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RNA Regulations and functions Decoded by Transcriptome-wide RNA structure Probing

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2017年第5期15卷 267-278页

作者： meiling piao lei sun qiangfeng cliff zhang moe key laboratory of bioinformatics beijing advanced innovation center for structural biologycenter for synthetic and systems biologytsinghua-peking joint center for life sciencesschool of life sciencestsinghua universityBeijing 100084China

RNA folds into intricate structures that are crucial for its functions and regulations. To date, a multitude of approaches for probing structures of the whole transcriptome, i.e., RNA struc- turomes, have been developed. Applications of these approaches to different cell lines and tissues have generated a rich resource for the study of RNA structure-function relationships at a systems biology level. In this review, we first introduce the designs of these methods and their applications to study different RNA structuromes. We emphasize their technological differences especially their unique advantages and caveats. We then summarize the structural insights in RNA functions and regulations obtained from the studies of RNA structuromes. And finally, we propose potential directions for future improvements and studies.

关键词： RNA structure probing RNA structurome RNA secondary structure structure-function relation-ship RNA regulation

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