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6株T4类噬菌体尾丝蛋白gp37基因密码子特性比较

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畜牧兽医学报 2014年第8期45卷 1330-1335页

作者：逯凯韩姗姗张灿刘文华邹玲温建新任慧英青岛农业大学动物科技学院青岛266109

利用多种生物信息学软件对本实验室分离的1株T4类多价烈性噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37基因与其他5株T4类噬菌体gp37基因进行密码子特征的分析比较。结果显示:Bp7与其他5株T4类噬菌体gp37基因密码子使用模式基本一致;Bp7尾丝蛋白gp37基因密码... 详细信息

利用多种生物信息学软件对本实验室分离的1株T4类多价烈性噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37基因与其他5株T4类噬菌体gp37基因进行密码子特征的分析比较。结果显示:Bp7与其他5株T4类噬菌体gp37基因密码子使用模式基本一致;Bp7尾丝蛋白gp37基因密码子偏好性较低,且偏爱使用以A或U为结尾的密码子;除AUG(Met)和JGG(Trp)外,确定了17种高频密码子;6株菌体gp37之间密码子偏好性比较发现,Bp7与JS98密码子使用最相近,与T4和T4T相对较远;gp37基因密码子的使用模式可能受中性突变和选择压力的共同作用。gp37基因密码子的分析结果将为Bp7尾丝蛋白的基因改造,以进一步拓宽其裂解谱及提高表达水平提供理论指导。

关键词：噬菌体 gp37基因密码子偏好性生物信息学

J亚群禽白血病病毒gp37基因的克隆和序列分析

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中国预防兽医学报 2003年第1期25卷 36-39页

作者：张志赵宏坤崔治中山东农业大学动物科技学院山东泰安271018

近两年我们从国内不同省份先后分离和鉴定了 8株J亚群禽白血病病毒 (ALV_J) ,并对其中的 5株进行了gp3 7基因的克隆和序列分析。结果表明 ,我们分离的 5株ALV_J之间的同源性为 94.6%～ 99.0 % ;与国内最早分离的SD990 1、SD990 2和YZ99... 详细信息

近两年我们从国内不同省份先后分离和鉴定了 8株J亚群禽白血病病毒 (ALV_J) ,并对其中的 5株进行了gp3 7基因的克隆和序列分析。结果表明 ,我们分离的 5株ALV_J之间的同源性为 94.6%～ 99.0 % ;与国内最早分离的SD990 1、SD990 2和YZ990 1等毒株之间的同源性分别为 95 .3 %～ 98.5 %、95 .6%～ 99.0 %和 94.9%～ 98.6% ;与国际最先报道的原型株HPRS_1 0 3之间的同源性为 93 .4%～ 95 .1 % ;与其它国外毒株的同源性为 92 .7%～ 96.8%。这表明我国ALV_J的gp3 7基因正在不断发生变异 ,但相对于gp85基因的变异性要小。

关键词： J亚群禽白血病病毒 gp37基因序列分析基因克隆分离鉴定

J亚群禽白血病病毒gp37基因siRNA表达载体的构建及体外干扰效应的初步研究

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J亚群禽白血病病毒gp37基因siRNA表达载体的构建及体外干扰效应的...

作者：孟祥凯山东农业大学

学位级别：硕士

本研究以禽白血病病毒J亚群（ALV-J）gp37基因为靶向基因,以RNA干扰的方法,干扰其表达,以达到限制ALV-J在细胞内复制的目的。参照Takara和Ambion公司的成功的经验并利用Ambion公司的在线设计工具httpp:***/techlib/misc/siRNA desi... 详细信息

本研究以禽白血病病毒J亚群（ALV-J）gp37基因为靶向基因,以RNA干扰的方法,干扰其表达,以达到限制ALV-J在细胞内复制的目的。参照Takara和Ambion公司的成功的经验并利用Ambion公司的在线设计工具httpp:***/techlib/misc/siRNA design html,针对ALV-J NX0101株gp37基因序列（编码跨膜蛋白TM）寻找siRNA靶序列,根据siRNA阴性对照设计原则设计相应的阴性对照。经BLAST验证,所选择的靶序列与鸡体和其它病毒基因片段无同源性。在设计的靶序列5’端开始的19个核苷酸为正义链,中间加入9个核苷酸TTCAA GAGA间隔以形成发夹结构,3’端加有转录终止信号TTTTTT。并且5’端带有BamH I（GATCC）酶切位点,3’端带有Xho I （ CTCGAG）和Hind III（TTCGA）酶切位点。靶序列分别被克隆到psilencer2.1-U6载体上。经Xho I酶切鉴定和测序鉴定后,证明已成功地构建了针对gp37基因不同区域的siRNA（small interfering RNA）表达载体。分别命名为pu6gp 37-1,pu6gp37-2,pu6gp37-3, pu6 gp37-4,pu6gp37-5,pu6gp37-6, pu6gp（阴性对照）。以提取的ALV-J NX0101株病毒基因组DNA为模板,根据Gene Bank上发表的ALV-J NX0101株gp37基因序列设计1对特异性引物,PCR扩增出gp37 （591bp）基因,克隆到pMD18-T Vector。目的片段经双酶切连接到pEGFP-N1载体上,经酶切和测序鉴定后,证明已成功地构建了gp37基因的融合表达载体,命名为pEGFP-gp37。用pEGFP- gp37融合表达载体转染CEF细胞,分别在转染后24h, 48h,72h观察荧光的变化。发现转染后24h就可见到荧光,48h荧光最强,72h荧光逐渐减弱,减少;pEGFP- gp37与构建的针对gp37基因不同区域的siRNA表达载体分别两两共转染CEF细胞后,分别在24h, 48h,72h观察荧光的变化,结果发现,共转染48h后与pu6gp37-2、pu6gp37-4质粒共转染的孔荧光均减弱,荧光细胞数减少,初步验证pu6gp37-2、pu6gp37-4对TM蛋白有抑制作用。本研究为RNAi技术应用于抗ALV-J感染研究奠定了基础并为抗病毒研究提供了新途径。

关键词：禽白血病病毒J亚群 gp37基因 siRNA表达载体 RNA干扰

甜菜夜蛾核多角体病毒(SeMNPV)gp37基因的克隆及序列分析

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中山大学学报：自然科学版 2001年第3期40卷 70-73页

作者：李充璧闫庆生李朝飞庞义杨凯中山大学生物防治国家重点实验室广东广州510275

通过鸟枪法克隆了甜菜夜蛾核多角体病毒 (SeMNPV)基因组DNAEcoRⅠ酶切的 2 2kb片段 .序列分析表明 ,该片段含有gp37基因 .SeMNPVgp37基因的开放阅读框为 80 1个核苷酸 ,编码 2 6 8个氨基酸 ,预测蛋白质相对分子质量为 30 40 0 .在gp37... 详细信息

通过鸟枪法克隆了甜菜夜蛾核多角体病毒 (SeMNPV)基因组DNAEcoRⅠ酶切的 2 2kb片段 .序列分析表明 ,该片段含有gp37基因 .SeMNPVgp37基因的开放阅读框为 80 1个核苷酸 ,编码 2 6 8个氨基酸 ,预测蛋白质相对分子质量为 30 40 0 .在gp37基因起始密码子上游有一典型的杆状病毒晚期基因启动子序列ATAAG .同其它昆虫杆状病毒和昆虫痘病毒gp37/Fusolin蛋白的比较结果表明 ,SeMNPVgp37与已知gp37/fusolin基因的氨基酸序列同源性较高 (5 0 %～ 6 8% ) ,在其蛋白序列内存在类似的保守区和可能的N_连接糖基化位点 .在SeMNPVgp37基因下游存在一个完整阅读框和部分egt基因序列 .

关键词：甜菜夜蛾核多角体病毒 gp37基因克隆序列分析生物杀虫剂

J亚群禽白血病病毒gp37基因的克隆和序列分析

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J亚群禽白血病病毒gp37基因的克隆和序列分析

K亚群禽白血病病毒分离株基因测序与鉴定分析

中国畜牧兽医学会禽病学分会鸡淋巴白血病防控技术研讨会

作者：张志赵宏坤崔治中山东农业大学动物科技学院

近两年我们从国内不同省份先后分离和鉴定了8株J亚群禽白血病病毒（ALV-J）,并对其中的5株进行了gp37基因的克隆和序列分析。结果表明,我们分离的5株ALV-J之间的同源性为94.6%～99.0%;与国内最早分离的SD9901、SD9902和YZ9901等毒株之... 详细信息

近两年我们从国内不同省份先后分离和鉴定了8株J亚群禽白血病病毒（ALV-J）,并对其中的5株进行了gp37基因的克隆和序列分析。结果表明,我们分离的5株ALV-J之间的同源性为94.6%～99.0%;与国内最早分离的SD9901、SD9902和YZ9901等毒株之间的同源性分别为95.3%～98.5%、95.6%～99.0%和94.9%～98.6%;与国际最先报道的原型株HPRS-103之间的同源性为93.4%～95.1%;与其它国外毒株的同源性为92.7%～96.8%。这表明我国ALV-J的gp37基因正在不断发生变异,但相对于gp85基因的变异性要小。

关键词： J亚群禽白血病病毒（ALV-J） gp37基因序列分析

来源： cnki会议评论

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黑龙江畜牧兽医 2021年第23期 88-93,155页

作者：沈晓鹏曹斌王传峰陈则东马跃朱建平王成丽叶建强俞燕李拓凡张俊江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 扬州大学兽医学院江苏扬州225009

为了对从江苏省某种鸡场保种的崇仁麻鸡血浆中分离的禽白血病病毒(ALV)进行序列测定和亚群鉴定,试验采用ELISA法检测血浆样品p27抗原,并用从阳性血浆中分离的病毒接种DF1细胞进行免疫荧光检测,提取前病毒DNA,用ALV亚群鉴定引物进行PCR鉴... 详细信息

为了对从江苏省某种鸡场保种的崇仁麻鸡血浆中分离的禽白血病病毒(ALV)进行序列测定和亚群鉴定,试验采用ELISA法检测血浆样品p27抗原,并用从阳性血浆中分离的病毒接种DF1细胞进行免疫荧光检测,提取前病毒DNA,用ALV亚群鉴定引物进行PCR鉴定,前病毒DNA分3段扩增并测序,对测序结果进行拼接,用MEGA 7.0软件以NJ法对分离株病毒gp85基因编码的氨基酸序列和参考株进行遗传进化分析,采用DNAStar 7.0软件以Clustal W法对参考株与分离株病毒的gp37基因进行比对分析。结果表明:有1份样品的p27抗原ELISA反应呈阳性,免疫荧光检测也呈阳性,将该分离株命名为JS20CR13。K亚群引物PCR检测出大小为560 bp的目的片段。前病毒全基因组总长7 481 bp,其中env基因大小为1 617 bp(gp85基因1 008 bp,编码336个氨基酸;gp37基因大小为609 bp,编码203个氨基酸)。与各参考株对比,分离株JS20CR13的gp85基因序列与K亚群参考株同源性为94.0%~99.0%,明显高于其他亚群;gp85基因编码氨基酸序列与已经鉴定为ALV-K的参考株病毒位于同一个进化分支,而与其他亚群的遗传进化距离较远。分离株JS20CR13的gp37基因序列与ALV-K参考株JS14CZ01同源性最高,达99.0%。说明分离株JS20CR13与已经鉴定为ALV-K的参考株病毒位于同一个进化分支,分离株为K亚群ALV。

关键词： K亚群禽白血病病毒崇仁麻鸡遗传进化树 gp85基因 gp37基因

安徽省2012-2014年J亚群禽白血病病毒的分离及其囊膜蛋白基因序列的分析

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安徽省2012-2014年J亚群禽白血病病毒的分离及其囊膜蛋白基因序列...

作者：李雪安徽农业大学

学位级别：硕士

J亚群禽白血病（Subgroup J of avian leukosis）是由20世纪80年代末分离自肉鸡的一种由J亚群禽白血病病毒（Avian leukosis virus subgroup J,ALV-J）引起的新的禽白血病的亚群,其临床上主要造成患病禽类的生长和免疫抑制。近年来,该... 详细信息

J亚群禽白血病（Subgroup J of avian leukosis）是由20世纪80年代末分离自肉鸡的一种由J亚群禽白血病病毒（Avian leukosis virus subgroup J,ALV-J）引起的新的禽白血病的亚群,其临床上主要造成患病禽类的生长和免疫抑制。近年来,该病在我国的养禽业普遍流行,给养禽业带来严重的危害。应用已经建立的ALV-J gp85基因特异性PCR检测方法,对2012至2014年间来自安徽省八个市县的33只疑似患病鸡进行PCR检测,检出阳性患病鸡14只;对安徽省3个鸡场患病鸡的598份肛门拭子及360份蛋清样品进行ALV p27抗原ELISA检测,肛门试子及蛋清样品阳性检出率分别为33.40%和10.58%;将PCR及ELISA检测为阳性的样品接种鸡胚成纤维细胞（CEF）分离ALV细胞毒毒株,PCR方法鉴定获取的ALV毒株,共获得ALV-J病毒毒株19株;通过PCR扩增的方法对分离的ALV-J毒株的囊膜蛋白基因gp85及gp37基因进行序列扩增及测定,获得19个gp85基因序列和10个gp37基因序列;在此基础上,选取GenBank中16个国内外不同的ALV-J参考株与分离株分别进行gp85和gp37的基因序列同源性比对、基因进化树的绘制,gp85基因比对结果表明:19个分离株与16个参考株的同源性在85.3%~98.1%之间,分离株之间的同源性为91.9%~99.9%,分离株与英国原型株HPRS-103的同源性在87.6%~98.6%之间,结合gp85基因遗传进化树结果显示18个分离株处于一个大的分支,与原型株亲缘关系较近;氨基酸序列比对分析发现,在氨基酸110#aa~120#aa,140#aa~150#aa,188#aa~193#aa这3个区域之间存在不同程度的缺失和变异;对变异程度较大的AH11-05的gp85基因序列分析得知,AH11-05序列在579bp与589bp之间插入了一段序列-GGGAACCTT-,对ALV-J分离株的gp37基因的序列比对结果整体上与gp85基因比对结果相一致,但gp37的基因序列同源性相对较高,并无整段基因的插入或者缺失。本试验初步掌握ALV-J在安徽省不同地区鸡群中的存在情况,并成功的分离到了19株ALV-J分离株,为进一步深入研究ALV-J囊膜蛋白基因变异提供基础,为我国ALV-J的流行提供相应的预防措施。

关键词： J亚群禽白血病病毒 gp85基因 gp37基因遗传变异分析