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基于叶绿体trnL-F序列以及matk序列探讨虎杖属与西伯利亚蓼的系统学位置

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植物分类学报 2008年第5期46卷 676-681页

作者：于文光樊守金许崇梅朱立涛侯元同林芙宇李法曾山东师范大学生命科学学院逆境植物重点实验室济南第三职业中等专业学校济南250001

以蓼科Polygonaceae酸模亚科Rumicoideae酸模族Rumiceae大黄属RheumL.作外类群,对蓼亚科Polygonideae蓼族Polygoneae 4属19种1变种的trnL-F序列以及16种1变种的matk序列进行了测定(部分序列取自GenBank)和聚类分析,探讨了虎杖属Reynoutria Houtt.和西伯利亚蓼Polygonum sibiricum Laxm.的系统学位置,结果表明:(1)虎杖属在两个严格一致树中都聚到了何首乌属Fallopia Adans.的内部,trnL-F序列的支持率为99%,matk序列的支持率为100%,说明虎杖属应归入何首乌属中,所以虎杖属的R.japonica Houtt.与R.sachalinense(F.Schmidt ex Maxim.)Nakai应分别命名为Fallopia japonica(Houtt.)RonseDecraene和F.sachalinense(F.Schmidt ex Maxim.)Ronse Decraene;(2)两个严格一致树都表明,西伯利亚蓼远离蓼属Polygonum L.,聚到了何首乌属的附近,两个序列支持率都为99%,应将该种从蓼属中移出来,提升为属级,即西伯利亚蓼属Knorringia Tzvel.,西伯利亚蓼应命名为Knorringia sibirica(Laxm.) Tzvel.。另外,本文对何首乌属与西伯利亚蓼属作了界定。

关键词： matk序列系统学西伯利亚蓼虎杖属 trnL-F序列

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基于不同序列对不同来源浙贝母的鉴定分析

中华中医药杂志 2024年第6期39卷 2855-2858页

作者：孙贝贝康显杰杜伟锋葛卫红李昌煜浙江中医药大学药学院杭州310053 宁海县中医院宁波315600 浙江中医药大学中药炮制技术研究中心杭州311401 浙江中医药大学中药饮片有限公司杭州311400 浙江中医药大学中医药科学院杭州310053

目的:基于ITS2、psbA-trnH、matk序列,探讨不同来源浙贝母的分子鉴定方法及系统进化关系。方法:分别提取7个来源浙贝母的DNA,经PCR扩增及测序,并用MEGA 7.0等软件对测序结果进行分析。结果:ITS2序列未检测到变异位点;psbA-trnH序列共检... 详细信息

目的:基于ITS2、psbA-trnH、matk序列,探讨不同来源浙贝母的分子鉴定方法及系统进化关系。方法:分别提取7个来源浙贝母的DNA,经PCR扩增及测序,并用MEGA 7.0等软件对测序结果进行分析。结果:ITS2序列未检测到变异位点;psbA-trnH序列共检测到124个变异位点,遗传距离变化范围为0~1.103;matk序列共检测到174个变异位点,遗传距离范围为0~0.289。3个野生种相比,象山野生种与各地栽培种源的遗传距离更小。邻接法(NJ)系统树分为两支,象山野生种和各地栽培种源聚为一类,长兴野生种和临平野生种聚为一类,与遗传距离分析结果一致。结论:基于ITS2、psbA-trnH、matk序列,栽培浙贝母地域分化不明显,有待进一步研究。另外,psbA-trnH和matk序列分析结果表明,3个野生种相比,象山野生种与各地栽培种源的亲缘关系更为接近,提示目前的栽培浙贝母可能均起源于象山,具体演化规律有待后续深入研究。

关键词：浙贝母 ITS2序列 psbA-trnH序列 matk序列遗传距离系统聚类亲缘关系

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广东紫珠matk基因的生物信息学分析

种子 2024年第1期43卷 130-136页

作者：李家敏潘芝玲王灿张兵锋宜春学院江西宜春336000

通过PCR扩增获得广东紫珠matk基因的完整核苷酸序列,利用生物信息学对matk基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸及高级结构预测,采用UPGMA算法对13种紫珠属... 详细信息

通过PCR扩增获得广东紫珠matk基因的完整核苷酸序列,利用生物信息学对matk基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸及高级结构预测,采用UPGMA算法对13种紫珠属植物构建系统进化树。结果表明,广东紫珠matk基因序列长度为1 524 bp,编码507个氨基酸,有10个开放阅读框;matk基因编码的成熟酶K蛋白含20种氨基酸,二级结构中α螺旋占49.11%、β转角4.45%、无规则卷曲28.21%,为不稳定亲水性蛋白;无信号肽、无跨膜结构,定位于叶绿体亚细胞器。系统进化聚类结果表明,广东紫珠与紫珠、Callicarpa mollis的亲缘关系较近。

关键词：广东紫珠 matk序列生物信息学序列分析

基于trnH-psbA和matk序列的油茶种子DNA条形码鉴定

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分子植物育种 2019年第15期17卷 5057-5065页

作者：戚华沙代佳妮杨英楠李思颖王健石林春吴友根赖杭桂胡新文于靖海南大学热带农林学院海口570228 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

本研究利用叶绿体基因组trnH-psbA和matk序列对不同物种的34份油茶种子进行DNA条形码鉴定,以分析这两个序列在鉴别越南油茶(Camellia vietnamensis)和普通油茶(Camellia oleifera)的效率。结果表明:34份供试材料的trnH-psbA序列全长395... 详细信息

本研究利用叶绿体基因组trnH-psbA和matk序列对不同物种的34份油茶种子进行DNA条形码鉴定,以分析这两个序列在鉴别越南油茶(Camellia vietnamensis)和普通油茶(Camellia oleifera)的效率。结果表明:34份供试材料的trnH-psbA序列全长395 bp、11个变异位点,系统发育树将普通油茶聚为一支,支持率为72%;matk序列全长837 bp、2个变异位点,系统发育树将越南油茶与高州油茶聚为一支,支持率为64%。可见,trnH-psbA序列和mat K序列结合,可对普通油茶和越南油茶与其他供试油茶物种进行有效鉴别。

关键词：越南油茶(Camellia vietnamensis) 普通油茶(Camellia oleifera) DNA条形码 trnH-psbA序列 matk序列

基于matk基因序列的核桃种间亲缘关系分析

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东北农业大学学报 2014年第6期45卷 24-31页

作者：宋艳波梅霞王勇王金胜吴国良山西农业大学生命科学学院山西太谷030801 山西省农业科学院果树研究所山西太谷030801 河南农业大学园艺学院郑州450002

matk基因是陆地植物核心条码候选片段之一,文章通过克隆获得22个核桃品种matk基因近3'端长度为726 bp EST序列,运用序列分析技术探索matk在核桃种间关系研究中的价值。结果表明,在所测的matk基因的核苷酸序列中发生变异的核桃品种均属... 详细信息

matk基因是陆地植物核心条码候选片段之一,文章通过克隆获得22个核桃品种matk基因近3'端长度为726 bp EST序列,运用序列分析技术探索matk在核桃种间关系研究中的价值。结果表明,在所测的matk基因的核苷酸序列中发生变异的核桃品种均属早实核桃类群,而晚实核桃类群无变异发生;推导氨基酸序列分析显示薄壳香由于发生突变,提前终止翻译而只编码173个氨基酸,而其他品种均编码234个氨基酸;采用近邻接树法和最大简约法构建的系统进化树显示,22个品种核桃分为5个组,其中扎343与其他21个品种有明显差异,8个新选育的品种中金薄丰1号较为突出;而辽核1号与西扶1号亲缘关系最近。对matk基因深入研究将为核桃种质资源保护、杂交育种及开发运用提供分子生物学依据。

关键词：核桃 matk序列早实类群进化树

基于trnH-psbA和matk序列的不同种油茶种苗DNA条形码分析

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热带作物学报 2021年第3期42卷 611-619页

作者：代佳妮于靖戚华沙郑蔚王健吴友根赖杭桂胡新文海南大学园艺学院海南海口570228 海南大学热带作物学院海南海口570228

为有效鉴别出不同种油茶种苗,收集101份不同种油茶种苗作为试材,其中18份越南油茶、79份普通油茶、1份博白大果油茶、3份红花油茶,利用叶绿体基因组trnH-psbA和matk序列进行扩增并测序分析,随后对序列进行拼接及特征分析,并计算样本种... 详细信息

为有效鉴别出不同种油茶种苗,收集101份不同种油茶种苗作为试材,其中18份越南油茶、79份普通油茶、1份博白大果油茶、3份红花油茶,利用叶绿体基因组trnH-psbA和matk序列进行扩增并测序分析,随后对序列进行拼接及特征分析,并计算样本种间及种内遗传距离,构建系统发育树。结果表明:101份供试材料的trnH-psbA序列全长381 bp,有10个变异位点,可通过变异位点鉴别出越南油茶、红花油茶及部分普通油茶,系统发育树将越南油茶聚为一支,自展支持率为64%;matk序列全长797 bp,有5个变异位点,可通过变异位点鉴别出越南油茶、红花油茶及部分普通油茶,系统发育树将红花油茶聚为一支,越南油茶聚为一支,自展支持率分别为65%和64%。因此,trnH-psbA序列可对越南油茶进行有效鉴别,而matk序列可对越南油茶和红花油茶进行有效鉴别。该研究结果对避免油茶种苗混杂、规范海南油茶种苗市场有一定的指导意义。

关键词： trnH-psbA序列 matk序列油茶 DNA条形码

ITS，rbcL和matk序列作为中药鸡骨草条形码的研究

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ITS，rbcL和matK序列作为中药鸡骨草条形码的研究

作者：王晓明遵义医学院

学位级别：硕士

目的：对不同来源的鸡骨草及其习用品毛鸡骨草的ITS(内转录间隔区)序列,rbcL序列(1,5-二磷酸核酮糖羧化酶的大亚基基因),matk序列(叶绿体赖氨酸基因(trnK)的内含子)进行序列测定以及对比分析,探讨不同来源的同种植物在序列遗传上的差异... 详细信息

目的：对不同来源的鸡骨草及其习用品毛鸡骨草的ITS(内转录间隔区)序列,rbcL序列(1,5-二磷酸核酮糖羧化酶的大亚基基因),matk序列(叶绿体赖氨酸基因(trnK)的内含子)进行序列测定以及对比分析,探讨不同来源的同种植物在序列遗传上的差异,同时对比不同植物(尤其是中药鸡骨草和其伪品)的碱基排列顺序的差异,为建立中药鸡骨草的DNA条形码奠定基础,并为分子水平鉴定物种(中草药)提供参考依据。方法：(1)利用改良的CTAB法提取靶植物样品的总DNA。(2)采用被子植物通用的ITS序列引物以及豆科植物通用的rbcL引物和matk引物对靶样品的三段序列进行PCR扩增,然后对扩增结果进行测序分析。(3)利用CodonCode Aligner和MEGA5.1软件对获得的序列进行聚类分析,计算出种间和种内遗传距离,建立系统发育邻接树。(4)将获得的所有序列申请提交到GeneBank中,获得GeneBank登录号。结果：(1)以改良的CTAB法所提取植物样品的总DNA经过紫外可见分光光度计的检测,OD260/280比值位于1.676到1.884之间,符合PCR扩增的要求,可以作为PCR扩增时的模板。(2)将扩增的三段序列分别进行测序,测序结果显示,ITS序列的长度为692bp～702bp;rbcL序列的长度为745bp～746bp;matk序列的长度为887bp-895bp。(3)将所得到的序列进行对比分析,不同地区同种植物之间存在个别的碱基变异,但遗传距离很小;不同种植物之间的碱基序列存在有变异(缺失,插入的现象频繁),遗传距离较大。利用遗传距离的远近可以准确的区分开不同物种。(4)最后将所有的序列登录NCBI数据库中,获得GeneBank登录号;为药用植物数据库增添新的内容。结论：ITS, rbcL和matk序列均可以正确的区分开不同的豆科植物,但无法准确的区分开不同地区的同种植物。为分了水平上的物种鉴定提供了依据。初步建立了中药鸡骨草的DNA条形码,为植物通用DNA条形码片段的研究提供了参考数据。

关键词：鸡骨草 ITS序列 rbcL序列 matk序列 DNA条形码

应用叶绿体matk和rbcL序列初步探讨笃斯越桔种质资源遗传多样性

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应用叶绿体matK和rbcL序列初步探讨笃斯越桔种质资源遗传多样性

作者：苏强延边大学

学位级别：硕士

笃斯越桔(Vaccinium uliginosum L.)为杜鹃花科(Ericaceae)越桔属(Vaccinium)多年生落叶灌木或小灌木,果实中花青苷、黄酮醇苷等成分含量高于常见果蔬,具有突出的抗氧化活性。本研究以采自不同野生居群的40个笃斯越桔样本为材料,PCR扩... 详细信息

笃斯越桔(Vaccinium uliginosum L.)为杜鹃花科(Ericaceae)越桔属(Vaccinium)多年生落叶灌木或小灌木,果实中花青苷、黄酮醇苷等成分含量高于常见果蔬,具有突出的抗氧化活性。本研究以采自不同野生居群的40个笃斯越桔样本为材料,PCR扩增叶绿体matk和rbcL基因片段,进行序列比对并进行单倍型分析,探讨两个基因片段应用于笃斯越桔遗传多样性分析的可行性,结果表明:1.设计并合成了两对DNA条形码引物,以来自不同野生居群笃斯越桔的40个样本为材料,进行PCR扩增,40个笃斯越桔样本matk序列测序片段长度均为883bp,rbcL序列测序片段长度均为599bp,与GeneBank查阅到的笃斯越桔同源一致性达到99%,说明成功地克隆了笃斯越桔matk和rbcL基因片段。2.40个笃斯越桔matk序列中发现16个变异位点和8个潜在的简约信息位点,可划分为15个单倍型,序列平均的核苷酸多样性为0.00357,平均单倍型多样性为0.8551,各居群的Hd值介0.400-1.000,其中位于长白山东方红林场的N居群单倍型多样性最高,为1.000,H2单倍型在单个居群的5个样本占比最大,为80%,H2单倍型在不同居群的40个样本中占比最高,达到27.5%,说明H2单倍型在居群内和居群间均有较高的占比。3.40个笃斯越桔rbcL序列中发现5个变异位点和2个潜在的简约信息位点,可划分为7个单倍型,平均的核苷酸多样度为0.00095,平均单倍型多样性为0.465,各居群的Hd值介于0.000-0.700,其中位于汪清兰家林场的S居群的单倍型多样性最高,为0.700,H1单倍型在N居群和P居群中占比100%,H1单倍型在8个居群中均有分布,H1单倍型在不同居群的40个样本中占比最高,达到70%,说明H1单倍型在居群内和居群间均有较高的占比。4.对于DNA序列的研究,通常是用单倍型个数、核苷酸多样性和单倍型多样性来衡量群体的遗传多样性。综合分析表明笃斯越桔遗传多样性处于较低水平,本试验中笃斯越桔matk序列的遗传多样性较高,rbcL序列的遗传多样性较低,因此得出matk序列更适合笃斯越桔种质资源的遗传多样性研究。

关键词：笃斯越桔 matk序列 rbcL序列 DNA条形码遗传多样性

连香树科及其近缘植物matk序列分析和系统学意义(英文)

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生态科学 2003年第2期22卷 113-115,129页

作者：章群聂湘平施苏华黄椰林谈凤笑张宏达暨南大学科学技术学院广州510632 中山大学科学学院广州510275

测定和分析了连香树科(Cercidiphyllaceae)、交让木科(Daphniphyllaceae)、金缕梅科(Hamamelidaceae)代表植物的叶绿体matk序列(5’端31bps除外),以木兰属作为外类群,应用邻接法构建分子系统树,结果表明:连香树科与水青树科的亲缘关系... 详细信息

测定和分析了连香树科(Cercidiphyllaceae)、交让木科(Daphniphyllaceae)、金缕梅科(Hamamelidaceae)代表植物的叶绿体matk序列(5’端31bps除外),以木兰属作为外类群,应用邻接法构建分子系统树,结果表明:连香树科与水青树科的亲缘关系较远。连香树科、交让木科和金缕梅科形成了一个自展数据支持率(bootstrap)为100％的单系类群,其中金缕梅科枫香属(Liquidambar)、红花荷属(Rhodoleia)和金缕梅属(Hamamelis)虽构成了一个单系类群,但自展数据支持率仅为68％;连香树科与交让木科构成的单系分支自展数据支持率仅为53％。由于连香树科、交让木科、金缕梅科之间的进化距离相当短,表明这3个科之间亲缘关系密切,内部分支的自展数据支持率不高,表明它们之间准确的亲缘关系有待进一步研究。本研究结果与rbcL、aptB、18SrDNA序列分析结果相似,但自展数据支持率更高,表明matk序列分析可应用于较高等级分类群系统发育关系的研究。

关键词：连香树科 matk序列系统发育交让木科金缕梅科