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基于iTRAQ技术研究锰离子缺乏对植物乳杆菌的影响

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中国食品学报 2020年第9期20卷 203-211页

作者：程新董英李昆太江西省农业微生物资源开发利用工程实验室南昌330045 江西农业大学生物科学与工程学院南昌330045 江苏大学食品与生物工程学院江苏镇江212013

利用iTRAQ技术研究锰离子缺乏对发酵6 h和9 h的植物乳杆菌胞内蛋白表达情况。锰离子缺乏发酵6 h后共鉴定出56种差异蛋白,其中31种蛋白表达上调,25种表达下调。发酵9 h后,共鉴定出78种差异蛋白,其中40种蛋白表达上调,38种蛋白表达下调,共... 详细信息

利用iTRAQ技术研究锰离子缺乏对发酵6 h和9 h的植物乳杆菌胞内蛋白表达情况。锰离子缺乏发酵6 h后共鉴定出56种差异蛋白,其中31种蛋白表达上调,25种表达下调。发酵9 h后,共鉴定出78种差异蛋白,其中40种蛋白表达上调,38种蛋白表达下调,共有16种蛋白在2个时间点均表现出显著性差异。锰离子缺乏,乳酸菌胞内多种核糖体结构蛋白的表达量总体下调,而与DNA修复和应激反应相关的蛋白则显著上升,其中UspA家族蛋白是上升最为显著的蛋白之一,说明锰离子缺乏使菌体处于非正常的应激状态。GO和KEGG分析表明:锰离子对丙酮酸代谢、氨基酸代谢等多条代谢通路都有极为显著的影响,说明锰离子是维持乳酸菌正常代谢水平必需的重要因子。

关键词：植物乳杆菌锰离子 iTRAQ 蛋白质组学

基于iTRAQ技术研究冻藏条件对中华管鞭虾肌肉蛋白质的影响

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中国食品学报 2021年第11期21卷 120-132页

作者：石娟李勇勇周丽萍李超群王晴娄永江宁波大学食品与药学学院浙江宁波315211

运用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术,研究了以恒温冻藏和常规冻藏2种方式分别贮藏新鲜中华管鞭虾30,60,90 d后肌肉蛋白的表达差异,探索差异蛋白的分布、功能和虾在冻藏过程中的品质变化机制。结果表明:与新鲜中华管鞭虾相比,恒温... 详细信息

运用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术,研究了以恒温冻藏和常规冻藏2种方式分别贮藏新鲜中华管鞭虾30,60,90 d后肌肉蛋白的表达差异,探索差异蛋白的分布、功能和虾在冻藏过程中的品质变化机制。结果表明:与新鲜中华管鞭虾相比,恒温冻藏组中分别有79,105,125个差异蛋白;常规冻藏组中分别有100,125,141个差异蛋白。根据试验结果筛选出肌球蛋白重链和肌质钙结合蛋白2个鲜度指示蛋白。

关键词： iTRAQ 中华管鞭虾差异蛋白冻藏鲜度指示蛋白

基于iTRAQ技术的家系早发冠心病血瘀证外周血差异蛋白表达分析

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中华中医药杂志 2023年第3期38卷 1196-1201页

作者：张梦雪李仙福张书萌于子璇刘佳江雨洁谢婷陈伶利李杰湖南中医药大学长沙410208 上海中医药大学附属龙华医院上海200032 赣州市中医院赣州341000 湖南中医药大学中西医结合病原生物学湖南省重点实验室长沙410208

目的:应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术研究家系早发冠心病(PCHD)血瘀证患者外周血浆差异蛋白的表达情况,为研究疾病的发生机制提供依据。方法:2019年8月至12月在湖南中医药大学第一附属医院和长沙金润中医院收集冠心病病例101... 详细信息

目的:应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术研究家系早发冠心病(PCHD)血瘀证患者外周血浆差异蛋白的表达情况,为研究疾病的发生机制提供依据。方法:2019年8月至12月在湖南中医药大学第一附属医院和长沙金润中医院收集冠心病病例101例,从中筛选出家系PCHD血瘀证和家系PCHD非血瘀证患者各3例,并匹配健康对照组2例。采用iTRAQ技术对两组进行蛋白质组学研究,筛选出家系PCHD血瘀证的血浆差异蛋白。采用Western Blot验证差异蛋白纤维蛋白原γ链(FGG)、纤维蛋白原β链(FGB)。结果:与健康对照组相比,家系PCHD血瘀证组有差异表达蛋白32个(上调蛋白22个,下调蛋白10个),对差异蛋白进行基因本体(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,发现其生物学过程主要与角质细胞分化、纤维蛋白溶解、表皮结构组成等相关;其相关通路主要涉及金黄色葡萄球菌感染、补体系统、血小板激活等通路,其中FGG、FGB共同参与通路补体系统、血小板激活。对差异蛋白进行相互作用分析,发现多个蛋白存在相互联系,其中以FGG、FGB相互作用关系显著。验证结果显示,与健康对照组比较,家系PCHD血瘀证组FGG、FGB蛋白表达量显著增加(P<0.01)。结论:FGB、FGG蛋白表达上调可能是家系PCHD血瘀证发病机制之一。

关键词：早发冠心病血瘀证家系 iTRAQ 纤维蛋白原γ链纤维蛋白原β链

基于iTRAQ技术的山葡萄授粉前后雌蕊差异蛋白分析

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分子植物育种 2023年第13期21卷 4236-4246页

作者：韩先焱许培磊杨义明舒楠王衍莉李昌禹路文鹏中国农业科学院特产研究所长春130112

通过蛋白质组学筛选和研究不同花性山葡萄授粉前后雌蕊的差异蛋白质变化,揭示山葡萄授粉受精过程的内在分子调控机制。利用iTRAQ技术筛选与鉴定授粉受精前后山葡萄两性花‘双丰’与雌能花‘左山一’雌蕊的差异蛋白。结果表明,COG注释的... 详细信息

通过蛋白质组学筛选和研究不同花性山葡萄授粉前后雌蕊的差异蛋白质变化,揭示山葡萄授粉受精过程的内在分子调控机制。利用iTRAQ技术筛选与鉴定授粉受精前后山葡萄两性花‘双丰’与雌能花‘左山一’雌蕊的差异蛋白。结果表明,COG注释的翻译后修饰、核糖体结构、能量产生、物质运输与代谢类的蛋白数量最多;共鉴定到351个差异表达蛋白,‘双丰’花后上调91个,下调58个;‘左山一’花后上调127个,下调75个;11条显著性富集的KEGG通路,主要包括:核糖体、光合作用、光合作用—天线蛋白、N-聚糖生物合成、内质网蛋白加工、过氧物酶体及代谢。差异表达蛋白主要涉及核糖体、光合作用、能量代谢与转换、花粉管生长,前三种蛋白的表达量均发生显著变化,花粉管生长蛋白只在‘双丰’中显著下调表达,‘左山一’授粉前后的雌蕊中均未检测到此类蛋白,可能与雄蕊发育存在一定关系。

关键词：山葡萄花性授粉受精 iTRAQ 差异蛋白

应用iTRAQ技术分析铵态氮胁迫对杨树根系蛋白质组学的影响

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东北林业大学学报 2022年第4期50卷 40-46页

作者：王红玲黄瑞芳施士争江苏省林业科学研究院南京211153

为研究杨树根系响应铵态氮胁迫的机理,以杨树“南林3412杨”无菌苗为试验材料,用NH;Cl溶液胁迫处理后,利用iTRAQ标记定量蛋白质组学技术,分析不同质量浓度的铵态氮胁迫处理下杨树根系的差异表达蛋白。结果表明:一共鉴定到266个差异蛋白... 详细信息

为研究杨树根系响应铵态氮胁迫的机理,以杨树“南林3412杨”无菌苗为试验材料,用NH;Cl溶液胁迫处理后,利用iTRAQ标记定量蛋白质组学技术,分析不同质量浓度的铵态氮胁迫处理下杨树根系的差异表达蛋白。结果表明:一共鉴定到266个差异蛋白,这些差异蛋白按KEGG分类,主要富集在能量代谢、氨基酸代谢和次生代谢物质合成等代谢途径。进一步分析发现,包括果胶酶、木质素过氧化物酶和角质酶等在内的11个细胞壁相关的蛋白在铵态氮胁迫下发生了显著的差异表达,参与糖酵解代谢、碳水化合物代谢的蛋白更倾向于在高质量浓度铵态氮胁迫下上调表达。此外,杨树中有17个抗氧化系统酶和5个热激蛋白在铵态氮胁迫下差异表达。上述结果表明,杨树根系主要通过维持细胞壁完整性、调节碳和能量代谢、激活抗氧化系统等方式来应对铵态氮胁迫。

关键词：杨树铵态氮胁迫根系蛋白质组 iTRAQ

基于iTRAQ技术分析2种典型养殖模式下大口黑鲈肌肉蛋白组表达差异

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江苏农业科学 2022年第17期50卷 174-180页

作者：周聃王曙周冬仁盛鹏程胡大雁周志金农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产研究所浙江湖州313001 浙江省湖州市农业科技发展中心浙江湖州313001

池塘内循环水养殖(IPRA)模式下的大口黑鲈与池塘养殖相比,其鱼肉品质有一定提升,但缺乏机制研究。采用iTRAQ技术对2种养殖模式下大口黑鲈鱼肉中蛋白质表达进行定量及生物信息学分析。结果显示,IPRA养殖与传统池塘养殖相比,共有差异蛋白... 详细信息

池塘内循环水养殖(IPRA)模式下的大口黑鲈与池塘养殖相比,其鱼肉品质有一定提升,但缺乏机制研究。采用iTRAQ技术对2种养殖模式下大口黑鲈鱼肉中蛋白质表达进行定量及生物信息学分析。结果显示,IPRA养殖与传统池塘养殖相比,共有差异蛋白152个,其中,上调蛋白数98个,下调蛋白数54个;筛选得鱼肉品质密切相关的28个目标差异蛋白,主要分成6类,分别为肌动蛋白细胞骨架调节(8个)、糖酵解(8个)、柠檬酸循环(5个)、氧化磷酸化(3个)、钙信号通路(3个)和热休克(1个),主要影响鱼肉的纤维组成、色泽、嫩度等方面。与传统池塘养殖模式相比,IPRA养殖的大口黑鲈肌肉中糖酵解、TCA循环、氧化磷酸化、钙离子结合及抗应激能力均有显著加强,表明IPRA养殖通过加强一定的运动,提高鱼体代谢,从而改善鱼肉营养和品质。

关键词：大口黑鲈池塘内循环水养殖池塘养殖蛋白质组学 iTRAQ

Proteomic analysis of human frontal and temporal cortex using iTRAQ-based 2D LCMS/MS

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Chinese Neurosurgical Journal 2021年第4期7卷 236-248页

作者： Long Xu Haidan Sun Yang Zhang Zhengguang Guo Xiaoping Xiao Xin Zhou Kun Hu Wei Sun Bo Wang Weiming Liu Department of Neurosurgery Beijing Tiantan HospitalCapital Medical UniversityNo.119 West RoadSouth Fourth Ring RoadBeijing 100070China China National Clinical Research Center for Neurological Diseases(NCRC-ND) Beijing 100070China Core Facility of Instrument School of Basic Medicine Chinese Academy of Medical SciencesInstitute of Basic Medicine Peking Union Medical College5 Dong Dan San TiaoBeijing 100005China State Key Laboratory of Brain and Cognitive Science Institute of BiophysicsChinese Academy of Sciences15 Datun RoadBeijing 100101China

Background:The human brain is the most complex organ in the body,and it is important to have a better understanding of how the protein composition in the brain regions contributes to the pathogenesis of associated neurological disorders.Methods:In this study,a comparative analysis of the frontal and temporal cortex proteomes was conducted by isobaric tags of relative and absolute quantification(iTRAQ)labeling and two-dimensional liquid chromatographytandem mass spectrometry(2D LC-MS/MS).Brain protein was taken from relatively normal tissue that could not be avoided of damage during emergent surgery of the TBI(traumatic brain injury)patients admitted in Beijing Tiantan Hospital from 2014 to 2017.Eight cases were included.Four frontal lobes and 4 temporal lobes proteome were analyzed and the proteins were quantitated.Gene Ontology(GO),Ingenuity Pathway Analysis(IPA),and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)pathway analysis were used to analyze the biological function of identified proteins,unchanged proteins,and differentially expressed proteins(DEPs).Results:A total number of 2127 protein groups were identified in the frontal and temporal lobe proteomes.A total of 1709 proteins could be quantitated in both the frontal and temporal cortex.Among 90 DEPs,14 proteins were screened highly expressed in the temporal cortex,including MAPT,SNCG,ATP5IF1,GAP43,HSPE1,STMN1,NDUFS6,LDHB,SNCB,NDUFA7,MRPS36,EPDR1,CISD1,and RALA.In addition,compared to proteins expressed in the frontal cortex,14 proteins including EDC4,NIT2,VWF,ASTN1,TGM2,SSB,CLU,HBA1,STOM,CRP,LRG1,SAA2,S100A4,and VTN were a low expression in the temporal cortex.The biological process enrichment showed that unchanged proteins between the frontal and temporal cortex mainly take part in regulated exocytosis,axon guidance,and vesicle-mediated transport.The KEGG pathway analysis showed that unchanged proteins between the frontal and temporal cortex mainly take part in oxidative phosphorylation,carbon metabolism,Huntington’s disease,and Parkinson’s disease.Conc

关键词： Frontal cortex Temporal cortex iTRAQ Proteomics 2D-LC-MS/MS

基于iTRAQ技术探究不同毒力猫杯状病毒感染宿主细胞后蛋白表达差异的研究

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中国预防兽医学报 2022年第12期44卷 1261-1268页

作者：李帅臧铭慧周振雷南京农业大学动物医学院江苏南京210095

为研究不同毒力猫杯状病毒(FCV)感染宿主细胞后蛋白表达的差异,并分析差异表达蛋白的特征和潜在关键蛋白。本实验将FCV强毒株2280与弱毒株F9分别接种猫肾细胞(F81)24 h后,收获细胞裂解液,利用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)分析... 详细信息

为研究不同毒力猫杯状病毒(FCV)感染宿主细胞后蛋白表达的差异,并分析差异表达蛋白的特征和潜在关键蛋白。本实验将FCV强毒株2280与弱毒株F9分别接种猫肾细胞(F81)24 h后,收获细胞裂解液,利用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)分析不同毒力FCV感染细胞后差异表达的蛋白,并经基因本体论(GO)分析差异表达蛋白的功能,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析差异表达蛋白参与的信号通路及其相互作用。从差异表达蛋白中选取2个蛋白通过western blot验证。结果显示,共筛选出103个核心差异蛋白,其中表达上调蛋白39个,表达下调蛋白64个。GO分析结果显示,核心差异蛋白主要参与细胞凋亡、肿瘤坏死因子应答、活性氧代谢调控等生物过程;KEGG分析结果显示,核心差异蛋白显著富集于NF-κB、IL-17、p53、细胞凋亡等信号通路。Western blot验证IVNS1ABP和EIF4B两个差异表达蛋白的表达变化与iTRAQ结果一致,证明iTRAQ技术结果可靠。上述结果表明,致炎和凋亡相关蛋白表达水平的显著改变与FCV 2280株与F9株毒力差异相关。本实验为进一步探究FCV毒力差异机制及该病毒感染的防制奠定基础。

关键词：猫杯状病毒 iTRAQ 差异表达蛋白

野生型与栽培型太子参的iTRAQ定量蛋白质组学研究

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药学学报 2016年第3期51卷 475-485页

作者：华愉教王胜男邹立思刘训红徐建亚侯娅马阳罗益远刘娟秀南京中医药大学江苏南京210023

采用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术对野生型与栽培型太子参进行定量蛋白质组学研究,探讨两种生态型太子参蛋白质组表达水平的差异。所提取的太子参蛋白质样品经FASP酶解、i TRAQ试剂标记、高p H-RPLC分离、RPLC-MS分离分析,获... 详细信息

采用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术对野生型与栽培型太子参进行定量蛋白质组学研究,探讨两种生态型太子参蛋白质组表达水平的差异。所提取的太子参蛋白质样品经FASP酶解、i TRAQ试剂标记、高p H-RPLC分离、RPLC-MS分离分析,获取的串联质谱数据通过Protein Pilot 5.0软件搜库进行蛋白质鉴定,通过蛋白质相对定量的比较寻找差异表达蛋白;再对差异蛋白质进行GO(gene ontology)、KEGG代谢通路和STRING网络通路分析。共鉴定到3 775个蛋白质,其中3 676个蛋白质具有定量信息,与野生型相比,栽培型太子参上调差异蛋白质127个,下调差异蛋白质205个;生物信息学分析得到71个目标差异蛋白,主要分成9类:热休克蛋白、转移酶、氧化还原酶、裂解酶、异构酶、连接酶、水解酶、微管蛋白和移位酶。结果显示:野生型太子参的碳水化合物和氨基酸代谢功能较栽培型太子参强,而抗应激能力较栽培型太子参弱;GWD1、PHS1、GBE1、PGM和BAM1可能是调节不同生态型太子参中蔗糖变化的5种关键蛋白,met E和CYS可能是导致不同生态型太子参氨基酸差异的2种关键蛋白。本研究为解析不同生态型太子参次生代谢物差异的成因及其药材品质形成的蛋白质机制提供基础资料。

关键词：太子参野生型栽培型蛋白质组学 iTRAQ