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2012-2023年882例重症手足口病病例病原谱及CV-A6基因特征分析

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病毒学报 2024年第2期40卷 383-391页

作者：路环环肖金波严冬梅冀天娇杨倩祝双利张勇传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 国家卫生健康委员会生物安全重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

为了解重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)病原谱变化情况以及重症HFMD相关柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)的基因特征,本研究收集了2012-2023年各省级HFMD监测网络实验室送检的882份重症HFMD病例病毒分离物,... 详细信息

为了解重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)病原谱变化情况以及重症HFMD相关柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)的基因特征,本研究收集了2012-2023年各省级HFMD监测网络实验室送检的882份重症HFMD病例病毒分离物,通过扩增病毒的VP1编码区进行分子分型以确定肠道病毒的血清型,并对其中的CVA6进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定分析,进行最大似然法系统进化树和氨基酸置换熵值等生物信息学分析。结果发现,2018年开始,以CVA6和CVA10为主的肠道病毒逐渐取代EV-A71和CV-A16成为导致重症HFMD的主要病原体,在每年检出的病原体中的比例均超过50.0%。除2013年重症HFMD中分离的CVA6属于D2基因亚型外,2013年后重症HFMD中分离的CVA6均属于D3a基因亚型,但2019年以后分离的CVA6序列与以往分离株序列的进化距离明显增大。此外,针对氨基酸位点的置换熵值研究表明,参与构成构象表位的VP1-283易发生突变,该位点从2017年开始由亲水的苏氨酸突变成疏水的丙氨酸,导致其可能分别与VP3-57N、VP3-66R之间形成氢键,这可能会影响到病毒的感染过程。本研究明确了2012-2023年中国重症HFMD病原谱的变化特征,探究了导致重症HFMD的CVA6的进化特点以及重要氨基酸变异特征,为重症HFMD的预防控制策略的制定提供了理论依据。

关键词：重症手足口病病原谱柯萨奇病毒A组6型系统进化氨基酸置换熵值

人GⅡ.14诺如病毒VLP抗原性及组织血型抗原结合特征

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病毒学报 2024年第4期40卷 705-715页

作者：欧阳瑄泽柴鹏弟宋敬东靳淼李利利李金松孙晓曼段招军甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730020 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

本研究旨在制备人GⅡ.14诺如病毒的(Norovirus,NoV)病毒样颗粒(Virus⁃like particle,VLP),探索其抗原性与组织血型抗原结合的特征。利用杆状病毒系统表达人GⅡ.14 NoV VP1蛋白,通过超速离心和分子筛层析纯化VLP;将VLP免疫动物制备兔多... 详细信息

本研究旨在制备人GⅡ.14诺如病毒的(Norovirus,NoV)病毒样颗粒(Virus⁃like particle,VLP),探索其抗原性与组织血型抗原结合的特征。利用杆状病毒系统表达人GⅡ.14 NoV VP1蛋白,通过超速离心和分子筛层析纯化VLP;将VLP免疫动物制备兔多抗血清,通过免疫印迹(Western blot,WB)、酶联免疫吸附(ELISA)进行抗原性评价及多抗功能验证;利用唾液结合实验检测人GⅡ.14 VLP的糖结合特征;通过蛋白序列及结构比较分析GⅡ.14 P蛋白潜在的糖结合位。纯化获得人GⅡ.14 VP1蛋白,电镜观察显示可以形成结构较为均一的VLP;制备的兔多抗能与GⅡ.14 VLP特异性结合,与检测的其他基因型VLP没有交叉反应;唾液结合实验表明GⅡ.14 VLP与人A/B/O/AB型别唾液都有较好的结合;序列和结构分析显示GⅡ.14 P蛋白模拟结构与GⅡ.9最为接近,具有与GⅡ.9以及流行株GⅡ.4等相似的潜在糖结合区。本研究表明GⅡ.14具有较为广泛的唾液结合特性,通过序列比对和结构学方法分析了GⅡ.14潜在的受体结合机制,为不同型别NoVs的流行监测提供了更多依据。

关键词：诺如病毒病毒样颗粒组织血型抗原

中国罕见A组轮状病毒DS-1样G3P[8]的全基因组分子特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第1期38卷 29-36页

作者：熊光萍魏宇航彭蕊范佳欣唐晓苹黄枝妙董梦洁车如意李丹地甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 北京市通州区卫生健康监督所北京101100 福建省疾病预防控制中心福州350012

目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR... 详细信息

目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.***.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。

关键词： A组轮状病毒全基因组 DS-1-like G3P 分子特征

我国2019—2023年登革热报告病例流行病学特征

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中国热带医学 2024年第8期24卷 925-930页

作者：李卓威黄晓霞田婷婷李阿茜杜珊珊何广学李建东传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 滨州医学院公共卫生学院山东烟台264003

目的分析我国2019—2023年登革热报告病例的流行病学特征,为登革热防控工作提供科学依据。方法利用Joinpoint回归、SaTScan及ArcGIS等软件对中国疾病预防控制信息系统(NNDRS)中报告的登革热病例数时间、空间和人间分布特征及发展趋势进... 详细信息

目的分析我国2019—2023年登革热报告病例的流行病学特征,为登革热防控工作提供科学依据。方法利用Joinpoint回归、SaTScan及ArcGIS等软件对中国疾病预防控制信息系统(NNDRS)中报告的登革热病例数时间、空间和人间分布特征及发展趋势进行分析。结果我国2019—2023年共报告病例43095例,平均报告发病率为0.61/10万,年报告发病率波动显著(AAPC=-3.16%,95%CI:-54.16%~91.47%),主要集中在2019年和2023年,约占近5年总报告病例数的96.83%。各年龄组人群均可发病,30~病例占22.6%。全年均有病例发生,6月份开始快速上升,高峰期集中在8—10月份,为34780例(RR=12.44,LLR=29262.52,P病例主要来源于东南亚地区(占86.56%),其中柬埔寨3284例(占46.11%)、缅甸1851例(占25.99%)为病例主要来源国家。不同年份有显著不同,西南地区、华南地区、华东地区发生本地传播疫情风险高,高发地区主要分布在云南和广东,疫情高峰期持续时间受本地传播疫情早期及时性发现影响,疫情峰值与有防控措施落实有效性有关,疫情规模受境外输入压力和本地疫情防控措施落实能力影响。结论随着全球登革热传播日益上升的趋势,我国发生登革热本地传播疫情风险增加,宜加强早期疫情主动监测和做好本地传播疫情发生后预防控制方案、人员、技术和物质的准备,因地制宜探索跨境流动人员的管理,及时进行风险评估,有效降低输入引发本地传播疫情风险。

关键词：登革热流行病学特征发病时空分析境外输入中国

引起2017年兰州市一起疱疹性咽峡炎暴发疫情的CV-A2的基因特征分析

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病毒学报 2024年第3期40卷 574-579页

作者：陈建华于德山武海卓赵哲赵晓虹张勇张晓曙甘肃省疾病预防控制中心甘肃省传染病病原学重点实验室兰州730000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室北京102206

为了解引起2017年10月甘肃省兰州市一起疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)暴发疫情的致病病原体及其病原学特征,对采集的患儿的37份咽拭子样本开展病毒分离培养,然后对分离到的毒株采取一代测序获取VP1区全长核苷酸序列,根据分子定型的方法... 详细信息

为了解引起2017年10月甘肃省兰州市一起疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)暴发疫情的致病病原体及其病原学特征,对采集的患儿的37份咽拭子样本开展病毒分离培养,然后对分离到的毒株采取一代测序获取VP1区全长核苷酸序列,根据分子定型的方法进行肠道病毒型别鉴定。根据VP1区核苷酸差异选择3个毒株进行二代测序,获取全基因组序列。使用MEGA软件(版本号11.0)进行病毒的核苷酸,氨基酸相似性分析,VP1区的氨基酸突变位点分析,并构建系统发育树,使用Simplot(版本号3.5.1)软件进行病毒重组分析。本次疫情中分离到的毒株鉴定为柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus A 2, CV-A2),分子分型显示属于D基因型,且VP1区第102位氨基酸发生了丙氨酸到甘氨酸(A102G)的突变,与省内2014-2015年分离到的两株CV-A2毒株在该位置的突变不同。重组分析发现,病毒在P2区和P3区发生了以CV-A4为主的重组事件。本次疫情的致病病原体CV-A2存在着VP1区氨基酸A102G的特征性变异及P2区和P3区的重组,需要加强对肠道病毒的变异和重组的监测和研究,以提升预警能力。

关键词：疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒A2型基因组特征性突变重组变异分子流行病学

柯萨奇病毒A组16型VP1-145位氨基酸变异影响对硫酸乙酰肝素结合能力的初步探究

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病毒学报 2024年第2期40卷 346-356页

作者：宗彦君孙甜甜王蕊刘莹李冀琛孙强刘志军张勇潍坊医学院潍坊261053 传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 国家脊髓灰质炎实验室国家卫生健康委员会实验室生物安全重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)与肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是国内导致手足口病的重要病原体,二者同源,来自共同祖先,基因组结构相同,并且均使用硫酸乙酰肝素(Heparan sulfate,HS)作为吸附受体。本研究基于E... 详细信息

柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)与肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是国内导致手足口病的重要病原体,二者同源,来自共同祖先,基因组结构相同,并且均使用硫酸乙酰肝素(Heparan sulfate,HS)作为吸附受体。本研究基于EV-A71的VP1-145位氨基酸位点的相关研究结果,分析CVA16的VP1-145氨基酸差异,选取3株中国流行的,在该位点具有差异的CVA16,进行对HS结合能力影响的研究。使用不同浓度肝素酶Ⅰ处理人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞,比较不同CVA16株对肝素酶Ⅰ处理前后的RD细胞的吸附能力,以及接种后12h,24h,48h后各毒株在RD细胞的复制情况。结果表明,在使用5mIU/mL和10mIU/mL浓度肝素酶Ⅰ水解RD细胞表面的HS后,VP1-145氨基酸位点为甘氨酸(Glycine,G)的CVA16对RD细胞的吸附能力下降,其下降程度与肝素酶Ⅰ的作用浓度呈正相关,且影响了后续12h,24h,48h病毒在RD细胞中的复制,其差异具有统计学意义(P病毒致病力之间的关系,对三株病毒进行2日龄ICR乳鼠感染实验。通过观察乳鼠生存率、临床评分、体重变化,来评估不同CVA16株在小鼠感染模型中的致病力差异。结果表明,CVA16(VP1-145E)的致病力明显强于CVA16(VP1-145G)。后对三株病毒进行全基因组测序,测序结果显示,除VP1-145位点外,三株CVA16还存在其他的差异位点,故后续我们又通过反向遗传学拯救病毒,对VP1-145位点的作用机制进行了进一步的探讨。本研究结果证实,VP1-145位点的氨基酸变异会影响CVA16与HS的结合能力,145位点为E的病毒,其与HS的结合能力较差,当145位点由E突变至G时,病毒与HS的结合能力增强,其与RD细胞的结合能力受到肝素酶Ⅰ的影响。本研究为CVA16毒力位点与致病机制的研究提供了一定的理论基础。

关键词：柯萨奇病毒A组16型 VP1-145位点硫酸乙酰肝素致病力

咖啡酸苯乙酯对朊病毒体外复制、扩增和纤维形成的抑制作用研究

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中华预防医学杂志 2024年第7期58卷 1011-1019页

作者：晁志悦贾筱溪曾嘉锋武月章肖康高利萍石琦董小平陈操传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室、国家卫生健康委医学病毒和病毒病重点实验室、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 中国疾病预防控制中心-中国科学院武汉病毒研究所新发传染病与生物安全联合研究中心、中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430071

目的探究咖啡酸苯乙酯(CAPE)对朊病毒(PrPSc)复制、扩增及纤维形成的影响及可能的机制。方法通过CCK8实验检测CAPE处理3、7 d后朊病毒感染细胞模型SMB-S15的细胞活力,得出CAPE对SMB-S15的最大安全浓度;选取安全范围内的浓度处理细胞,利... 详细信息

目的探究咖啡酸苯乙酯(CAPE)对朊病毒(PrPSc)复制、扩增及纤维形成的影响及可能的机制。方法通过CCK8实验检测CAPE处理3、7 d后朊病毒感染细胞模型SMB-S15的细胞活力,得出CAPE对SMB-S15的最大安全浓度;选取安全范围内的浓度处理细胞,利用蛋白质免疫印迹方法分析CAPE处理前后细胞内PrPSc的含量变化。利用蛋白质错误折叠循环扩增(PMCA)技术和蛋白质免疫印迹方法检测CAPE处理前后扩增产物中PrP^(Sc)的含量变化。利用实时震动蛋白诱导扩增(RT-QuIC)技术检测CAPE处理前后朊蛋白纤维形成的变化情况。通过分子相互作用检测CAPE与小鼠重组全长朊蛋白的结合能力。结果 CCK8细胞活力实验结果显示:1 μmol/L CAPE处理细胞3、7 d时细胞存活率与对照组相比,差异无统计学意义(均P>0.05),当CAPE浓度超过1 μmol/L时,CAPE处理细胞3、7 d细胞存活率降低,与对照组之间差异均存在统计学意义(均P实验结果显示:CAPE处理3、7 d均可检测到SMB-S15细胞中PrPSc含量的降低(均P实验产物通过蛋白质免疫印迹方法检测结果显示:经CAPE处理后,适应株SMB-S15、139A、ME7的PMCA扩增产物中PrPSc含量(相对灰度值)降低,与对照组相比差异有统计学意义(均P实验结果显示:CAPE处理后139A、ME7、SMB-S15小鼠适应株和朊病毒感染细胞SMB-S15在反应中形成朊蛋白纤维(ThT峰值)均降低,且CAPE对不同种子朊蛋白纤维的抑制程度差异有统计学意义(均P<0.05),其中对ME7的抑制作用更明显。分子相互作用结果显示:CAPE与鼠源重组朊蛋白存在明显的分子结合,平衡解离常数KD为(2.92±0.41)×10^(-6) mol/L。结论 CAPE对PrPSc体外复制、扩增和纤维形成均具有抑制作用,可能与CAPE和朊蛋白特异性结合有关。

关键词：咖啡酸苯乙酯朊病毒朊蛋白

应用气-液两相呼吸道类器官从中国临床住院患儿中分离鉴定人副流感病毒1/2/3

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病毒学报 2024年第2期40卷 274-282页

作者：余玙璠吴伟波牛培华宋敬东霍威邦胡月超刘俊彤魏岚邓瑶杨扬朱娜谭文杰中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室北京100052 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 深圳市病原微生物与免疫重点实验室国家感染性疾病临床医学研究中心深圳市第三人民医院深圳518112

人副流感病毒(Human parainfluenza viruses,hPIVs)是引起人类呼吸道感染的重要病原体之一,目前我国相关临床毒株资源有限,本研究旨在获得近期流行、背景明晰的hPIVs临床分离株。应用原代人呼吸道上皮细胞分化的气-液界面呼吸道上皮类器... 详细信息

人副流感病毒(Human parainfluenza viruses,hPIVs)是引起人类呼吸道感染的重要病原体之一,目前我国相关临床毒株资源有限,本研究旨在获得近期流行、背景明晰的hPIVs临床分离株。应用原代人呼吸道上皮细胞分化的气-液界面呼吸道上皮类器官(Air-liquid interface human airway epithelial organoid,HAE),从深圳市第三人民医院2016~2017年住院患儿hPIVs阳性咽拭子标本中分离获得hPIV1/2/3,分别命名为hPIV1/C-Tan/SZ01/2016、hPIV2/C-Tan/SZ01/2017、hPIV3/C-Tan/SZ01/2017。通过逆转录荧光定量PCR (Reversetranscriptionquantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)检测病毒核酸扩增、免疫荧光检测病毒蛋白在HAE的表达、负染及超薄切片透射电镜观察病毒形态和细胞定位,并对传代过程中病毒的活性、遗传稳定性和基因组特征进行分析。结果表明基于HAE分离hPIVs可以高效获得hPIVs临床分离株,所获毒株具有典型的病毒形态特征。三种hPIVs在HAE中复制良好且遗传稳定,病毒滴度均可达到约107 TCID50/100μL。对分离获得的hPIV1/2/3临床分离株进行全基因组及HN基因进行序列测定,结果表明:hPIV1全长为15568bp,属于hPIV1 C亚型;hPIV2全长15694bp,属于hPIV2 A3亚型;hPIV3全长15443bp,属于hPIV3 C3亚型,提示3株临床分离株与我国普遍流行的基因型相一致。综上,本研究应用HAE从近期住院患儿临床样本中成功分离获得生物学特性和基因组背景清晰且遗传稳定的hPIV1/2/3毒株。这些临床流行毒株资源的分离鉴定,为hPIVs的感染特点和致病机制的深入研究及抗病毒药物筛选和疫苗研发奠定了基础。

关键词：人副流感病毒病毒分离鉴定人呼吸道上皮类器官

2017-2022年北京市某区GⅡ.2[P16]型诺如病毒感染疫情的分子流行病学特征分析

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疾病监测 2024年第6期39卷 692-698页

作者：王彦波赵宇何牧杨艳辉李湛张赫贾楠靖灯节刘盛田彭涛荆红波靳淼北京市顺义区疾病预防控制中心北京101300 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

目的了解2017—2022年北京市某区GⅡ.2[P16]诺如病毒感染疫情的分子流行特征。方法收集2017年1月至2022年12月北京市某区诺如病毒相关疫情信息及样本,应用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行诺如病毒检测,阳性样本通过逆转录PCR扩增、测... 详细信息

目的了解2017—2022年北京市某区GⅡ.2[P16]诺如病毒感染疫情的分子流行特征。方法收集2017年1月至2022年12月北京市某区诺如病毒相关疫情信息及样本,应用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行诺如病毒检测,阳性样本通过逆转录PCR扩增、测序和序列分析;并获得2022年诺如病毒的3株GⅡ.2[P16]全基因组序列。结果2017年1月至2022年12月,共报告诺如病毒暴发137起,83起成功获得基因分型,其中GⅡ.2[P16]占35.04%(48/137),为主要基因型,其季节高峰在冬春季,主要发生在托幼机构和小学。根据基因组进化结果分析,本研究2022年3株GⅡ.2[P16]基因组在VP1与GⅡ.2[P16]亚群(2019—2022)同属一簇;RdRp区与GⅡ.2[P16]亚群(2018—2022)同属一簇。在非结构蛋白P48出现3个氨基酸变异,包括P44S、M163 T和V227I,在RdRp区出现一个氨基酸位点变异,为S1645C。结论GⅡ.2[P16]是2017年1月至2022年12月引起北京市某区诺如病毒疫情的优势流行株,持续监测和基因组分析有助于全面了解流行株变异和进化机制。

关键词：诺如病毒 GⅡ.2[P16] 全基因序列