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第十四届全国植物基因组学大会

作者： Hongqing Ling Shancen Zhao Dongcheng Liu Junyi Wang Hua Sun Jan Dvorak Mingcheng Luo Zhensheng Li Daowen Wang Aimin Zhang Jun Wang State Kay Laboratory of Plant Cell and Chromosome Engineering Institute of Genetics and Developmental BiologyChinese Academy of Sciences BGI Shenzhen Department of Plant Sciences University of California

Bread wheat(Triticum aestivum),one of the most widely cultivated and consumed food crops in the world,is a hexaploid containing A,B and D *** to its complex polyploidy nature and large genome size(17 Gb),the genetic and functional analysis of bread wheat is extremely *** A genome,originally from the diploid wild einkorn wheat Triticum urartu with a genome size about 5 Gb,is the basic genome of bread wheat and other polyploidy wheats,and plays a central role in wheat evolution,domestication and genetic improvement. We sequenced *** accession G1812 using a whole-genome shotgun strategy on

关键词： genome sequencing wheat Triticum urartu draft genome

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Assembly and features of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces ansochromogenes

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Science China(Life Sciences) 2013年第7期56卷 609-618页

作者： ZHONG XingYu TIAN YuQing NIU GuoQing TAN HuaRong State Key Laboratory of Microbial Resources Institute of Microbiology Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences

A draft genome sequence of Streptomyces ansochromogenes 7100 was generated using 454 sequencing technology. In combination with local BLAST searches and gap filling techniques, a comprehensive antiSMASH-based method was adopted to assemble the secondary metabolite biosynthetic gene clusters in the draft genome of S. ansochromogenes. A total of at least 35 putative gene clusters were identified and assembled. Transcriptional analysis showed that 20 of the 35 gene clusters were expressed in either or all of the three different media tested, whereas the other 15 gene clusters were silent in all three different media. This study provides a comprehensive method to identify and assemble secondary metabolite biosynthetic gene clusters in draft genomes of Streptomyces, and will significantly promote functional studies of these secondary metabolite biosynthetic gene clusters.

关键词： secondary metabolite gene cluster assemble features draft genome

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