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2015年青岛地区手足口病主要病原谱及基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2017年第12期37卷 903-909页

作者：张凤史晓燕苏志磊宫金伶柴青曲剑英汪照国青岛市疾病预防控制中心(青岛市预防医学研究院)微生物检验科 266033

目的阐明2015年青岛地区手足口病（HFMD）流行特征和病原谱变化及3种主要肠道病毒分离株的基因特征。方法描述性分析2015年青岛地区手足口病病例的年龄、月份分布情况。用荧光RT-PCR法对2015年青岛地区HFMD患者咽拭子标本进行肠道病毒... 详细信息

目的阐明2015年青岛地区手足口病（HFMD）流行特征和病原谱变化及3种主要肠道病毒分离株的基因特征。方法描述性分析2015年青岛地区手足口病病例的年龄、月份分布情况。用荧光RT-PCR法对2015年青岛地区HFMD患者咽拭子标本进行肠道病毒通用、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型和柯萨奇病毒A6型，对阳性分离株进行vpl基因全长序列扩增及基因序列测定．以MEGA7．0软件进行系统发育及分子特征分析。结果2015年共检测1176例手足口病病例，其中肠道病毒阳性率为68．4％，主要病原构成为CA6（41．4％）、EV71（31．6％）和CAl6（15．3％）。5岁及以下儿童占总病例数的80．3％。CA6占3岁以下儿童肠道病毒构成的48．9％。其中EV71流行亚型为C4a，CAl6优势流行亚型为Blb。CA6优势流行亚型为A基因组。结论CA6、EV71和CAl6是导致2015年青岛地区手足口病流行的3种主要病原。2015年CA6超过EV71成为第一致病原，主要感染3岁以下儿童。EV71的流行亚型不变。CAl6优势流行亚型为Blb。CA6优势分离株主要是A基因组。并且内部进化为多个小的分支，与A基因组内部的2013年青岛分离株处于不同分支。

关键词：手足口病肠道病毒系统进化分析 vpl基因

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猪水泡病病毒VP1基因抗原区的原核表达

微生物学报 2003年第3期43卷 342-346页

作者：张永国刘湘涛韩雪清张彦明谢庆阁中国农业科学院兰州兽医研究所西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100

利用RT PCR和nestedPCR(nPCR)技术扩增出猪水泡病病毒VP1基因的抗原区 ,将其克隆到表达载体pProEX HTb中 ,获得重组质粒 ,经PCR、酶切和序列分析鉴定表明 ,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确。将重组质粒导入BL2 1 (DE3) ,经IPTG... 详细信息

利用RT PCR和nestedPCR(nPCR)技术扩增出猪水泡病病毒VP1基因的抗原区 ,将其克隆到表达载体pProEX HTb中 ,获得重组质粒 ,经PCR、酶切和序列分析鉴定表明 ,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确。将重组质粒导入BL2 1 (DE3) ,经IPTG诱导表达后SDS PAGE检测表明 ,重组菌能表达猪水泡病病毒VP1抗原区蛋白 ;Westernblot检测表明 ,诱导表达的抗原区蛋白能与猪水泡病阳性血清发生特异性反应。

关键词：猪水泡病病毒 vpl基因抗原区原核表达

羊O／P液中AsiaⅠ型口蹄疫病毒VP1基因3′端序列的分析

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中国兽医科学 2008年第7期38卷 559-562页

作者：王建东卢曾军包慧芳曹轶梅郭建宏刘湘涛何生虎杨春生刘在新中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒学重点实验室国家口蹄疫参考实验室甘肃兰州730046 宁夏大学农学院宁夏银川750001

从宁夏中卫AsiaⅠ型口蹄疫疫区的无临床症状羊采集的食道咽部分泌液（OPF）中扩增得到了4个口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因3′-端483bp（VP483）片段。核苷酸和氨基酸序列比较结果表明，从4份OPF中扩增出的VP1片段，在细胞受体结合位点处的... 详细信息

从宁夏中卫AsiaⅠ型口蹄疫疫区的无临床症状羊采集的食道咽部分泌液（OPF）中扩增得到了4个口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因3′-端483bp（VP483）片段。核苷酸和氨基酸序列比较结果表明，从4份OPF中扩增出的VP1片段，在细胞受体结合位点处的关键氨基酸与目前公布的FMDVAsiaⅠ型流行毒相比均发生了改变，由RGD变成RDD。4个扩增片段的核苷酸序列与AsiaⅠ／js／WX／05株相比，同源性为96．2％～98、3％，表明与AsiaI／JS／WX／05株高度同源。蛋白结构模拟结果显示，这种改变会导致G—H环柔性减弱，这可能是AsiaⅠ／JS／WX／05FMDV适应羊体，造成持续感染后发生的一种变异。

关键词： AsiaⅠ型口蹄疫病毒羊O/P液 vpl基因序列分析

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牛轮状病毒的分离及其RT-PCR鉴定

西北农业学报 2007年第4期16卷 191-194页

作者：姜向阳邓小敏王晶钰王学艳罗艳西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100

采用MA104细胞从疑似轮状病毒腹泻犊牛粪样中进行轮状病毒分离,盲传4代后接种细胞出现明显细胞病变(CPE),对分离病毒进行核酸聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳条带为4∶2∶3∶2型,具备典型A群轮状病毒特征。依据NCBI等登录的牛轮状病毒的VP1基... 详细信息

采用MA104细胞从疑似轮状病毒腹泻犊牛粪样中进行轮状病毒分离,盲传4代后接种细胞出现明显细胞病变(CPE),对分离病毒进行核酸聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳条带为4∶2∶3∶2型,具备典型A群轮状病毒特征。依据NCBI等登录的牛轮状病毒的VP1基因序列设计一对引物,对其VP1基因进行克隆及序列分析,结果分离毒与国外牛轮状病毒分离株RF的核苷酸同源性为98.9%,与UK的核苷酸同源性为91.5%,证明分离毒株是一株牛轮状病毒。

关键词：轮状病毒细胞培养 vpl基因 MAl04细胞

6株O型口蹄疫病毒结构蛋白vp1基因的克隆与序列分析

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中国病毒学 2004年第3期19卷 264-267页

作者：葛淑敏金宁一尹革芬郑敏王振国马鸣潇解放军军需大学研究所解放军基因工程重点实验室吉林长春130062

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来。克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vp1基因的核苷酸序列同源性在95%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.8%～100%之间。T1-T6六... 详细信息

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来。克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vp1基因的核苷酸序列同源性在95%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.8%～100%之间。T1-T6六株病毒vp1基因的核苷酸序列与已经发表的O/HKN/14/82、O/TAW/81/97、O/PHI/7/96、O/HKN/1/99和O/HKN/16/96的同源性较高,核苷酸序列同源性在86.1%～95.8%之间;发现6株毒株的主要中和抗原表位140-160、200-213位的氨基酸序列完全相同,推测它们有相近的中和抗体表位和抗原性。故推断本试验中的6株FMDV株属于同一基因型,即FMDVO型中国拓朴型(Cathaytopotype)。

关键词：口蹄疫病毒 vpl基因克隆序列分析

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抗病和抗穗发芽相关基因转化小麦的研究

抗病和抗穗发芽相关基因转化小麦的研究

作者：张小丹华中农业大学

学位级别：硕士

小麦是我国及世界上最重要的粮食作物之一,小麦赤霉病和穗发芽分别是小麦生产上的世界性病害和自然灾害。在我国长江中下游地区,小麦开花灌浆及收获前后常遇阴雨天气,导致小麦赤霉病及穗发芽发生频繁,造成了严重的产量损失。然而,由于... 详细信息

小麦是我国及世界上最重要的粮食作物之一,小麦赤霉病和穗发芽分别是小麦生产上的世界性病害和自然灾害。在我国长江中下游地区,小麦开花灌浆及收获前后常遇阴雨天气,导致小麦赤霉病及穗发芽发生频繁,造成了严重的产量损失。然而,由于小麦及其近缘物种中天然抗赤霉病和抗穗发芽资源匮乏,抗性小麦品种培育进展缓慢。利用基因工程进行作物遗传改良的研究一直倍受人们的关注,小麦遗传转化技术体系的发展也非常迅速。本研究以栽培品种扬麦12和襄麦25为受体材料,将抗赤霉病相关基因转入小麦;同时还分析鉴定了转抗穗发芽相关基因小麦高世代转基因株系的基因表达及性状表现,获得的主要结果如下：1.利用基因枪介导法,将抗赤霉病相关基因转入小麦品种扬麦12和襄麦25的幼胚诱导的愈伤组织。所用抗病相关基因及其组合为：1)msrA1-D2和pep3,标记基因pmi;2)D4E1,标记基因bar。在含甘露糖的培养基上经多轮筛选,获得了7株以襄麦25为受体的转化苗,12株以扬麦12为受体的转化苗,转化率分别为0.91%和0.94%;经PPT筛选,获得了13株以扬麦12为受体的转化苗,转化率为2.03%。2.在扬麦12转基因小麦T1代株系中,标记基因和目的基因都出现了不同程度的分离,分离比例各不相同,但并未出现基因完全丢失的现象。***鉴定分析了将玉米Vp1基因转入小麦品种郑9023的T3代26个株系,转入鄂13的T3代9个株系,结果表明,这些T3代株系含有Vp1基因,证明Vp1基因已整合到小麦基因组中,并可稳定遗传。4. RT-PCR分析了转基因小麦株系中Vp1基因的表达。取开花后20 d的T3小麦株系幼胚,提取RNA反转录成cDNA,以Vp1基因特异引物从转录水平分析证实,玉米Vp1基因已在转基因小麦中表达。5.种子发芽测定分析表明,几乎所有转基因株系的萌发势都明显低于非转基因对照,即转基因小麦的穗发芽抗性得到了明显提高。这些研究结果为进一步培育抗赤霉病和抗穗发芽小麦新品种奠定了基础。

关键词：小麦转基因抗赤霉病抗穗发芽 vpl基因

2017年北京市东城区EV-A71和CV-A16分离株VP1基因序列特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2018年第5期32卷 505-509页

作者：王联君李艳宇北京市东城区疾病预防控制中心 100050

目的通过分析北京市东城区2017年手足口疑似病例样本中肠道病毒A组71（enterovirus71，EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievrius A16，CV—A16）毒株VP1基因序列特征，为手足口病的防治提供基础资料。方法利用RT-PCR法对分离得到... 详细信息

目的通过分析北京市东城区2017年手足口疑似病例样本中肠道病毒A组71（enterovirus71，EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievrius A16，CV—A16）毒株VP1基因序列特征，为手足口病的防治提供基础资料。方法利用RT-PCR法对分离得到的EV—A71和CV—A16VP1序列进行扩增和测序，利用DNAstar5．0和MEGA6．0软件对EV-A71和CV—A16的VP1序列进行比对分析并构建系统发育树。结果2017年东城区共检测手足口疑似病例咽拭子95份，肠道病毒阳性46份（占48．42％）；其中EV—A71阳性4份（占4．21％），CV—A16阳性4份（占4．21％），非EV-A71非CV-A16的其他肠道病毒阳性38份（占40．00％）。4株EV-A71分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92．89％-99．15％和97．32％～98．66％；3株CV—A16分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93．90％～98．76％和98．32％～100．00％。系统进化树显示4株EV—A71属于C4a基因亚型，3株CV—A16属于B1b基因亚型。结论北京市东城区2017年引起手足口病的病原主要以非EV—A71非CV—A16的其他肠道病毒为主，但是EV—A71和CV—A16仍占一定比例。EV—A71毒株属于C4a基因亚型；CV-A16毒株属于B1b基因亚型；与近年来中国大部分地区毒株的基因分型一致；没有检测到新亚型。

关键词： Enterovirus 71 Coxsackievrius A16 vpl基因进化分析

肠道病毒71疫苗候选株H3-TY的遗传稳定性研究

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国际流行病学传染病学杂志 2011年第4期38卷 219-222页

作者：唐彩华周康凤高丽美朱莲毛子旭毛江森浙江省医学科学院病毒病研究所浙江普康生物技术股份有限公司杭州310013

目的了解肠道病毒71（E、，71）疫苗候选株H3-TY的遗传稳定性。方法选取EV71疫苗候选株H3-TY种子库中的6个子代病毒，提取RNA，对其vpl基因进行RT-PCR扩增、克隆、序列测定，然后对所获基因序列进行同源性分析并计算同源率。结果***的6... 详细信息

目的了解肠道病毒71（E、，71）疫苗候选株H3-TY的遗传稳定性。方法选取EV71疫苗候选株H3-TY种子库中的6个子代病毒，提取RNA，对其vpl基因进行RT-PCR扩增、克隆、序列测定，然后对所获基因序列进行同源性分析并计算同源率。结果***的6个子代病毒vpl基因之间核苷酸同源性介于99．6％～99．8％，氨基酸同源性为100．0％，主要抗原决定簇的氨基酸序列完全一致。结论***种子库中6代病毒的VP1基因之间高度同源，主要抗原决定簇稳定遗传。

关键词：疫苗肠道病毒7l型 vpl基因遗传稳定性

猫细小病毒CC-1株VP1基因克隆与序列分析

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中国畜牧兽医 2008年第8期35卷 40-43页

作者：李爽袁宝肖书奇任文陟张嘉保赵志辉雍海平吉林大学实验动物中心长春130062 中山大学生命科学学院广州510275 吉林大学畜牧兽医学院长春130062

根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长... 详细信息

根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。

关键词：猫细小病毒 vpl基因序列分析