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高通量测序文库质量控制技术研究进展

遗传 2024年第2期46卷 140-148页

作者：崔梦楠郭彦武雅蓉裴广倩崔玉军军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所北京100071

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序... 详细信息

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序数据产出后的数据分析造成影响。对文库构建质量控制技术的选择和实施是提高结果可靠性、降低测序数据误差的重要保证。本文对文库构建质量控制技术进行深入综述,总结评价其原理、优缺点、适用范围,并对实际应用场景中相关技术的选择进行了论述,以期为科研人员、疾病预防控制人员等在选择文库质量控制技术时提供理论依据与参考,从而促进高通量测序工作的质量和效率。

关键词：高通量测序文库文库浓度文库大小分布质量控制技术评价

中国嗜酸性粒细胞增多症诊断和治疗指南(2024版)

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中华血液学杂志 2024年第1期45卷 1-7页

作者：中华医学会血液学分会白血病淋巴瘤学组肖志坚不详中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)

嗜酸性粒细胞增多症包括一组非血液系统(继发或反应性)和血液系统(原发或克隆性)疾病,该组疾病可能伴有器官受损。基于新的临床研究数据和对疾病分子遗传学解析结果,2022年世界卫生组织(WHO)和国际共识分型(ICC)对嗜酸性粒细胞增多性疾... 详细信息

嗜酸性粒细胞增多症包括一组非血液系统(继发或反应性)和血液系统(原发或克隆性)疾病,该组疾病可能伴有器官受损。基于新的临床研究数据和对疾病分子遗传学解析结果,2022年世界卫生组织(WHO)和国际共识分型(ICC)对嗜酸性粒细胞增多性疾病的诊断和分型标准进行了更新。本指南是在《嗜酸性粒细胞增多症诊断和治疗中国专家共识(2017年版)》基础上的更新,旨在为我国血液学工作者提供一个规范的嗜酸性粒细胞增多症的诊断程序、实验室检查、诊断标准和治疗原则。

关键词：嗜酸性粒细胞增多症诊断治疗指南

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干细胞移植患者白消安暴露量的估算模型研究

中国药理学通报 2024年第6期40卷 1193-1198页

作者：李晋文徐燕王晓丹廖应熙何帅徐姗章萍苗文娟中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) 天津300020

目的采用有限采样法建立接受自体造血干细胞移植(autologous stem cell transplantation,ASCT)的淋巴瘤患者体内白消安暴露量-药时曲线下面积(area under the concentration-time curve,AUC)的估算模型。方法选取12名适合接受ASCT的淋... 详细信息

目的采用有限采样法建立接受自体造血干细胞移植(autologous stem cell transplantation,ASCT)的淋巴瘤患者体内白消安暴露量-药时曲线下面积(area under the concentration-time curve,AUC)的估算模型。方法选取12名适合接受ASCT的淋巴瘤患者,采用含白消安105 mg·m^(-2),静脉滴注3 h的预处理方案,分别于白消安第1剂输注开始后1 h,输注结束后5 min,1、2、4、6、18 h采集血样,采用液质联用法进行白消安血药浓度测定。采用传统药动学方法计算白消安的临床药动学参数后,采用多元线性逐步回归分析法,建立有限采样法的白消安的AUC 0-t估算模型。以Jackknife法和Bootstrap法进行模型内部验证,采用Bland-Altman图评价经典药动学方法与有限采样法的一致性。结果采取有限采样法得出以AUC对C 60min、C 180min、C 300min进行多元线性回归的方程分析,方程的线性关系和预测效果最好,为AUC 0-t=295.003C 60min+233.050C 180min+273.163C 300min-1202.713,其中r 2为0.995,平均预测误差为-0.87%,均方根误差为2.40%。结论采用三点法估算的有限采样法模型,可以用于接受ASCT的淋巴瘤患者体内白消安AUC 0-t的估算,为临床合理应用白消安提供参考。

关键词：白消安有限采样法 Jackknife法 Bootstrap法自体造血干细胞移植药时曲线下面积治疗药物监测

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中国成人急性淋巴细胞白血病诊断与治疗指南(2024年版)

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中华血液学杂志 2024年第5期45卷 417-429页

作者：中国抗癌协会血液肿瘤专业委员会中华医学会血液学分会白血病淋巴瘤学组王建祥秘营昌王迎不详中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) 天津300020 中国医学科学院血液病医院

成人急性淋巴细胞白血病(ALL)是成人最常见的急性白血病之一, 目前国际上有比较统一的诊断标准和不同研究组报道的系统治疗方案。我国自2013年至今发表了三版中国成人ALL诊断与治疗的专家共识/指南, 对该病种诊断治疗水平提升有重要意义... 详细信息

成人急性淋巴细胞白血病(ALL)是成人最常见的急性白血病之一, 目前国际上有比较统一的诊断标准和不同研究组报道的系统治疗方案。我国自2013年至今发表了三版中国成人ALL诊断与治疗的专家共识/指南, 对该病种诊断治疗水平提升有重要意义。2022年WHO造血与淋巴组织肿瘤分类对ALL(前体淋巴细胞肿瘤——淋巴母细胞白血病/淋巴瘤)的分类进行了更新, 提出了一些新概念;近年来免疫治疗快速发展, 在一定程度上提高了成人ALL的疗效, 且抗体、嵌合抗原受体T细胞(CAR-T细胞)产品陆续在国内上市, 临床实践日益丰富。为促进成人ALL临床诊疗的规范, 本指南参考国内外最新指南和文献, 荟萃国内外最新研究成果, 为成人ALL的诊断、治疗、疗效监测提供参考意见。

关键词：白血病,淋巴细胞,急性成人诊断治疗疗效监测

HPV E2、E5致癌机制及相关疫苗研究进展

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中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 96-100页

作者：崔湘杰史荔陶玉芬中国医学科学院医学生物学研究所史荔实验室昆明650118

宫颈癌是影响女性的常见恶性肿瘤之一,其中高危型HPV的持续感染是导致宫颈癌的主要病因。在宫颈癌的发生发展过程中,除了HPV E6、E7与宫颈癌病变有主要的关系外,其他一些早期蛋白如E2、E5也发挥了重要的作用。如E2可以启动并维持病毒的... 详细信息

宫颈癌是影响女性的常见恶性肿瘤之一,其中高危型HPV的持续感染是导致宫颈癌的主要病因。在宫颈癌的发生发展过程中,除了HPV E6、E7与宫颈癌病变有主要的关系外,其他一些早期蛋白如E2、E5也发挥了重要的作用。如E2可以启动并维持病毒的复制,而E5可以与E6、E7癌蛋白合作,促进感染细胞增殖。本研究仅就HPV E2、E5在宫颈癌发生发展中的机制以及相关的治疗性疫苗研究进展进行综述。

关键词：宫颈癌人乳头瘤病毒 E2蛋白 E5蛋白疫苗

2006-2017年中国女性乳腺癌和生殖系统癌症发病趋势分析

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中华流行病学杂志 2024年第5期45卷 647-655页

作者：元玫雯冯雨舒赵雪莲胡尚英赵方辉国家癌症中心/国家癌症临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院癌症医院流行病学研究室北京100021

目的评估2006-2017年不同年龄和地区女性乳腺癌和生殖系统癌症的发病趋势。方法结合发病率、人口数计算全国分地区、分年龄的女性乳腺癌、外阴癌、阴道癌、宫颈癌、子宫体癌及卵巢癌的发病数及平均诊断年龄。通过世界标准人口进行标化... 详细信息

目的评估2006-2017年不同年龄和地区女性乳腺癌和生殖系统癌症的发病趋势。方法结合发病率、人口数计算全国分地区、分年龄的女性乳腺癌、外阴癌、阴道癌、宫颈癌、子宫体癌及卵巢癌的发病数及平均诊断年龄。通过世界标准人口进行标化。采用Joinpoint 4.***.0.1软件计算平均年变化百分比(AAPC)。结果2006-2017年,6种癌症的合计年龄标化发病率(ASIR)从39.48/10万上升至51.11/10万(AAPC=2.24%,95%CI:1.59%~2.89%)。这一上升趋势在农村地区更加显著(AAPC=4.65%,95%CI:3.67%~5.64%),而城市地区未见明显上升(AAPC=0.15%,95%CI:-0.26%~0.56%)。除子宫体癌外,其他5种癌症发病均呈上升趋势。宫颈癌的ASIR在城市和农村地区上升趋势相近。乳腺癌、阴道癌和外阴癌的ASIR在城市地区无明显上升趋势,而在农村地区明显上升。卵巢癌的ASIR在城市地区呈下降趋势,而在农村地区则呈上升趋势。从发病年龄上看,除子宫体癌外,所有女性癌症平均诊断年龄均呈上升趋势。通过世界标准人口标化后,仅在宫颈癌和阴道癌中观察到标化平均诊断年龄的上升,从49.11岁和55.15岁分别上升至52.13岁和58.81岁。结论2006-2017年,女性癌症标化发病率总体呈上升趋势,且农村地区上升趋势高于城市地区。同时,农村居民的医疗资源可及性需进一步提升,保证医疗保健服务和早诊早治,从而弥合女性癌症城乡差距。

关键词：肿瘤,乳腺肿瘤,生殖系统发病率趋势分析

HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位预测

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协和医学杂志 2024年

作者：蓝锶菡冯敏中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所

目的基于全长序列分析HPV53不同分离株的进化关系，并对代表性分离株病毒蛋白（E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2）的理化性质、二级结构和B、T细胞抗原表位进行预测。方法从NCBI数据库获取HPV53全长序列并构建进化树。使用ProtParam分析... 详细信息

目的基于全长序列分析HPV53不同分离株的进化关系，并对代表性分离株病毒蛋白（E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2）的理化性质、二级结构和B、T细胞抗原表位进行预测。方法从NCBI数据库获取HPV53全长序列并构建进化树。使用ProtParam分析蛋白理化性质；PSIPRED和SOPMA预测二级结构。利用ABCpred和IEDB分别预测B、T细胞抗原表位；并结合DNASTAR-Protean软件对肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分，以及Vaxijen评分等其他参数进一步筛选潜在优势抗原表位。最后对潜在优势抗原表位与13个其他高危型HPV的同源性进行分析。结果来自不同国家地区的48个HPV53分离株可被分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支的代表株病毒的蛋白理化性质相似，二级结构存在部分小差异。B、T细胞抗原表位预测和筛选后，得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位。经同源性分析后发现，E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH，以及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高的同源性（均>90%）。结论通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53的病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位，为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供理论依据。

关键词：人乳头瘤病毒53型进化分析 B细胞 T细胞抗原表位预测

N^(6)-腺苷甲基化修饰及其对LINE-1的调控机制

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遗传 2024年第3期46卷 209-218页

作者：张傲岑山李晓宇中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所免疫生物学室北京100050

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细... 详细信息

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细胞对其进行相关修饰直接影响转座。N^(6)-腺苷甲基化修饰(m^(6)A)是真核细胞RNA上最丰富且动态可逆的表观遗传修饰。目前发现m^(6)A修饰也存在于LINE-1 mRNA上,参与LINE-1整个生命周期的调控,影响其转座和基因组中LINE-1相邻基因的表达,进而影响基因组稳定性、细胞自我更新与分化潜能,在人类发育和疾病中具有重要作用。本文介绍了LINE-1 m^(6)A修饰的位置、功能以及相关机制,并总结了LINE-1的m^(6)A修饰对其转座调控的研究进展,以期为相关疾病发生发展的机制研究和治疗提供新的思路。

关键词： m^(6)A修饰逆转录转座子 LINE-1 基因组基因组稳定性

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HIV耐药毒株传播的监测

中国热带医学 2024年第1期24卷 6-11页

作者：李韩平李林李敬云军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全全国重点实验室北京100071

传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)指HIV耐药毒株的感染,在没有抗逆转录病毒(antiretroviral,ARV)药物暴露史的患者中检出耐药,将影响一线抗病毒治疗及暴露前后预防的效果,是实现艾滋病防治目标的重大现实威胁。耐药毒株适... 详细信息

传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)指HIV耐药毒株的感染,在没有抗逆转录病毒(antiretroviral,ARV)药物暴露史的患者中检出耐药,将影响一线抗病毒治疗及暴露前后预防的效果,是实现艾滋病防治目标的重大现实威胁。耐药毒株适应性的改变是决定其传播风险的根本性生物学因素,影响监测人群选择、从感染到耐药检测时间的确定及检测方法的应用;传播性耐药突变的定义和分类是获得准确监测结果的关键。本文介绍了近年来耐药毒株的适应性、监测的耐药突变、监测人群选择等方面的研究进展,提出了我国TDR监测应重点开展的工作,包括建立适合我国毒株特点的监测耐药突变、建立和使用高分辨测序方法准确鉴定混合碱基、实现TDR监测的规范化等,从而为准确获得TDR监测结果,有效遏制耐药毒株的传播提供科技支撑。

关键词：传播性耐药监测耐药突变适应性