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浙江省基因Ⅰ型乙脑病毒全基因序列的测定及分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2009年第4期23卷 245-247页

作者：谢荣辉朱函坪付士红程胤凯徐芳姚苹苹杨章女周小龙朱智勇浙江省疾病预防控制中心出血热重点实验室杭州310009 中国疾病预防控制中心病毒所

目的为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料，研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度，为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据。方法设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因，PCR产物纯化后克隆于T载体并... 详细信息

目的为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料，研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度，为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据。方法设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因，PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定。通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析。结果新分离乙脑病毒XJ69和XJP613株全基因组全长均为10964个核苷酸，含有一个开放阅读框架，编码3432个氨基酸。与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现，其核苷酸同源为83．5％～99．2％，氨基酸总体同源性为97．5％～99．7％。通过PrM／C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因I型乙脑病毒。结论新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型，与上海三带喙库蚊分离株sH17M-07关系最为接近。

关键词：脑炎病毒亚组日本序列分析种系发生

苏州市甲型H1N1流感病毒HA基因的分子演变和遗传特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2012年第4期26卷 266-269页

作者：韩卫宁夏瑜雅雪蓉沈强潘浩苏州市疾病预防控制中心 215004 上海市疾病预防控制中心

目的对新型H1N1从2009年在苏州出现至2011年度基本消失整个过程中，苏州分离株血凝素（haemagglutinin，HA）基因的变化和分子特征进行了分析。方法提取苏州分离株的RNA，以WHO推荐的引物扩增HA基因并测序。采用生物信息学软件对苏州毒... 详细信息

目的对新型H1N1从2009年在苏州出现至2011年度基本消失整个过程中，苏州分离株血凝素（haemagglutinin，HA）基因的变化和分子特征进行了分析。方法提取苏州分离株的RNA，以WHO推荐的引物扩增HA基因并测序。采用生物信息学软件对苏州毒株的HA进行详细的分子特征分析，并与疫苗株及全球和全国的代表性毒株进行比对分析。结果与疫苗株相比，5株苏州株的核苷酸序列同源性在98．8％～99．4％之间，氨基酸序列同源性在98．8％～99．4％之间。5株苏州株中3株在1个抗原位点突变，2株有2个抗原位点突变，且有2个抗原位点突变的都是2011年分离株。糖基化位点、二硫键和受体结合位点都没有发生改变。5株苏州株和各地的分离株都表现出按年份聚类的特点。结论详细分析了苏州地区新型H1N1流感病毒HA的分子特征，表明苏州毒株的抗原位点上出现氨基酸残基的变化，但仍处于稳态。

关键词：流感病毒A型血凝素类,病毒遗传学,微生物

2021—2022年上海<5岁住院儿童病毒性腹泻的病原学特征

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上海预防医学 2024年第2期36卷 143-149页

作者：匡小舟肖文佳潘浩陈敏滕峥上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336 上海市疾病预防控制中心传染病防治所上海200336

【目的】了解新型冠状病毒感染(简称“新冠”)疫情防控期间住院儿童病毒性腹泻病原谱变化及主要病原体基因型别的流行变迁。【方法】采集上海市某哨点儿科医院本地<5岁腹泻住院患儿的粪便标本,采用荧光聚合酶链反应(PCR)方法对轮状病毒... 详细信息

【目的】了解新型冠状病毒感染(简称“新冠”)疫情防控期间住院儿童病毒性腹泻病原谱变化及主要病原体基因型别的流行变迁。【方法】采集上海市某哨点儿科医院本地病原体进行分子分型和序列分析。【结果】共收集546份标本,总体病毒阳性检出率为37.55%,依次为诺如病毒GⅡ型(22.16%)、A组轮状病毒(16.12%)、星状病毒(2.93%)、肠道腺病毒(2.38%)、札如病毒(0.92%)和诺如病毒GⅠ型(0.18%)。诺如病毒GⅡ型以GⅡ.4[P31]和GⅡ.4[P16]为主要流行株(占比分别为24.79%和14.05%),其中GⅡ.4[P31]检出占比明显下降(χ2=16.140,P病原监测和基因分型检测的重要性。少见株的本地化流行对上市疫苗的效果评价和潜在疫苗的开发提出了新的要求。

关键词：住院儿童 A组轮状病毒 G8P基因型诺如病毒GⅡ型

2020年上海市一起洗浴中心庞蒂亚克热暴发调查

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中国公共卫生 2024年第1期40卷 82-86页

作者：俞晓崔鹏陈敏陈明亮韩若冰孔德川邱琪刘清潘浩上海市疾病预防控制中心传染病防治所急性传染病防治科上海200336 上海市奉贤区疾病预防控制中心传染病防制科上海201499 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

目的报告2020年上海市发生的一起洗浴中心庞蒂亚克热暴发疫情的流行病学调查结果,以期为后续同类疫情的监测和调查处置提供参考。方法对上海市奉贤区发热门诊2020年12月18—21日具有某洗浴中心暴露史的139例发热病例进行流行病学调查。... 详细信息

目的报告2020年上海市发生的一起洗浴中心庞蒂亚克热暴发疫情的流行病学调查结果,以期为后续同类疫情的监测和调查处置提供参考。方法对上海市奉贤区发热门诊2020年12月18—21日具有某洗浴中心暴露史的139例发热病例进行流行病学调查。以在该洗浴中心有明确轨迹和饮食信息的74例患者为病例组,以有该洗浴中心暴露史但未发热的44名健康人群作为对照组进行流行病学病因调查,采用logistic回归分析暴露危险因素,并使用RT-PCR方法对病例组15例发热患者深咳痰液样本进行病原核酸检测,利用BCYE平板进行军团菌培养。使用余氯检测仪现场检测该洗浴中心水中游离性余氯。结果除发热外,139例病例出现频率最高的症状依次为乏力(71例,51.08%)、头痛(58例,41.73%)和肌痛(58例,41.73%),疫情潜伏期为12~68 h,M为36 h。病例对照研究中,单因素分析结果显示在该洗浴中心泡汤是发热的危险因素(OR=9.036,95%CI=3.521~23.189);多因素logistic回归结果分析显示曾在美肌汤池泡汤者的危险度是未泡者的5.456倍(95%CI=1.746~17.042)。4例发热病例深咳痰液样本检出军团菌核酸阳性,4份环境样品培养出军团菌菌株,2个汤池余氯低于标准值(分别为0.2、0.09 mg/L)。结论结合流行病学、临床表现和实验室检测结果,综合判断此次疫情为一起由军团菌引起的庞蒂亚克热暴发。

关键词：不明原因发热庞蒂亚克热军团菌暴发洗浴中心上海

天津市COVID-19患者治疗后不同类型标本中新型冠状病毒核酸检测结果分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2020年第6期40卷 405-409页

作者：吕莉琨李力刘小畅谢彤周朋辉郑宝璐刘勇刘鹏李晓燕苏旭天津市疾病预防控制中心病原生物检测室 300011 天津市疾病预防控制中心传染病预防控制室 300011

目的回顾性分析新型冠状病毒在康复患者不同标本取样(咽拭子、痰液及粪便)中的分布情况,以提供更为可靠的出院依据,减少患者出院后复发传染的风险。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法,对78例患者出院前的咽拭子和痰液单次配对采样,54例患... 详细信息

目的回顾性分析新型冠状病毒在康复患者不同标本取样(咽拭子、痰液及粪便)中的分布情况,以提供更为可靠的出院依据,减少患者出院后复发传染的风险。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法,对78例患者出院前的咽拭子和痰液单次配对采样,54例患者两次配对取样(间隔1~5 d),检测病毒在两种类型标本中的检出情况;观察6例出院患者随访期间粪便标本中病毒的检出情况。结果咽拭子和痰液单次配对采样检测,咽拭子中病毒核酸检出率为46.15%,痰液中检出率为50.00%。第二次配对采样检测,咽拭子中病毒核酸检出率为25.93%,痰液中检出率为46.30%,两种标本检出率差异有统计学意义(P<0.05)。6例出院随访患者的采样检测,咽拭子或痰液检测均为阴性,而粪便标本检测均出现阳性,且最长可在患者体内存在52 d。结论在新型冠状病毒肺炎患者康复后期,随着临床症状的好转,呼吸道症状逐渐消失,病毒可能从呼吸道进入胃肠道,且在康复患者体内长时间存在并随粪便排出。建议在新型冠状病毒肺炎患者出院前进行核酸检测时,可考虑增加不同部位标本取样,以降低漏检率,避免假阴性病例的出现。

关键词：新型冠状病毒新型冠状病毒肺炎实时荧光RT-PCR

福建省1975—2021年沙门菌血清型分布和表型特征

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中国食品卫生杂志 2023年第9期35卷 1249-1257页

作者：陈建辉刘玥邱玉峰黄梦颖罗朝晨徐海滨阚乃鹏翁顺太许学斌福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福建福州350012 福建省预防医学研究院福建福州350012 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

目的回顾分析1975—2021年福建省人源和非人源沙门菌的血清型和表型特征。方法收集1975—2021年福建省内临床、健康从业者、流通生鲜食品和环境中沙门菌株,使用世界卫生组织推荐沙门菌血清分型方法,基于全基因组测序的两种预测软件比对... 详细信息

目的回顾分析1975—2021年福建省人源和非人源沙门菌的血清型和表型特征。方法收集1975—2021年福建省内临床、健康从业者、流通生鲜食品和环境中沙门菌株,使用世界卫生组织推荐沙门菌血清分型方法,基于全基因组测序的两种预测软件比对血清型及变种,使用生化组合和飞行质谱辅助鉴定同抗原式、不同菌型或表型变异菌型。结果4693株人源和非人源沙门菌分布于含4个亚种的21个血清群(病人源18个、健康携带源9个、食品源17个、环境源8个);甲型副伤寒、伤寒、肠炎、猪霍乱、鼠伤寒、罗森和斯坦利是30个肠外侵袭血清型中的优势型;除伤寒、甲型副伤寒和乙型副伤寒外的沙门菌血清型有96个(病人源63个、健康携带源51个、食品源60个、环境源20个),临床前10位菌型为鼠伤寒、伤寒、肠炎、德比、斯坦利、甲型副伤寒、鸭、韦太夫雷登、罗森、伦敦;食品源前10位菌型为鸭、德比、鼠伤寒、斯坦利、韦太夫雷登、纽波特、肠炎、汤卜逊、阿贡纳、伦敦;确认14个血清型(包括10个双相菌和4个单相菌)存在单相变种;证实多个血清型存在硫化氢阴性、发酵乳糖或蔗糖、菌落黏液型和产色素型等表型变异现象。结论福建省沙门菌血清型具有生物多样性与多元化特征,侵袭性病例渐以非伤寒沙门菌为优势,实验室应加强沙门菌的单相变种和表型变异的识别能力,并针对生态行为传染病分散暴发疫情的宠物与环境的溯源。

关键词：沙门菌血清型单相变种生物多样性生态行为传染病溯源

湖南省2018年登革热本地暴发流行病学和病毒分子特征分析

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中华流行病学杂志 2020年第12期41卷 2119-2124页

作者：蔡亮张恒娇何方玲奉雅乐胡世雄王娟刘富强蒋永林谭夏林潘海明唐宾彬杨浩龙浩宇湛志飞高立冬湖南省疾病预防控制中心湖南省微生物分子生物学重点实验室长沙410005 永州市祁阳县疾病预防控制中心祁阳426100 永州市疾病预防控制中心 425000

目的对湖南省2018年登革热本地暴发疫情进行流行病学及病原学特征研究。方法对报告的8例疑似登革热病例进行实验室诊断,对病例密切接触者搜索出的186例疑似登革热病例和发热病例开展病原学监测,应用C6/36细胞对病例急性期血清开展病毒分... 详细信息

目的对湖南省2018年登革热本地暴发疫情进行流行病学及病原学特征研究。方法对报告的8例疑似登革热病例进行实验室诊断,对病例密切接触者搜索出的186例疑似登革热病例和发热病例开展病原学监测,应用C6/36细胞对病例急性期血清开展病毒分离,对15株登革病毒株E基因测序,分析病毒的血清型别和基因亚型,构建系统发生树,分析可能的传播来源。在疫点开展蚊媒密度应急监测和健康人群回顾性血清流行病学调查。结果8例疑似病例血清标本,6例登革病毒核酸阳性,4例登革病毒NS1抗原阳性。186例疑似登革热病例,96例病原学检测结果阳性,分离到登革病毒株64株,经鉴定全部为登革病毒2型全球型,来源于广东和浙江省的可能性较大。应急蚊媒密度监测,疫点布雷图指数最高达65,具有极高的登革热传播风险。回顾性调查377名健康人群进行登革热抗体水平监测,IgG抗体阳性率为0.53%(2/377)。结论现场流行病学调查和分子遗传分析提示,湖南省2018年本地暴发疫情由输入性病例引起,由单一的登革病毒2型全球型引起。

关键词：登革热暴发流行病原学分子特征

2017年山东省三个城市食源性腹泻中胃肠炎病毒的病原谱特征分析

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中华预防医学杂志 2020年第2期54卷 169-174页

作者：张文强张华宁韩扬李心朋刘晓林傅忠燕毕振旺徐爱强王海岩山东省疾病预防控制中心病原微生物所山东省传染病预防控制重点实验室济南250014 山东省疾病预防控制中心细菌性传染病防治所山东省传染病预防控制重点实验室济南250014

目的分析山东省三个城市食源性腹泻病例中胃肠炎病毒病原谱的分布和流行特征。方法于2017年1—12月,以山东省济南、烟台和临沂市的6家哨点医院为研究现场,收集1397例食源性腹泻病例的粪便标本,同时获取其基本信息和临床症状。采用双重... 详细信息

目的分析山东省三个城市食源性腹泻病例中胃肠炎病毒病原谱的分布和流行特征。方法于2017年1—12月,以山东省济南、烟台和临沂市的6家哨点医院为研究现场,收集1397例食源性腹泻病例的粪便标本,同时获取其基本信息和临床症状。采用双重荧光定量RT PCR分别检测如病毒基因Ⅰ组(NoV GⅠ)和Ⅱ组(NoV GⅡ)、札如病毒(SaV)和人星状病毒(HAstV),采用单重荧光定量RT PCR检测轮状病毒A组(RVA),采用荧光定量PCR检测肠道腺病毒(EAdV),对病毒的特异性片段进行测序、分型。比较不同特征病例胃肠炎病毒阳性率以及阳性和阴性病例间临床症状的差异。结果年龄M(P25,P75)为23(1,42)岁;以男性为主,占57.48%(803例);≤5岁儿童居多,占36.36%(508例)。胃肠炎病毒阳性率为33.93%(474例),济南、临沂和烟台市分别为32.03%(147/459)、41.54%(189/455)和28.57%(138/483)(P<0.001);NoV GⅡ组的阳性率最高,为16.54%(231例),5月(24.75%,50/202)和6月(19.59%,38/194)出现高峰,以GⅡ.P16/GⅡ.2型(48.28%,56/116)为主。阳性病例中,44.51%(211/474)出现呕吐症状,高于阴性病例(34.13%,315/923),差异有统计学意义(P<0.001)。结论山东省食源性腹泻病例中男性、5岁以下儿童居多;NoV GⅡ流行强度较高,发病高峰为春夏季,病毒性胃肠炎临床症状不典型。

关键词：腹泻胃肠炎食源性腹泻病原谱监测

2013-2014年上海市污水中人类肠道病毒的基因型分布

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中华预防医学杂志 2017年第2期51卷 154-159页

作者：李云逸陆菁王秀芝杨玉颖费洁张莉萍李智李崇山左勇上海交通大学医学院基础医学院 200025 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海市疾病预防控制中心免疫规划所上海市嘉定区疾病预防控制中心免疫规划科上海市闵行区疾病预防控制中心免疫规划科

目的分析上海市闵行和嘉定区污水处理厂中人类肠道病毒（HEV）的时间分布特点及其基因分型。方法于2013—2014年，选取闵行和嘉定区两所污水处理厂入水口作为采样点，每月24—28日采集污水标本1份，每份1 L，共48份。经阴离子膜吸... 详细信息

目的分析上海市闵行和嘉定区污水处理厂中人类肠道病毒（HEV）的时间分布特点及其基因分型。方法于2013—2014年，选取闵行和嘉定区两所污水处理厂入水口作为采样点，每月24—28日采集污水标本1份，每份1 L，共48份。经阴离子膜吸附的方法浓缩，再用牛肉汤洗脱，取上清液并接种RD、HEp-2和L20B细胞进行病毒分离，共分离HEV 249株，其中非脊髓灰质炎病毒（NPEV）185株，脊髓灰质炎病毒（PV）64株（均为疫苗相关株）。通过RT-PCR鉴定基因型，采用Bioedit 7.0.0对VP1核苷酸序列进行序列同源性分析，使用MEGA 5.0软件，通过邻位法构建系统发生树，分析优势株及病毒传播链。结果 185株NPEV中178株鉴定出基因型，包括：柯萨奇B组病毒（CVB）2、3、5基因型，埃可病毒（ECHO）1、3、6、7、11、13、19、20、24、25、30基因型，柯萨奇A组病毒（CVA）4基因型。CVB5和ECHO6是在NPEV分离株中比例较高的两个基因型，分别占33.5%（56株）和24.9%（43株）。闵行区污水水样中HEV分离株主要集中在4—9月份，其中优势株ECHO6主要分布在2013下半年和2014上半年采集水样中，优势株CVB5主要在2013—2014年散在分布。嘉定的ECHO6和CVB5两个优势株的流行趋势与闵行区的基本一致。2013—2014年CVB5形成C6和C8基因亚型2个传播链，而与国外毒株有较大的差异；ECHO6形成C3、C6和D9基因亚型3个传播链，而D9基因亚型在上海属于优势基因亚型，在国内外有一定地域性的传播。结论 2013—2014年上海市污水中的分离到的PV均为疫苗株。HEV优势株为CVB5和ECHO6，其中ECHO6在2013下半年和2014上半年较为流行，CVB5在2014年下半年开始流行。CVB5和ECHO6存在多条传播链的共同流行现象。

关键词：肠道病毒属柯萨奇病毒感染艾可病毒感染环境监测