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一株同时携带optrA和cfrC基因的猪源多重耐药结肠弯曲菌的全基因组测序

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微生物学通报 2023年第8期50卷 3538-3549页

作者：唐梦君张小燕周倩陆俊贤唐修君张静杨星星陈薇高玉时江苏省家禽科学研究所江苏扬州225125

【背景】弯曲菌(Campylobacter)是一种世界范围内能引起胃肠炎的最常见食源性病原菌,对临床上重要的抗菌药物耐药越来越严重,对食品安全和公共健康造成重大威胁。【目的】研究一株同时携带optr A和cfr C基因的猪源结肠弯曲菌(Campylobac... 详细信息

【背景】弯曲菌(Campylobacter)是一种世界范围内能引起胃肠炎的最常见食源性病原菌,对临床上重要的抗菌药物耐药越来越严重,对食品安全和公共健康造成重大威胁。【目的】研究一株同时携带optr A和cfr C基因的猪源结肠弯曲菌(Campylobactercoli)耐药表型和耐药基因,同时对该菌全基因组特征、毒力基因分布情况以及optr A和cfr C基因环境进行分析。【方法】采用琼脂平板稀释法进行最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)测定,并且对该菌进行全基因组测序。【结果】该菌株对四环素、克林霉素、阿奇霉素、氟苯尼考和利奈唑胺呈现高度耐药,对环丙沙星和庆大霉素敏感。全基因组测序得到一条大小为1436486 bp的环状DNA(GC含量为31.63%),携带四大类抗生素中共计12种耐药基因,均定位于染色体上,其中氨基糖苷类耐药基因数量最多。此外,携带包含黏附、侵袭和移动等相关毒力基因83个,其中与移动相关的毒力基因数量最多。对4个基因岛分析发现,基因岛GIs002和GIs003中含有耐药基因序列,cfr C位于基因岛GIs002上,与aph(3′)-Ⅲa相连,两侧与转座酶相连,optr A位于染色体上,在其上、下游两侧与插入序列integrase/IS607 family相连,转座酶和插入序列可介导耐药基因水平转移。【结论】本研究通过全基因组测序分析了多重耐药结肠弯曲菌的基因组信息以及存在的耐药及毒力基因情况,可移动遗传元件(转座酶和插入序列)在结肠弯曲菌耐药传播中起着重要作用,该研究结果为弯曲菌耐药风险评估提供了参考依据。

关键词：结肠弯曲菌全基因组测序 optrA cfrC

临床来源利奈唑胺耐药粪肠球菌optrA基因传播机制研究

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临床来源利奈唑胺耐药粪肠球菌optrA基因传播机制研究

作者：胥艳玲昆明医科大学

学位级别：硕士

【目的】肠球菌属广泛存在于哺乳动物肠道和自然环境中,在老年人和免疫功能低下的患者中,肠球菌被认为是危及生命的第二至第三大最常见的医院病原体。利奈唑胺主要用于治疗多重耐药革兰氏阳性菌导致的感染,利奈唑胺耐药肠球菌的出现削... 详细信息

【目的】肠球菌属广泛存在于哺乳动物肠道和自然环境中,在老年人和免疫功能低下的患者中,肠球菌被认为是危及生命的第二至第三大最常见的医院病原体。利奈唑胺主要用于治疗多重耐药革兰氏阳性菌导致的感染,利奈唑胺耐药肠球菌的出现削弱了利奈唑胺治疗VRE,MASA疗效。获得optrA基因是导致肠球菌对利奈唑胺耐药的主要机制之一,给临床抗感染治疗带来了极大的困难,因此迫切需要开展对利奈唑胺耐药肠球菌耐药基因的扩散机制研究。本研究通过对我院2018年9月-2022年7月收集的optrA基因阳性的利奈唑胺耐药粪肠球菌进行传播机制研究,通过MLST分型、药物敏感性实验、质粒接合实验和全基因组测序等手段,检测optrA基因的可转移性,对optrA基因环境进行分析,全面了解利奈唑胺耐药粪肠球菌耐药基因的流行特点、耐药表型相关性、亲缘关系及optrA基因环境。旨在明确optrA基因在利奈唑胺耐药粪肠球菌中传播机制,为临床治疗及耐药菌的防控提供理论科学依据。【方法】1.收集2018年9月至2022年7月期间昆明医科大学第二附属医院医院临床分离的非重复肠球菌,收集的菌株冻存于-80℃冰箱。经MALDI-TOF MS和微量肉汤稀释法测定利奈唑胺MIC≥8μg/m L的粪肠球菌有39株作为实验菌株。2.采用聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)法扩增粪肠球菌7个管家基因aro E,gdh,gki,gyd,pst S,xpt,yqi L,并对阳性产物进行测序验证,使用Pub MLST在线数据库分析得出optrA基因阳性的利奈唑胺耐药粪肠球菌的ST分型及克隆传播情况。3.通过药物敏感性实验和全基因组测序,了解optrA基因阳性的利奈唑胺耐药的粪肠球菌的耐药表型和耐药基因型,通过接合实验,分析optrA基因水平传播机制及遗传环境,为耐药性防控以及临床抗生素的合理用药提供理论基础。【结果】1.2018年9月-2022年7月共收集到经MALDI-TOF MS和微量肉汤稀释法测定利奈唑胺MIC≥8μg/m L的粪肠球菌有39株作为实验菌株。样本来源包括:尿液22株(57%,22/39)、引流液7株(18%,7/39)、创面分泌物4株(10%,4/39)、脓液2株(5%,2/39)、血液2株(5%,2/39)、胆汁2株(5%,2/39);科室主要分布为泌尿外科和ICU。利奈唑胺耐药的粪肠球菌均表现为多重耐药,对四环素、米诺环素、红霉素、克林霉素和氯霉素的耐药率较高,均在80%以上。对呋喃妥因、青霉素、氨苄西林、万古霉素、替考拉宁耐药率较低。2.39株利奈唑胺耐药粪肠球菌携带耐药基因18种,四环素类耐药基因tet(M)携带率最高97.4%(38/39),其次是氯霉素类耐药基因fex A携带率为92.3%,optrA基因携带率76.9%(30/39),对30株optrA基因阳性利奈唑胺耐药粪肠球菌进行MLST分型,结果显示:共分为21种ST型,ST16是optrA基因阳性利奈唑胺耐药粪肠球菌占比最多的ST型,占30.0%(8/30),其次是ST585,占10.0%(3/30),同源性分析显示未出现院内克隆传播的情况。3.选取10株optrA基因阳性的利奈唑胺耐药的粪肠球菌作为供体,粪肠球菌JH2-2作为受体进行接合实验,仅有3株接合成功,接合成功率为30%(3/10)。接合子较JH2-2利奈唑胺的MIC值有4倍升高。对optrA基因阳性的利奈唑胺耐药的粪肠球菌进行耐药基因分析,发现optrA基因和fex A、erm(A)基因共同定位的情况,能随着质粒转移至受体菌,导致受体不仅对利奈唑胺耐药,同时对红霉素和氯霉素耐药。【结论】optrA基因是利奈唑胺耐药粪肠球菌主要耐药机制,能通过接合的方式在种内水平传播,利奈唑胺耐药粪肠球菌能同时携带多种耐药基因,表现为多重耐药情况,optrA基因能和其他耐药基因如fex A、erm(A)的共同定位水平转移,水平转移能同时携带多种导致耐药基因同时转移,造成耐药菌的播散甚至爆发流行。ST16是本院利奈唑胺耐药粪肠球菌主要的ST型,同源性分析显示未发生克隆传播现象。

关键词：肠球菌利奈唑胺利奈唑胺耐药粪肠球菌 optrA 全基因组测序传播机制

猪场内不同来源肠球菌optrA基因的传播机制

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猪场内不同来源肠球菌optrA基因的传播机制

作者：李幸运河南农业大学

学位级别：硕士

肠球菌(Enterococcus)广泛存在于土壤,植物,人类和动物胃肠道,是一种重要的革兰氏阳性条件致病菌。同时,肠球菌被认为是多种耐药基因的储存库,能够加速耐药基因的扩散传播。养殖业因细菌耐药而导致的治疗失败,不仅影响经济效益,而且对... 详细信息

肠球菌(Enterococcus)广泛存在于土壤,植物,人类和动物胃肠道,是一种重要的革兰氏阳性条件致病菌。同时,肠球菌被认为是多种耐药基因的储存库,能够加速耐药基因的扩散传播。养殖业因细菌耐药而导致的治疗失败,不仅影响经济效益,而且对人类健康也造成巨大威胁。optr A基因是一种最近发现的可同时介导酰胺醇类药物(动物专用)和恶唑烷酮类药物(医用)耐药的基因,自2015年首次发现以来,在世界范围内的医学临床、养殖动物、屠宰场、零售肉制品等多种来源分离的菌株中均有报道。本研究从某规模化猪场采集猪、鸟和养殖人员的粪便、苍蝇、蜘蛛、污水、饮用水样本,分离鉴定肠球菌。通过PCR检测、药物敏感性试验、全基因组测序、耐药基因型分析、MLST分型、核心基因组单核苷酸多态性分析、接合试验、S1-PFGE和Southern blot等技术手段,探讨在规模化生猪养殖模式条件下的局部生态环境中,optr A基因及携带该基因的可移动遗传元件的水平传播特征及传播机制。种属鉴定结果显示,共分离到158株肠球菌,其中粪肠球菌137株、屎肠球菌1株、铅黄肠球菌14株、鹑鸡肠球菌3株、海氏肠球菌1株,鸟肠球菌2株。optr A基因筛查结果显示,共有125株optr A阳性菌,其中,粪肠球菌106株,屎肠球菌1株,铅黄肠球菌14株,鹑鸡肠球菌4株,鸟肠球菌1株。采用肉汤稀释法测定optr A阳性肠球菌对10种抗菌药物的敏感性,结果显示,所有的optr A阳性肠球菌对替加环素和万古霉素敏感,对其它几类抗生素表现出不同程度的耐药性。根据optr A阳性肠球菌全基因组测序结果进行耐药基因型分析,发现肠球菌耐药表型与耐药基因携带情况一致且存在一种耐药谱型对应多种耐药基因型的情况。optr A阳性粪肠球菌和屎肠球菌多位点序列分型(MLST)结果显示,除获得18个已知ST型外,还获得了10个新ST型。其中,ST691是主要流行ST型,宿主来源也最丰富。对106株optr A阳性粪肠球菌进行亲缘关系分析,发现猪、水、鸟、蜘蛛来源的部分粪肠球菌亲缘关系相近,提示optr A阳性粪肠球菌能够在养殖场范围内不同宿主之间传播;同一宿主来源的optr A阳性粪肠球菌亲缘关系复杂,提示optr A基因可能在这些菌株间发生水平转移。对optr A阳性肠球菌进行optr A基因遗传环境分析,结果显示optr A基因定位于Tn6674/Tn6674-like的比例为71/106。携带Tn6674/Tn6674-like的粪肠球菌分属多个ST型,亲缘关系复杂,同时分布于所有来源。选择携带Tn6674/Tn6674-like的不同来源、不同ST型的粪肠球菌为供体菌进行接合转移试验,结果显示,接合转移频率的范围是7.3×10-3.5×10。利用16S r RNA测序、MLST分型、重叠PCR和药敏试验验证接合子,结果显示,不同来源、不同ST型粪肠球菌中的Tn6674/Tn6674-like均可发生接合转移,对野生株和接合子进行S1-PFGE、Southern blot和三代测序验证,证实Tn6674/Tn6674-like位于染色体上,在接合过程中通过同源重组的方式水平转移至受体菌株的染色体。综上所述,本研究发现optr A阳性肠球菌在该规模化猪养殖场中广泛流行,且optr A阳性肠球菌多重耐药情况严重;通过MLST分型和核心基因组单核苷酸多态性分析,发现optr A阳性粪肠球菌在猪场范围内不同宿主间可能发生交互传播,水源(饮水、污水)、虫媒(蜘蛛)、鸟等环境介质在生猪养殖场内optr A基因的传播中可能发挥重要作用;对optr A遗传环境分析以及Tn6674/Tn6674-like可转移性分析,揭示了Tn6674/Tn6674-like发生水平转移的分子机制。

关键词：肠球菌 optrA Tn6674 流行特征基因水平转移

猪场环境中耐药基因的流行及携带optrA、mcr-1和tet（X4）菌株的传播特征

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猪场环境中耐药基因的流行及携带optrA、mcr-1和tet（X4）菌株的...

作者：马胜男河南农业大学

学位级别：硕士

抗菌药的长期使用导致耐药菌株不断出现并广泛传播。目前,细菌耐药性日益严重,是降低抗菌药及常规联合用药疗效,制约养殖业发展及威胁临床抗感染治疗的突出问题。由于可转移的新型抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的... 详细信息

抗菌药的长期使用导致耐药菌株不断出现并广泛传播。目前,细菌耐药性日益严重,是降低抗菌药及常规联合用药疗效,制约养殖业发展及威胁临床抗感染治疗的突出问题。由于可转移的新型抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的不断出现,作为治疗多重耐药细菌感染的“最后一道防线”药物如替加环素、黏菌素和利奈唑胺等在临床中的应用面临巨大的挑战。养殖场中的耐药基因可以通粪肥和污水传播到农作物,进而传播到人,给人类食品安全以及公共卫生造成威胁。本研究采集猪场粪池粪便、干湿分离的污水以及污水灌溉的农田土壤,通过宏基因组测序和耐药菌株筛选,比较猪场环境中耐药基因的数量及变化规律,探索耐药基因的传播机制,评估耐药基因的传播风险,为人医临床菌株溯源及临床用药提供理论依据。2021年冬季和夏季,从河南某猪场采集粪池粪便、干湿分离的污水和污水灌溉的农田土壤样本,并对三种样本进行宏基因组测序分析。结果显示猪场环境中的抗性基因在粪便-污水-农田传播过程中数量依次减小。算术平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)和排列多变量分析(Analysis of similarities,ANOSIM)聚类结果相对一致,均显示冬季污水(DS)和夏季粪便(XF)、夏季农田(XT)和冬季农田(DT)样本聚类,其他样本分离,组间差异大于组内差异。从所有样本中共检测到15种抗性机制,其中多重耐药、大环内酯类-林可酰胺类-链阳菌素类(Macrolides-lincosamids-streptogramins,MLS)和四环素类耐药机制占比较高,分别为32.44%～43.96%、10.79%～17.30%和10.05%～12.87%。门水平上分析六种样本,发现厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、酸杆菌门是六中样本里较常见的菌门,其中厚壁菌门最丰富。从所有样本中共检测到1173种ARGs亚型,每种样本中ARGs亚型的数量差异不大,其中DT样本中ARGs亚型最丰富为983种,XF样本中ARGs亚型最少为883种。六种样本中共有的ARGs亚型占657种,这657种ARGs亚型中检出率最高的是ABC转运系统相关的基因mac B(7.24%)。从162份环境样本中共分离出革兰氏阳性菌19株,革兰氏阴性菌150株。19株革兰氏阳性菌中有两株携带optr A基因,分别为ST506粪肠球菌21W5和ST2062屎肠球菌21W6。药敏试验结果显示,21W5和21W6对除替加环素外的11种抗菌药物均表现耐药,属于多重耐药菌株。S1-PFGE和Southern杂交显示,菌株21W5和21W6的optr A基因均位于78kb左右大小的质粒上。全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)与Blast比对结果表明,21W5中质粒p W5-2(76420 bp)与粪肠球菌E211中p E211质粒(登录号MK784777.1)覆盖率98%的基因序列存在99.95%的同源性,21W6中携带optr A的质粒p W6-2(67732 bp)与屎肠球菌P47中p47-61质粒(登录号CP091102.1)覆盖率65%的基因序列存在98.46%的同源性。两质粒中optr A基因均位于IS1216介导的IS1216-fex A-optr A-erm(A)-IS1216复合转座子上,该结构广泛存在于粪肠球菌和屎肠球菌中。对150株革兰氏阴性菌进行8类14种抗菌药物药敏试验,发现粪便样本中分离出的菌株耐药情况最为严重,污水次之,农田土壤中分离出的菌株耐药率最小,这与宏基因组分析结果吻合。来源于粪便的菌株对氨苄西林的耐药情况最严重,耐药率为100%,对阿米卡星均敏感。来源于污水的菌株对多西环素、四环素、氟苯尼考的耐药率在68.25%～82.54%之间,对美罗培南均敏感。来源于土壤的菌株对氨苄西林的耐药情况最严重,耐药率为80.00%,对头孢喹肟、美罗培南、阿米卡星、环丙沙星均敏感。PCR及测序结果显示,18株分离株携带tet(X4)基因,10株携带mcr-1基因。PFGE将18株tet(X4)阳性菌分为15种脉冲场图谱,与大肠杆菌C600接合成功16株,接合子中有Inc FIA、Inc W、Inc FIB和Inc P四种质粒类型。10株携带mcr-1菌株的PFGE结果可分为9种脉冲场图谱,与大肠杆菌C600接合成功9株,接合子中有Inc FIB、Inc Frep B和Inc HI1三种质粒类型。综上所述,猪场环境中的ARGs数量在粪便-污水-农田传播过程中依次减小,粪便中分离出的菌株耐药情况最严峻。21W5和21W6中IS1216-fex A-optr A-erm(A)-IS1216复合转座子在粪肠球菌和屎肠球菌中的广泛传播可能与IS1216移动原件密切相关。革兰氏阴性菌中携带

关键词：宏基因组测序 WGS optrA tet(X4) mcr-1

新疆部分地区动物源肠球菌耐药性调查及耐药基因optrA传播机制的研究

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新疆部分地区动物源肠球菌耐药性调查及耐药基因optrA传播机制的...

作者：陈万昭新疆农业大学

学位级别：硕士

为了解新疆不同动物源肠球菌的耐药性和耐药基因携带情况,并指导临床针对不同动物合理用药,探究噁唑烷酮类耐药基因optr A在新疆不同动物源粪肠球菌中的传播机制和流行特征。从新疆9个县区的养殖场采集样品,进行肠球菌的分离鉴定。对分... 详细信息

为了解新疆不同动物源肠球菌的耐药性和耐药基因携带情况,并指导临床针对不同动物合理用药,探究噁唑烷酮类耐药基因optr A在新疆不同动物源粪肠球菌中的传播机制和流行特征。从新疆9个县区的养殖场采集样品,进行肠球菌的分离鉴定。对分离得到的肠球菌采用CLSI推荐的琼脂稀释法进行11种抗菌药物最小抑菌浓度的测定,用PCR方法进行10种耐药基因的检测。使用MLST与PFGE分子分型、接合转移试验和全基因组测序技术重点调查了optr A基因在新疆动物源粪肠球菌中的流行特征和传播机制。从新疆9个县区的养殖场分别采集猪、牛、羊、骆驼、马、鸡和鸽的粪样共771份,共分离到599株肠球菌,其中粪肠球菌最多（350株）,占全部肠球菌的58.4%,不同动物源肠球菌种的分布情况不同。肠球菌分离株对庆大霉素、四环素、红霉素、多西环素和利福平的耐药率高,养殖过程中应减少这五种药物的使用,可根据药敏结果选用氨苄西林、恩诺沙星和氟苯尼考等敏感性高的药物来提高疗效;肠球菌分离株中aac（6’）/aph（2"）基因检出率（84.5%）最高,tet M、aph（3’）-Ⅲ和erm（B）基因的检出率也高达60.0%以上,与药敏结果相符,应注意四环素类、大环内酯类和氨基糖苷类药物的使用。在除羊外的其他5种动物源肠球菌中,均检出噁唑烷酮类耐药基因optr A。29株optrA阳性粪肠球菌经过MLST和PFGE分型后,被分为13种ST型（包括3个新的等位基因组合）和19种PFGE带型,昌吉某猪场的优势ST型为ST714与ST1168,不同动物源optr A阳性粪肠球菌的同源性关系不大。13株阳性粪肠球菌能够将optr A基因传递给受体菌JH2-2,对其中9株非同一克隆型的供体菌进行全基因组测序,共检出20种耐药基因,耐药基因种类多且遗传环境复杂,相关部门应加强监管,并且持续对细菌耐药性及重要耐药基因进行定期监测。骆驼源粪肠球菌F109（是一个新的等位基因组合ST1171）携带的optr A基因定位在一个74 497 bp的质粒上,与国内外人医与兽医报道的多个质粒同源性较高,其水平转移元件为IS1216E-optr A-IS1216E。综上,新疆不同动物源肠球菌呈现多药耐药率高、耐药谱广、耐药基因携带率高的特点,建议养殖场加强抗菌药物的规范使用,结合药敏试验结果,针对不同动物合理使用抗菌药物。新疆动物源粪肠球菌中optr A基因携带率较高,并且其主要传播方式为水平转移,可转移质粒是其在新疆动物源粪肠球菌中流行的重要载体。本研究初步探索了optr A基因在新疆动物源粪肠球菌中的流行和传播特征,应进一步对其它重要耐药基因在不同动物源肠球菌中的分布和传播进行系统研究。

关键词：肠球菌耐药性粪肠球菌 optrA 传播机制

恶唑烷酮类药物利奈唑胺耐药基因optrA研究进展

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中国人兽共患病学报 2020年第8期36卷 672-677页

作者：刘保光贺丹丹白明陈毅恒汪保英栗俞程胡功政苗明三许二平河南中医药大学中医药科学院河南省仲景方药现代研究重点实验室河南农业大学牧医工程学院

抗生素在疾病的预防与治疗过程中发挥了极其重要的作用,但细菌耐药性问题变得日趋严重,加重了临床治疗疾病的难度,给人类公共安全构成了潜在威胁。恶唑烷酮类药物主要用于革兰阳性菌导致的严重感染,尤其对多重耐药菌、如MRSA等导致的感... 详细信息

抗生素在疾病的预防与治疗过程中发挥了极其重要的作用,但细菌耐药性问题变得日趋严重,加重了临床治疗疾病的难度,给人类公共安全构成了潜在威胁。恶唑烷酮类药物主要用于革兰阳性菌导致的严重感染,尤其对多重耐药菌、如MRSA等导致的感染有较好的效果。我国学者于2015年首次发现编码恶唑烷酮类药物耐药基因optrA,它在质粒或染色体上都可以存在,但大多位于质粒上。目前,耐药基因optrA在肠球菌、松鼠葡萄球菌及链球菌中已有报道,这表明该基因具有较强的跨菌传播能力,关于optrA基因的流行与传播,应当引起高度重视。本文对这一新耐药基因optrA的研究进展进行综述,以期为临床合理用药,耐药菌株的检测及阐明耐药的传播机制提供参考。

关键词：恶唑烷酮利奈唑胺耐药基因 optrA

耐药基因cfr和optrA在猪源葡萄球菌的流行特征

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中国兽医科学 2021年第2期51卷 234-241页

作者：陆毅兴马振报邱阳阳陈林曾东平刘健华曾振灵李亚菲华南农业大学广东省兽药研制与安全评价重点实验室广东广州510642 国家兽医微生物耐药性风险评估实验室广东广州510642 广东省农业科学院农产品公共监测中心广东广州510640

为了解多重耐药基因cfr、optrA在猪源葡萄球菌中的流行分布,对来自广东省河源市和上海市3个猪场的280份鼻腔拭子样品,使用氟苯尼考(10μg/mL)甘露醇平板进行细菌分离,PCR检测cfr和optrA耐药基因,并通过gap基因进行菌种鉴定,采用琼脂稀... 详细信息

为了解多重耐药基因cfr、optrA在猪源葡萄球菌中的流行分布,对来自广东省河源市和上海市3个猪场的280份鼻腔拭子样品,使用氟苯尼考(10μg/mL)甘露醇平板进行细菌分离,PCR检测cfr和optrA耐药基因,并通过gap基因进行菌种鉴定,采用琼脂稀释法对16种常用抗菌药物进行药敏试验。结果显示,本研究共分离获得38株葡萄球菌(分离率为13.57%),包括25株cfr阳性菌株(检出率为8.93%)和15株optrA阳性菌株(检出率为5.36%),其中2株葡萄球菌同时检出cfr及optrA基因。gap基因鉴定表明,15株optrA阳性葡萄球菌均为松鼠葡萄球菌,23株cfr阳性葡萄球菌成功分为4个不同葡萄球菌亚种,包括12株松鼠葡萄球菌、8株腐生葡萄球菌、2株马胃葡萄球菌及1株科氏葡萄球菌。药敏结果显示,38株cfr/optrA葡萄球菌均为多重耐药菌株,均对氟苯尼考、克林霉素和泰妙菌素耐药,且对部分药物表现出较高耐药率,如沃尼妙林(94.7%)、氨苄西林(92.0%)及四环素(89.5%),但所有菌株对万古霉素敏感。对比在不同生长阶段分离葡萄球菌中cfr及optrA的检出率,cfr和optrA基因主要流行于育肥猪。结果表明,3个猪场葡萄球菌cfr和optrA的检出率高,耐药情况严重,应加强抗菌药物在养殖过程中规范使用以减缓耐药性的产生和传播。

关键词： cfr optrA 葡萄球菌猪流行与分布

多重耐药基因optrA在猪链球菌中的流行特点及防控策略

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多重耐药基因optrA在猪链球菌中的流行特点及防控策略

作者：王长珍中国农业科学院

学位级别：硕士

青霉素的发现和使用,成功挽救了成千上万条生命。然而,随着抗生素的不合理使用,动物源细菌耐药性问题日益突出。动物源细菌耐药性的产生速度远超过了新抗生素的研发速度。因此,对重要耐药基因开展流行病学和传播机制及防控策略研究是当... 详细信息

青霉素的发现和使用,成功挽救了成千上万条生命。然而,随着抗生素的不合理使用,动物源细菌耐药性问题日益突出。动物源细菌耐药性的产生速度远超过了新抗生素的研发速度。因此,对重要耐药基因开展流行病学和传播机制及防控策略研究是当前控制耐药快速传播的重要途径之一。近些年,多重耐药猪链球菌的出现给临床防控猪链球菌病带来了严峻挑战。新型耐药基因optrA是第二个可介导噁唑烷酮类和苯丙醇类药物耐药的可转移耐药基因,由于它可引起人医临床治疗革兰氏阳性菌感染“最后一道防线”药物利奈唑胺和泰地唑胺的耐药以及自身高度的可转移性。因此,已引起了国内外学者的高度重视。虽然optrA基因在猪链球菌中已有零星报道,但关于其在我国猪链球菌中的流行特点和传播机制还缺乏系统性的研究。因此,开展此项研究为临床防控多重耐药猪链球菌的快速传播提供理论支持。2017～2019年间,从河南、黑龙江、广东、宁夏、新疆、青海、江西和内蒙古八省市屠宰场采集健康猪肺组织样品,经THA鲜血平板进行猪链球菌分离鉴定后,利用PCR和基因分型方法进行菌株间的亲缘关系分析;采用微量肉汤稀释法测定分离株对14种抗菌药的最小抑菌浓度;通过S1-PFGE和Southern blot对optrA基因进行定位;应用最新三代Oxford Nanopore测序技术结合二代Illumina测序技术对代表性菌株进行全基因组测序,对optrA基因的基因环境进行对比分析;利用同源重组和电击转化方法对新发现的7种optrA突变体进行功能性验证。结果表明,从国内不同地区8个屠宰场采集的肺脏样品中共分离、鉴定猪链球菌98株,其中optrA分离率为25.5%（25/98）,且optrA基因均位于猪链球菌染色体上;血清型、PFGE谱型和MLST序列型的分型结果呈现多样性,发现了10种新的MLST型,菌株间亲缘关系较远;分离菌株对多种不同类型抗菌药耐药严重,尤其是对四环素、氟苯尼考和红霉素耐药严峻;通过对全基因组测序分析发现,8株菌株中存在IS1216E+optrA+IS1216E结构,通过反向PCR检测,均存在环状中间体,部分菌株optrA基因位于整合与接合元件（ICE）ICESa2603上,而且ICESa2603可跨种转移到肠球菌中;7种新发现的optrA突变体均发挥作用。研究结果提示,我国不同地区屠宰场健康猪群中分离到optrA阳性猪链球菌,无疑给食品安全和人们的健康带来了潜在的威胁。综上,在猪链球菌中,optrA基因可与插入序列IS1216E形成环状中间体插入整合到染色体上,同时optrA基因还可通过ICE从染色体上脱离进行水平传播。本研究为optrA基因在猪链球菌中的防控提供科学依据。

关键词： optrA 猪链球菌耐药性全基因组测序

首次在副猪链球菌中发现噁唑烷酮耐药基因cfr(D)和optrA

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中国预防兽医学报 2021年第9期43卷 1027-1027页

作者： ZHU YAO YANG QIN SCHWARZ S State Key Laboratory of Veterinary Biotechnology Harbin Veterinary Research Institute Chinese Academy of Agricultural Sciences Harbin 150069 China Institute of Microbiology and Epizootics Centre for Infection Medicine Department of Veterinary Medicine Freie Universität Berlin Berlin Germany

噁唑烷酮类药物中的代表药如利奈唑胺和泰地唑胺是治疗多重耐药革兰氏阳性菌引起严重感染的"最后一道防线"药物。然而,近几年在动物和人源病原菌中发现的可转移的噁唑烷酮耐药基因,显著将低了该类药物在临床感染中的治疗效果。截止目前... 详细信息

噁唑烷酮类药物中的代表药如利奈唑胺和泰地唑胺是治疗多重耐药革兰氏阳性菌引起严重感染的"最后一道防线"药物。然而,近几年在动物和人源病原菌中发现的可转移的噁唑烷酮耐药基因,显著将低了该类药物在临床感染中的治疗效果。截止目前,已经发现了7个噁唑烷酮类耐药基因。

关键词：耐药基因猪链球菌 optrA 噁唑烷酮 cfr