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Establishment of microsatellite-based triplex pcr for parentage analysis of Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis

Acta Oceanologica Sinica 2007年第2期26卷 65-74页

作者： GAO Huan KONG Jie HU Ping MENG Xianhong LUAN Sheng ZHANG Tianshi Jiangsu Key Laboratory of Marine Biotechnology Huaihai Institute of Technology Lianyungang 222005 China Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources of Ministry of Agriculture Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences Qingdao 266071 China

Through exploring the microsatellite primers from the random genome sequences of Chinese shrimp （Fenneropenaeus chinensis）, some microsatellite primers were obtained with rich polymorphic genetic information, and a triplex pcr was established using three primers （RS1101, RS0683 and H081 primers）. By adjusting the final concentration of Mg^2＋, dNTP and primers, and using a touch-town pcr program, the optimum amplification parameters of pcr system were obtained, which could successfully amplify the three primers in a pcr reaction. In the denatured PAGE gel, the amplified DNA fragments of three primers RS1 101,RS0683 and H081 could be easily identified each other. For the triplex pcr system, the PPE （probabilities of paternity exclusion） is 0.967 9,and the DP （discrimination power） is 0.999 *** the triplex pcr to test ten individuals of a parentage and their parents, an individual was excluded from the parentage in all of the three microsatellite loci, which might be mixed into the parentage for some unknown reason such as factitious misplay. The triplex pcr will be of great practical value in identifying the parentages of F. chinensis.

关键词： multiplex pcr touch-down pcr microsatellite parentage analysis Fenneropenaeus chinensis

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Cloning and Analysis of the Promoter Region of Rat uPA Gene

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Journal of Reproduction and Contraception 2007年第1期18卷 1-10页

作者： Yan LIU Jin-wen XIONG Li-gang CHEN Yong-hong TIAN Cheng-liang XIONG i Medical College HuazhongUniversity of Science and Technology Wuhan 430030China

Objective To clone and analyze the promoter sequence of rat urokinase plasminogen activator protein gene. Methods The genomic DNA was extracted from rat testicular tissue. According to urokinase plasminogen activator, the gene sense primer and antisense primer of uPA gene were designed and synthesized, then touch-down pcr were performed. After proper purification, the pcr product was sequenced, analyzed with the promoter prediction software and compared with the DNA sequence of rattuas urokinase plasminogen activator. Results The cloned uPA gene was about 1 572 bp in length, which contained a full open-reading frame with 21 bp in length exons, and the upper region of transcriptional start was 1 551 bp in length which was eucaryon transcriptional control area. The 5＇ UTR had a promoter region including a non-responsive TATA-box. Not only the GC-box binding region was found in this gene, but also active protein I （AP1） and SP1 were seen in other regions. Conclusion A 1 572 bp uPA gene fragment （GenBank accession No.X65651） was obtained from rat genomic DNA library, containing eucaryon transcriptional control area with a promoter region, non-conspicuous TATA-box, GC-box and an extron. A non-responsive TATA-box is located at the upper -30 region.

关键词： rat testicular tissue urokinase plasminogen activator touch-down pcr promoter region eucaryou transcriptional control area

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广西猪源沙门氏菌的分离鉴定及其生物学特性的研究

广西猪源沙门氏菌的分离鉴定及其生物学特性的研究

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作者：黄福标广西大学

学位级别：硕士

沙门氏菌(Salmonella)是兽医和医学临床上最常见的一类食源性人畜共患致病菌,对畜禽养殖业的发展和人类的健康造成了极大的危害。在集约化养猪生产的过程中,为了防治猪病和促进猪的生长,抗菌药物被广泛的使用,导致沙门氏菌的耐药性问题... 详细信息

沙门氏菌(Salmonella)是兽医和医学临床上最常见的一类食源性人畜共患致病菌,对畜禽养殖业的发展和人类的健康造成了极大的危害。在集约化养猪生产的过程中,为了防治猪病和促进猪的生长,抗菌药物被广泛的使用,导致沙门氏菌的耐药性问题日益突出。生猪是沙门氏菌的重要贮藏宿主,沙门氏菌可通过其进行传播,进而对食品造成污染,危害公共卫生。本研究从广西区某屠宰厂的生猪和南宁、贵港、柳州三个地区规模化猪场的临床健康猪共采集样品235份,经细菌分离纯化、生化试验、血清学试验、pcr鉴定和致病性试验等,共获得39株沙门氏菌,检出率为16.6%(39/235)。其中从南宁市某生猪屠宰场屠宰猪的肠道采集样品131份,分离到沙门氏菌35株。在被调查的三个猪场中,南宁地区猪场采集新鲜猪粪样品44份,分离到沙门氏菌1株,检出率为2.3%(1/44);贵港地区猪场采集新鲜猪粪样品30份,分离到沙门氏菌1株,检出率为3.3%(1/30);柳州地区猪场采集新鲜猪粪样品30份,分离到沙门氏菌2株,检出率为6.6%(2/30)。39株沙门氏菌分离株分属4个血清群：B群19株,其中的11株为德尔卑沙门氏菌;C1群1株,为里森堡沙门氏菌;C2群1株;E1群8株;剩下的8株属于A-F群。39株沙门氏菌中有33株对小白鼠具有致病性,致病率高达84.62%(33/39)。致病性高的有26株,死亡率为100%(3/3),其余依次5株,死亡率为66.67%(2/3);2株死亡率为33.33%(1/3)。对31种抗生素的感受性试验中,39株沙门氏菌对青霉素G、新生霉素、苯唑西林的耐药率最高,分别为100%、94.9%、94.9%。耐5种以上抗生素的多重耐药菌株达到100%(39/39),最常见的多重耐药谱为PEN-OXA-NOV-VAN-TMP,占分离菌株的84.62%(33/39)。表明广西区不同猪群临床健康猪不同程度携带有沙门氏菌,分离菌株耐药性严重,多重耐药率极高。对39株广西沙门氏菌分离株,运用touch-down pcr扩增7种毒力基因(invA、hiLA、sipA、sopA、sopB、sopD、sopE2), Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类整合子及27种耐药基因：喹诺酮类耐药基因(qnrA、qnrB、qnrS、aac(6’)-Ib),超广谱β-内酰胺酶类耐药基因(TEM、SHV、OXA、blaTEM、blaPSE)、氨基糖苷类耐药基因(aadA1、aadA2、aadB、aph(3’)-Ⅱa、aacC2、aac(3’)-Ⅱa、 strA、strB)、磺胺类耐药基因(Sul1、sul2、sul3)、氯霉素类耐药基因(Catl、 Cat2、CmlA、Flor)、四环素类耐药基因(tetA、tetB、tetG)。结果表明,39株沙门氏菌7种毒力基因invA、hilA、sipA、sopA、sopB、sopD、sopE2的检出率分别为100%、87.18%、84.62%、5.13%、66.67%、48.72%、35.9%。Ⅰ类整合子检出率为46.15%(18/39)其中可变区检出率为7.9%(3/39)。对沙门氏菌进行27种耐药基因的检测,共检测出21利,耐药基因。所检测的耐药基因tetA、sul2、qnrB较为普遍,检出率分别为69.23%、69.23%、56.41%;耐药基因Flor、tetG、TEM、blaTEM、aadA2、strB、sull、qnrS、strA、Sul3、 OXA、aph(3’)-Ⅱa、tetB、aac(6’)-Ib、cmlA、aac(3)-Ⅱa、aacC2、aadAl、的检出率分别为46.15%、41.03%、38.46%、38.46%、38.46%、35.90%、35.90%、28.21%、28.21%、28.21%、25.64%、25.64%、25.64%、23.08%、20.51%、12.82%、7.69%、5.13%,未能检测至Cat1、Cat2、qnrA、SHV、blaPSE、 aadB基因。

关键词：沙门氏菌血清群多重耐药毒力基因整合子耐药基因 touch-down pcr

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