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A likelihood-based method for haplotype association studies of case-control data with genotyping uncertainty

Science China Mathematics 2006年第1期49卷 130-144页

作者： ZHU Wensheng GUO Jianhua School of Mathematics and Statistics Northeast Normal University Changchun 130024 China School of Mathematics and Statistics Northeast Normal University Changchun 130024 China

This paper discusses the associations between traits and haplotypes based on Fl (fluorescent intensity) data sets, We consider a clustering algorithm based on mixtures of t distributions to obtain all possible genotypes of each individual (i.e. "GenoSpectrum"). We then propose a likelihood-based approach that incorporates the genotyping uncertainty to assessing the associations between traits and haplotypes through a haplotypebased logistic regression model, Simulation studies show that our likelihood-based method can reduce the impact induced by genotyping errors.

关键词： haplotype-based association GenoSpectrum case-control study genotyping error logistic regres-

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