,股骨骨密度降低 ,平均类骨质宽度增大 ,骨矿化延迟时间和类骨质成熟时间延长 ,骨中钙、磷、锌、镁和血清雌激素含量降低 ,与假手术组相比均有显著性差异 (P <0 .0 5 ) ;补充染料木黄酮后 ,股骨骨密度有改善的趋势 ,平均类骨质宽度变窄 ,骨矿化延迟时间和类骨质成熟时间缩短 ,骨中钙、磷、镁含量升高。结论 :染料木黄酮通过促进类骨质矿化 ,减少骨中钙、磷、镁丢失 ,预防骨质疏松的发生。

关键词：染料木黄酮去势大鼠骨骼矿化

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生物医学数据分析中的深度学习方法应用

生物化学与生物物理进展 2016年第5期43卷 472-483页

作者：李渊骆志刚管乃洋尹晓尧王兵伯晓晨李非国防科学技术大学计算机学院软件研究所中国人民解放军63928部队军事医学科学院放射与辐射医学研究所

生物医学数据的积累速度史无前例,为生物医学研究带来机遇的同时,也让传统数据分析技术面临巨大挑战.本文综述了深度学习方法应用在生物医学数据分析中的最新研究进展.首先阐述了深度学习方法,列举深度学习方法的主要实现模型,随后总结... 详细信息

生物医学数据的积累速度史无前例,为生物医学研究带来机遇的同时,也让传统数据分析技术面临巨大挑战.本文综述了深度学习方法应用在生物医学数据分析中的最新研究进展.首先阐述了深度学习方法,列举深度学习方法的主要实现模型,随后总结了目前生物医学数据分析中的深度学习方法应用情况,分析了在数据处理、模型构建和训练方法等方面共有问题的解决方法,最后给出了深度学习方法应用于生物医学数据分析时可能存在的问题及建议.

关键词：深度学习高通量组学临床医学数据挖掘

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面向药物发现和精准医疗的基因表达谱分析

生物化学与生物物理进展 2016年第10期43卷 923-935页

作者：刘阳白卉陶欢何松黄昕伯晓晨王升启中国人民解放军第三0二医院北京100039 中国人民解放军第451医院西安710054 中国人民解放军第四军医大学西安710032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850

作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用.特别是随着精准医疗概念的提出,整合多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势.本文从基因表达谱的基本概念出发,重点介绍面向药物发... 详细信息

作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用.特别是随着精准医疗概念的提出,整合多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势.本文从基因表达谱的基本概念出发,重点介绍面向药物发现的基因表达谱分析方法,即基于关联图谱的方法、基于基因调控网络的方法和基于多组学数据整合的方法.系统整理了各种方法的研究进展,特别是在抗癌药物研发领域的最新进展,为利用基因表达谱数据进行药物研发提供方法借鉴.

关键词：基因表达谱关联图谱整合网络细胞印记库基因调控网络多组学融合精准医疗

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医院污水中SARS冠状病毒核酸的检验

中华预防医学杂志 2004年第4期38卷 257-260页

作者：王新为李劲松郭侹凯甄蓓孔庆鑫易浜李忠宋农金敏肖文珺朱秀美古长庆尹静魏巍姚伟刘超李鉴峰欧国荣王民年房彤宇王贵杰邱耀辉吴海环晁福寰李君文军事医学科学院卫生学环境医学研究所天津300050 军事医学科学院微生物流行病研究所北京小汤山医院军事医学科学院科技部中国人民解放军第309医院

目的　了解收治SARS病人的定点医院污水中是否含有病毒和病毒核酸。方法　采用载阳电荷滤材吸附浓集污水中的SARS冠状病毒 ,消毒前浓集污水 2 5L ,消毒后 2 5～ 5 0L ;采用VERO细胞培养及RT -PCR技术检测SARS冠状病毒。结果　建立的阳... 详细信息

目的　了解收治SARS病人的定点医院污水中是否含有病毒和病毒核酸。方法　采用载阳电荷滤材吸附浓集污水中的SARS冠状病毒 ,消毒前浓集污水 2 5L ,消毒后 2 5～ 5 0L ;采用VERO细胞培养及RT -PCR技术检测SARS冠状病毒。结果　建立的阳电荷浓集方法对污水中加标f2 噬菌体回收率平均 12 7% ,而SARS冠状病毒回收率只有 1 0 2 %。消毒前在 30 9医院和小汤山医院污水的6d监测中均检测出SARS冠状病毒核酸 ;消毒后 ,在 30 9医院只有 3d监测出病毒核酸 ,其余样品均未检出病毒核酸 ;两医院所有的污水回收液中均未检出活病毒或具有感染性的病毒。结论收治SARS病人医院污水中含有SARS冠状病毒核酸 ,但没有检出活病毒或具有感染性的病毒 ,因此 ,在当时条件下 ,医院污水 ,尤其是消毒后污水传播SARS冠状病毒可能性较小。

关键词：医院污水 SARS 冠状病毒病毒核酸检验