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贵州省部分地区微小扇头蜱微生物群落多样性及抗生素抗性基因的宏基因组分析

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中国媒介生物学及控制杂志 2024年

作者：管毓威罗小龙周敬祝郑德阳邓小生胡勇梁文琴贵州医科大学公共卫生与健康学院环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵州省疾病预防控制中心病媒生物监测科贵州省微生物组与传染性疾病防控重点实验室遵义市疾病预防控制中心病媒生物防制科道真县疾病预防控制中心

目的了解贵州省微小扇头蜱体内微生物群落和抗生素抗性基因（ARGs）的携带情况。方法 2022-2023年4、5月使用动物体表检蜱法采集贵州省道真、紫云和修文县以及盘州市牛体表微小扇头蜱，将收集到的蜱标本按地区分组，每个地区随机选取1... 详细信息

目的了解贵州省微小扇头蜱体内微生物群落和抗生素抗性基因（ARGs）的携带情况。方法 2022-2023年4、5月使用动物体表检蜱法采集贵州省道真、紫云和修文县以及盘州市牛体表微小扇头蜱，将收集到的蜱标本按地区分组，每个地区随机选取15只雌蜱，分为3管进行宏基因组测序。测序结果经数据质控、拼接组装等操作后与美国国立生物技术信息中心（NCBI）非冗余蛋白库和抗性基因数据库（SARG）比对，获得各样本物种和ARGs注释信息。然后通过R 3.6.3软件和GraPhlAn 1.1.3软件进行可视化分析，包括物种组成、ARGs组成和组间相似性分析等。结果共采集到550只吸血微小扇头蜱，其中雌蜱404只，雄蜱85只，若蜱61只。微小扇头蜱的优势菌门为变形菌门，平均相对丰度为60.01%，其次为厚壁菌门（36.76%）；优势菌属为克雷伯氏菌属（38.58%），其次为葡萄球菌属（22.00%）；优势菌种为肺炎克雷伯菌（38.58%），其次为金黄色葡萄球菌（21.90%），此外还检出了嗜吞噬细胞无形体、福尼尔立克次体、康氏立克次体、日本立克次体、伽氏疏螺旋体和贝氏柯克斯体等蜱携病原体，分别占3.08%、3.04%、0.76%、0.70%、0.01%和0.01%。组间相似性分析结果显示，组间差异大于组内差异（R=0.586,P=0.002）。ARGs注释发现与β-内酰胺类（54.22%）、氨基糖苷类（20.18%）、氯霉素类（13.61%）和多药类（11.99%）抗生素抗性相关的3 316个基因，各地区ARGs种类和丰度不同。结论贵州省微小扇头蜱体内微生物菌群组成丰富，体内病原体种类较多，同时携带大量ARGs，应加强蜱微生物群及其抗性基因的研究，指导合理用药和预防蜱传疾病的发生。

关键词：微小扇头蜱微生物群落多样性宏基因组抗生素抗性基因

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2023年浙江省钩端螺旋体病监测分析

中华地方病学杂志 2024年第7期43卷 559-563页

作者：郭颂姚文武刘营施旭光任江萍张蓉罗明宇杨章女孙继民浙江省疾病预防控制中心传染病预防控制所杭州浙江省疾病预防控制中心微生物检验所杭州

目的分析浙江省人群钩端螺旋体病(钩体病)流行病学和宿主动物病原学资料, 为制定钩体病防控策略提供科学依据。方法 2023年浙江省人群钩体病监测数据来源于中国疾病预防控制信息系统, 采用描述性流行病学方法进行分析。自浙江省疾病预... 详细信息

目的分析浙江省人群钩端螺旋体病(钩体病)流行病学和宿主动物病原学资料, 为制定钩体病防控策略提供科学依据。方法 2023年浙江省人群钩体病监测数据来源于中国疾病预防控制信息系统, 采用描述性流行病学方法进行分析。自浙江省疾病预防控制中心《浙江省钩端螺旋体病监测项目》收集鼠肾、蛙肾、猪肾和鸭肾钩端螺旋体病原体分离培养、核酸和鸭血清抗体检测结果, 分析人群和宿主动物钩端螺旋体流行菌群携带和变动情况。结果 2023年浙江省共报告钩体病病例83例, 发病率为0.126 2/10万, 年龄为(62.66 ± 11.31)岁, 其中男性68例、女性15例。浙江省11个地市均有钩体病病例报告, 主要集中在浙江省南部的温州市、丽水市和台州市(共68例), 占总病例数的81.93%。8 - 10月为钩体病高发月份(共70例), 占总病例数的84.34%。病例的男女比例为4.53 ∶ 1.00, 且年龄均≥20岁, 45 ～ 79岁中老年为高发人群(共77例), 占总病例数的92.77%。病例职业以农民为主(54例), 占总病例数的65.06%。钩体病病例发病至首诊时间最短为0 d, 最长为13 d;首诊至确诊时间最短为0 d, 最长为16 d。72.29%的钩体病病例(60例)发病前1个月内有田间劳动或可疑疫水接触史, 18.07%的钩体病病例(15例)发病前1个月内有鼠、青蛙、猪、牛、狗、鱼、鸭等动物及其排泄物接触史。宿主动物钩端螺旋体平均核酸阳性率:鼠肾为5.92%(31/524)、蛙肾为6.74%(36/534)、猪肾为0.66%(1/151);鸭肾钩端螺旋体分离培养, 核酸检测和鸭血抗体检测均为阴性。人群携带钩端螺旋体菌群为黄疸出血群(3份)和七日热群(4份)等, 宿主动物携带钩端螺旋体菌群为黄疸出血群(3份)。结论浙江省钩体病疫情主要发生在夏、秋季, 发病区域主要集中在浙江省南部地区, 发病人群以中老年男性为主。人群携带钩端螺旋体菌群仍以黄疸出血群和七日热群为主, 宿主动物携带菌群为黄疸出血群。

关键词：钩端螺旋体病流行特征血清群

江苏省3个城市疱疹性咽峡炎流行病学与病原学特征分析

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中华流行病学杂志 2024年第7期45卷 977-982页

作者：樊欢李明阳石平曹子轩许倩嵇红江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所国家卫生健康委员会肠道病原微生物重点实验室南京210009 南通市疾病预防控制中心急性传染病防制科南通226001 无锡市疾病预防控制中心急性传染病防制科无锡214023 盐城市疾病预防控制中心急性传染病防制科盐城224001 苏州市疾病预防控制中心急性传染病防制科苏州215026

目的分析江苏省3个城市疱疹性咽峡炎(HA)流行病学与病原学特征,为江苏省HA的精准防控提供参考依据。方法选择无锡市、苏州市和盐城市的3家监测哨点医院,2018年5月至2022年12月定期从医院住院管理系统分年龄段收集HA的就诊和住院病例的... 详细信息

目的分析江苏省3个城市疱疹性咽峡炎(HA)流行病学与病原学特征,为江苏省HA的精准防控提供参考依据。方法选择无锡市、苏州市和盐城市的3家监测哨点医院,2018年5月至2022年12月定期从医院住院管理系统分年龄段收集HA的就诊和住院病例的相关信息。采用RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,并对主要流行株的衣壳蛋白VP1编码基因序列进行测序分析、基因亚型的鉴别和系统进化分析。结果无锡市、苏州市和盐城市的HA就诊病例数为57709例,是同期报告的手足口病例数的1.76倍(57709/32831);HA住院占比为1.35%(781/57709),住院占比逐年呈上升趋势(χ^(2)=62.79,P组儿童(67.07%,38708/57709),以36~59月龄组居多(34.40%,19852/57709)。HA阳性率为33.82%(644/1904);以肠道病毒A组为主(54.04%,348/644);其中柯萨奇病毒(CV)A6占比最高(52.59%,183/348),CVA16和CVA4分别占24.71%(86/348)和15.23%(53/348)。10株CVA4 HA流行株均属于C2基因亚型,6株CVA6 HA流行株均属于D3a基因亚型;并与我国部分地区(福建省、广州市、江西省、云南省、天津市等)毒株的遗传距离和亲缘关系较为接近。结论HA疾病负担较重,12~59月龄组是HA发病的重点人群,流行高峰为5-7月。HA病原多样化,以肠道病毒A组为主。HA流行株具有较低的型内分化,未发现新的进化分支。建议将HA纳入手足口病监测工作或法定传染病。

关键词：疱疹性咽峡炎流行病学特征肠道病毒基因型

2019-2020年海南省登革病毒E基因序列分析

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中国病原生物学杂志 2024年第4期19卷 389-394页

作者：王如敏杜珊珊陈菁菁李丹丹马焱崔蕾孙初阳李建东任莉娜海南省疾病预防控制中心微生物检验室海南海口570203 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室卫生部医学病毒和病毒病重点实验室

目的了解2019-2020年海南省登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因序列分子特征,探讨病毒可能的输入来源。方法收集登革热疑似病例血清样本,采用RT-PCR法进行核酸检测并分型,阳性样本进行登革病毒包膜(envelope,E)蛋白基因扩增及测序,应用... 详细信息

目的了解2019-2020年海南省登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因序列分子特征,探讨病毒可能的输入来源。方法收集登革热疑似病例血清样本,采用RT-PCR法进行核酸检测并分型,阳性样本进行登革病毒包膜(envelope,E)蛋白基因扩增及测序,应用生物信息软件进行同源性和系统进化分析。结果从49例DENV阳性样本中获得14条DENV E基因序列。进化分析显示,11条DENV1型E基因序列间核苷酸同源性为97.2%~100.0.0%,均属于基因Ⅰ型,其中2条E基因序列(HNLS-8和HNCM-14)与2019年广州流行株(Guangzhou/19XN24503/2019)的核苷酸同源性为100.0%;2条DENV2型E基因序列分别属于Asian 1基因型和Cosmopolitan基因型,其中1条(HNLS-10)与2019-2020年广州流行株(Guangzhou/19XN22111/2019、Guangzhou/19XN50506/2020)同源性为99.6%,另1条(HNLD-2)与2019年昆明2株流行株(Kunming/HNQY20180091/2019、Kunming/HNQY2018005/2019)核苷酸同源性为100.0%。1条DENV3型E基因序列属于基因Ⅲ型,与2018年广州流行株(Guangzhou/18XN61927/2018)和2017年新加坡流行株(Singapore/15095Y15/2017)同源性较高,分别为99.6%和99.5%。结论2019-2020年,海南省检出输入引发的本地传播DENV1、DENV2和DENV3多型病毒,以DENV1为主,显示了加强流动人群中登革热监测与管理,及时防控登革热跨省、跨境传播的重要性。

关键词：登革病毒包膜蛋白基因基因型同源性

百日咳疑似患儿及家属百日咳鲍特菌阳性情况及菌株耐药分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 473-479页

作者：王凌波王华平祁正红姚苹苹滕淑吴卓颖吴蓓蓓赵仕勇杨章女浙江省疾病预防控制中心微生物检验科浙江省传染病疫苗与预防控制研究重点实验室杭州310051 浙江省杭州市儿童医院儿童感染科杭州310014

目的了解浙江省儿童疑似百日咳病例及其密接家庭成员中百日咳鲍特菌的检出情况及菌株分离率,探究百日咳鲍特菌的耐药特征及其耐药机制。方法采集2022年5—10月杭州市儿童医院收治的百日咳疑似患儿及其密接家庭成员的鼻咽拭子共273份作... 详细信息

目的了解浙江省儿童疑似百日咳病例及其密接家庭成员中百日咳鲍特菌的检出情况及菌株分离率,探究百日咳鲍特菌的耐药特征及其耐药机制。方法采集2022年5—10月杭州市儿童医院收治的百日咳疑似患儿及其密接家庭成员的鼻咽拭子共273份作为研究样本。使用木炭选择性培养基进行菌株的分离培养;荧光定量PCR法对采集样本进行百日咳靶标基因的检测;E-test法检测百日咳鲍特菌株对不同抗菌药物的敏感性;全基因组测序分析百日咳鲍特菌株对大环内酯类抗菌药物的耐药机制,并对分离的菌株进行基于核心基因组多位点序列分型(cgMLST)的进化分析。结果273株百日咳疑似患儿及其密接家庭成员样本中,荧光定量PCR阳性的样本为168份,占比61.54%,成功分离培养30株百日咳鲍特菌,阳性率为10.98%。另外,143份密接家庭成员样本中,54.55%(78/143)的样本PCR检测为阳性,9.79%(14/143)培养阳性,提示家庭成员在百日咳的家庭传播中具有重要意义,且母亲占比较高。药敏结果显示,96.67%(29/30)的菌株对大环内酯类抗菌药物阿奇霉素的MIC值>256 mg/L,显示出高度耐药性,其耐药机制均为23S rRNA发生A2047G突变。基于cgMLST的进化分析显示2022年分离的百日咳鲍特菌株已经形成两个单独的分支。结论疑似百日咳患儿的密接家庭成员中百日咳鲍特菌阳性率较高且以母亲为主,对疑似患儿家庭成员的监测及实验室检测具有重要意义;浙江省百日咳鲍特菌对大环内酯类抗菌药物呈现出高度耐药性,应进一步加强耐药性监测,为临床治疗及用药提供理论依据。

关键词：百日咳鲍特菌密接家庭成员药物耐药性耐药机制

辽宁省婴幼儿食品源阪崎克罗诺杆菌生物膜与耐药性分析

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中国食品卫生杂志 2024年第3期36卷 267-273页

作者：魏彤竹孙婷婷王伟杰李雪辽宁省疾病预防控制中心辽宁沈阳110005

目的探究婴幼儿食品中的阪崎克罗诺杆菌在形成生物膜后对其耐药性表达的影响,并对该致病菌的耐药性监测提供建议。方法本研究对2018—2021年辽宁省婴幼儿配方食品中分离出的58株阪崎克罗诺杆菌进行了15种抗生素的药物敏感性、生物膜成... 详细信息

目的探究婴幼儿食品中的阪崎克罗诺杆菌在形成生物膜后对其耐药性表达的影响,并对该致病菌的耐药性监测提供建议。方法本研究对2018—2021年辽宁省婴幼儿配方食品中分离出的58株阪崎克罗诺杆菌进行了15种抗生素的药物敏感性、生物膜成膜力检测和不同生物态下耐药性分析。结果辽宁省婴幼儿食品中检出的阪崎克罗诺杆菌对头孢唑啉、头孢噻肟、复方磺胺、氯霉素、头孢西丁、萘啶酸、氨苄西林/舒巴坦存在不同程度耐药性,88%的受试菌株对多黏菌素的耐药性达到中介,并且存在多重耐药菌;婴幼儿奶粉源阪崎克罗诺杆菌的耐药性均高于婴幼儿谷物辅食源阪崎克罗诺杆菌;生物膜成膜率100%,中等黏附力菌株居多占61.02%;基于生物膜态对应受试菌的药敏试验结果分析,头孢唑啉、头孢噻肟、亚胺培南、四环素和氨苄西林的药物抗性均增加,复方磺胺的药物抗性消失。结论辽宁省市售婴幼儿食品中阪崎克罗诺杆菌不仅对多种抗生素具有单一耐药性,且存在多重耐药株;不同生物态的阪崎克罗诺杆菌均对头孢类抗生素药物抗性较高,同时生物膜态可以改变其药物抗性,应持续对婴幼儿食品源中不同生物态的阪崎克罗诺杆菌进行耐药监测。

关键词：阪崎克罗诺杆菌耐药性抗生素生物膜食源性致病菌

2016-2022年江苏省扬州市临床分离金黄色葡萄球菌克林霉素耐药性及耐药基因分析

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疾病监测 2024年第7期39卷 875-880页

作者：徐娅雯陆荣荣许蓉蓉朱倩谈忠鸣周乐扬州市疾病预防控制中心江苏扬州225009 国家卫生健康委员会肠道病原微生物重点实验室江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

目的了解耐克林霉素金黄色葡萄球菌(SA)的耐药性及耐药基因分布情况,为耐克林霉素SA感染的诊疗及科学防治提供实验室依据。方法收集2016—2022年江苏省扬州市部分三甲医院临床检测样本分离SA,用微量肉汤稀释法检测SA耐药表型,全基因组... 详细信息

目的了解耐克林霉素金黄色葡萄球菌(SA)的耐药性及耐药基因分布情况,为耐克林霉素SA感染的诊疗及科学防治提供实验室依据。方法收集2016—2022年江苏省扬州市部分三甲医院临床检测样本分离SA,用微量肉汤稀释法检测SA耐药表型,全基因组测序分析后用多位点序列分型(MLST)方法进行分型,并在耐药基因数据库中筛选耐药基因。结果共收集到临床SA分离株200株,86株SA确定为克林霉素耐药,其中43株(43/86,50%)为诱导耐药(iMLSB)。86株SA耐药模式多样,固有耐药(cMLSB)共有15种耐药表型,其中有4株菌对6种以上药物不敏感;iMLSB共有13种耐药表型,有7株菌对6种以上药物不敏感。对9类17种耐药基因进行分析,携带超过6个耐药基因的菌株中,iMLSB占9.30%(8/86),高于cMLSB(2.33%,2/86)。86株SA分为12个不同的克隆复合体(CC),优势型别为CC398(27.90%)、CC5(15.12%)和CC59(12.79%)。结论与cMLSB相比,iMLSB对6种以上抗菌药物不敏感的菌株数更多,耐药基因携带率也更高。CC5克隆群多为iMLSB(84.62%,11/13),平均携带耐药基因数为7。扬州市iMLSB SA的耐药现状及耐药基因特征值得关注,CC5-ermA-SA在抗生素的威胁下可能更具耐受性。

关键词：金黄色葡萄球菌克林霉素耐药耐药基因多位点序列分析

A族链球菌基因组数据库建设及前噬菌体分布分析

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中华实用儿科临床杂志 2024年第1期39卷 49-53页

作者：孟凡亮向才鑫张建中尤元海传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析, 从基因组大数据中提取前噬菌体信息, 并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析, 了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法回顾性研究。收集下... 详细信息

目的通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析, 从基因组大数据中提取前噬菌体信息, 并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析, 了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法回顾性研究。收集下载GenBank数据库中截至2020年5月发布的GAS基因组组装序列, 整理菌株重要背景信息建立本地化基因组数据库。利用生物信息学软件构建GAS全基因组系统发生树, 进行核心基因组分析, 并对基因组中潜在的前噬菌体及其完整性进行预测, 获得前噬菌体分布特征。统计数据库中基因型种类、核心基因数量及前噬菌体的数量、长度和携带率。结果建立了包含2 529株GAS基因组序列的数据库, 涵盖140种血清型(emm基因型)。分离地点主要包括东亚、欧洲、美洲、大洋洲19个国家和地区。分离菌株疾病背景主要分为侵袭性感染、非侵袭性感染和免疫继发症3类;共鉴定出1 005个核心基因, 这些基因在95%以上菌株中均存在;对其中1 798条序列分析发现, 有1 366条序列存在1个或以上完整的前噬菌体, 携带率为76.0%。每株菌携带完整前噬菌体的数量范围为0~6个, 长度范围为32.8~62.6 kb, 主要分布在30~40 kb。中国菌株近些年优势克隆中存在的前噬菌体主要为phiHKUssa、phiHKUvir和phiHKU488, 主要携带speC、spd1和ssa 3种毒力基因。结论前噬菌体在GAS基因组中分布广泛, 可能在其种群优势克隆演变和扩张过程中发挥重要作用, 进而重塑特定emm基因型内部种群结构。GAS基因组数据库的建立为GAS病原监测提供了重要数据支撑。

关键词：基因组 A族链球菌种群结构数据库噬菌体

2017-2022年淄博市诺如病毒流行特征及病原学基因分析

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中国病原生物学杂志 2024年第5期19卷 562-565页

作者：张玲曹海霞郑加玉孙晓明陈梦迪傅忠燕靳淼山东省淄博市疾病预防控制中心山东淄博255026 山东省疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室

目的分析2017-2022年淄博市诺如病毒感染性疫情流行特征及优势基因型,为诺如病毒感染防控提供科学依据。方法用描述性流行病学方法,对2017-2022年淄博市诺如病毒感染性疫情流行病学资料和实验室检测资料进行统计分析。结果2017-2022年... 详细信息

目的分析2017-2022年淄博市诺如病毒感染性疫情流行特征及优势基因型,为诺如病毒感染防控提供科学依据。方法用描述性流行病学方法,对2017-2022年淄博市诺如病毒感染性疫情流行病学资料和实验室检测资料进行统计分析。结果2017-2022年淄博市共报告35起诺如病毒感染性疫情,其中托幼机构23起,中学7起,餐饮机构3起,小学和养老机构各1起,不同场所罹患率有统计学意义;报告发病917人,罹患率为8.30%,疫情总体呈上升趋势,年均增长率为10.76%;城市29起,农村6起,罹患率城市高于农村,差异有统计学意义;85.71%的诺如病毒感染性疫情与人传人传播有关,每年10月至次年3月是诺如病毒感染性疫情高峰期(68.57%,24/35);35起疫情中,以诺如病毒GⅡ组为主(阳性率80.00%,176/220),GI组检出率为13.641%(30/220),GⅨ组检出率低(6.36%,14/220);基因分型GⅡ.2[P16]占比最高(占35.71%,10/28),其次GⅡ.4[P16](占14.29%,4/28)、GⅡ.3[P12](占10.71%,3/28)和少数其他重组基因型。结论淄博市诺如病毒感染性疫情呈现上升趋势,托幼机构是发生诺如病毒感染性疫情的主要场所,诺如病毒感染性疫情主要为GⅡ组为主,GⅡ.2[P16]基因型为优势基因型,合并多种重组型的流行特征,加强诺如病毒分子流行病学监测,有利于掌握诺如病毒流行病学特征,为科学防控提供理论依据。

关键词：诺如病毒感染性疫情流行特征基因型